カズマたちはひょんな事から、異世界へ転移する謎のスイッチを押してしまう。 アインズ、そしてターニャもスイッチを押してしまい、異世界へ転移！転移先はまさかの……！？
唐突に始まってしまった学園生活。緊張した面持ちの面々を気にすることなく、 担任のロズワール先生は彼らに自己紹介をさせるのであった。 そして放課後の帰り道、アインズ達を待ち受ける者がいる。それは……！？
とりあえずは学園生活を送るしかないと覚悟を決める一同。 そんな中、ターニャは同級生の中に、自分を異世界に転生させた自称神こと「存在X」がいるのではないかと疑いを持ち始める。
一触即発状態になってしまったアインズとターニャ。 しかし、アインズのある一言をきっかけに状況は一変する。 一方、スバルはカズマにある確信をもった問いかけを投げかける。
ロズワール先生の計らいにより開催された懇親会。 親睦を深めるため、くじ引きで選ばれた者が 「かくし芸」を披露することに。果たして選ばれるのは…！？
懇親会も無事に終わり、ほっと一息ついた一同。 ところがまたしてもロズワール先生の一声で、今度はクラス委員を決めることに！？
とうとう始まった委員会活動。 これまで関わったことのないクラスメイトたちが一緒に行動することに。
臨海学校で行うアクティビティを決めるため、緊急ホームルームが開かれる。 ところが、すんなりと話が進むはずもなく……
いよいよ、待ちに待った臨海学校！ アクティビティ盛りだくさんの楽しいイベントになるはずが、 単なるバカンスでは終わらないようで…！？
楽しかった臨海学校も終わり、いつもの日常が戻ってきた。 ところがひょんなきっかけから、別クラスの存在が明らかになり…！？
ついに、クラス対抗の体育祭が開幕！ 一進一退の攻防が続く中、まさかの参戦者が…！？
先生チームにまさかのデストロイヤー参戦！ 果たして２くみは勝利を掴み、元の世界に戻ることができるのか…？
学園生活にもなじんできた２くみの面々。 そんな彼らの元にやってきた新しい転校生はまさかの？
この世界では「アレ」が飲めなくて辛いとぼやくカズマたち。しかしとある場所には「アレ」が隠されているらしい。彼らの選択肢はひとつであった。
校則違反を犯したアクアたちは恐怖の生活指導室送りに。 特別指導によって茫然自失となってしまった彼女らを救うために、立ち上がったのは……！？
突然テストの実施が宣告された。 ひそかに落第に怯えるアインズは、テスト攻略のため、禁断の方法に手を出してしまうが…！？
バレンタインデーにむけて、気合を入れてチョコレートを作るアルベド。 そんな彼女の前に現れたのは「愛」を語るあの男だった……。
些細なことで言い争いをするターニャとアインズ。 それはいつしかクラスを巻き込んだ分断に。 話し合いでの解決が困難と考えたレルゲン先生はとある対決の方法を提案する。
次なる学園生活のイベントは、身体測定。 覗こうとするもの、それを防ぐもの、それぞれの思惑が交差する。 同時に、どうでもいいことでも思惑が交差してしまっていた。
最近ヴィーシャの様子がおかしい。 と同時に、様々な場所での目撃情報が相次ぐ。 彼女の目的は一体なんなのか？
学園祭の劇の演目を決めるため、ラインハルトに聞きこみ調査を頼まれたフィーロ。 いろんな人にお話を聞きに行くフィーロだが……。
学園祭まであと1週間。 演劇の演目すら決まっていない２くみの準備は、 果たして間に合うのか！？
学園祭を大いに楽しむ一同。 ところが、演劇の準備をしている２くみの面々のもとに、 招かれざるモノの来訪が告げられる。
２くみによる舞台はつつがなく進む。 一方の運動場ではアクア、アルベド、エミリア、ヴィーシャがデストロイヤーとの 激しい戦闘を繰り広げていた。 劇と戦い、そしてこの学園生活の行方は…。
「劇場版でも異世界だ！」 突如教室に現れたワームホールによって、またもや異世界転移をさせられた２くみの面々。 彼らがたどり着いた地は暴走したゴーレムが支配する荒れ果てた世界だった。 そこで出会ったのは、めぐみんと似た雰囲気を持つ少女型ゴーレム、スバルを知る（？）杖をついた中年男性、そしてターニャと同じ軍服を着た女性軍人。 様々な運命が複雑に絡み合いつつも元の世界に戻ろうとするアインズ、カズマ、スバル、ターニャ、尚文達は、無事にアッセンブルすることができるのか！？
新たな転校生オットー、ガーフィールが加わった２くみの面々は、 ドタバタしながらもいつもの日常を過ごしていた。 そんな中、アインズはロズワール先生に大事な話があるようで……？
１くみにも転校生がやってきていたようだ。 名前が似たものが多く困惑するフェルト達。 彼女らは一体何者なのか……？
