オタクの高校3年生筒井光は高校生活初の遅刻をする。同じく遅刻をした五十嵐色葉は派手で男グセが悪いと噂もある筒井の苦手な３次元の女子。ふたりは遅刻の罰として昼休みにプール掃除をすることに。プール掃除での色葉は噂通りの印象だったが、日曜日に中学時代の同級生女子にからかわれていた筒井とオタク友だちの伊東を助けてくれたのは何と色葉だった。筒井は初対面の伊東とも偏見なく話す色葉のことを実はいいやつなのかもしれないと思い直す。そんな時、学校で色葉が男子二人に絡まれているのを見かけてしまう筒井。嫌がる色葉を無理やり連れて行こうとする空手部の男子に思わず飛びかかってしまいボコボコにやり返されてしまう。翌日、教室でアザだらけの顔をした筒井のところに色葉がやってきてなんと「あたしとつきあって」と告白してきて…。
改めて自分から色葉に「つきあってください」と告白した筒井。ふたりはつきあうことになるが、色葉は半年後に転校するという。有名人の色葉がオタクでネクラな筒井と付き合い始めたことは校内で恰好の噂になる。女子と付き合うことも自分が話題になることも初めての筒井は激しく動揺してしまって…。ある日、筒井は以前に街で色葉と親しげに歩いていたイケメンを見かけて思わず話しかけてしまう。自分と対象的にスペックの高いイケメン医者に嫉妬を隠せない筒井。学校で筒井に呼び出された色葉は、あの医者は彼氏ではなく主治医で、実は自分は重い病気なのだと打ち明けて！？
色葉が誕生日プレゼントを喜んでくれたこともあり、最近自分が浮かれてしまっていることを自覚する筒井。自分が変わってしまうのが怖い筒井は冷静になろうとするが、気持ちを上手く伝えられずに色葉を怒らせてしまうことに。恋愛経験ゼロの筒井は、同じクラスの女子・石野に相談する。石野に対してはドキドキせずに話せる筒井だったが、そんなふたりの様子を見て勘違いした色葉は石野に突っかかってしまう。誤解して動揺した自分を恥ずかしがる色葉だったが、筒井も不安なのは自分のほうだと謝って、、、
ある朝、下駄箱にラブレターが入っているのを見つける筒井。昼休みに体育館裏に呼び出す内容に嫌な予感しかしない。予想的中、現れたのは男子で、色葉を自分に譲るように脅してくる。反論した筒井はまたしてもボコボコに殴られてしまう。色葉や伊東に心配されるのが嫌な筒井は風邪だと嘘をついて学校を早退する。公園でサボっていた筒井は兄とはぐれて迷子の女の子を見かけて話しかけるが、そこへ妹を探して駆けつけてきたのは昼休みの男子（高梨）だった。再び言い合いになるふたりだったが、高梨は妹に悲鳴をあげさせ、近くを通りかかった警官に筒井を突き出す。幼女連れ去りの容疑で警官に事情を聞かれる筒井。翌日には学校中にその噂が広まっていた…。
幼女連れ去り疑惑のため、学校中でロリコンと後ろ指をさされることになってしまった筒井。偶然、高梨の策略に陥れられたという真実を知った色葉だったが、色葉と伊東だけでも自分のことを信じてくれていたことに感動している筒井はみんなの誤解を解かないままでも良いという。一方の高梨は自分の策略でそれほどダメージを受けていない筒井が気になって話しかけてしまう。筒井は自分の周りの人にちょっかいを出さないでくれれば良いといい、母親と弟、それに石野にだけは直接誤解を解いて欲しいと頼む。高梨の謝罪によって筒井の周りだけは平和な日々が戻ってきたが…。
ちょっとしたことからケンカをしてしまった筒井と色葉。筒井は色葉が何に怒ったのかが分からない。卑屈な物言いで取り繕うも、さらに傷を深めてしまう始末。伊東に色葉への謝り方を相談しようと思い昼食に誘うが用事があるからと断られてしまう。最近伊東が用事があると言うことが多いのは自分に気を遣っているからではと考えた筒井は、いろいろあって構ってやれなかったと謝るが、それが逆に伊東を怒らせてしまって…。すっかり空回りしてしまい落ち込む筒井。いつしか筒井は中学時代の伊東との出会いを思い出していた…。
筒井と綾戸が楽しそうに話しているのを見て心が揺れてしまう色葉。石野に相談するが、やきもちを焼いていることを自覚してしまった色葉は初めての感情に筒井ともうまく対峙出来ずに逃げ出してしまう。そんな時、花壇で校舎から女生徒が捨てたバケツの水をかぶってしまった綾戸を見かけた色葉は綾戸にハンカチを差し出す。綾戸と話をして良い子だったことが分かった色葉は、筒井にやきもちであたってしまったことを謝り仲直りする。一方ふたりが仲直りしたことを知らない石野は筒井に綾戸とのことを詰め寄るが、そこにトマトを持った綾戸本人が現れて…。
石野の強引な仕切りによって、突然キャンプに行くことになった筒井たち６人。実はキャンプ場には石野の叔父さんの別荘があり、掃除をしにいくと石野が小遣いをもらえるらしい。中学時代の林間学校に良い思い出のない筒井は気分が上がらない。石野のスパルタによって掃除を終えた一行はさっそく手分けしてバーベキューの準備を始める。筒井と色葉はバーベキューのセッティング。石野は強引に高梨とコンビを組んで肉の準備をし、伊東は綾戸と野菜の皮むきをすることに。初めての楽しいバーベキューや食後の川遊びに感動する筒井たちだったが、伊東と綾戸と色葉はどこかいつもと様子が違って…。
キャンプでの夜、綾戸の告白を聞いてロッジから飛び出していってしまった色葉。懐中電灯を手にキャンプ場近くを探す筒井は、林の奥の茂みに座り込む色葉を見つけてロッジに連れ戻す。仲直りをするためにどうしたらいいかと尋ねる筒井に、色葉は筒井が分からないなら自分でどうするか考えると突き放す。翌朝、皆が起きる前に病院に行くためにひとりロッジを出る綾戸を、「送っていく」と伊東が追いかけてくる。帰りの電車の中で筒井と色葉をかき乱してキャンプを台無しにしたと落ち込む綾戸。振られて決着をつけたほうがふたりのためだと筒井に気持ちを告白する決意をするが…。
告白の返事をするため筒井はメールで綾戸を花壇に呼び出す。筒井は綾戸に色葉に対する想いを話し始めるが、実は色葉もその場に呼び出されていた。筒井は植木の陰で話を聞いていた色葉を連れてきて、自分の好きな人は色葉なのだと綾戸に伝える。綾戸は告白への筒井の返事を理解し、同時に筒井は色葉とも仲直りをする事ができたのだった。帰り道、筒井のことを待っていた伊東は綾戸の告白から逃げた筒井をきつく叱ってしまったことを謝り、ようやく自分にも好きな女の子ができたと筒井に伝える。話を聞きたいと、久々に家に伊東を誘った筒井だったが…。
日曜に好きなアニメの劇場版を見に行こうと筒井を誘う伊東。筒井は用事があるので綾戸を誘って行けば良いと伊東に提案する。放課後、意を決し綾戸を映画に誘うため花壇に行く伊東。たまたま校舎からその様子を眺めていた筒井は、伊東の表情を見て伊東が好きな子が綾戸だったのだとようやく気づく。月曜に伊東と綾戸から映画の感想を聞く筒井。楽しかったと無邪気にはしゃぐ綾戸とは対象的な伊東の様子が気になってしまう。筒井は親友・伊東のために自分でできることで力になりたいと画策するが…。
色葉との帰り道、色葉の家の前で突然男に殴られた筒井。男は色葉の弟・千夏で色葉が心配で留学から帰ってきたところだという。翌日、校門で千夏が筒井を待ち構えていた。前日割ってしまった筒井のメガネを店で修理して返した千夏は、そのまま筒井をカフェに連れて行く。千夏は色葉が筒井のようなパッとしない男と付き合うのは不愉快なので、意味のない付き合いならやめてもらいたいという。悔しいが何も言えない筒井。筒井の相談を聞いた石野は指輪をプレゼントすることを提案する。筒井は指輪を買うために色葉に内緒でアルバイトを始めるが…。
学校イチの美女・五十嵐色葉と期限付きでつきあうことになったオタクでネクラの高校生・筒井光は少ないながらも友だちもでき、いままでになくリア充っぽい日々を過ごしていた。文化祭も近づいてきたある日、筒井はくじ引きでクラスの文化祭実行委員に選ばれてしまう。綾戸も実行委員であることを聞いた伊東も実行委員を引き受けることに。伊東は色葉とつきあうことで変わってきた筒井を見て自分も変わらなくてはと感じ、綾戸に告白を決意する。一方、筒井のクラスではなかなか出し物が決まらず、石野が思いつきでメイド喫茶を提案してきて…。
自分の失敗のせいで文化祭の準備が遅れてしまい、伊東と徹夜で準備をする筒井。もう間に合わないと諦めかけていたところに、石野を始めクラスメイトたちが手伝いにきてくれた。予想もしなかった大人数での作業に筒井は青春を感じる。無事に準備も間に合い、文化祭が始まった。クラスの出し物のメイド喫茶で綾戸にメイド姿を見られて恥ずかしがる伊東だったが、懸命に奔走する姿を褒められて元気を取り戻す。一方、総支配人としてクレーム対応をする筒井のところに、ミスコンに出場することになった色葉がやってくる。筒井は自分がミスコンの審査委員長になったと色葉に告げるが…。
ファミレスで色葉と過ごしていた筒井はふと別のテーブルの不倫カップルが気になる。そこにいたのは若いOL風の女性と一緒にいる筒井の父・充だった。普段は真面目で仕事で研究している接着剤にしか興味がない父親の予想外の姿に驚いた筒井は、母親には黙っていようと決意する。翌朝、母・紀江から充が浮気をしていると告げられる筒井。泣き出す紀江に対して、充は「すまない」の一言で弁解もない。離婚届を用意した紀江は息子二人のうちどちらかを連れて実家に帰ると言い出した。青ざめる筒井と弟・薫。紀江の実家は北海道の長万部だった…。
母親との長万部行きは絶対に避けたい筒井。色葉は商店街のたこ焼き屋で筒井の父・充を見かけて思わず挨拶をする。どうしたらいいのか困っているという充に、色葉は絆が簡単になくなってしまうとは思いたくないと答える。自分のせいで筒井家に迷惑をかけていると謝罪に来た父の浮気相手（！？）のOL・河野から話を聞く筒井と色葉。河野は父・充に対して好意はあるものの、仕事の話を聞いてもらっていただけで、食事だけなら許されると思っていたという。最初からはっきりと充に断られていたにもかかわらず、河野のほうからしつこく食事に誘っていたのだと聞いて思わず脱力してしまう筒井と色葉だったが…。
中学まではごく普通にのびのびと暮らしていた綾戸。中学二年で少年マンガのサブキャラに初恋をしたことをきっかけに2次元の世界にどっぷりハマった。しかし気がついたときには仲が良かった友だちも離れてしまい、綾戸はいつしか自分の殻にこもるようになってしまう。高校に入り、綾戸に声をかけその殻から優しく外に出してくれたのが筒井や伊東たちだった。伊東からの告白を断ってしまってから再び殻の中にこもりそうになった綾戸は、伊東を追いかけ勇気を出して自分の正直な気持をぶつけるが…。
綾戸が同級生にからかわれているのを見かけた石野。思わず食って掛かってしまい、ケンカになりそうなところを高梨が止めてくれる。高梨はふてくされる石野をたしなめようとデートに誘う。ラーメン屋に連れてこられ、こんなのデートじゃないと不満を漏らす石野に高梨は一度ホントのデートをしてみようと言ってきて…。後日、水族館にやってきた石野と高梨は高梨の妹・あんずが筒井の弟・薫とデートしているところに鉢合わせた。嘘をついて出かけたあんずに怒った高梨は石野とのデートを中止してあんずを連れて帰ろうとする。しかしあんずは薫の手をとって逃げ出してしまい…！？
ある日、筒井は高梨に相談を持ちかけている伊東を見かける。親友である自分に相談してくれない伊東が気になった筒井は、高梨に相談の内容を聞きに行ってしまう。高梨は伊東の相談は筒井では役に立たないことだとだけ告げる。内情を聞きたすぎて伊東に普通に接することが出来ない筒井。その様子を不審に思った伊東は筒井に心配をかけていたことを謝り、高梨に相談した心配事を告白する。伊東の心配事を聞いてちょっと安心した筒井だったが、色葉が次の連休に泊りがけで旅行に行きたいと言い出して…。
母親が病院に運び込まれたと連絡を受けた高梨は病院に駆けつける。母親は仕事中に脚立から落ちて脳震盪を起こしただけの軽傷だったが、3日間の入院が必要だという。妹・あんずのために夕食の買い物をしにスーパーへ向かう高梨は、途中で石野と出会う。高梨家の事情を聞いた石野は、友達なのだから自分を頼ってほしいと伝え、その日の夕食作りを手伝うことに。夕食の準備をする石野と高梨は口ゲンカばかりしてしまう。あんずに誘われて一緒に夕食まで食べていくことになった石野は、次の連休に桜田と出かける予定だと話すと、高梨が行くなと言ってきて…！？
連休中に高梨と石野が付き合うことになったと話を聞く筒井たち。何か話したそうな伊東も筒井に連休中の綾戸の家での出来事を報告する。翌日、中庭に集まり高梨と石野のお祝いをする一同の話題は卒業後の進路のことに。意外にもしっかり進路を考えている高梨や伊東。筒井は話が色葉のことに及ぶのを遮りつつも、色葉との時間が少なくなってきていることを感じる。周囲が受験勉強に焦りだしているのを見ながらも、色葉のことが気になる筒井。高梨に勉強を教えている筒井は、後悔したくないので残された時間でやるだけのことはやりたいという高梨の言葉を聞いて、ある決心をするのだった…。
学校を抜け出して季節外れの海にやってきた筒井と色葉。夕方になり近くの民宿に泊まることにするが、高校生のふたりは立て続けに民宿に断られてしまう。奥さんが家出中で休業していた民宿だけが筒井と色葉を泊めてくれることになった。翌朝、帰りの駅の売店で大仏のキーホルダーを見つけてお揃いで買う色葉。しかし、帰宅した色葉を待ち構えていたのは朝帰りをしたことを責める千夏だった。千夏は筒井のためにももうつきあうのはやめて離れてやるようにと言う。翌日、久々に伊東と一緒に下校する筒井は色葉がもうすぐいなくなってしまうことを伝える。それはいままで誰にも話していなかったことだった…。
色葉が学校に来なくなり生ける屍のようになっている筒井。学校内では色葉は海外に行ったことになっていた。大学受験もどうでもいいという筒井を見かねた伊東や高梨たちが励まそうとするが効果がない。筒井から話を聞いていた伊東は、高梨や石野に色葉の本当の事情を打ち明ける。高梨から話を聞いた筒井の弟・薫は母・紀江にそのことを話した。紀江は大変なのは色葉のほうで落ち込んでいるのを色葉が喜ぶはずがないと筒井にカツを入れる。その一言に目を覚ました筒井は猛勉強を開始して大学受験を迎えた。合格発表の日、さすがに今年は合格できないだろうと思った伊東たちは筒井を元気づけようと発表会場にやってくるが…。
7年後。一時帰国していた色葉はロサンゼルスに帰って千夏と暮らすことを決意していた。記憶のない高校時代の荷物を整理していた色葉は、まだ思い出していないとても大事なことがあるような気がする。その話を聞いた千夏は、とある場所へ色葉を連れ出した。やってきたのは筒井が勤める会社のビルだった。出てきた筒井は色葉に気づき駆け寄って抱きしめるが、色葉は筒井のことを思い出さなかった。元気でと立ち去ろうとする筒井。色葉は筒井のカバンについているキーホルダーを見て筒井を呼び止める。それはふたりが海の近くの民宿に泊まった時に買った大仏のキーホルダーだった…。
