小さな島で生まれ育ち、春から都会のあおぞら市の中学校に通う中学1年生の夏海まなつ。あおぞら市へと引っ越してきたその日、まなつは伝説の戦士・プリキュアを探しているという人魚のローラと衝撃の出会いをする。
あおぞら中学校に通い始めるまなつ。新たなプリキュア候補を探しに人魚のローラもついて行くが、退屈のあまりまなつに内緒で抜け出してしまう。ローラは生徒たちに見つかりそうになり大ピンチに!
さんごはまなつたちと訪れた水族館で、偶然人魚のローラと出会う。自信がなく、自然と周りに合わせてしまうさんごは、「自分のかわいいが信じられなくてどうするのよ」と言うローラの言葉が胸に刺さり...。
まなつとさんごは、図書室でプリキュアや人魚に関する伝説を調べるうち、人魚の伝説や物語に詳しい中学2年生の一之瀬みのりと出会う。過去の出来事からなかなか一歩踏み出せないみのりだったが...。
正義感が強く姉御肌の中学3年生・滝沢あすか。怖い人から助けてくれたこときっかけに、まなつとローラはあすかをプリキュアにスカウトするが、あすかはそっけない。そこに生徒会長の白鳥百合子が現れ...。
部室も確保し、いよいよ部活動スタート。しかし、活動内容がはっきりしないため生徒会から許可が下りず、苦戦するまなつたち。そんななか、10年前に宝物を隠した置物を探しているという卒業生がやってきて...。
まなつたちはランニング中、砂浜に打ち上げられていた海の妖精・くるるんを発見する。どうやらくるるんは、グランオーシャンの女王様から託されたローラへの大事な届け物をなくしてしまったようで...。
「忙しいお母さんに代わって自分もお弁当を作りたい!」と思ったまなつは、トロピカる部の最初の活動として、みんなでお弁当作りを提案する。早速みんなで、くるるんをイメージしたくるるん弁当を作ることに。
あおぞら中学が映画撮影のロケに使われると聞き、大興奮のまなつ。トロピカる部でエキストラ出演したいと息巻くなか、偶然、その映画に出演する若手女優と出会う。彼女は新しく演じる役に悩んでいて...。
中間テストが迫っていた。まなつは小テストの結果が散々だったにも関わらず、勉強が一向にはかどらない。そんななか、まなつは強くなったゼンゼンヤラネーダにやる気パワーを奪われてしまい...。
トロピカる部の主催で、部活対抗のサンドアート大会が開催される。ビーチでそれぞれの部活が作業を進めるが、完成が見え始めた頃に雨が降り始めてしまう。みんなの作品を守ろうとするまなつは...。
「学校に人魚がいる」という噂を知り、各部室を調べ回る風紀委員たち。そんななか、トロピカる部が「隠し事をしている」と疑う風紀委員長によって、ローラのアクアポットが没収されてしまう...。
お昼休みの校内放送で流れた人魚の話題をきっかけに、トロピカる部で校内放送に出演したいと申し出るまなつ。ところが、見学の日に急きょ本番に参加することになり、ドタバタ続きで放送は大混乱!
保育士体験にやってきたトロピカる部。ローラは周りの誰とも遊ばずに昆虫図鑑を読みふけるワタルと仲良くなる。そこにゼンゼンヤラネーダが現れるが、ワタルはアゲハチョウのサナギが心配で逃げられず...。
突然、アクアポットに吸い込まれてしまったみのり。助けようとローラがアクアポットに飛び込むが、アクアポットから出てくると、2人の中身が入れ替わっていた。普段は体験できない生活を楽しむ2人だったが...。
夏休みも近づき、部活動を通じてさらに仲を深めていくトロピカる部。ところが、最近ローラの様子が少し変。そんなローラの様子を察したまなつたちは、図書室で「人魚姫」を読んでいるローラに声をかけるが...。
捕らえられたローラを捜すまなつたちは、海の上でゼンゼンヤラネーダに襲われた豪華客船を見つける。一方、何とかあとまわしの魔女の屋敷を脱出したローラは、まなつたちのもとへと駆けつける。
人間の姿になり、あおぞら中学に通い始めるローラ。しかし、慣れない人間界の授業に戸惑うばかり。そんななか、水泳部の部長からメドレーリレーの選手選考会に誘われたローラは、大喜びで参加するが...。
新聞部が主催する「学校の本当に怖い怪談・七不思議大調査キャンペーン」に参加することになったトロピカる部。裏山の古いお屋敷を探索していると、部屋にあった人形が突然、まなつに話しかけてきて...。
学校の購買で売っている超レア限定品のプレミアムトロピカルメロンパン。そのメロンパンをやっとの思いで手に入れたまなつだが、部室に置いてちょっと目を離した隙に、突然なくなってしまい...。
夏休みに入り、トロピカる部は夏合宿をすることに。場所は、まなつの生まれ育った故郷・南乃島。合宿のしおりを作り、楽しみで待ちきれない気持ちで出発の朝を迎えるが、そこにゼンゼンヤラネーダが現れ...。
南乃島での合宿初日。トロピカる部は、まなつお勧めの美しい秘密のビーチを満喫する。その後、島の長老から人魚の宝の話を聞き、北の浜の洞窟にやってきたが、途中でローラがはぐれてしまい...。
南乃島での合宿も残りわずか。島のお祭りである南乃祭りに浴衣姿で参加したまなつたちは、願い事を書いた石を海に投げ入れる。ところが、なぜかローラだけは自分の願い事を内緒にしようとしていて...。
あおぞら中学校にきていたテレビ番組の取材を邪魔してしまったトロピカる部。部活動の停止処分を懸けて、生徒会とクイズ番組で対決することになるが、最終問題でまさかの展開が待ち受けていた。
授業参観日を前に、生徒よりも緊張した様子の桜川先生。何と先生の父親も参観にくるつもりなのだという。「先生の教師としての力を見定めにくるのでは?」と考えたまなつたちは、先生に協力しようとするが...。
「50年に一度の流星群がやってくる」と聞き、学校のみんなを集めて、流星群を見る会を開催することを決めたトロピカる部。しかし、当日の天気は曇り模様だった。晴れを呼び込むために現れたのは...。
新たに始まったイルカの触れあいコーナーに参加しようと、水族館にやってきたまなつたち。しかし、元気のないお客さんが多いことに気づいたまなつたちは、ナイトツアーに参加し調査に乗り出すことに。
文化祭であおぞらメイク教室を開催するトロピカる部。文化祭当日、メイク教室には大勢のお客さんがやってくるが、生放送の取材が入るタイミングで人手が足りなくなってしまい、裏方のみのりが対応することに。
夢の中で伝説のプリキュアに出会うまなつ。ローラによると、大昔に人魚と人間の世界を救ったのが伝説のプリキュアだという。そんななか、街のあちこちに水から生まれた超ゼッタイヤラネーダが出現し...。
次の生徒会長を決める選挙に立候補するローラ。なかなか支持を得られないなか、最終演説に向けて諦めずにトロピカる部みんなでアイデアを話しあう。しかし最終演説当日、超ゼッタイヤラネーダが現れて...。
3年生の修学旅行で寝台列車に乗っているあすか。ふと自分の荷物に目をやると、アクアポットで忍び込んだローラとくるるんの姿が。あすかの乗る列車を追いかけるまなつたちだったが、列車にヌメリーが現れて...。
急きょモデルとして大好きなファッションショーに出演することになったさんご。ところが緊張のあまり、リハーサル中にランウェイで転んでしまう。「自分は場違いなのかも」と落ち込むさんごだが...。
今回の『トロプリ』は特別編。いつもとは違うまなつたちの姿を10本立てでお届け。あとまわしの魔女の屋敷を想像したまなつがおそろしい事実に気づき...。さらに、さんごとあすかが入れ替わって大騒ぎ!
イベントのテーマ「大人になったら、何になる?」という問いかけに、良い答えが見つからないまなつ。そんななか、しかられてあとまわし魔女の屋敷から家出したエルダが、あおぞら市にやってきて...。
トロピカる部主催によるハロウィーンパーティの準備中、ヤラネーダが現れみんなのやる気パワーが奪われてしまう。出かけていたローラに代わってまなつが、やる気パワーカムバックをするのだが...。
グランオーシャンにやってきたまなつたちは、人魚の女王から「グランオーシャンのどこかにある海のリングを探してほしい」と頼まれる。手掛かりを得られず城に戻ってみると、どこか女王の様子がおかしくて...。
本物の人魚の女王を助け出そうと再び城に向かったまなつたちは、かつて人間と触れあった人魚たちの記憶が収められた不思議な部屋を発見する。そこでローラは、隠されていた秘密を知ってしまう。
テニスへの思いを残しつつも、進路の決まらないあすか。そんななか、名門・フェニックス学院の体験入部に参加していた百合子は、あすかに対戦を持ちかける。しかし試合中、超ゼッタイヤラネーダが現れて...。
以前、映画の撮影で出会った若手俳優・山辺ゆなが審査員を務めるモデルオーディションに自ら応募したさんご。最終審査までたどりついたものの、本当に自分がやりたいことに迷いが生まれ始めて...。
トロピカ卒業フェスティバルが近づき、トロピカる部は演劇を行うことに。みのりは台本の書き直しを始めるが、思うように作業は進まない。そんななか、みのりはまなつたちに誘われパパイア農園を訪れる。
部活合同で3年生たちを送る会・トロピカ卒業フェスティバルで披露する演劇の内容を話し合うまなつたち。みんなとの出会いを振り返りながらアイデアを出し合っていくなか、決まったタイトルは...。
トロピカ卒業フェスティバルの準備が進み、トロピカる部も演劇の仕上げに取りかかる。そんななか、現れた最強のヤラネーダにまなつが飲み込まれてしまう。気を失ったまなつは夢の中で再び伝説のプリキュアと出会う。
クジラの超ゼッタイヤラネーダに飲み込まれたまなつを追って、ローラたち4人は魔女の屋敷へ向かう。その途中、人魚の女王から伝説のプリキュアと魔女の物語を聞くローラ。一方、まなつは魔女の屋敷で目を覚ます。
愚者の棺を開放しようとする魔女だったが、自分が何をあとまわしにしていたのかを忘れてしまっていた。伝説のプリキュアと魔女の過去を知ったまなつたちは...。
キュアオアシスと再会し、あとまわしの魔女は浄化されたが、ヤラネーダ化したバトラーがまなつたちに襲いかかる。チョンギーレたちと協力し、立ち向かうまなつたちだったが、バトラーは愚者の棺を開放してしまい...。
正式に次期女王に指名されたローラは、グランオーシャンに戻るか、人間の世界にとどまるかの選択を迫られる。そんななかトロフェスが開会。トロピカる部の芝居の幕が上がり、ローラはラストシーンで別れを告げ...。
ある日、まなつたちのもとに雪の王国・シャンティアから招待状がとどいた。新しく女王になるシャロンを祝う式で、まなつたちはみんなで雪の世界へ！しかし、とつぜん謎のかいぶつがあらわれて、みんなを王国にとじこめてしまい大ピンチに…!?
