勉強は苦手だがスポーツ万能の美墨なぎさ。おしとやかな優等生の雪城ほのか。ふたりはそれぞれに目立つ存在ではあるものの、特に接点があるわけでもなく、ベローネ学院の中で別々の時間を送っていた。ある日、なぎさは自宅のベランダで流れ星を目撃。必死に願いごとを唱えると、その流れ星が落ちてきて…。
なぎさとほのか、二人のもとに現れたメップルとミップルは、邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた、光の園という異世界からやって来たのだった。七つのプリズムストーンを奪い、光の園を滅亡させようとする野望を、何としてでも阻止しなければならない。だが、話を聞いたなぎさとほのかの反応は正反対で…。
なぎさは学校の用事で、初めてほのかの家を訪れる。お屋敷の大人びた雰囲気に、驚きを隠せないなぎさ。二人はプリキュアになったことをきっかけに、少しずつ互いのことを知り始める。再会を果たしたメップルとミップルは、そこでプリズムストーンが狙われている理由や、プリキュアの使命について語る。
学校の社会科見学で、なぎさとほのかたちは美術館に出かけることになった。美術部で絵が大好きな少女・柏田真由は、マリオ・ピッカリーニという画家の描いた『星屑の晩餐会』という作品を見て欲しいらしい。その絵を見たミップルは、どこか懐かしい気がすると言う。画面によくよく目をこらしてみると…。
たび重なる失敗に後のなくなったピーサード。彼が必死の形相で地球に向かっていた頃、なぎさとほのかは二人で休日を楽しもうとしていた。恋人同士のメップルとミップルが、どうしても会いたいと引っ張ってきたのだ。遊んでいる間も、いまいち意見の合わない二人。そうして別れた途端、ピーサードが姿を現す。
取り戻したプリズムストーンを守るためには、プリズムホーピッシュという入れ物が必要らしい。失われたホーピッシュは、河童山の瓢箪池の近くにあるらしい。さっそく出かけた二人は、山道を歩いている途中、子熊が川に流されているのを発見する。思わず飛び込んだなぎさだが、彼女は何とカナヅチだった！
ラクロスの予選リーグ戦が始まった。応援に駆けつけたほのかの隣には、なぎさの憧れの人である藤Ｐ先輩こと、藤村省吾の姿があった。ふたりはどういう関係なのだろう？ 気になって仕方のないなぎさは、凡ミスを連発。大事な試合に敗れてしまう。試合が終わった後も、ほのかに上手く接することができず…。
ラクロスの試合の日以来、なぎさとほのかの関係はギクシャクしっぱなし。なぎさはどうやら、藤村に想いを寄せているらしい…そのことに気づいたほのかは、なぎさを藤村に紹介。だが、良かれと思って言った一言に、なぎさは激怒。「あなたなんてプリキュアってだけで、友達でもなんでもないんだから！」と言い放つ。
メップルの具合が良くない様子。演技だと思って取り合わないなぎさだが、どうやら本当に病気になってしまったらしい。しかも教頭先生が、コミューンになっていたメップルを、校則で持ち込みを禁じられた携帯電話だと勘違い。容赦なく没収してしまった！ 心配するなぎさは、変装して職員室に忍び込もうとするが…。
今日はほのかの誕生日。久しぶりに帰国した両親とも再会し、ほのかはいつになく幸せそうだ。たくさん想い出をつくろうと計画していたのだが、いざ遊びに出かけようとすると、両親の携帯に仕事の電話が入ってきてしまう。一行は仕方なく、商用のために宝石店へ。ところがその店に、強盗団が押し入ってくる！
なぎさは弟の亮太にほのかを加えた三人で、水族館に行くことになった。楽しく見て歩いていた一行に、予想もしなかった恐怖が襲いかかる。悠然と泳いでいた鮫が、突如として水槽のガラスに体当たりを始めたのだ。ついにガラスは壊れ、巨大な鮫の群れが三人に向かって突進してくる。出口を捜して逃げ惑う三人は…。
ゲキドラーゴを倒したのも束の間、ドックゾーンの支配者・ジャアクキングは、新たな刺客を送り込んできた。頭脳的な作戦を得意とするポイズニーだ。なぎさの大好物がチョコレートだと知ったポイズニーは、販売員に変装してなぎさを呼び止め、新商品で気を惹いている隙にコミューンを偽物とすり替えてしまう。
サッカー部が練習をするグラウンドに、突然、謎の少年が入ってきた。少年はなぎさ憧れの藤Ｐ先輩からボールを奪うと、華麗なテクニックでゴールを奪う。彼の名前は入澤キリヤ。学院の男子部に転入してきたキリヤは、一躍女子部の生徒たちの人気を集めるが、なぜかなぎさとほのかだけに興味を示して近づいてくる。
なぎさとほのかは、気になる話を耳にした。なんとプリキュアを目撃した人がいて、一部ではその話で持ちきりだというのだ。情報源のクラスメイト・夏子と京子は、素顔まで知っているらしい！ 夏子は昨日もプリキュアを目撃したというのだが、なぎさとほのかは昨日は変身しておらず、全く心当たりがない。 108円
なぎさは家族で旅行に出かけることになった。高級ペンションだと思っていた「れいくさいど」はひなびた旅館で、落胆するなぎさ。だが、そこで偶然にもほのかに出会い、すっかり元気を取り戻す。一緒に旅行を楽しむことになった二人は湖に出かけ、哀しくも不思議な伝説のある、ひびき島に向かうのだが…。
ベローネ学院のマドンナ・小田島友華は、成績優秀でスポーツ万能、おまけに大金持ちの家に生まれた超お嬢さまだ。何もかもが完璧な友華は、なぎさとほのかにとっても憧れの的。だが、彼女には誰にも言えない悩みがあった。マドンナとして常に完璧を期待され、失敗を許されない状況が、大きなストレスになっていたのだ。
なぎさはほのかに頼まれ、サッカー部の木俣の田舎で農家の手伝いをすることになった。藤Ｐ先輩も一緒ということで、なぎさは朝から興奮状態。先輩と一緒に作業することになるのだが、緊張のあまりうまく話しかけることができず、収穫ばかりがどんどん増えてゆく。一方のほのかは、さぼるキリヤに説教を始め…。
なぎさの友達・谷口聖子は、キリヤのことが気になっている様子。志穂と莉奈は告白を勧め、ほのかも心強いアドバイスを与える。聖子は勇気を出して告白するが、キリヤは心ここにあらずといった様子で、話を聞こうともしない。ほのかと農作業をして以来、人間の行動が理解できなくなっていたのだ。
最近のメップルが話すことといえば、いつも食べ物のことばかり。こんな調子で本当に、故郷の危機を救えるのだろうか？ 忠告するミップルだが、メップルはかえって怒りだす始末。顔を合わせれば口論になる二人を、なぎさとほのかが何とか仲直りさせようとしていたある日、闇の世界のナンバー２・イルクーボが姿を現す。
放課後、なぎさとほのかは待ち合わせをして、下校途中にあかねさんのタコ焼き屋に立ち寄る。だが、今日のほのかは、何だかいつもと様子が違う。メップルのことを「アレ」呼ばわりしたり、ミップルと取り違えたり。ほのかが偽者だと気付き、慌ててその場を離れるなぎさ。本物のほのかは、どこへ消えてしまったのか…。
闇に呑み込まれてゆくポイズニーを見て、キリヤは改めて闇の世界の住人であることを自覚する。人間と共に暮らしてゆくことなど、しょせんは不可能なのだ。次の日、キリヤは一緒に下校しようとほのかを誘う。雨の降り始めた誰もいない道で、キリヤが告白した真実は、ほのかにとってはあまりにも衝撃的なものだった…。
ほのかの家で飼われている犬・忠太郎が、河原で一匹の子犬を見つけた。首輪には、幸い飼い主であるアキオちゃんの住所が書かれている。なぎさとほのかは、子犬の面倒を見る忠太郎も連れて、アキオちゃんの家に足を運ぶ。ところがアキオちゃんは既に引っ越していたため、手がかりはそこで途切れてしまう。
なぎさたちラクロス部は、山に夏合宿にやって来た。ほのかたち科学部も同じ場所で合宿、河原でのフィールドワークに精を出している。その夜、夕食を終えて夜空を眺めていた二人のもとに、志穂がいなくなったとの報せが届く。合宿所も突如として停電し、心配になった二人は、山の中を捜すことにするが…。
せっかく手に入れたプリズムストーンを、イルクーボに奪われてしまった！ 夏合宿も中止となり、なぎさとほのかは失意のまま、翌日帰宅することに。そして夜が明けるが、何だか辺りの様子がおかしい。なぎさとほのか以外は、誰一人として目覚めようとしないのだ。最後の戦いを挑んできた、イルクーボの仕業だ！
虹の橋を渡り、光の王子・ポルンがやって来た。わがままなポルンは、なぎさとほのかも光の園に来てほしいとダダをこねる。二人が仕方なく訪れた光の園は、美しい花が咲き乱れる楽園のような場所だった。光の民にも迎えられ、一行は宮殿へ。そこで待っていたのは、神々しい姿で玉座に腰かける光の園のクイーンだった。
なぎさとほのかの前に、ついにジャアクキングが姿を現した。身構える間もなく、二人にはイルクーボが襲いかかってくる！ プリキュアに変身し、懸命に戦うものの、強大な力にじわじわと追いつめられてゆく。そしてついに、イルクーボの拳が炸裂したと思われた瞬間、ジャアクキングが予想もしなかった行動に出る。
ジャアクキングを倒したなぎさとほのかは、メップルたちにも別れを告げて、光の園から戻ってきた。平和な日々も束の間、メップルとミップルがポルンを連れて、再び二人の前に姿を現す。ジャアクキングが消滅する直前に、自分の分身である種を、虹の園のどこかにまいたのだという。戦いはまだ終わっていなかったのだ！
夏休みの宿題に取り組むなぎさとほのか。真面目なほのかと違って、なぎさはだらけてばかりで宿題は進まない。イライラして遊び回るメップルたちを叱りつけると、ポルンがまたしても予言を口にする。いつ果てるともない戦いの予感に、なぎさとほのかは不安になって落ち込んでしまう。そんな二人の前に現れたのは…。
なぎさは志穂と莉奈との三人で、ショッピングにお出かけ。夏祭り用に浴衣が欲しいところだが、値段が高くてちょっと手が出ない。がっかりしていると、ほのかが去年着ていたものでいいならと、着付けまで見てくれることに。なぎさは大喜びで、いざ夏祭りへ！ 藤Ｐ先輩たちとも合流し、楽しい一時を過ごすが…。
徹夜の奮闘もむなしく、なぎさはとうとう夏休みの宿題を終わらせることが出来なかった。自分から廊下に立つために教室から出ようとすると、ポルンが急に騒ぎはじめる。みんなの目をごまかすために、ほのかも廊下へ出ることに。その後もポルンは勝手に外に飛び出したり、落書きをしたりと二人を困らせる。
石の番人とプリズムストーンが、三人の闇の戦士に奪われてしまった。しかし石は本来のパワーを失っていて、闇の戦士の一人・ベルゼイは苛立ちを隠せない。パワーそのものはポルンが体内に取り込んでいて、そのせいで最近、様子がちょっと変だったらしい。そのポルンが、ホームシックのあまり家出してしまう。
ジャアクキングは復活を果たしたが、プリズムストーンのエネルギーがないために、完全な力は取り戻せずにいた。闇の戦士の一人・レギーネは、石のありかを聞き出すためにプリキュアのもとへ。その頃、なぎさの家ではポルンが光の園へ帰りたいと泣き出していた。二人はポルンを元気づけるため、遊園地へ連れてゆく。
志穂の様子が何だかおかしい。ラクロスのリーグ戦も佳境にさしかかった重要な時期に、練習中もうわの空。どうやら前回の試合でミスをしたことを、いまだに気に病んでいるらしい。後輩の言葉にもショックを受け、練習に行かないと言い出した志穂。そんな彼女に、莉奈はついキツイ言葉を投げつけてしまう。
もうすぐベローネ学院の体育祭。運動神経抜群のなぎさに対して、今年は学院のマドンナ・小田島友華も対抗心を燃やしている。いよいよ体育祭当日、メップルたちも雰囲気にあてられて興奮気味。ポルンは自分も参加したいらしく、勝手に飛び出していってしまう。慌てて探すなぎさとほのかを待っていたのは…。
10月10日はなぎさの誕生日。藤Ｐ先輩の祝福の笑顔を妄想してはしゃいでいた彼女は、突然、男子バスケ部のエースである支倉から告白されてしまう。戸惑うなぎさが相談しても、ほのかは、ちゃんとお断りしてきなさいと突き放すのだった。しかし、ポルンの予言が気になって、結局デートを尾行することになり…。
闇の戦士に捕らわれている石の番人・ウィズダム。鳥カゴの中の彼に、ついに脱出のチャンスが訪れた。ウィズダムは執事ザケンナーをけしかけ、見事に館から抜け出すことに成功。その頃、なぎさはほのかと一緒に宿題に取り組んでいた。だが、ポルンが原因で、メップルとミップルがケンカを始めてしまう。
毎年恒例のベローネ祭で、２年桜組は『ロミオとジュリエット』のお芝居を上演することになった。ロミオ役はなぎさ、ジュリエット役はほのか、演出を担当するのは映画監督志望の志穂だ。演技に自信のないなぎさは、志穂からも叱られてばかり。本番ではポルンに台詞をこっそり教えてもらう作戦を立てるのだが…。
ほのかとショッピングに出かけようとしたなぎさだが、父親の岳から、会議に使う重要書類を会社まで届けてほしいと頼まれる。代わりに自分が行くと言い出したのは、自信満々の弟・亮太だった。なぎさとほのかが心配した通り、亮太は道を間違えてばかり。二人は大慌てで正しい道に連れ戻し、岳の会社まで誘導しようとする。
担任のよし美先生が、驚きの電撃発表。何と結婚することになったのだ！ お祝いをするために、なぎさたちはクラス一同でキルト細工を作ってプレゼントすることにする。先生には内緒で作業は進み、いよいよ結婚式の当日。なぎさとほのかが出来上がったキルト細工を会場の準備室に運び、自分たちの出番を待っていると…。
ほのかの祖母・さなえが、一晩家を留守にすることになった。そこでなぎさが、一晩お泊まりをすることに。志穂や莉奈やユリコも訪れ、皆で賑やかに夕食を作って楽しい一時を過ごす。その夜、二人だけになったなぎさとほのかは、プリキュアになってからの日々を思い出しながら、これからのことを語り合う。
今日はラクロスのトーナメント決勝戦！ 相手は宿敵・御高倶女子中学だ。試合序盤、なぎさが強烈なシュートを放ち、ベローネ学院が先制。チームは勢いに乗り始めるが、突然、奇妙な風が吹いて、なぎさの姿がフィールドから消え去ってしまう。闇の戦士・ジュナが迫り来る破局に危機感を覚え、戦いを挑んできたのだ！
なぎさとほのかの前に、闇の戦士たちが出現。彼らは一瞬の隙をつき、ほのかをさらっていってしまう。分断されて一人になり、激しく動揺するなぎさ。闇の空間に閉じ込められたほのかの体も、なすすべもないまま、少しずつ消失してゆく…。史上最大の危機を迎え、プリキュアの絆の意味が試される時が来たのだ。
クラスメイトの唯が、何かに悩んでいる様子。なぎさは相談に乗ってあげることにするのだが、唯の悩みは、片想いの藤Ｐ先輩の誕生日に何をプレゼントしたらいいかわからない、というものだった。自分も藤Ｐ先輩が好きななぎさは、一瞬ためらうものの、唯のプレゼント選びを手伝うことにする。その様子を見たほのかは…。
今日はベローネ学院のクリスマスパーティー。藤Ｐ先輩の誕生日の一件以来、何かと沈みがちななぎさも、ダンスに参加しようとする。そこにやって来たのは唯。藤Ｐ先輩に告白したものの、断られてしまったらしい。外は折しも雪景色。みんなで楽しく話した後、なぎさは雪だるまを作ろうと藤Ｐ先輩に誘われる。
２年桜組は校内の合唱コンクールで優勝し、地区大会への切符を手にした。先頭に立って引っ張ってきた千秋を中心に、一同は練習に精を出す。しかし、彼女は何だか浮かない顔。コンクールで優勝するために楽曲を変更するかどうか、結論を出せずにいたのだ。なぎさが協力し、新しい曲でクラス中から好評を得るのだが…。
新学期早々、またしても闇の戦士たちが現れた。なぎさとほのかはプリキュアに変身して応戦するが、激しい攻撃に防戦一方。見かねたポルンが助けようと飛び出すと、戦士ベルゼイは、待ってましたとばかりに捕らえる。人質を取られて動けないプリキュアの目の前で、ベルゼイはプリズムストーンに力を戻す儀式を始める。
プリキュアが駆けつけた時は既に遅く、闇の戦士たちは、全てを生み出す石の力を体内に取り込もうとしていた。裏切られたと知ったジャアクキングは怒り心頭、強力なパワーで彼らを吸い上げて、ドックゾーンに呼び寄せる。後を追ったプリキュアたちもドックゾーンにたどり着き、闇の戦士たちに立ち向かう！
プリキュアを激しい爆発から助けたのは、闇に消えたと思われていたキリヤだった。石の力を手に入れたジャアクキングは、彼にも止めることができない。だが、二人はあくまでも、自分たちの運命は自分たちで切り開くつもりだ。激闘の場に割って入った二人は、闇の戦士たちが融合した巨人に戦いを挑む！
ジャアクキングはついに、なぎさとほのかたちの住む世界・虹の園に姿を現した。最大の必殺技・プリキュアレインボーストームさえ、ジャアクキングには全く通用しない。絶体絶命の危機に追い込まれたプリキュアを見て、ポルンはクイーンに助けを求める。そして自らに秘められた、本当の力を知った彼は…。
ジャアクキングが倒れて、光の園も平和を取り戻した。プリキュアだったなぎさとほのかも、普通の日常に戻っていた。ふたたび世界に平穏な日々が訪れるかに思えたとき、クイーンに異変が起きる。命の交替を余儀なくされたクイーンは、生命と心、そして12のハーティエルへに分離して、どこへともなく散ってしまったのだ。
なぎさとほのかは、光の園から来た長老と番人から、クイーンの身に起こった一大事を聞かされる。12のハーティエルのひとりであるシークンは運良く見つけられたが、ほかにクイーンの手がかりとなるものは何もない。そんな時、二人は不思議な雰囲気をもった新入生の少女・九条ひかりに出逢う。
「自分も目覚める」と、予言めいたことをポルンが口にし始めた。そして無断でなぎさのカバンに潜り込むと、学校までついて来てしまう。シークンも何かを感じたらしく、長老と番人が止めるのも聞かず外へと出てしまう。何かに導かれるようになぎさのカバンから飛び出したポルンは、ひかりと運命の出会いを果たす。
これ以上、自分の部屋に長老たちを隠しきれない…なぎさは一同を連れてほのかの家へ。事情を聞かされたほのかは、こころよく長老たちを受け入れてくれるのだった。問題が片付き、ホッとするなぎさとほのかの前に、ひかりが現れる。先日見たポルンとプリキュアの話を切り出され、なぎさとほのかは困惑するが…
プリキュアの危機に、ポルンがひかりに駆け寄る。ポルンは新たな姿に変化すると、それを手にしたひかりを、新たな戦士・シャイニールミナスに変身させる。ブラックとホワイトだけでなく、敵のサーキュラスまでもが驚くが、誰より信じられないのは変身したルミナス本人だった。果たして、その実力は!?
ルミナスの出現を重く見た闇の者たちは、新たなる戦士・ウラガノスを呼び寄せた。一方、なぎさとほのかは、ひかりのことを心配してアカネの店を訪れる。アカネは二人に、ひかり一人では不安だからとお使いを頼む。なぎさとほのかは快く引き受けるが、ちょっと目を離したすきに、ひかりが迷子になってしまう。
お母さんが同窓会で留守にしている間、なぎさが家事をすることになった。最初は羽が伸ばせると余裕のなぎさだったが、なかなか思うようにいかない。しかも亮太は、宿題がわからずにほのかに助けを求める始末。晩御飯は冷凍食品やインスタントで済ますつもりだったなぎさは、ほのかに説教されて自分で作ることになるが…。
かつて勤めていた商社の後輩が、アカネのもとへ何度となくやってきていた。会社に戻ってきてほしいと頼みに来ていたのだ。考えあぐねるアカネを見て、ひかりも自分が力になってあげられないことを思い悩む。一方のポルンも、ひかりが本当に自分のことを思ってくれているのか不安になっていた。
ほのかは科学部の実験中、つい後輩にきついことを言ってしまう。そのことが原因で、自分に部長の大任が務まるのか悩み始めてしまう。その頃、ルミナスの存在を気にかけるサーキュラスとウラガノスの前には、新たな戦士・ビブリスが現れていた。ビブリスが襲ったのは、1年ぶりに両親と誕生日を祝おうとするほのかだった！
3年桜組は、学校の実習でケーキ工場を見学することになった。実習終了後には作ったケーキを食べることができるとあって、なぎさのテンションは行く前から上がりっぱなし。帰ったらほのかと一緒に、ひかりのためにケーキを作ると約束する。そして当日、いよいよケーキを食べられると思った瞬間…。
なぎさがラクロス部の主将になって、初めてのリーグ戦が始まった。張り切るなぎさだったが、チーム内に不和が起きて、試合はよもやの大ピンチ。それを見ていたひかりは、何とか力になりたくて、思わずなぎさの手を握る。なぎさはチーム全員に手を握らせると、みんなの心をひとつにして反撃を開始する。
ひかりのもとに、ハーティエルたちが収まる場所・クイーンチェアレクトが出現。だが、それに呼応するように、新たな闇の戦士も現れる。そうとは知らないなぎさとほのかは、アカネにタコカフェの出張営業を手伝うように頼まれ、高原のお祭り会場へ。しかし、新鮮な牧場名物がひしめくなかでは、さすがに売上げも不調で…。
なぎさはお母さんの言うことをきかず薄着で出かけ、風邪をひいてしまった。親身になって看病するお母さんだが、なぎさはうっとうしく感じて、ついケンカになってしまう。すると、今度はお母さんが風邪をひいてしまった。それを知って、モヤモヤした気分になったなぎさを、お父さんが買い物に連れ出す。
高等部に進んだ藤P先輩は、1年生ながらサッカー部のレギュラーに抜擢されて試合に出場することになった。応援に行くと言うなぎさ。大好きな先輩を応援するため、手作りの応援旗を作るのだが、使うことは躊躇してしまう。そして、いざキックオフ！ だが、試合会場にサーキュラスが現れて…。
クラスメートの奈緒と美羽に誘われ、ひかりは遊びに出かける。初めてできた友達に、ひかりの表情は徐々に明るくなっていく。やがて奈緒と美羽の話題は、あこがれの先輩のことになり、ひかりは奈緒と美羽が、なぎさとほのかにあこがれていることを知る。そこへ偶然にも、なぎさが現れ…。
星座占いによると、今週は10年に1度のラッキーウィークらしい。最初は半信半疑のなぎさだったが、クジで高級メロンを当てたり、藤村と出会ったりと、幸運が続くうちにラッキーウィークを信じ込むようになる。挙げ句には自分の幸運の力で、中間テストも乗り切ろうと考え始め…。
科学部の研究発表会が近づいてきた。昨年度の実績に従って研究題材が決定されるが、ほのかは何だか納得いかない。なぎさの一言で、本当に自分のやりたかったことを思い出したほのかは、研究内容を変更して発表会に臨むことに決める。そして研究発表会の日を迎えるが、ウラガノスがほのかを狙って会場に現れる！ 108円
ほのかと忠太郎は、なぎさの家族と一緒にキャンプへ行くことになった。キャンプ慣れしているなぎさのお父さんのおかげで、一同は何不自由なくアウトドアを楽しんでいる。遅れて合流したひかりと一緒に、翌日は滝を見に行くことを決めて、1日目は無事に終わる。ところが2日目、山は怪しい天気に包まれる。
忘れ物を取りに戻ったなぎさは、お父さんとお母さんの話を偶然聞いてしまう。何と美墨家が引っ越しをするという内容！ ほのかに打ち明けなければならないと悩むが、すべては早とちりに過ぎなかった。安心したのも束の間、今度はなぎさのひとり言を耳にしたひかりが、どうしていいかわからなくなってしまう。
最近、莉奈の様子がどうもおかしい。志穂から相談されたなぎさとほのかは、本人に直接話を聞いてみることに。それでも話してくれないので、こっそり後をつけると、森の中にある山小屋にたどり着いた。そこには一匹のケガをしたタヌキの子供がいた。莉奈は子タヌキの世話をするうちに、情が移って離れられなくなったのだ。
闇の館に閉じこもっていった少年が、ついに外の世界へ飛び出していく。その頃、ひかりは大輝という男の子と知り合っていた。彼は母親とケンカをして家出をしてきたらしい。色々な所を回りつつ、ひかりは家に戻るよう大輝を説得。そうしてやって来た商店街で、ひかりは散策に来ていた少年と鉢合わせになる。
明日から夏休み。タコカフェにいたなぎさたちは、ポルンの警告によって、バルデスの存在に気付く。二人はプリキュアに変身して立ち向かうが、バルデスの強さは、他の闇の戦士たちとは比べものにならない。プリキュア・マーブルスクリュー・マックスさえ弾き返されるのを見たひかりは、意を決してルミナスに変身するが…。
なぎさたちはバルデスの力に打ち勝つため、「光り輝く大地」を求めて瓢箪池へと足を運ぶ。だが、手がかりが乏しく、捜索はいっこうにはかどらない。そこにインテリジェンが、もうひとつのアドバイスを与える。眠れる獅子こそ、光り輝く大地への案内人だというのだ。それを聞いたほのかは、正しい答えをひらめく。
ラクロス部と科学部の合宿が、今年も合同で行われる。今年はひかりもアカネさんと一緒に参加し、科学部の相談役として友華先輩も加わっている。先輩はなぎさが元気に練習するのを見て、他人からどう見られようと、自分らしく振る舞うことの大切さを思い出す。ところが、そのなぎさが突然体調を崩して倒れてしまう。
闇の戦士たちが現れても、ひかりはいつも、なぎさとほのかに助けられてばかり。自分らしさとは一体何だろうか…彼女は悩みながら歩いていた。やってきたほのかの家にはなぎさもいて、ふたりして夏休みの宿題に取り組んでいる。さなえは3人をお気に入りの公園に誘い、ひかりと一緒に池に浮かべたボートに乗る。
今夜は年に一度の夏祭り。楽しみで仕方のないなぎさだったが、志穂から将来の夢について聞かれ、答えられずに落ち込んでしまう。ほのかは研究者になりたいと言うし、アカネさんにもはっきりとした夢がある。ますます落ち込んでしまうなぎさを、メップルが何とか励まそうとしていると、藤P先輩がやってくる。
夏休みも明日で最終日。ようやく宿題を終わらせることができたと大喜びのなぎさだったが、自由課題が残っていたことを思い出して頭を抱える。たった1日では、とうてい課題を終わらせることはできないだろう。あきらめムードのなぎさを、アカネさんが、ほのかやひかりと一緒に梨園に収穫に行かないかと誘う。
ベローネ学院の中等部には、昔からある怪談が語り継がれている。ベローネのルリ子さんというオバケ（？）に出会ってしまったら、呪われてしまうというのだ。志穂と莉奈は、昨日ルリ子さんを目撃してしまったらしい。なぎさとほのかは、そんなの気のせいだと笑うが、放課後の学院に本当に異変が現れる。
光の園から新たにやってきた、未来を紡ぐ王女ルルン。長老によると、ルルンが虹の園に送り出されたのには何か理由があるらしい。当のルルンは、そんなことは気にする様子もなく、大好きなポルンのそばで一日中遊んでいる。二人がいなくなった後のタコカフェは、まるで嵐が過ぎ去ったよう。そこに幼い兄妹がやってきて…。
ルルンがやってきたことで、タコカフェの手伝いをするひかりの負担は、ますます増えることになった。心配するなぎさとほのかは、気分転換にと遊園地に誘う。遊園地はなぎさとほのかにとっても、初めてプリキュアに変身した思い出の場所。お話しをすることでルルンと心を通わせたひかりも、楽しんでくれたようだが…。
ラクロスのリーグ戦が、いよいよ始まった。1回戦の相手である格闘館付属女子中は、抜群の身体能力を持っているうえに、ベローネ学院のことを研究してきているらしい。何もやらせてもらえないまま、0-2の点差をつけられて前半は終了。沈み込むチームメイトに、なぎさは驚くべき作戦を提案する。
志穂と莉奈となぎさは、ベローネタイムスという学校新聞の当番になった。ところがなぎさは、自分の仕事をすっかり忘れ、締め切りの前日になって「街角スマイル」というコーナーを任されていたことを思い出す始末。困ったなぎさは、ほのかに相談して、水戸屋という団子屋のおばあさんを取材することにする。
もうすぐなぎさの誕生日。藤P先輩にお祝いしてほしいところだが、高等部のサッカーの試合が近いせいで、それどころではないようだ。そして誕生日。ほのかと買い物に出かけた道すがら、先輩の練習を見学に来たなぎさ。あまり調子の良くない先輩は、なぎさの言葉で元気を取り戻し、そのまま良い雰囲気になるが…。
なぎさたちは、修学旅行で京都にやってきた。心ゆくまで旅を満喫する一同。その頃、いつも通りの学校生活を送っていたひかりは、そこかしこに不穏な気配を感じていた。ハーティエルのウィシュンも、「真実が近づいてきます」と予言を口にする。いてもたってもいられなくなったひかりは、書き置きを残して京都に向かう。
なぎさとほのかの必死の弁明の甲斐あって、ひかりもこのまま旅行に参加させてもらえることになった。しかし、旅先に来ているのはひかりだけではなかった。ビブリスとウラガノスも、館から消えてしまった少年を捜しに来ていたのだ。なぎさたちは、ウィシュンの予言のことも忘れて旅行を楽しんでいたが…。
今日もルルンの相手で、ポルンはヘトヘト。離れようとしてもすぐに後を追いかけてくるので、たまったものではない。困り果てていると、今度は別の困ったことが起きる。公園にやってきた望という少女に、ぬいぐるみだと勘違いされて家に持ち帰られてしまったのだ！ ポルンとルルンは脱出のチャンスをうかがうが…。
なぎさたち3年桜組は、今年のベローネ祭でもお芝居をすることになった。演目は『牛若丸と弁慶』、演出はもちろん、映画監督志望の志穂だ。映画の勉強をすることを両親に認めてほしい志穂は、今年の舞台には並々ならぬ決意で挑んでいる。役に立候補したなぎさとほのかは、難しいワイヤーアクションに挑む。
ほのかのもとに、海外にいる母親から手紙が届く。これからしばらくパリに住むことになったので、一緒に暮らさないかというのだ。相談されたなぎさは、深く考えもせずに「行った方がいいよ」と答えてしまう。軽率な発言を後悔するなぎさ。一方のほのかも、はっきりと決められず、気分が落ち込んだままで…。
もうすぐラクロスのリーグ戦の決勝戦。相手は宿敵・御高倶女子中学だ。今年の御高倶中は、キャプテンの永沢勝子を中心に作り上げられた、例年にないほどの好チーム。多彩なフォーメーションと正確なプレーが持ち味だ。相手にとって不足はない。意気込むなぎさのもとに、その永沢勝子が訪ねてくる。
校内バドミントン大会で優勝した亮太は、地元のクラブチームの練習に参加することになった。大喜びのなぎさは、ほのかやひかりも誘って応援に駆けつける。柴田くんという友達もでき、自分のペースで練習をしていた亮太は、なぎさのあまりにも熱の入った応援に調子を崩してしまう。練習試合の相手も強敵で…。
もうすぐ藤P先輩の誕生日。今年こそプレゼントを渡そうと、なぎさは気合い充分だ。ほのかとひかりを加え、プレゼント選びに頭を悩ますなぎさ。ついに決心して、イニシャルを刺しゅうしたスポーツタオルを渡すことにする。そして当日、なぎさはトラブルをくぐり抜け、藤P先輩のいる市営グラウンドに到着する。
藤P先輩から遊園地のお誘いが来た！ 二人きりのデートだと思ってドキドキのなぎさだったが、ほのかたちも一緒だと知って落ち込む。一同が楽しむのはウィンタースポーツの代名詞・アイススケート。運動神経抜群のなぎさだが、アイススケートは大の苦手。そこで藤P先輩が、マンツーマンで指導してくれることになり…。
中学生活最後の冬休みがやってきた。なぎさとほのかは、キャプテンと部長という責任あるポジションを後輩に引き継ぎ、一安心の様子。だが、やっぱり部のことが気になってしまい、こっそり様子を見に行くことに。ラクロス部の新キャプテンのマキは、気負いすぎて苦労しているようだ。なぎさはマキにアドバイスを与える。
なぎさとほのかの心は晴れない。度重なるひかりの異変や、館の少年の動き…これから何が始まろうとしているのだろうか？ 長老は、光と闇のバランスが崩れて、空間が歪んだせいだと説明する。それでもひかりはタコカフェでお手伝いを続けていたが、なぎさとほのかの目の前で、突如として消失してしまう！
ひかりが消えてから一日が経つと、アカネさんや学校のみんなの記憶から、存在自体が消え始めていた…。このままでは世界も、闇の力に覆い尽くされてしまうだろう。なぎさとほのかが心配している頃、ひかりは少年と共にドックゾーンにいた。少年の差し伸べた手に触れた途端、光の力が吸収されてゆく。
復活したジャアクキングが、ついに虹の園に姿を現した！ 押しとどめようとするプリキュアの前には、闇の戦士たちが出現。互いに一歩も引かない激闘が繰り広げられる。一方ルミナスは、ジャアクキングのもとへ向かおうとする少年を引き留めていた。少年はルミナスの声に気付くが、バルデスが二人の間を引き裂く。
バルデスの力はあまりにも強大だった。満身創痍のプリキュアはなすすべもなく、自分たちの暮らす街が破壊されてゆくのを、ただ見ていることしかできない。もはや起きあがる力すら残されていない…それでも励ましてくれるメップルとミップルを前に、泣き崩れる二人。その時、記憶の奥底から、ある声が聞こえてくる…。
