人格が数値化できるようになった未来。刑事課に配属された常守朱に手渡されたのは「犯罪係数」という数値によって犯罪者を裁く銃―ドミネーターであった。戸惑いながら現場へ向かう朱。そこで彼女が出会ったのは……。
配属初日に狡噛慎也との軋轢が生じてしまった朱。執行官との関係性を計りかねたまま、暗澹たる思いで公安局へ向かった彼女に出動命令が下される。自らの監視官という立場に悩みながら、現場へ向かう朱だったが……。
狡噛との関係性に自信を持ち始めた朱。そんな時、完全自動化されたドローン工場で変死体が発見される。あくまでも事故だと言い張る工場関係者だが、狡噛たちは事件の臭いをかぎつける……。
狡噛の存在に戸惑う朱は、ネット上のアバター―タリスマンに相談を持ちかける。しかし、タリスマンを使用していた男は、すでに死亡していたことが明らかになる。一体誰がタリスマンを操っているのか……。
朱の同級生が操るアバター――スプーキーブーギーの協力の下行われた「偽タリスマン捕獲作戦」はみごと失敗に終わり、あまつさえ、さらに新たな犠牲者が出てしまう。犯人確保への決意を固くする朱だったが……。
狡噛の苦い過去――「標本事件」を知った朱。そして狡噛は、先の工場事件とアバター乗っ取り事件に「標本事件」との関連性を見いだす。そんな中、私立の名門桜霜学園で新たな事件が……。
桜霜学園の生徒が標本化した遺体で発見された。「標本事件」と類似性の高い本件の捜査からに狡噛は外されてしまう。そんな彼の監視を命じられた朱に、狡噛はある男の存在を語りはじめる。
一連の事件の背後に「マキシマ」の存在があると確信する狡噛。刑事の嗅覚で、女子生徒殺害事件の犯人を追い詰める狡噛達だったが、その背後では新たな凶悪事件が動き出そうとしていた。
「マキシマ」の存在に迫るため、プロファイリングの第一人者雑賀教授のもとへ訪れる狡噛と朱。一方マキシマも協力者泉宮寺とともに新たな犯罪の青写真を描き始めていた。徐々に交錯する狡噛とマキシマの思惑……。
朱の友人ゆきを囮に、泉宮寺の狩り場へおびき出された狡噛。閉ざされた空間で通信手段を奪われた狡噛を、泉宮寺の罠が襲う。はたして狡噛はゆきを無事助け出すことが出来るのか!?
熾烈を極めた泉宮寺との死闘の果てに、狡噛はゆきの身柄を槙島に奪われてしまう。駆けつけた朱は狡噛に代わり、ゆきを連れ去った槙島を追跡するが、そこで彼女は信じられない光景を目にするのだった。
潜在犯・六合塚弥生は、更正施設の中で日々サイコパス治療に努めていた。そんな彼女のもとに公安局から使者が訪れ告げる。「あなたには執行官の適正がある」と。社会復帰を望んでいた彼女はその誘いを断るが……。
刑事課の中で唯一、槙島の顔をはっきりと目撃した朱は、彼を捕らえようという気持ちを新たにする。一方、宜野座は衝撃の事実を告げられて……。狡噛、朱、宜野座、そして公安局。それぞれの思惑が動き出す。
セキュリティシステムの監視下で、白昼堂々殺人事件が起こった。現場に駆けつけた朱たちは、犯人のサイコパスが犯行中もクリアカラーを計測していたことを知る。新たな犯行の裏には槙島の恐ろしい計略があって……。
槙島の計略によって、シビュラシステムにおける犯罪抑制の信用度は地に落ちた。恐怖に駆られた市民たちは自己防衛意識から武器を取る。加速度的に広がっていく混乱の中で、狡噛たち公安局員は事態収拾を図るが……。
市街の混乱に乗じ、槙島はついに厚生省内部への侵入をはたす。槙島の真の目的とは果たして……。そして、市街地鎮圧から離脱し槙島を追う狡噛、朱、縢。彼らの行く手に、待ち受けるものとは。
槙島の逮捕により、市街の混乱は一応の収束を見せた。公安局は消息をつかめなくなった縢を逃亡犯として断定し一係に縢の捜索を命じる。槙島を目前にしながら圧倒的な組織の論理に、狡噛たちは行く手を阻まれて……。
槙島が逃亡した。槙島の再逮捕を命じられた一係だったが、狡噛だけはその捜査から外されてしまう。槙島、公安局、そして一係の刑事たち、それぞれの思惑が音を立てきしみ始める中、狡噛の中にはある決意が宿って……。
ついに公安局から逃亡し、一人槙島を追う狡噛。槙島の音声を手がかりに彼の足取りつかむべく雑賀のもとを訪れる。一方狡噛に取り残された朱は、狡噛の私刑を阻止すべく彼を追おうとするのだが……。
ドミネーターに導かれ、シビュラシステムの真実を知った朱。一方狡噛は、自らの計画を着々と遂行する槙島との距離を、確実に詰め始めていた。シビュラと狡噛、両者の間で揺れ動く朱がとる行動とは。
狡噛と槙島の後を追い、巨大穀倉地帯へ足を踏み入れた朱たち一係。狡噛、槙島、朱、三者の想いがついに邂逅する。果たして朱は槙島を捕らえ、狡噛を止めることができるのか――!?
再び相まみえる狡噛と槙島。槙島を前に、狡噛の『殺意』がむき出しになる。システムの檻に囚えられなかった2つの魂が、疾走する。彼らの到達した地平に、朱は何を見るのか。そして彼女の出す答えとは――。
2114年、シビュラシステム運用下にある東京の繁華街で連続爆破事件が起きた。公安局刑事課一係の監視官・常守朱は、事件直後に色相が悪化した人物のサイマスティックスキャンのログをトレースすることで居場所を特定。一係と二係の刑事と現場へ向かう。朱は逃亡を図る潜在犯・喜汰沢旭をすぐに執行しようとせず、ある可能性に賭けようとしていた――。
二係の監視官が失踪し、ドミネーターが一挺行方不明に。手がかりは現場に残された謎のメッセージ「WC？」のみ。シビュラシステム運用下において一切の痕跡を残さず行動ができる人物がいるとしたら、それは透明人間でしかない。そのころ拘留中の連続爆破犯の犯罪係数が執行対象外に下がるという事態が起きた――。
逃亡する潜在犯がエリミネーターで執行される直前につぶやいた人物の名前は……カムイ。その人物はサイマティックスキャンを欺き、他人のサイコパスをクリアにすることができるらしい。真実を追う監視官・常守朱は潜在犯隔離施設に向かい、ある男に面会する。いないはずの存在・カムイを追う朱に一係の刑事たちは混乱するが――。
を名乗る人物がメンタルケア施設を占拠し、患者を人質にとる事件が起きた。犯人はカムイの名を叫ぶ。行方不明になった監視官に導かれて、このメンタルケア施設にいた二係の監視官・青柳璃彩はドミネーターを犯人に突きつける。だが、その犯人の犯罪係数は執行対象外だった。犯人を止めようとする青柳はガラス片を握り締め――。
局長に命じられた三係の作戦の結果、犯人とともに人質のサイコパスも悪化しメンタルケア施設は虐殺の場となってしまった。事件後、朱はカムイの存在を確認するために国防省の軍事ドローン研究開発部門が使用している旧港の倉庫地帯へ足を運ぶ。すると捜査中に軍事ドローンが起動し、殺戮をはじめた。そのドローンを操作している者の正体は――。
軍事ドローンは容赦なく刑事たちを追いつめる。そこにドミネーターを持った人物が現れ、犯罪係数が悪化した刑事たちを撃っていく。常守朱はカムイの目的に気づき、執行官を下がらせ、監視官が前線に出るように切り替える。そして朱自らカムイの足取りを追うのだが……。そのころ市街では、ドローンの暴走が拡大し大混乱が起きていた――。
ゲームに見せかけ一般人に軍事ドローンを操作させた虐殺事件の中、複数のドミネーターが奪われた。鹿矛囲は手に入れたドミネーターを誰に向けようとしているのか。そしてそれらのドミネーターはなぜ停止措置がとられないのか――。シビュラシステムに常守朱は問いかける。そのころホロデザイナーだった雛河翔は、鹿矛囲が使うホロから思わぬ手がかりを見つける――。
鹿矛囲桐斗とは何者なのか――。鹿矛囲は過去に死んだ人間の成長ホロを駆使してあらゆるところに潜んでいた。朱たちはそこに綿密な計画性を感じ取る。一方、美佳は製薬会社を経営する東金財団を調査し、鹿矛囲に関係する特許を取得していたことを発見する。鹿矛囲の正体に迫る美佳は、公安局局長の禾生壌宗に報告書を提出するが――。
シビュラシステムの真実を禾生から告げられる美佳。真実を受け入れ社会を賛美する彼女は、シビュラの申し子を称する東金朔夜に逆らえなくなっていく。その頃、鹿矛囲は公安局から奪った複数のドミネーターを手に政府の役人たちに牙をむいていた。ドミネーターの使用が確認され、朱と一係のメンバーは現場に急行。そこに鹿矛囲が残した朱へのメッセージとは――。
透明人間が姿を見せながら行動を起こした。地下鉄に爆弾を仕掛け、700人以上の乗客を人質にとった鹿矛囲は、人質に向かってドミネーターによる無差別攻撃を開始する。鹿矛囲の目標に気づいた朱は局長の禾生と面会。そこで鹿矛囲抹殺の命を受けるも従わず、大きな賭けにでる決断をする。鹿矛囲のもとへ向かう朱。そこに立ちはだかったのは予想外の人物だった――。
鹿矛囲が裁きを為したとき、この世界は変わる。そう鹿矛囲を信じる人間たちが公安局の刑事たちに次々と捕えられていく。朱は鹿矛囲とともにシビュラシステムの中枢へ。はたしてシビュラと鹿矛囲、どちらが裁かれるのか。いま世界のルールが変わろうとしている――。
人間の精神を数値化するシビュラシステム管理下の2112年、新人監視官の常守朱と執行官の狡噛慎也は、ある大事件の黒幕・槙島聖護と出会う。狡噛は自らの信念を貫き槙島に復讐（ふくしゅう）を果たした後、姿をくらます。2116年、日本政府が輸出したシビュラシステムを内戦状態のSEAUn（東南アジア連合）が実験的に導入するが、SEAUnから日本へテロリストが送り込まれ……。
2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。 その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー・夜坂泉だった。 しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。監視官の霜月美佳は、 執行官・宜野座伸元らとともに夜坂送還のため青森へ向かう。そこで待っていたのは、〈偽りの楽園〉だった。
常守朱が公安局刑事課一係に配属される前の2112年夏、沖縄。 国防軍第15統合任務部隊に所属する須郷徹平は、優秀なパイロットとして軍事作戦に参加していた。 三ヶ月後、無人の武装ドローンが東京・国防省を攻撃する事件が発生する。 事件調査のため、国防軍基地を訪れた刑事課一係執行官・征陸智己は、須郷とともに事件の真相に迫る。
2116年に起きた東南アジア連合・SEAUnでの事件後、狡噛慎也は放浪の旅を続けていた。 南アジアの小国で、狡噛は武装ゲリラに襲われている難民を乗せたバスを救う。 その中には、テンジンと名乗るひとりの少女がいた。 かたき討ちのために戦い方を学びたいと狡噛に懇願するテンジン。 出口のない世界の縁辺で、復讐を望む少女と復讐を終えた男が見届ける、この世界の様相とは…。
2120年、東京。ハイパー・トランスポート社の大型輸送ドローンが事故を起こした。着任したばかりの厚生省公安局刑事課一係の監視官・慎導灼と炯・ミハイル・イグナトフは、この事故の調査へ向かう。彼らはそこで同社の会計士である旭・リック・フェロウズが行方不明になっていることを確認。捜索のため、灼は追跡対象者になりきる〈メンタルトレース〉を行いリックの行動を追うが、やがて海に浮かぶ遺体を発見する。状況的に事故死と判断されるも、リックの死に違和感を抱いた灼と炯は捜査を続行。そして、事故は偽装であり、内部告発の口封じのために事故を仕組んだ人物の影にたどり着く――。
偽装事故の手口をつかんだ一係は、マークしていたハイパー・トランスポート社の役員である与根原を追い廃棄区画を訪れる。スラム街出身の入江のツテで逃亡先を探り当てるも、到着時、既に与根原は死亡していた。主犯である同社顧問・些々河を追うため、霜月の命令を無視して有明空港に駆けつけた灼と炯だが、見知らぬ男たちに行く手を阻まれる。彼らは外務省行動課・狡噛慎也と宜野座伸元。些々河を逃したわけではない――灼が彼らの目的に気づいたその頃、機内では些々河が行動課により確保されていた。 事件解決後、某日。ホテルで転落死体が発見された。現場に急行した一係は、不具合の連鎖という点で、輸送機事故と似ていることに気づく。自殺か、それとも事故か。捜査のため、被害者の関係者であるアイドル政治家・小宮カリナに会いに行くが――。
転落死した土谷博士は、都知事選に立候補したアイドル政治家・小宮カリナのメンタルケア・スタッフだった。カリナに面会した灼は、彼女から底知れぬ何かを感じ取るも事件の手がかりはつかめない。捜査を進めていくと、ホテルの防犯データに、もうひとりの都知事候補である薬師寺・ヘラクレス・康介の第一秘書、リー・アキが映っていた。調査のためリーのもとを訪れた一係だが、そこで突如襲撃に遭い、リーは殺害されてしまう。 移民肯定派の薬師寺に対抗する小宮カリナ支持者の犯行なのか？ 確保した襲撃犯の背景から、入江は犯人の拠点を茗荷谷に絞る。そこはかつて入江が縄張りにしていた廃棄区画だった。裏社会を取り仕切るブローカー・榎宮春木に会いに行った灼たちは容疑者濃厚と推測するが、肝心の犯行動機と手段の確証がつかめない。 襲撃者と襲撃された側、二手に分かれて捜査をすることにした一係だが――。
停職処分になった炯の穴埋めとして、公安局と捜査コンサルタント契約を結ぶフリージャーナリストの六合塚弥生が加わった。リー殺害の襲撃犯が仮死状態で運搬されたと推理した灼たちは、六合塚の調査により、ある運送業者と榎宮との接点を見つける。一方、入江がつかんだ情報から秋葉原廃棄区画にある土谷博士の隠しラボを訪れた一係は、博士が作り出した新世代人工知能――マスコントロール・カリナ、〈マカリナ〉の事を知る。新種のメンタル誘導装置である〈マカリナ〉は、小宮カリナの重大な秘密に繋がっていた。犯人の狙いはカリナの秘密の暴露、そしてその先にある選挙そのものの操作…事件計画の目的に気付いた灼たちは、都知事選公開討論会の会場・ギガアリーナに急行するが――。
天馬から渡された名刺には、狐のマークと「梓澤廣一」の名前があった。一係前任監視官・来良と面会するため潜在犯隔離施設を訪れた炯は、もう一人の前任監視官・伏瀬の事故死に〈狐〉が関与していると聞く。色相を保ったまま犯罪を行う組織〈狐〉は公安局にもいる――灼と炯は、〈狐〉に繋がる梓澤という男を調べ始める。 後日、東京・三郷ニュータウン。入国者の宗教活動が全面解禁となる信仰特区が誕生した。特区では宗教関係者が集うＰＲイベントが開催されていたが、その会場を狙い、腹に爆弾を埋め込んだ男の自爆テロが発生する。状況から、事件は信仰特区絡みであり首謀者は別にいると推測した一係は、特区反対派の重要人物から調査を始める。 対象は難民弁護官のテレーザ陵駕、ニュータウン工場労働者の顔役であるジョセフ・アウマ上人、そして自爆犯も信者だった公認宗教団体〈ヘヴンズリープ〉教祖代行であるトーリ・アッシェンバッハ。それぞれに引っかかる点はあるものの、色相はクリアで事件関与の証拠までは得られない。一方、イベントに出席していた、特区賛成派唯一の生き残りである入国管理局オブザーバー、久利須＝矜冶・オブライエンの病室で、二度目の爆破事件が発生する。
連続爆破テロの手掛かりを得るため、公認宗教団体〈ヘヴンズリープ〉への潜入捜査を開始した炯と如月。一方、灼たちは、テレーザ陵駕と久利須が共同保有していた貸し倉庫を調査し、残る痕跡から爆弾人間があと三人いる事を突き止める。だが糸口をつかんだと思ったその矢先、ニュータウン工場地帯で第三の自爆テロが発生。重要参考人であるアウマ上人が死亡する。アウマは売春組織から逃げ出した入国者たちをかばって犠牲となったが、彼らがいた倉庫の奥には銃の部品パーツを作る工場が隠されていた。強制売春の被害者を助けながら密売をおこなっていたことに違和感を覚えた灼たちは、銃の流通ルートを調べ始める。そのころ炯と如月は教祖代行であるトーリが爆破事件に関与した証拠にたどり着くが、トーリに潜入捜査を見破られ拘束の身となる――。
死亡したはずの久利須の生存を〈メンタルトレース〉によって突き止めた灼は、連続爆破テロの真相にたどりつく。一方、〈ヘヴンズリープ〉への強制捜査に踏み切った霜月は二係を引き連れ炯の捜索に当たっていた。追い詰められたトーリは舞子を人質にとり炯と対峙するが、一瞬の隙を突いた舞子の手によって絶命する。
コングレスマン、インスペクター、狐。三層構造でシビュラシステムの盲点をつく存在であるビフロスト――ドミノ倒しのように起きる事件の全体像をつかみ始めた一係は、外務省行動課と捜査協力を結び調査を続行する。事件には、行動課が追っているピースブレイカーの残党、パスファインダーも絡んでいた。行動課は彼らを追い、灼たちはまた標的になるであろう都知事の護衛任務につくこととなる。一方、如月を囮として仕込んだ餌に反応があった。食いついてきた相手に会うため指定場所を訪れた炯だが、そこに現れたのは〈狐〉ではなくコングレスマンの一人、法斑静火だった。命を狙われていると語る静火は、炯に取引を持ちかける。そのころ、都知事周辺のドローンの解析情報からクラッカーを捜索していた灼たちは小畑と接触し、任意同行で取り調べを行うが…。
舞台は第三期の最終回直後。六合塚を襲撃して公安局ビルへの入館パスを手に入れた梓澤は、単身公安局ビルへ。先に逮捕・拘留されていた小畑と共に公安局ビルを完全占拠し、小宮知事の辞任を要求するのだった。灼や炯、刑事課1係は梓澤を逮捕し公安局ビルを取り戻すために行動を開始する。
2118年1月。公安局統括監視官として会議に出席していた常守朱のもとへ、外国船舶で事件が起きたと一報が入った。同じ会議に出席していた厚生省統計本部長・慎導篤志とともに現場に急行する朱だったが、なぜか捜査権は外務省海外調整局行動課に委ねられていた。船からは、篤志が会議のゲストとして呼んだミリシア・ストロンスカヤ博士が遺体となって発見される。事件の背後には、行動課がずっと追っていた〈ピースブレイカー〉の存在があった。博士が確立した研究…通称〈ストロンスカヤ文書〉を狙い、〈ピースブレイカー〉の起こした事件だと知った刑事課一係は、行動課との共同捜査としてチームを編成する。そこには、かつて公安局から逃亡した、狡噛慎也の姿があった――。博士が最後に通信した雑賀譲二の協力を得て、文書を手に入れるべく出島へ向かった一係だったが…。 〈ストロンスカヤ文書〉を巡り、予想を超えた大きな事件に立ち向かっていくこととなる朱と狡噛。その先には、日本政府、そしてシビュラシステムをも揺るがす、ある真実が隠されていた。ミッシングリンクをつなぐ〈語られなかった物語〉が、ついに明らかになる――。
