ゲルトはバイクレースの不敗のチャンピオンだったが、サーキットに現れた融合体（デモニアック）の襲撃で両足に怪我を負い、レーシングライダー生命と栄光の全てを失う。そんな彼の絶望につけこみ、謎の女ベアトリスが接近。元の体に戻れると言う彼女の差し出した薬によって、ゲルト自身が融合体になってしまうが…。
ゲルトを監視するためXATからヘルマンと同僚の女性隊員アマンダが派遣された。そんなゲルトは、マスコミを含め大衆から英雄視され、かつての栄光を取り戻したかのようだった。だが、変身した日から悪夢にうなされ、幻覚に襲われるようになっていたゲルトは、心の平安を求め、別れた恋人ジルの元へと向かうが…。
悪夢と幻覚に支配されてしまったゲルトは、崖下に落下して生死は不明となった。ゲルトもしょせん化け物だったと酷評が流される中、アマンダの弟マレクは、あこがれのゲルトを信じようと心を痛めていた。一方アマンダは、ゲルトの周囲で目撃されたジョセフとゲルトと戦ったブラスレイターの関係を疑い、調査を開始して…。
異民で親のいないマレクは、学校でひどいいじめにあっていた。一方、街を封鎖され動きの取れないジョセフは、新たな融合体が現れたことを知り、発見される危険も顧みず変身して現場に急行する。見事融合体を倒したジョセフだったが、XAT隊員アルの狙撃を受けてしまう。重傷を負ったジョセフがたどり着いた先には…。
悪夢にうなされたジョセフが目を覚ましたのは、マレクが隠れ家とする破棄倉庫だった。マレクの手当と世話でジョセフが回復しつつある中、ゲルトが生きていたというニュースが流される。XATに保護されたジルだったが、彼女も融合体に変身。人としての尊厳を失い醜い姿となって暴れる彼女の前に、ゲルトが姿を現した…。
ゲルトは、自分がもう怪物だという絶望と、悪夢にさいなまれていた。ゲルトの前に現れたジョセフは、戦おうとする彼に対して、心を保っていられるなら、消す必要はないと告げる。一方、ゲルトがマレクの書いたファンレターを目にして正気に戻ったことから、マレクならゲルトを止められると考えたヘルマンは…。
ゲルトの一件で落ち込むマレク。さらにいじめグループの中のヨハンが、実は彼もいじめられて嫌々いじめに加わっていたことが解る。そんな少年を気遣いジョセフは街から離れずにいたが、街の監視カメラに変身を解く現場が写され、XATに素顔を知られてしまう。追手が迫る中、またしてもベアトリスが暗躍していく…。
絶望と怒りからマレクは決断を下す。社会的地位によって何の咎めも受けなかった少年たちの前で変身するマレク。おびえて動けない少年たちに「ゲームをしよう」と提案する。ついに復讐が始まってしまった。そんな中、XAT第2班も到着。動きが止まったターゲット（変身したマレク）に対しブラッドが狙撃を開始する…。
マレクを守ることが出来なかったと悔やんでいたアマンダは、マレクを救うためにヘルマンとともにXATとは別に捜索を開始した。その頃、XATの追跡を逃れた重傷のジョセフとマレクは、廃墟の教会に隠れ潜んでいた。その二人の前に現れたのは、ジョセフが長い年月をかけて追い続けていたあの男だった…。
ジョセフとマレクは、XATの研究室に収容された。自分の手でマレクを救いたいと願うアマンダは、二人を別機関へ移管するという命令に逆らい、ヘルマンと研究員の助けを借りてジョセフのデータ解析（ハッキング）に望みをつなぐ。そこで見つけたデータは「ブラスレイター」というコードネームの極秘レポートだった…。
XAT部隊内では風邪に似た症状を訴える隊員が続出、これがXAT崩壊の予兆だった。市街地での融合体の大量出現に呼応して、XAT本部内の隊員たちが次々と融合体へ変身したのだ。アマンダたちは武器庫にバリケードを張って籠城することになってしまう。この惨劇の中、ついにジョセフが意識を回復、再び立ち上がり…。
生き残った隊員を探しつつ、ヘリポートへと急ぐアマンダたち。融合体の兆候はアルとブラッドにも及んでいたが、アマンダとヘルマンはまだ無事だった。アルとブラッドはXATの誇りにかけて二人を守り抜き、XATから脱出させることを誓う。一方、ベアトリスとの死闘で倒れたジョセフの前に、再びあの男が姿を現した…。
アマンダはジョセフとともに教会の廃墟へと辿り着く。そこでアマンダはジョセフの過去について知ることになる。幼少時、育て親代わりのミュラー神父から自分を守って死んだ両親の話を聞いたジョセフは、「どれほど過酷な世界であっても、きっと生きる意味はある」というミュラー神父の教えを支えに生きていくが…。
15歳になったジョセフは、異民の支援活動を行っている青年と出会った。青年の言葉に心動かされたジョセフは、正義感あふれる彼と一緒になって支援活動を熱心に手伝う。だが、心ない市民の襲撃にあって青年が怪我を負ってしまう。ジョセフが青年の見舞いへ訪れた際、青年の見舞いにきたサーシャと名乗る女性と出会い…。
発見されたジョセフとアマンダは、謎の組織ツヴェルフの本部に招かれた。アポカリプスナイツと呼ばれるメンバーにはアマンダが良く知る人物も含まれており、動揺を隠すことが出来ない。そしてアポカリプスナイツは専用の超兵器を操って、かつてXATが苦戦した融合体の群衆をいとも簡単になぎ倒していき…。
全ての元凶でありながら、未だツヴェルフに協力するサーシャに疑問を投げかけるアマンダ。しかし、ジョセフとザーキンの苦しみを終わらせるためと語るサーシャは、ザーキンを自らの手で倒す覚悟を固めていた。一方、ツヴェルフ本部を目指す男がいた。心に秘めた思いを果たすため、彼は一人黙々と歩き続けるのだった…。
融合体へ変身しツヴェルフ本部を破壊したヘルマンは、最新メカ「トリプル・シックス」に乗り逃走。それをパラディンに搭乗したアマンダが追跡する。幻覚と感情の暴走に苛まれるヘルマンは、アマンダを拒絶してしまう。だが、それでもあきらめないアマンダには、もう仲間を失いたくないという思いが込められていた…。
事態の収拾に焦ったヴィクターは、強化措置を終えたばかりのジョセフを出撃させる。その頃、仲間の敵討ちを誓ったアマンダとヘルマンは、ウォルフに率いられたデモニアック軍団と対峙していた。そこへ強化措置により凶暴化モードへと変身したジョセフが登場して、デモニアックたちを次々と虐殺していき…。
アマンダは、スノウという名の少女と出会った。誤ってジョセフの血によって融合体となってしまい、その後はジョセフと旅をともにしていた、彼女は数少ないジョセフの理解者の一人だった。スノウからヘルマンたちの行き先を聞いたアマンダは、暴走するジョセフをスノウに託しウォルフが逃げ込んだXAT本部へと向かう…。
スノウの声を聞き、正気を取り戻したジョセフは、ツヴェルフによって回収されて再び強化措置の調整を受けることに。しかしそのツヴェルフ本部に対して、デモニアックの大集団が襲いかかろうとしていた。それはデモニアックを強制的に従える力を得たジョセフの覚醒を確かめるため、ザーキン自らが率いたものだった…。
デモニアックたちの攻撃で大混乱するツヴェルフ。そんな中、サーシャはザーギンと対峙する。ザーギンを浄化するために、自分は生き返ったのだと告げるサーシャに対して、世界を終わらせることこそが浄化だと応えるザーギン。一方、マレクを見つけ出そうとしていたアマンダたちは、ある人物からのメッセージを見つけて…。
ツヴェルフを脱出し、叔母が運営する孤児院に保護されたアマンダをサーシャが訪ねた。サーシャは、ザーギンに対抗する最後の切り札、「イシス」の設計データをアマンダに預かって欲しいと伝える。だが「イシス」の存在を知ったベアトリスが孤児院へと迫っていた。アマンダたちを守るため、ヘルマンはベアトリスに挑み…。
ツヴェルフの壊滅という状況に、全世界へのデモニアック事件の拡大を恐れた他国政府はドイツへの攻撃を決断、爆撃機からの攻撃を開始する。その事態を知ったメイフォンたちは、アポカリプスナイツの能力でミサイルの迎撃を試みる。その頃、「イシス」完成までの時間を稼ぐため、ザーギンの前に立ちはだかる男がいた…。
デモニアックたち、そしてザーキンや自分自身にも終末を迎えさせるナノマシン「イシス」を体内に注入し、ジョセフはザーキンと最期の戦いを続ける。一方、ドイツに放たれた新世代ICBMを迎撃しようとするサーシャとメイフォン。しかし最新システムで迎撃をかわす ICBMは、刻々とドイツ上空に達しようとしていた…。
