長きにわたる大戦が終結し、徐々に平和を取り戻しつつあるフェルビスト大陸。 生きる目的を失い自堕落な日々を送っている元乱破師（サバター）のトールは、妹アカリとともに放浪の身であった。 と、そんなふたりの前に棺を背負った魔法師（ウィザード）の少女チャイカが現れる。 あるモノを探して旅を続けているという彼女に、ひょんなことから雇われることになった兄妹。 その依頼とは－－。 「領主の館、襲撃」
アバルト伯爵の魔の手を切り抜け、“あるモノ”を持ち出すことに成功した一行は、闇夜の中を逃走する。 町はずれまで辿りついた３人の前に立ちはだかったのは、戦後復興推進（クリーマン）機関に所属するヴィーマック王国の騎士（キャバリア）、アルベリック・ジレット率いるジレット隊だった。チャイカを追っているという彼はトールにこう告げる。 「彼女に協力しても良いことなどない。むしろ世界中を敵にまわすことになるぞ」
馬車に揺られイプソム市にやってきたチャイカたちの前に気配もなく忽然と現れたのは、「チャイカの協力者」を名乗る謎の少年。 ただならぬ気配と、どこか不穏な笑顔に身構えるトールを前に、ギイと名乗るその少年は移動用機車（ヴィークル）の入手方法と、次なるターゲット、八英雄のひとりであるドミニカ・スコダの情報を告げて消える。その頃、ジレット隊もチャイカを追って街に潜入しており……。
ドミニカ・スコダを探して分け入った深い森で棄獣（フェイラ）に襲われていたトールたち。彼らを助けたのは、棄獣（フェイラ）の中でも知能・戦闘力ともにずば抜けているという装鎧竜（ドラグーン）と契約した竜騎士（ドラグーンキャバリア）・ドミニカその人だった。 彼女の館に逗留することになった一行は、しばしの休息を得る。 チャイカは、今や恩人となったドミニカから“遺体”を奪うことをためらいを見せ始め…。
フレドリカが仲間に加わり４人（３人＋１匹？）となったチャイカたちは、次なるターゲットを探して旅を続けていた。 そんな彼らに突然襲い掛かる謎の３人組。 蛇絞剣（スネークブレイド）を自在に操る少女の姿は－－。 「！ チャイカ……？」 瓜二つなふたりの少女を前にトールは困惑する。
魔法師（ウィザード）のセルマと槍遣いのダヴィード、そして白いチャイカ。 トールとアカリ、そして紅いチャイカ。両者は夜明けの河原で対峙する。 そこに、棄獣（フェイラ）の一種・奇眼鳥（コカトリス）の群れが襲いかかる！ その最凶最悪の視線――神経に作用する猛毒の魔法――から命からがら逃れたトール達に、紅いチャイカは意外な言葉をかける。 「提案。考慮。主の乗り換え」
旅を続けるチャイカ一行は次なる遺体を入手すべく、八英雄の一人・魔法師（ウィザード）のシモン・スカニアが４年前、最後に目撃されたというラデミオの街にたどり着く。 そこでは、霧深く、立ち入った者は二度と帰らないという“還らずの谷”の存在がささやかれていた―― 崩れた崖から“還らずの谷”の底深く落ちていったトールが見たものとは！？ 「いままでありがとねトール。さようなら」「……待て、…待ってくれ、チャイカ！」
「ここはネオガズ帝国の領土だ、通行料を払ってもらおうか」 チャイカたちの前に立ち塞がる、ガズ帝国の復興を掲げた怪しげな集団。 そこには「チャイカ姫」と呼ばれる黄色いドレスを着た少女の姿があった。 機転を利かせたアカリの判断で、一行は旅芸人に扮することに。 一方チャイカは、彼女の故郷である在りし日のガズ帝国を知る彼らに興味津々で……。
終戦記念日の祭りで賑わう街。 北の民族抗争の鎮圧を命じられたジレット隊も、旅の途中、その賑わいの中にいた。ジレットと二人きりの買出しを喜ぶヴィヴィ。 一方、魔法思念料を求めるチャイカ達だったが、目当てのものはどこも品薄。手元に残る量では機車（ヴィークル）を動かすにも半日ともたない。そんな中チャイカは、魔法思念料に代わる燃料として、自身の記憶を使用できると言う。 チャイカの欠落した記憶、アキュラの里で過ごした幼き日のトールの記憶――それぞれの「記憶」が交錯する。
原作単行本第12巻特装版特典
皇帝の遺体を所有するというガヴァーニ公爵の治める街へたどり着いたチャイカたち。 そこはヴィーマック王国一の化石思念料の産地でもあるはずが、どの店にも在庫がない。公爵が、街中の化石思念料と「娘」を徴収していると言うのだ。 街の上空を旋回する巨大な航天要塞・ソアラ。膨大な魔力を必要とするそれが彼の城だと聞き、遺体の使用を確信した一行は、町娘に扮したアカリを潜入させるが…。
突如襲いかかってきたアカリに奈落へと蹴り落とされるトール。 そんな彼を助けたのは、ヴィヴィとともに要塞内に潜入していたジレット隊のズィータだった。トールはチャイカ救出のため、航天要塞からの脱出手段を探す彼女たちとしばし手を組むことに。 一方、蒼いヴェールを纏った妖艶な少女・レイラはチャイカに告げる。 「あなたはまだ知らない。自分が何のために生きているのか、何のために生まれてきたのか。それを知った時、あなたは心底から……絶望できるわ」
迫りくるヴィーマック王国の航天要塞・ストラトス。 2つの巨大兵器がぶつかり合う、まるで戦乱の世に戻ったかのような最悪の光景を前に、ジレットはヴィヴィとズィータを救出すべく、進軍の最前線に乗りこんでいく。 ソアラ内部では、トールやアカリ、ヴィヴィ、ズィータ、そしてフレドリカ――それぞれがそれぞれの目的のために、避けられない戦いに身を投じていた。 自らの存在、その真実を知ったチャイカ。彼女の導きだした答えとは――
航天要塞ソアラでの戦いから1ヶ月後、亡き父・禁断皇帝の遺体を求め、チャイカ、そしてトールとアカリ、フレドリカの一行は旅を続けていた。 次なる遺体の所持者は、皇帝を討伐した八英雄のひとり、クローディア・ダッジ。 彼女は優秀な魔法師（ルビ：ウィザード）であったが、いまや広大な葡萄園とワイナリーを経営する女主人となっていた。遺体をかけて勝負を挑むチャイカだったが、その圧倒的な実力差に、なすすべもなく完敗。 「完璧なる敗北…」落ち込むチャイカに、クローディアから意外な提案が……！？
八英雄のひとり、クローディア・ダッジとの“遺体”を懸けた再戦に臨むも、その猛攻の前に、防戦一方のチャイカたち。アカリが仕掛けた罠もことごとく破られ、反撃の隙を見つけられずにいた。「俺が囮になる」一か八かの勝負に出たトールに、チャイカは…！？ 一方、紅チャイカこと、チャイカ・ボフダーンの一行も、“遺体”を求め、元八英雄にして弓の名手、グレン・ドンカーブートのもとを訪れていた……。
次なる“遺体”を求め、一行はとある港町を訪れる。初めて見る海に大はしゃぎのチャイカ。その町に住む八英雄の一人、クレイ・モーガンは笑うことが大好きだと言う噂を聞きつけたチャイカ一行は、大道芸人を装い屋敷への侵入するが…！？ 逃げたクレイを追うトールとアカリ。一方、残されたチャイカはクローディアから聞いたガズ皇帝の“遺産”のことが頭から離れず…。 「父上の遺産……自分のこと……知る、希望！」
“遺産”の存在を確かめるべく島へと上陸したチャイカを待ち受けていたのは、襲いかかるオルトロスの群れ、そして亜人兵の集団……！？捕らえられたチャイカは島の地下に広がる巨大施設へと連行されてしまう。そこは亡きガズ皇帝より密命を受けたガズ帝国魔法技術院副院長・ヴィクトル・イズマッシュの研究所だった。 単身潜入したトールに解放され、施設内を彷徨う中、二人が出会ったのは……。 「かつて一度チャイカを名乗る娘と会った…。その者は自身の運命(さだめ)を知り、『チャイカ』を捨てた…」
再び捕えられた二人のチャイカ。 「……協力、今だけ。脱出。了承？」紅チャイカの申し出を受け出口を探す二人は、とっさに隠れた執務室で装置に固定された少女ニーヴァ・ラーダと出会う。 「チャイカ、待っていた」 チャイカを探して進むトール。研究所への侵入に成功したアカリとフレドリカ。囚われたダヴィードとセルマ、そして亜人であるキリルとウルスラ。棄獣(（フェイラ)と亜人兵だらけの島を舞台に、それぞれの死闘が今、始まる……。
ハルトゲン公国の首都ゲランソン――そこでは、来る“お祭り”に備え、世界各地から猛者達が集結していた。領主は八英雄の一人であり、討伐隊隊長として実際にガズ皇帝の首をはねたというシュテファン・ハルトゲン公王。彼の号令のもと行われる武芸大会の勝者には、ガズ皇帝の遺体が与えられるという。 チャイカ一行も参加を決めるが、噂によればそこで繰り広げられるのは、大会とは名ばかりの、「本物の武」を競う“殺し合い”だという……。
大会前夜。闇に紛れて水路を進み、城内への潜入を試みたトールとアカリの前に立ち塞がったのは、同郷の兄弟子シン・アキュラだった。圧倒的な実力差を前に、撤退を余儀なくされる二人。 翌日、トールとチャイカ、アカリとフレドリカ、紅チャイカとダヴィード、ヴィヴィとニコライ――それぞれ二人組みとなって戦場へと身を投じ、或いは邂逅し、遂に、武芸大会の火ぶたが切って落とされる。 その様子を不敵な笑みで見つめるハルトゲン公王、そして3人の黒い少女。 「…再び戦争が始められる。この日をどれほど待ちわびていたことか…」
第二城壁内で二組を制し、第三城壁内の闘いへと勝ち進むチャイカとトールの二人だったが、「規則違反」により捕えられ、別の闘技場へ向かうよう指示される。 そこで二人を待っていたのは椅子に腰掛け、黒衣を纏った“チャイカ”だった。 「ようやく会えたわね。ここは、あがないの場…」 一方、チャイカ達と同様に黒チャイカの闘技場へと誘導されたヴィヴィとニコライの前に現れたのは、変わり果てた風貌の、彼らの「隊長」その人で…！？
人質に取られたチャイカを救う方法はただひとつ。 トールは自身のふがいなさに憤りながら、棺をかつぎ再びゲランソン城へと向かう。 そしてついに、玉座の間にすべての遺体が揃うときがやって来た―― 「あなたには、ここで最後まで見届けてもらわなくちゃ。自分がなろうとしてなれなかった、本物のチャイカの姿をね」 茫然とするチャイカたちを前に、黒チャイカは告げる。 「はじまるのよ、新しい歴史が」
「…私、道具、用済み…。もはや、生きる意味無し…」 崩れ落ちるチャイカ。復活を遂げ、“新たなる城”へと帰還するガズ。 その様子をただ見つめることしかできないトールは、底知れぬ怒りを胸に、ある大きな決断をする。 「俺は、ガズを倒す。」の言葉を残し、フレドリカと共に“ガズ城”へと突き進むトール。 黒チャイカと“お人形”たちとの闘いに身を投じるアカリ、ヴィヴィ、そして紅チャイカ達。 残されたチャイカもまた、ひとつの決意を胸に機杖（ガンド）を構える。
