El sulfato atómico es una loción que, según el profesor Bacterio, elimina las plagas del campo. Sin embargo, la loción hace justo el efecto contrario: agranda a los animales, por lo que representa un grave peligro para la humanidad. Lo peor del caso es que uno de los frascos que contienen ese compuesto fue robado por agentes de la república de Tirania. Allí gobierna el dictador Bruteztrausen, quien pretende dominar el mundo. La misión de Mortadelo y Filemón es ir a Tirania y recuperar el frasco. Allí los agentes de la frontera les expulsan, porque Mortadelo en un error cogió unos recetarios en vez de los pasaportes. Por ello deben entrar de incógnito, con los disfraces de Mortadelo. Llegan a la ciudad y logran entrar al palacio, arrebatar el frasco al presidente en sus propias narices y huir, todo ello gracias a la ayuda de un frasco de dicho sulfato que se llevaron desde España.
Magín el mago es un malvado mago criminal con una característica muy particular: Magín posee la capacidad de hipnotizar a todo aquel que le mire a los ojos, haciendo que suplante la personalidad de cualquier persona, personaje, objeto o animal. Esta cualidad la usa para cometer robos a alta escala en toda la ciudad. El Súper manda a Mortadelo y Filemón para que detengan a este ladrón con quien las pasarán canutas.
La H.I.G.A. (Hermandad Insoportable de Gamberros Arrejuntados) es una nueva agrupación que se dedican a hacer gamberradas por todos los sitios para provocar el caos en las instituciones del país. Mortadelo y Filemón deberán atrapar a esos gamberros.
El balón catastrófico es un balón de fútbol inflado con un gas bacteriológico especial que convierte en burro a quien lo aspira. Lo prepararon unos terroristas del mando del coronel Gamberraffi, de Gibia, para atentar en los Estados Juntitos de Norteamérica. Pero este plan para convertir a la población en burros salió mal y el balón se extravió en España. La misión de Mortadelo y Filemón es encontrar ese balón y destruirlo, habida cuenta de que también los terroristas lo buscan. Y para inmunizarse contra el gas toman un antídoto del profesor Bacterio (contra su voluntad).
Los superhéroes (Batman, Superman, Spiderman, etc.) consiguen detener a multitud de delincuentes. El Súper quiere que sus agentes formen parte de esos superhombres. Para conseguirlo el profesor Bacterio ha inventado una serie de aparatos que permitirán a los agentes tener superpoderes y convertirse en urracomán, sardinamán, lombrizmán, etc. En definitiva se convertirán en espantajo-manes. Mortadelo y Filemón tendrán que probar esos inventos.
Mac el grajo, Bernabe el simio y Rosendo el gordo intentan secuestrar al profesor Bacterio pero no lo consiguen y son detenidos. En el interrogatorio confiesan que pertenecen a una banda que tiene preparados una serie de secuestros. Mortadelo y Filemón serán los encargados de proteger a las víctimas y de capturar a los secuestradores.
Se están cometiendo una serie de sobornos en la ciudad. El culpable, Rodolfo Cobardino y su banda, soborna a todo el mundo para conseguir sus propósitos. Mortadelo y Filemón deberán conseguir pruebas para poder encarcelarlo.
Ha habido un atentado en el "Aullido Vespertino" y el único testigo es un botones llamado Sacarino. El superintendente cree que el terrorista intentará liquidar a Sacarino antes del juicio y encarga a Mortadelo y Filemón su protección. Al final, Filemón casi pierde un ojo. Ya que el responsable del atentado le mete el dedo en el ojo con mucha fuerza. El médico "separó" el dedo del ojo con la ayuda de un soplete. No obstante, Parece que Mortadelo y Filemón necesiten más protección que él.
El profesor Bacterio ha asistido a un concurso de belleza canina con una chaqueta sobre la que había estado durmiendo su gato. Al olor de la chaqueta, los perros lo han atacado y uno de ellos, se ha tragado una cápsula atómica, capaz de hacer volar la ciudad por los aires, que el profesor llevaba en el bolsillo. Para neutralizar el potente explosivo, el perro ha de ingerir una morcilla especialmente preparada por el profesor. Como es usual, nadie sabe cual fue el perro que ingirió la cápsula, así que Mortadelo y Filemón han de administrarle la morcilla a todos los perros. Al final no sirvió para nada ya que en realidad quien se trago la cápsula era el gato del profesor Bacterio.
Billy el "Horrendo", uno de los criminales más brutos y horripilantes que existen, ha atracado el Banco Jeando. La T.I.A. ha dado con una pista de su paradero y enviará a Mortadelo y Filemón a capturarlo y a recuperar el dinero robado.
El profesor Bacterio tiene a punto una serie de inventos que facilitarán las tareas de los agentes. Pero lo primero es probar si los inventos funcionan correctamente. Mortadelo y Filemón serán los encargados de probarlos, muy a su pesar.
Mortadelo y Filemón son los encargados de vigilar los diez diamantes de la Gran Duquesa Tatialagueña, pero Vicente el Urraco se los ha conseguido robar. El urraco ha escondido los diamantes en diez lugares distintos (una obra, un edificio, hundidos en el puerto, una peluquería, un árbol, las alcantarillas, el club de la broma, la finca Los Cantorrodaos, un parque municipal y la guarida de un gánster) y Mortadelo y Filemón tendrán que recuperarlos.
Mortadelo escucha una conversación sospechosa y se entera de que van a atentar contra la Estatua de la Libertad. Inmediatamente Mortadelo y Filemón partirán hacia Nueva York para intentar impedirlo. En este viaje les acompañará Ofelia, aunque a Mortadelo y Filemón no les hará demasiada ilusión. Los agentes deberán buscar la bomba por Central Park, el Bronx y el puerto de Nueva York. Pero en realidad la estatua de la libertad que pretendían volar no es la de Nueva York sino la de un pueblecito llamado Valdeburras del melonar, y lo de la estatua la llaman así por el nombre de la alcaldesa del pueblo Libertad Boñiguez
Un ladrón ha entrado en la casa del profesor Bacterio y ha provocado que todos los animales de su laboratorio se escapen. Los animales están bajo los efectos de un suero que les varía el metabolismo y las costumbres. Mortadelo y Filemón tendrán que recuperarlos buscándolos por toda la ciudad. Así pues, buscarán, entre otros, al vampiro Celestino, la gallina Dorotea, el perro Zacarías...
Los planes que desarrolla la T.I.A. para proteger a altos cargos se van al garete y siempre fallan, el enemigo siempre los conoce. El Súper manda a Mortadelo y Filemón investigar a todos los agentes de la T.I.A pues piensa que hay un traidor. Así, Mortadelo y Filemón comienzan una disimulada y larga investigación de todos los agentes. Los equívocos se suceden al sospechar de todos los miembros de la organización: el profesor Bacterio, Ofelia, el Súper e incluso Mortadelo y Filemón llegan a sospechar el uno del otro. Finalmente se rinden y piden al Súper información acerca de cómo se hacen llegar los mensajes. Resulta que el Súper le grita los planes secretos al enlace a través de la ventana, por lo que todos los espías se enteran.
Un traficante de drogas chino llamado Ten-go-pis acaba de salir de la cárcel. Quiere vengarse de la sociedad que lo encarceló, y como en treinta años él no vel nada, crea mediante su fortuna El premio No-Vel (una imitación de los Premios Nobel). Va dirigido a los delincuentes que cometan las peores fechorías, y, por seguir la parodia de los Nobel, hay un No-vel de Medicina (para quien mate a más gente a base de medicamentos adulterados) o un No-vel de la Guerra, que parodia al Premio Nobel de la Paz (para quien provoque más conflictos y guerras).... Mortadelo y Filemón deberán capturar a Ten-go-pis.
La T.I.A. va a modernizarse y para ello se va a formar la brigada bichera consistente en una serie de animales para ayudar a los agentes a realizar sus misiones (un cerdo especialista en buscar bombas, un perro para seguir pistas, un buitre para encontrar cadáveres, una cabra para misiones en el monte, etc.). Para conseguir todo eso el profesor Bacterio aplicará a los animales un invento que les permitirá potenciar sus cualidades. Mortadelo y Filemón deberán probar todos los animales.
El director general de la T.I.A. se va a retirar y va a nombrar un sucesor. Mortadelo, Filemón, Ofelia, Irma, Bacterio y el Súper intentarán por todos los medios ser la persona elegida. En esta historieta se suceden los peloteos hacia el director general, las mentiras, los sabotajes de unos contra otros, etc. Todos lucharán para conseguir el cargo. El final es totalmente inesperado.
El profesor Bacterio ensaya con su gallina "Sarita" un pienso para que ponga huevos de oro. El experimento funciona, pero "Sarita" se escapa. Mortadelo y Filemón deben encontrarla antes que otro descubra semejante fortuna.
El profesor Bacterio inventa la elasticina, un gas que vuelve elástico todo lo que toca. Pero un ladrón, Rosendo el Cascote, se apodera de la fórmula, de modo que podrá robar impunemente. Mortadelo y Filemón deben detenerlo.
Mortadelo y Filemón deben detener a un delincuente que se dedica a secuestrar aviones.
El profesor Bacterio ha probado uno de sus inventos. Se trata de una pócima que estimula el otro "yo" (persona que reacciona de acuerdo con su subconsciente) de cada persona y el otro "yo" del profesor Bacterio resulta ser un gamberro que se dedica a hacer fechorías por la ciudad. Mortadelo y Filemón deberán encontrar al profesor Bacterio y llevarlo a la T.I.A. para que pueda ser curado. Esto les traerá multitud de problemas.
Han robado el último invento del profesor Bacterio, La máquina de copiar gente. Esta máquina sirve para copiar personas con una personalidad distinta. Por un lado se introduce una fotografía de la persona que se desea copiar y por otro se introduce el encefalograma con la clase de mentalidad que se desea. El resultado es una copia exacta del sujeto pero con una mentalidad distinta. Mortadelo y Filemón serán los encargados de recuperar el invento robado y evitar que las copias de personas hechas por el ladrón cometan delitos.
El Súper probó un invento del profesor Bacterio para eliminar el dolor de cabeza, pero el invento funcionó mal y su cabeza se transformó la de un cerdo. Para elaborar el antídoto que devuelva al Súper a la normalidad el profesor Bacterio necesita una hoja de hierbajus apestosus repelentus. Esa planta solo crece en la República de Bestiolandia, un país del que nadie ha conseguido volver. Mortadelo y Filemón deberán ir hasta allí, conseguir la planta y regresar con vida. Para ello contarán con la ayuda de un invento del profesor Bacterio, el "mimetizador camaleónico", el cual permite a la persona que lo usa convertirse durante un momento en el objeto que esté más próximo. Con los disfraces de Mortadelo y el mimetizador intentarán pasar desapercibidos. Ésta es una de las historietas más altamente recomendables de este par de agentes.
El "Súper" les encarga a Mortadelo y Filemón distintas misiones con el fin de acabar con el contrabando.
La T.I.A. quiere entrar a formar parte de la M.O.S.C.A. (Mundial Organization Secreten Control Agency). Esa organización exige que sus filiales tengan unos modernos sistemas de transporte y los vehículos de la T.I.A. son un poco antiguos. Para conseguir entrar en la M.O.S.C.A. la T.I.A. se ha propuesto renovar sus medios de transporte y para ello contará con la ayuda del profesor Bacterio. Él se encargará de diseñar y fabricar toda clase de vehículos estrafalarios (un submarino atómico, una furgoneta anfibia, un carrito de bebé, una silla de ruedas con motor de uranio, etc.) y Mortadelo y Filemón tendrán que probarlos.