河合井コタローは中学2年生。子供のころに作ったスライムに命が宿り、「ぷにる」と名づけ仲良く過ごしてきた。ところが、7年の月日でぷにるは超絶美少女の姿に成長！ついドギマギして冷たく接してしまうコタローに、ぷにるは様々な姿に変身して「かわいい」と言わせようとするが…。 一方コタローは、憧れの先輩・雲母麻美に、チャラ男なクラスメイト・南波遊助が馴れ馴れしく接近しているのが気に食わない。そこでコタローはぷにるを使った”ある作戦”を思いつく。
誰にでも優しい姿はまるで聖母、学園のマドンナ的存在・雲母麻美。コタローは彼女の気を引くため、ぷにるに「とある姿」に変身するよう頼む。ところが、それを見た雲母先輩の様子がおかしくなって…。そんな中、理科教師の真戸博士はぷにるを自らの野望のための研究材料にしようと密かに目論んでいた。
大好きなキャラクター、キュティのコラボカフェにやって来たコタロー。キュティに囲まれて幸せな時間を満喫するはずが、ぷにるに後をつけられていて…。5月5日はこどもの日。南波に誘われ、コタローとぷにるはこどもチャンバラ大会に参加することになった。豪華な景品を狙う猛者たちに立ち向かうぷにる。白熱の勝負の行方は⁉
ぷにるにライバル登場⁉コタローのクラスメイトの御金賀アリスは、「キュティランド」社の跡取り予定の超・お嬢様。‟KAWAII”王座をめぐり火花を散らすぷにるとアリスだが、アリスは自分が作ったキャラクターのルンルーンには命が宿らないため、ぷにるを羨ましく思っていた。ある朝、動きだしたルンルーンに「人間になった！」とはしゃぐアリスだが…。
体育祭の季節。雲母先輩は準備の忙しさ（による子供とのふれあい不足）で元気がない。ぷにるは特別な応援で励まそうとするが…。一方、宝代が連れてきた新しいルンルーンの預け先を巡り、ぷにると南波の真剣勝負が今、始まる！
皆が「ベツモノ」のルンルーンと仲良くしているのが受け入れられないアリス。ぷにるはアリスとルンルーンの仲直りを試みるも、なかなかうまくいかない。そこで、「本物」を決める大会が開かれた⁉「ベツモノ」のルンルーン、宝代が作った新しいルンルーン、さらにはルンルーンになりきった宝代、そしてぷにるの波乱の戦いの火ぶたが切られた…。 学校中を巻き込んだ、第一回ルンルーン・グランプリ開幕‼
夏といえば、海！…というわけで海水浴にやってきたコタロー達。ところが肝心の“あの人たち“が見当たらず…。また、ひょんなことから、憧れの雲母先輩と初デート（？）。カッコつけようと背伸びをするコタローを見て、雲母先輩がかけた言葉とは…？そして、夏休み最終日なのに宿題が終わっていないコタローと南波。どうにかして、宿題を全部終わらせることはできるのか？
コタローを（将来の労働力として）取り合い、文化祭の出し物で勝負をすることになったぷにるとアリス。めんどくさがりなコタローがアリスのために働くわけがないと自信満々のぷにるだったが、コタローはぷにるの「知らない一面」を見せ始める…！
