ライトとアリスが白熱のバトルを繰り広げる中、スバルはバトルをするでもなく気だるそうに時間を過ごしていた。すると、不審な男に声を掛けられている少女を目にする。二人の間に割って入り、丁寧に男をあしらうスバル。その少女は天宮ミモリという高校一年生だった。スタジアムで待っている友達と喧嘩をしてしまい、気まずくてうろうろしていたら男に声を掛けられたという。喧嘩になった理由を尋ねるスバルだが、ミモリが友達に向ける感情はスバルにも思い当たる節があった。眩しいほどに輝いていて、期待に応えたくてもなかなか応えられない。お互いにモヤモヤとした感情を抱えていると、ミモリが気分転換にバトルをしようと提案してきて……!?
タツミに勝利したものの、ワールドランキングを諦めかけているハルマ。財前寺ミヤビとのバトルを経て、腹をくくるツバサ。ワールドランキング3日目も佳境を迎え、参加プレイヤーはそれぞれが進むべき道を探っていた。レンもまた勝ったり負けたりを繰り返し、ランクポイントが全然貯まらないことに肩を落とすばかり。一発逆転の方法を探っていると、お姫さまのような見た目をしたヒナという少女に遭遇し、いきなりおもちゃ屋への案内を命じられてしまう。目的地に到着すると、レンにとって嬉しい事実が発覚! ひとしきり盛り上がったものの、不幸なすれ違いでまるで子どもの喧嘩のような言い争いに発展。シャドバで決着をつけることになるのだが……。
ヒメルに追い詰められたリョウガとミカド。迫り来る死を背中に感じながらも、シャドバで大きな経験を得てきた二人は、“成長”を武器にしてデータ生命体に立ち向かおうとする。ミカドの先攻9ターン目。同じく成長を果たしたガルエルがミカドを後押しするのだが……。ヒメルは「人類が滅びる道は絶対」であると断言する。ヒメルの言うデータ生命体の「切り札」とは何か? 一方、ジェネシスカンパニーでは、シオンがシェイドの影響を調査していた。数自体は減ってきているのに侵食の規模は拡大し続けているのだ。事実、猫目町では強化されたシェイドが暴れ回るようになっていた。猫目町に集まったシャドバプレイヤーたちも苦戦を強いられていて……。
ついにアークルーラーのもとへ辿り着いたライト。アークルーラーは、すべての「始まり」について語り出す。元凶となったのはジェネシスカンパニーの創業者にして元社長のレオン・オーランシュ。男が引き起こした世界の“混乱”とその顛末、そして産み落とされた「アーク」と「アークルーラー」の秘密が語られていく。アークルーラーは、レオンと同じ失敗は繰り返さないこと、まもなく人類は消滅することを宣言。そして人類が滅びた“その後”の計画を明かし、もはや人類に勝ち目はないと諭すのだった。だが、ライトは諦めていなかった。シャドバで勝利すれば、世界を救える――。まっすぐな眼差しを向けながら、アークルーラーとのバトルに挑む!
他のプレイヤーたちにもネグザシステムがインストールされ、シェイドとの交戦状況が好転していく。追い詰められていたシャドバカレッジも、シャドバ部の部長たちが中心となって一転攻勢へ。生徒がシェイドを倒しきれば、激化する猫目町の戦闘に加勢できるかもしれない……。しかし、大きな問題もあった。ヒイロとルシアのペア、そしてマウラが各エリアで孤立状態となっていたのだ。ネグザシステムも限界を迎え、強化シェイドの餌食となるのも時間の問題かに思われたが、それぞれのエリアに強大な力を持つ者が現れる。時を同じくして、ライトはアークルーラーに「反撃」を宣言。人間の可能性を信じて、アークルーラーに真っ向からぶつかっていく。
ライトとアークルーラーのバトルも、いよいよ決着のときを迎えようとしていた。ライトが降臨させたレーヴァテインドラゴン・デュアルモードβは、アークルーラーのフォロワーをすべて破壊し、アークルーラー自身の体力も一気に削っていく。しかし、アークルーラーもまた、再び白き破壊のアーティファクトと黒き破壊のアーティファクトの能力によって、ライトを絶望の淵へとたたき落とすのだった。体力は風前の灯火となり、切り札も失ってしまったライト。次にアークルーラーのターンとなれば、敗北は確実。どう足掻いても勝ち筋はない。しかし、ライトはそれでも諦めないと言い、地面を力強く踏みしめる。ライトに「残されているもの」とは……!?
何不自由ない家に生まれ、光に満たされた幼少期を過ごしてきたウルフラム。だが、彼の住む地域と隔てられた「向こう側」には、平等と公正とは程遠い「闇」が広がっていた。幼いウルフラムは好奇心から闇へと足を踏み入れ、ある少年に出会う。彼はならず者の「ボス」にいいように使われ、搾取されていた。ウルフラムは、この場所は危険だという少年の言葉に耳を貸さず、お金がほしければ真面目に働けばいいと、不平等で不公平な世界の住人に呆れるほど純粋な正論をぶつけてしまう。一方、少年はボスに金銭を要求されながらも、お坊ちゃんを差し出すようなことはしなかった。ウルフラムは少年へのお礼に、彼が憧れるシャドバを教えることになるのだが……。
ライトを一人で送り出して本当によかったのか――。逡巡するルシアに、ヒイロはライトのことが信じられなくても、ライトを信じる自分を信じてほしいと笑顔を見せる。カズキたちもヒイロのもとへと集まり、ライトは世界を救えるのかと、それぞれの信頼と不安を吐露していく。それは世界中の人々も同様だった。不信感を抱く者、信じ続ける者。ヒイロにはある確信があるようだが……。一方、ライトとウルフラムのバトルは、先攻6ターン目を迎えていた。何度も見せつけられてきた苦難と理不尽への怒りを吐き出しながら、強烈な攻撃を繰り出してくるウルフラム。それでも、ライトはウルフラムを理解しようと言葉を紡いでいく。果たして、その言葉は届くのか!?