局長・近藤勇（高野洸）が呼び寄せた伊東甲子太郎（駒木根葵汰）とその弟・鈴木三樹三郎（松本仁）が、新選組に加入した。甲子太郎は水戸で学問を修め、交渉術にも長けていることから“参謀”として招へいしたのだが、近藤から一切相談のなかった副長・土方歳三（阪本奨悟）は猛反発。兄弟を信用することができず、２人をひそかに探るよう、斎藤一（庄司浩平）に命じる。 そんな中、深草丘十郎（奥智哉）が隊士としての使命に目覚めたことに責任を感じていた鎌切大作（前田拳太郎）は、甲子太郎に頼まれた買い物のついでに“あるもの”を買い、丘十郎に贈ろうとするが、拒否されてしまう。 その矢先、隊士たちは甲子太郎の発案で一斉に試験を受けさせられることに。甲子太郎は結果によって組の割り振りを再編するというが…。