夏休みも半ばを過ぎた８月16日。長良たち、36人の生徒は虚空を漂う学校に閉じ込められていた。元の世界に帰る方法もわからず、漂流とともに発現した不思議な能力を使って、遊ぶ生徒たち。そんな状況を見かねた生徒会の明星やキャップたちは、学校に秩序を取り戻そうといくつかのルールを決め、生徒たちに守らせようとする。反発する朝風や希たちには厳しい罰が下され、校内は秩序を取り戻したかに見えたのだが……。
漂流が始まっておよそ１ヵ月。抜けるような青空の下、海に囲まれた小さな島で、長良たちは元の世界に戻るための方策を探していた。とはいえ、当面の食料に困ることもなく、欲しいものは瑞穂の能力【ニャマゾン】を使えば手に入るという状況。生徒たちの間にどこかのんびりとしたムードが漂い始めるが、その矢先、突然、次々と原因不明の火事が起きるという事件が発生する。いったい誰が火をつけたのか。犯人捜しが始まるのだが……。
それぞれの能力を活かし、新しい世界を探す長良と希、朝風、ラジダニたち。そんな中、生徒のひとり、村山が全身真っ黒のフリーズ状態で発見されるという事件が起きる。しかもほかにも、行方不明の生徒が存在するらしい……。生徒会長のポニーから依頼され、調査を任された瑞穂は助手に長良を指名。その調査中、瑞穂は自分の能力が漂流の前から発現していたことを明かす。その頃、希は明星から彼にだけ聞こえる「声」の話を聞く。
シンクホールに飛び込んで遊んでいる最中、自分に世界をワープさせる能力が備わっていることを知る長良。キャップはそんな彼を、野球の練習に誘う。場所はキャップが整備したという、お手製の野球場。しかもそこには目に見えないサルがいるという。サルが存在する世界を見るには、エースが持っている「サル・ゲッター」なるアイテムが必要。長良は、サル・ゲッターを賭けてエースと野球で勝負をすることになってしまう。
元の世界に戻るべく、長良の能力を使って、次々と新たな世界を探索する希と朝風、ラジダニ、瑞穂の5人。一方、建設中のシェルターに集まった生徒たちは、突然現われたあき先生から衝撃的な言葉を告げられる。「貴様らはもう、元の世界に帰ることはできない！」。漂流前から能力が使えた生徒たちの存在を告げ、この漂流は誰かが能力を使った結果ではないか？と話すあき先生。生徒たちの疑いの目は当然のように、長良に向けられる。
あき先生に率いられた生徒たちが、姿を消した長良たちを捜し始めて２ヵ月。その頃、長良とラジダニは映画館の姿をした世界「フィルムメーカー」にたどり着く。そこで上映されている映画が、すべて長良の視点からの映像であることに気づくラジダニ。長良たちがそのフィルムを持ち帰り、調べ始める中、瑞穂が一匹の野良犬を連れて戻ってくる。やまびこという名前のその犬は、長良たちと同じ漂流者で、同じ中学校の先輩だったという。
この世界の真実を知ってしまった長良たち。あき先生に率いられた朝風たちや、方舟に運命を託した明星たちのグループは、それぞれ旅立ちの準備を進める。そんな中、キャンプに残っていた長良は丘の上で鉄棒を発見。好奇心に駆られて逆上がりに挑戦した長良は、次の瞬間、見知らぬ世界へとジャンプしてしまう。二つ星という名の少年と知り合い、流されるままに、無限に続く塔「バベル」の建築現場で働き始める長良だが……。
希を残して、荒野を旅する長良と瑞穂、やまびこ。夜、たき火を囲んで食事を済ませた瑞穂はやまびこに、犬になった理由を尋ねる。そうしてやまびこが話し始めたのは5000年前、まだ彼が人間だった頃の話。クラスメイトたちから離れ、ひとり旅を続けていたやまびこは、ある時「祝祭の村」という世界にたどり着く。そこでこだまという名の少女と出会い、少しずつ心を寄せるようになるやまびこ。しかし、幸福な時間は長くは続かなかった。
憂鬱な雨が降る中、工業高校に通う２年生・長良は、２学期の始業式に出席していた。漂流のことなど、まるで知らない周囲の様子に、居心地の悪さを隠せない長良。瑞穂とも再会するものの、冷たくあしらわれる。あの漂流は、本当に起きた出来事だったのか……。真っ暗な部屋にひとり帰り、針がくるくると回り続けるコンパスを見つめながら、長良は宇宙に飛び出したその後の出来事を思い出す。
