スイーツが大好きな中学２年生の宇佐美いちかは、海外で医者として活躍する母が一時帰国するとあって、サプライズでショートケーキを作ろうと大奮闘。そこへ、突然、キッチンにペコリンという名の妖精が飛び込んできて…。
「“どでかプリン”入荷！」のチラシを見たいちかは猛ダッシュお店に向かうも、出遅れてしまい売り切れ…。悲しむいちかは、同じようにプリンを買うことができなかったクラスメイト有栖川ひまりと遭遇する。いちかはひまりを誘って、一緒にプリンを作って食べることに！
野外ステージで空に向かってシャウトするボーカルの女の子に魅了されたいちか。その女の子は偶然にも同じ学校の同級生、立神あおいだった。大喜びのいちかに対して、あおいは新曲の歌詞を考えることで頭がいっぱいみたいで…。
いちかとひまりは、近くの洋菓子店の娘でバレエダンサー真理子の大ファン！あおいも真理子のファンだと分かり、３人でバレエの発表会に手作りシュークリームの差し入れすることを思いつく。ところが、シュー皮作りは失敗の連続でなかなか上手くつくることができない。3人の間にどんよりしたムードが漂い始めるが…。
街で評判の美人高校生、琴爪ゆかりと出会ったいちかたち。翌日も偶然ゆかりと出会ったいちかは、ゆかりに付き合ってショッピングやゲームセンターへ。ゆかりが心からそれを楽しんでいるように思えないいちかは、一緒にマカロン作りをしようとゆかりを誘う。
いちかの隣の家に、高校生の剣城あきらが引っ越してきた。格好良い彼をいちかは好きになってしまい、ひまりたちもあきらを見ようとやってくる。そんな時、あきらがあるお店を教えてほしいと尋ねてきた。
あきらがプリキュアの仲間になった記念に、いちかたちはお茶会を開いた。みんなでドーナツを作る姿を見た長老は、ペコリンたち妖精が、仲良くスウィーツを作っていたいちご山のスウィーツ工房のことを思い出す。
みんなで協力し、スウィーツショップ「キラキラパティスリー」をオープンしようと思いつくいちか。紳士に変身した長老は、地下にあるキラキラルポットをいちかたちに見せ、お店の飾り付けをしようと提案する。
張り切ってキラキラパティスリーをオープンするいちかたちだったが、お客がなかなか来てくれない。そこでいちかは色々な場所にキラパティを移動させた。そんな時、男性客が思い出のクッキーを探しに来店する。
おいしいスウィーツと、きれいなゆかりと格好良いあきらがいるため、キラキラパティスリーは大盛況。そんな時、スウィーツフェスティバルの開催が決まり、いちかはタルトに使う果物をゆかりとあきらに選んでもらう。
ついにスウィーツフェスティバルの日を迎え、いちかたちキラキラパティスリーの一同も、ハリネズミフルーツタルトを用意してイベントに参加。キラパティに多くの客が訪れるなか、遠くからいちかを見詰める人がいた。
いちかのクラスに黒木リオというイケメンの転校生がやってきた。リオはすぐに女の子たちのアイドルになり、男の子たちからの人気も急上昇。そして彼には、いちかの名前を知っているなど、謎めいた一面もあった。
新作のフラミンゴチュロスについて熱く語るひまりを見た青果店のおじさんが、商店街のPR動画への出演を依頼。いちかはマスコットキャラのイチゴン、ひまりはリポーター、あおいはカメラマンを担当するのだが...。
今日はあおいの野外コンサートの日だったが、突然現れた男性があおいを抱きかかえて立ち去った。いちかたちは心配してあおいを訪ねるが、家の大きさに仰天。実はあおいは、日本でも有数の大企業のお嬢様なのだった。
入院していたあきらの妹・みくが、いきなりキラキラパティスリーにやってきた。あきらからキラパティといちかたちのことを聞いたみくは、病院から外出許可をもらい、今日だけ店の手伝いをすることになった。
いちかたちは、ジュリオが自分たちと関係のある人物を狙ってることが気になり、ゆかりもこれを考えていた。そんな時、ゆかりの家でお茶会が開かれる。いちかたちが招待され、なぜがリオも呼ばれていた。
今日は、お母さんから手作りスウィーツが送られてくる日。そこでいちかは、お返しに送るスウィーツの材料を買いに出かける。その途中でいちかはリオと出会い、荷物を家まで運んでもらうことになった。
ジュリオであることが判明したリオは、学校に来なくなった。そのジュリオの前にビブリーという女の子が現れ、「あとは自分がやる」と告げる。同じ頃、キラキラパティスリーにお客が来なくなっていた。
いちかたちが青果店で知り合った同じ歳の女の子、キラ星シエルはパリで有名な天才と呼ばれるパティシエだった。そんなシエルが、いちご坂商店街で期間限定のスウィーツショップを開くことになる。
商店街のPR動画のためシエルの密着取材をすることになり、みんなはハチミツ農家に行くシエルに同行するが、ひまりとあおいは見失ってしまう。何とか後をついていったいちかの前で、シエルは自然の木の実を採取する。
キラキラパティスリーの周りで青い火の玉を見かけたいちか。これを聞いた長老は、いちご山にみんなを連れて向かう。そこでキラキラルの花火を打ち上げると、花火に誘われて妖精たちが集まってきた。
みんなの前にジュリオが現れるが、いつもと違った雰囲気にプリキュアたちは戸惑う。その時、キラリンがジュリオのことをピカリオと呼んだ。ジュリオはキラリンの双子の弟・ピカリオなのだという。
闇の呪縛から解き放たれ、元の姿に戻ったピカリオ。だが、キラリンへの憎しみの気持ちを忘れることができない。一方、ピカリオを追い詰めてしまったことを後悔するシエルは、店を閉めて落ち込んでいた。
傷ついた体を癒やすため、いちご山の空洞で深い眠りにつくピカリオ。6人のプリキュアには、伝説のパティシエのプリキュアからアイテムが贈られる。プリキュアになったシエルは、みんなともっと仲良くなろうと誓う。
スウィーツの国と呼ばれているコンフェイト公国のナタ王子が、いちご坂にやってきて、ゆかりに一目惚れ。どうしても姫として国に連れて帰りたいと言うナタ王子に対し、ゆかりはある条件を持ちかける。
海に来たいちかたちは遊び疲れてしまう。キラキラルで作った浮き袋で浮かべたキラキラパティスリーで昼寝をし、いつの間にかキラパティは流されてしまう。気がつくと、キラパティは無人島に漂流していた。
あおいのバンドが野外フェスに出場することになった。しかも、そのフェスには憧れているミサキも出演するので、あおいは大喜び。しかし、あおいとミサキはふたつのステージで同じ時間に歌うことになってしまう。
妙なおじいさんがキラキラパティスリーを訪ねてきた。おじいさんは、ひまりの愛読書「スウィーツの科学」の作者である立花ゆう先生だった。立花先生は、明日行われるスウィーツの科学大実験の助手を探していた。
前よりも仲良くなったゆかりとあきらだが、いつも笑顔で誰にでも優しいあきらを見て、ゆかりは自分がそうできないことを悩んでいた。そんな時、ゆかりはおばあちゃんに抹茶のスウィーツを作ってほしいと頼まれる。
いちご野高校の文化祭にやってきたいちかたち。実行委員長で忙しいあきらの代わりに、いちかたちはあきらの妹・みくと遊ぶ。文化祭のテーマ「不思議の国のアリス」に合わせた仮装をし、みんなで文化祭を楽しむ。
外国で働いているお母さんが帰ってきたため、いちかはびっくり。お母さんは明日の昼までしかいられないので、いちかはキラキラパティスリーから帰宅し、久しぶりにお父さんとお母さんと楽しい時間を過ごす。
6つの結晶が動物の形になった理由を知るため、いちかたちはいちご山の地下空洞に来た。そこへビブリーが襲来するが、持っていた結晶が光を放ち、いちかたちをどこかへ連れ去る。着いたのは、昔のいちご坂町だった。
キラキラルクリーマーから生まれたクリスタルアニマルと遊ぶいちかたち。闇の支配から逃れたビブリーとも仲良くなり、一緒にスウィーツを作る。そんな時、叫び声を聞いた一同は、喧嘩をしている人たちを見つけた。
散歩中にゆかりとクリスタルアニマルの頭がぶつかり、お互いの心が入れ替わってしまった。しかしゆかりは面白がって、ネコとして街へ遊びにいく。そこでゆかりは街のネコたちから、ボスになってほしいと頼まれる。
お父さんの代わりにスウィーツの新作発表会に参加することになったあおい。新作スウィーツが気になるひまりは、あおいと一緒に発表会に行くことになった。だが、いつもと違う雰囲気に、ひまりは動揺を隠せない。
いちご坂大運動会の季節がやってきた。家が隣同士のいちかとあきらは、同じ「中いちご坂チーム」。スポーツ万能のあきらは、全種目に出場する。町内のみんなの期待に応えようと、あきらは張り切るのだが...。
シエルの華麗なテクニックを見ようと、キラキラパティスリーに大勢の人が集まる。そこに、パリでシエルをパティシエとして育て上げたソレーヌが現れた。ソレーヌは、シエルをパリに連れて帰ると言うのだ。
パリで開催されるスイーツコンテストに出場することになったキラパティのメンバー。しかし突然、シエルが絶不調に…。さらにはパティシエを襲う謎の怪物が現れ、パリの街が本物のスイーツに!?いちかたちはプリキュアに変身し、街を救おうとするが…。
夢の中でルミエルと出会ったペコリンは、そのキラキラルの力で人間になり、いちかたちを驚かせた。人間になったペコリンは大喜びし、いちかたちのために買い物に出かけ、心配ないちかたちは隠れてペコリンを見守る。
ノワールの恐ろしさを伝えるため、いちご山に妖精たちを集めて妖精大会議が開かれ、いちかたちもプリキュアとして参加。ノワールの闇に対抗するため、キラキラルのこもったスウィーツの作り方を妖精たちに教える。
プリキュアたちのピンチに駆けつけたリオが、ルミエルから授かった力でプリキュアを助け、闇に染まった街を元に戻す方法を教えてくれた。その方法とは、スウィーツを作って街をキラキラルで満たすことだった。
リオが長い眠りから目覚め、シエルは大喜びする。そんな時、商店街の店のキラキラルが奪われるという事件が発生。商店街の人たちは、「リオがキラキラルを奪ったのだ」とシエルに文句を言いにきた。
憧れているミサキと対バンライブをすることになったあおいのバンド・ワイルドアジュール。しかし、リーダーの園部が家庭の事情でバンドを抜けることになり、あおいはどうしたらいいかわからなくなってしまう。
臆病な自分を変えたいと思ったひまりは、友達に勧められ、スウィーツ番組のアシスタントオーディションに出場することを決めた。そんなひまりを応援するため、いちかたちは一緒にテレビ局へやってきた。
みくのお見舞いに来たあきらは将来の夢を聞かれ、研究者になってみくの病気を治したいと答える。あきらはいちかの母親のようにみんなを助ける人になりたいのだ。しかしみくは、あきらの迷惑になるから駄目だと言う。
ゆかりの提案で、キラキラパティスリーでクリスマスパーティを開くことになった。いちかたちが張り切って準備を進めるなか、ゆかりはマカロンの作り方を教えてほしいとシエルにお願いし、練習を始める。
いちかの誕生日会を開くことになった。しかし、みんなは好きな夢に向かって歩き始めたのに、自分は夢が見つからないため不安が募るいちか。そんないちかにお父さんとお母さんは、好きならば今はそれでいいと言う。
エリシオの力で、世界は大好きも大嫌いもない空っぽの世界になってしまう。しかし、ペコリンと長老はその影響を受けなかった。ペコリンは、空っぽになったいちかたちに、大好きな気持ちを思い出してもらおうとする。
プリキュアたちが大好きという気持ちを取り戻したため、エリシオは再びプリキュアを空っぽにしようと、ルミエルとノワールの力で変身。プリキュアはみんなの大好きを取り戻そうと頑張るが、エリシオに苦戦する。
あれから1年が過ぎ、いちか以外のみんなは自分の夢に向かっていた。一同はなかなかキラキラパティスリーに集まれなくなった。そして、ゆかりが外国から帰ってくる今日が、いちか以外のキラパティ最後の日となる。
