10歳の少女・エリンは獣ノ医術師をしている母・ソヨンと暮らしている。エリンの目は医術や薬学に秀でた霧の民の特徴である緑色だった。2人が暮らすアケ村は、戦の道具として使われる闘蛇を育てる特別な村だった。
アケ村には行商人や役人以外の旅人が訪れることはめったになかった。ある日、エリンがヤギの世話をしていると、病気になった闘蛇を連れた武人が現れ、「戦場から戻った途端、餌を食べなくなった」と言う。
アケ村で飼われている闘蛇の中でも勇猛で特別な闘蛇はキバと呼ばれ、そのキバを使った軍事教練が行われることとなった。戦う闘蛇の姿を見たことのないエリン、サジュ、チョクは訓練を覗き見ようとする。
アケ村から別の闘蛇衆の村に嫁ぐサジュの姉・ソジュ。エリンもうっとりするきれいな花嫁姿のソジュだが、チチモドキの毒に当たってしまった。ソヨンは、解毒するため霧の民が行ってきた霧の市を使うことを提案する。
毎年行われる闘蛇の卵狩り。アケ村の闘蛇衆は、ラゴウの沼から野生の闘蛇の卵を取ってきて育てることになっており、エリンは初めて卵狩りに参加する。闘蛇衆たちは静かなラゴウの沼で闘蛇の卵を探し始めるが…。
ある夜、アケ村に闘蛇の弔い笛が響き、駆けつけたエリンたちが目にしたのは、キバの死骸だった。キバは大公から預かった最も大切な闘蛇故に、その死は村が取り潰しに遭ってもおかしくないほどの大罪なのだ。
キバを死なせた罪で、ソヨンが監察官に連れていかれてしまった。エリンはサジュの家に預けられ、ソヨンが帰ってくるのを待っていた。そんなある夜、エリンはソヨンがラゴウの沼で闘蛇の裁きにかけられると聞く。
ソヨンの手で闘蛇の背に乗せられたエリンは、アケ村からはるか遠くにある真王領の川岸に流れ着く。そこで蜂飼いのジョウンという男に助けられるエリンだが、傷と疲れのために高熱を出して意識がないままだった。
蜂飼いのジョウンと一緒に暮らすことになったエリン。ジョウンの家には見たこともない道具が沢山あり、不思議そうに見ているエリンに、ジョウンは自分の宝物を見せてやると言い、興味津々のエリンを連れて外出する。
エリンとジョウンは山の暮らしに必要な物を買うため街へ出た。生まれて初めて見る大きな街の賑わいに驚くエリン。楽師たちの演奏を楽しんでいたエリンは、道の端で美しい音色で竪琴を弾く青年に気づく。
夏の間、カショ山にあるジョウンの「夏の小屋」に移動することになったエリンとジョウン。家を空ける前に片付けを始めるが、奥の部屋を掃除しようとするエリンに、ジョウンは絶対に入ってはいけないと告げる。
エリンとジョウンがカショ山の「夏の小屋」に到着。「夏の小屋」は傷んでホコリだらけで、ついてきたヌックとモックも加わり大掃除を始める。エリンが煙突に潜り込んだ時、何かの影が頭上の光を一瞬さえぎった。
薬草として高く売れるチゴの根を採りに出かけたジョウン。しかし、チゴは闘蛇が多くいる危険な峡谷で育つことを知ったエリンは、母を失ったラゴウの沼でのことが蘇って不安になり、ジョウンの後を追う。
アケ村より真王領に流れ着いたエリンをひっそり見守ってきた「霧の民」の探索者・ナソン。エリンの様子を伝えるべく霧の民の村に戻り、ソヨンとエリンが幸せな日々を送ってきたことなどを長老たちに語る。
ジョウンのもとに来てから4年の月日が流れ、14歳になったエリンは自分で蜂を増やして蜜を売り、お金を稼げるまでに成長していた。ある日、見知らぬ男の訪問を受けたジョウンは、その顔を見て驚く。
「入舎ノ試し」についての返事が王獣保護場から届く。合格の条件は厳しいものだったが特別に試しを受けることを許可されたエリンは、ジョウンと共にカザルムに向かう。だがその道中、エリンの竪琴が壊れてしまう。
エリンは、カザルムに向かう途中に立ち寄った街で、真王の60回目の誕生日の贈り物を運ぶ大きな荷車の列に遭遇する。その後式典が始まり、ダミヤが真王に献上したものは、荷車に積まれていた幼い王獣だった
カザルム王獣保護場に着いたエリンとジョウンをエサルが出迎えてくれた。2人はエサルに学舎を案内され、エリンにとってはどれもが興味深いものだったが、特に教導師長室の書架に並ぶ沢山の本に目を奪われる。
エリンは「入舎ノ試し」に合格し、カザルム学舎の中等二段に編入した。ジョウンと2人きりの生活から同年代の子供たちとの共同生活に変わり、王獣のことを学べるうれしさから、授業では先生を質問攻めにしてしまう。
獣ノ医術師を目指す仲間たちと共にエリンの新たな生活が始まった。王獣のことを学べる喜びのなか、野生の王獣の美しさを知っているエリンにとっては、人に飼われているカザルムの王獣が哀れに見えて仕方がない。
トムラに代わって1カ月だけ幼獣・リランの世話をする許可をもらったエリン。幼いうちに母親から引き離されたリランを自分と重ねずにはいられず、懸命に世話を続けるが、リランは水以外は一切口にしようとしない。
毛布の中で響いた竪琴の音が、王獣の母親の鳴き声に似ていることに気づいたエリン。その音を正確に出すことができれば、リランは自分に応えてエサを食べるようになってくれるのではないかと思い、行動を起こす。
餌を食べ始め、元気に水浴びもするようになったリランの姿にほっとするエリン。同じ頃、学童たちの間では、エリンが霧の民の不思議な力を使ってリランを操ったのではないかという噂が広まっていた。
何度も繰り返される隣国・ラーザとの戦い。終わりの見えない戦いのなか、国の行く末を案ずる大公の長男であるシュナンは、傷ついて前線から戻ってきた兵士の姿をやりきれない思いで見つめていた。
ラゴウの沼で命を救われて以来、ヌックとモックはエリンを追ってカザルムまでついてきた。2人はカザルム王獣保護場で雑用係として働くものの、毎日失敗続きで寮母のカリサに怒られてばかりだった。
夏の試験が迫るカザルム学舎。リランの世話に夢中になっていたエリンの勉強は確実に遅れていた。落第したらカザルムを去らなければならないエリンだが、トムラや同級生たちの助力で無事に高等一段に進級を果たす。
毎晩ソヨンの夢ばかりを見るエリンは、寝坊してリランの餌やりに遅れてしまう。いつもと違って顔色も悪く、目もうつろなエリンを心配するエサルたち。ある夜、エリンは霧の中を飛び交う不思議な光を目撃する。
ある夏の日、エリンのもとにジョウンの息子・アサンからの手紙が届く。手紙は、王都に戻り静かに暮らしていたジョウンの死を知らせるものだった。エリンはジョウンの残した書物を前に、涙を必死でこらえる。
夏休みも終わり、カザルムには学童たちが戻ってきた。ジョウンの死を知ったユーヤンはエリンを気遣うが、エリンは明るく振る舞っていた。一方、リランは産毛の生え変わりの時期を迎え、大きな刷毛が必要になる。
18歳になったエリンは、カザルム学舎の最上級生になっていた。教導師長室でカリサと話していたエサルは、エリンがジョウンに連れられて「入舎ノ試し」を受けにきた日から今日までの4年間を思い返していた。
ラザル王獣保護場の研修から戻ったトムラは、「カザルムでは王獣規範に従わずに王獣を育てている」という噂が流れていることをエサルに伝えた。そんな時、タムユアンから新しい教導師・キリクがやってくる。
エリンを背中に乗せて大空を舞うリラン。上空の寒さに震えるエリンの耳にかすかな指笛の音が響き、眼下には灰色の人影がたたずんでいた。そして地面に降り立つエリンを迎えたのは、霧の民のナソンだった。
エリンは、リランが自分を乗せて空を飛んだことをエサルに報告した。これを聞いて喜ぶエサルだったが、自由に飛べるようになったリランが、カザルムから飛んで逃げてしまっては大問題になりかねない。
爪を負傷した王獣がラザルからカザルムに運び込まれる。動けないほどに弱った王獣の息から漂う甘い香りに、エリンはアケ村でソジュが倒れた時のことを思い出し、原因がチチモドキの毒にあると気づいた。
羽をけがした野生の雄の王獣がカザルムに運ばれてきた。「雄」という意味である「エク」と名づけられたこの王獣は、傷の治療のために音無笛で硬直させても、硬直が解けるたびに暴れて傷が開いてしまう。
リランの妊娠に喜ぶカザルムの学童たちだったが、王獣の出産は例がなく、エサルにも経験がなかった。卒舎ノ試しが近づいていても、エリンはソヨンに教わったことを思い出しながら、懸命にリランの世話をする。
新しい学童たちがカザルムに入舎した。教導師になったばかりのエリンは、今年の新入生の中で唯一の女子であるシロンが、ほかの学童たちと遊ばず1人で本を読んでいることが気になり、声をかけるが…。
リランの子・アルと会うため、真王は初めて王宮から外出してカザルムへ向かう。エサルは、エリンがリランたちと竪琴で心を通わせていることを知られてはならないと考え、エリンに人前に出ることを禁じた。
王獣の視察を終えた真王は、カザルム河を下る巨大な御座船で王都への帰路に就く。学童たちが展望の丘から美しい御座船を眺めていた時、遠眼鏡を覗いていたシロンは、支流から流れてくる丸太のような物に気づく。
真王の御座船を襲った闘蛇の軍によって傷ついた多くの人々を、エリンは懸命に治療する。そんななか、誰もがこの事件を闘蛇を操る大公の仕業だと思っていたが、エリンだけはそうではないことに気づいた。
カザルム河で襲撃され、一命を取り留めた真王・ハルミヤは次第に回復に向かい、カザルム候の館での晩餐会にエリンを招待する。そこでエリンは、王宮に戻る真王の護衛をリランと共に行うよう命じられる。
真王が亡くなったと聞いて衝撃を受けるエリン。一方、王宮では肉親を失ったセィミヤが悲しみに暮れていた。次の真王となるセィミヤは、リョザ神王国の存続のため世継ぎを生み、真王の座を継承させなければならない。
カザルムの農園で、エリンが学童たちと山リンゴの接ぎ木の実習をしていると、トムラが息せき切って駆けつける。真王からの命を受け、ラザル王獣保護場のオウリがリラン一家を連れにきたというのだ。
エリンはラザル王獣保護場へと連れてこられ、ダミヤの館に到着。現れたダミヤは、エリンが恐怖に屈することなく王獣を制していることを褒める。しかし、リランとエリンは、今までのような関係ではなくなっていた。
「建国の夜明け」の日、エリンは王祖・ジェの伝説のように大勢の前で王獣に乗って空を舞う。そしてシュナンら闘蛇軍を容易に撃退するだろうと、確信したかのようなダミヤの言葉に衝撃を受け、キリクはうなだれる。
ダミヤに毒を飲まされ仮面の男たちに襲われたイアルは、その追撃をかわし、ラザル王獣保護場へと逃げ込む。そこにはリランたちの世話をするエリンがいた。エリンは傷ついたイアルを見つけると治療を施す。
タハイ・アゼでの決戦が迫るなか、ダミヤとの結婚こそがリョザを清らかな国に導く手段だと信じ、みそぎの森へ向かう真王・セィミヤ。ところが、シュナンに対するある疑念がセィミヤを迷わせるのだった。
雪の舞うタハイ・アゼに、大公の誇る勇猛な闘蛇の軍が集っていた。緊張が高まる丘の上の天幕には、セィミヤとダミヤ、そしてエリンとリランがいた。一方、傷を負ったイアルが真王の天幕に近づこうとしていた。
タハイ・アゼの夜が明けると、遠くに陣取る大公軍を前にして、ダミヤはセィミヤに「あれがそなたの軍なのだ」と告げた。その言葉を聞いたセィミヤは心を固めた。やがて、闘蛇の群れが静かに動き始める。
セィミヤの意思で青い旗が掲げられ、全員が真王と大公とが手を取りあう新たな時代の訪れを信じたが、事態は急変。シュナンを亡き者にしようと迫る闘蛇軍と、守ろうとする闘蛇軍が互いにぶつかりあう惨劇が起こる。
