ふと目を覚ますと、身体が犬になってしまっていた主人公。そんな彼を拾ったのは、人間だった頃からの想い人、犬飼さんだった。 雨でずぶ濡れになっていたポチ太を自宅まで連れて帰り、一緒にお風呂に入ろうと服を脱ぎ始める犬飼さん。唐突に好きな子の裸を見せられて慌てふためくポチ太だったが、結局は犬飼さんのされるがままになり…。
犬飼さんの飼い犬になって初めてのお散歩。犬の目線で見る外の世界におびえるポチ太とは裏腹に、ルンルン気分で散歩を続ける犬飼さん。すると犬飼さんの身に、突如として危機が訪れる。身を挺して犬飼さんをかばったポチ太だったが、いつの間にか目の前には犬飼さんのパンツが…。
自分の家に帰るため、隣に住んでいる猫谷に気に入られようとするポチ太。しかし、実は猫谷は極度の犬嫌いだった！ポチ太から逃げ惑う猫谷は、思わず転んで膝を怪我してしまう。猫谷の患部を舐めて傷を治そうとするポチ太。そんな2人（？）の姿を目撃した犬飼さんは嫉妬の炎に包まれて、自分もポチ太に舐められようと、衝撃の行動にうって出る。
なぜか犬のコスプレ衣装を身にまとった犬飼さん。ポチ太の気持ちを知ろうと犬の真似をしてみたりするも、当然ポチ太の言葉を理解できるわけもなく。そんな犬飼さんによる数々の奇行に引き気味のポチ太だったが、ふと告げられた犬飼さんの悩みを聴き、ポチ太は自身と彼女の境遇を重ね合わせるのだった。
猫谷家にお呼ばれされることになったポチ太。今度は猫谷家を脱出しようと試みるも、目ざとい犬飼さんに捕まってしまう。途方に暮れたポチ太だったが、自身が仕掛けた作戦が功を奏し、自宅への帰還に成功した。するとそこには、見知った顔の後輩、月城がいたのだった。驚くポチ太をよそに、月城はポチ太の部屋を物色し始め…。
月城のスカート内に隠れていることに気づかれたポチ太は抵抗する間もなく月城家に連れていかれてしまう。 ポチ太を自分のペットにしようと目論んだ月城だったが、家に到着した途端、熱を出して倒れてしまう。 このままでは風邪が悪化すると思ったポチ太は、月城の濡れた服を着替えさせようとするが…。
自分を犬にした元凶を思い出したポチ太。その傍らで、ポチ太の所有権をめぐって対立する犬飼さんと月城。両者譲らず議論は平行線を辿る。その様子を見ていた猫谷は、決着をつけるためにとある勝負を提案する。それは“スカート内にポチ太が入ってきた方が勝ち”という意味不明な内容だった。
犬カフェの準備にいそしむ犬飼さんのもとに、ホットドッグの試作をしていた猫谷がやってきた。ポチ太が学校にいることに驚いた猫谷は、足元に転がっていたボンドを思わず踏みつけてしまう。身体中ボンドまみれになってしまった猫谷のもとに、ホットドッグの匂いにつられた犬たちが忍び寄ってくる。
犬の群れから逃れようと学校中を逃げ惑う猫谷。このままでは埒が明かないと判断したポチ太は、猫谷を学校のプールへ誘導する。ポチ太共々プールに飛び込んだ猫谷は全身ずぶ濡れになり、服に染み付いた匂いを消すことで犬たちを追い払うことに成功した。猫谷は自分を助けてくれたポチ太に感謝しつつ、文化祭の準備に戻ったのだが…。
学園祭当日、犬カフェを開いた犬飼さんのクラスだったが、月城のクラスによる出し物、うさぎカフェに客を取られていることに気づく。 そこで犬飼さんが提案したのは、足湯ならぬ「犬湯」だった。犬に足を舐められた女性客たちの喘ぎ声がカフェ中に響き渡り、無事に客足が戻ってきたのだった。そしてついに、あの白衣の少女が来店する。
学園のマッドサイエンティスト・咲比良イナリから、自分が犬にされてしまった理由を聞かされたポチ太。イナリはポチ太と犬飼さんを実験台にして二人の生活を全て監視していたのだった。犬飼さんをモルモットとしか考えていないイナリに憤慨するポチ太は、自身を人間に戻す方法を知らされるが…。
自宅の脱衣所にて、体重計に乗り危機感を覚えた犬飼さんはダイエット(＋ポチ太と遊ぶ)目的でドッグプールにやってきた。犬嫌いなはずの猫谷もなぜかついてきて、二人してトレーニングを始める。当然のように他の犬に目をつけられた猫谷は、逃げ切るために勢いよくプールに飛び込んで…。
犬カフェの休憩時間、犬飼さんと一緒に学園祭デートに出かけるポチ太。そこに立ちはだかったのは、バニーガール姿の月城だった。 突如始まったポチ太争奪戦の場所として犬飼さんが選んだのは、お化け屋敷だった。ビビっている月城に対し、なんとか恐怖心を抑えている犬飼さん。心の余裕を失った二人は、月城のあられもない姿に気づくことができず…。
