文久３（1863）年、京都――。お人好しの父・七也が営む小さな茶屋で働く深草丘十郎（奥智哉）は慎ましくも誠実に日々を生きていた。ところがある夜、その穏やかな日常が一変。店に逃げ込んできた佐幕派藩士をかくまった七也が、長州藩士の庄内玄悟（上野凱）に斬り殺されてしまったのだ。怒りに震える丘十郎は庄内ら一味を追うべく店を飛び出すが、そこに現れたひとりの男が丘十郎の思いを引き取るかのごとく藩士のひとりを鮮やかに斬り捨てた。彼は壬生浪士組局長・近藤勇（高野洸）と名乗り、丘十郎に「お父上の勇気に感謝する」と弔いの言葉をかけて去って行った。 逃げた庄内への復讐を誓う丘十郎は、壬生浪士組への入隊を決意。隊士募集の張り紙を頼りに入隊試験の会場に乗り込むが、集まったのは渋皮喜平（簡秀吉）をはじめ、いずれも腕に覚えのある実力者ばかりで、刀を持つことすらおぼつかない丘十郎は試合に臨んでもまったく歯が立たない。それでも入隊をあきらめきれない丘十郎は、沖田総司（藤岡真威人）の指示により、応募者の中でも群を抜く剣の達人・鎌切大作（前田拳太郎）と対戦することとなるが…!?
試験の末、壬生浪士組への入隊を許可された鎌切大作（前田拳太郎）と深草丘十郎（奥智哉）――。翌朝、局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）、沖田総司（藤岡真威人）、原田左之助（柊太朗）、斎藤一（庄司浩平）ら主要メンバーに加え、めったに姿を見せない頭取・芹沢鴨（三浦涼介）までもがズラリ揃う中、新人隊士たちの組分けが発表となった。 ２人が振り分けられたのは、山南敬助（永田崇人）が隊長を務める、問題児ばかりを集めた“山南隊”で、２人よりもひと足早く壬生浪士組に加わっていた新人隊士・南無之介（羽谷勝太）も一緒だった。 ところが入隊以来、やることといえば走り込みなどの基礎訓練のほか、夕飯準備や町の見回り、ゴミ拾いといった雑用ばかり。壬生浪士組で剣の腕を磨いて一刻も早く父・七也（戸次重幸）の仇を討ちたいと考えていた丘十郎は、焦りを覚える。 そんなある日、丘十郎は父を斬り殺した長州藩士・庄内玄悟（上野凱）の姿を町で見かけて…!?
町でならず者たちに囲まれていた若者を助けた、鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、南無之介（羽谷勝太）。その若者こそ、南無之介がかつて仕えていた武家の次男・松永新之丞（杢代和人）だった。新之丞の実家は安政の大獄の余波でお取り潰しの憂き目にあい、新之丞はやむなく懇意の家に養子に出たものの、厄介払いされ奉公先を探して転々としていたという。最後に行きついたのが会津藩御用達の豪商・鵺野義正（渡辺いっけい）の屋敷だったが、新之丞を邪な目で見る鵺野のもとから逃げ出し、手下たちに追われていたようだ。 山南敬助（永田崇人）の温情により、新之丞は壬生浪士組の屯所でしばらく養生することが認められる。再会を喜ぶ南無之介は嬉々として新之丞に尽くすが、新之丞は誰にも言えない葛藤を胸に秘めていた…。
壬生浪士組の入隊試験を前に、屯所から姿を消した松永新之丞（杢代和人）。行くあてもなくさまよっていたところを、かねてから新之丞を狙っていた会津藩御用達の豪商・鵺野義正（渡辺いっけい）の手下に見つかってしまう。 それを知った南無之介（羽谷勝太）は、いてもたってもいられず新之丞のもとへ。助太刀を決意した深草丘十郎（奥智哉）も急いで追いかけるが、鎌切大作（前田拳太郎）だけは同行を拒否して…。 一方、新人隊士たちの窮地を聞いた近藤勇（高野洸）、土方歳三（阪本奨悟）、沖田総司（藤岡真威人）ら幹部も救出に向かおうとする。だが、鵺野に会津藩への仲介を依頼していた頭取・芹沢鴨（三浦涼介）から、動くなと阻止されてしまう…。 やむなく丘十郎と南無之介はたった２人で大勢のならず者が待ち受ける鵺野の屋敷に乗り込むが、はたして新之丞を助けることができるのか!?
壬生浪士組の念願だった、会津藩への謁見が決定。頭取・芹沢鴨（三浦涼介）の発案により、鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）ら隊士たちは謁見の際、会津藩主の前で“剣舞”を披露することになった。一同は芹沢の指揮のもと稽古に励むが、丘十郎は思うように動けず失敗ばかりで、自分ひとりが足を引っ張っていると感じる。 「どうすればお前のようにできるのか」――。まっすぐな瞳で教えを乞う丘十郎に、大作はふざけた言葉しか返さず…!?
会津藩謁見の場で鎌切大作（前田拳太郎）と組んで披露する剣舞の技が思うように決まらず、苦悩する深草丘十郎（奥智哉）。沖田総司（藤岡真威人）に指南を受けて練習するも、沖田のいう“自然体”の境地には到達できそうにない。 そんな中、頭取・芹沢鴨（三浦涼介）が発した思いがけないひと言をきっかけに、丘十郎はその境地にたどり着くヒントを得る。胸によみがえってきたのは、大作と出会った日のことで…!? その頃、壬生浪士組が会津藩に謁見するという情報を得た庄内玄悟（上野凱）ら長州藩士たちは、会津藩邸の襲撃計画を企てていた…。 そして――いよいよ謁見の日がやって来るが…!?
