頭取・芹沢鴨（三浦涼介）を粛清した壬生浪士組は局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）が束ねることとなり、同時に会津藩主・松平容保（味方良介）から“新選組”という新たな隊名を拝命する。 しかし、芹沢の最期に大きなショックを受けた深草丘十郎（奥智哉）は、剣を握ると手が震えて力が入らなくなってしまう。“自然体”の境地を意識すればするほど、亡き父・七也（戸次重幸）が死の間際、自分を止めるべく言い遺した、「丘十郎…そちらに行ってはいけない…」という言葉が頭によみがえるようになったのだ。苦悩する丘十郎を、鎌切大作（前田拳太郎）は複雑な思いで見つめて…。 そんな中、大作、丘十郎、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）は、山南敬助（永田崇人）に連れられて寺子屋へ。山南の補佐として子どもたちの手習いの指導を手伝うが、無垢な子どもたちとのふれあいを通し、山南が４人に伝えたかったこととは…!? 一方、長州側は桂小五郎（荒牧慶彦）のもと、恐ろしい策謀をめぐらせていた。それはあの“歴史的事件”へとつながっていくことに――!?