ラインハルト上級大将率いる銀河帝国軍は自由惑星同盟方面へ進攻。2倍の戦力を有する自由惑星同盟軍によって包囲されそうになるが、同盟軍の兵力分散に乗じ、各個撃破戦法により二個艦隊を壊滅に追い込む。そんな戦況の中、旗艦ブリュンヒルトは自由惑星同盟軍の無線を傍受。同盟軍全艦隊に向けられたその通信は「最後の瞬間に勝っていればいいのだ」という内容で、勝利を確信していたラインハルトには信じられないものだった。
同盟軍の予想を裏切る行動をとった帝国軍艦隊により、同盟軍は第四艦隊、第六艦隊が壊滅、第二艦隊の司令官も重傷を負う。艦隊の指揮を引き継いだヤンは、ラインハルト率いる帝国軍艦隊が中央突破戦法を取ると予測。あらかじめ準備していた対応策により帝国軍に反撃する。同盟軍は、帝国軍のアスターテ星域への侵入をかろうじて防いだが、二個艦隊を喪失。損害は大きかった。一方、ラインハルトは二倍の敵を撃破した功により帝国軍元帥に昇進するのであった。
ラインハルトの姉アンネローゼは、皇帝の寵姫となり皇宮内で暮らしていた。姉の館を訪れるラインハルトに同行することとなったキルヒアイスは、二人と出会った少年時代からの日々を思い返す。そして、当時と変わらぬ笑顔で出迎えてくれたアンネローゼから、これからも弟を見守り、道を誤った時には導いてほしいと頼まれるのだった。
学資を負担せず歴史を学ぶために士官学校へ入学したヤンだったが、卒業後は自由惑星同盟軍へ入隊。「エル・ファシルの戦い」では、民間人300万人の脱出計画を成功に導き、英雄と讃えられる。その功績により少佐に昇進したヤンは、士官学校時代の先輩であるキャゼルヌ少将の勧めにより、戦争孤児を養子にすることになった。
戦没者慰霊祭でのトリューニヒト国防委員長の演説中、ただ一人席を立たなかったヤンは、過激な国家主義集団である憂国騎士団に自宅を襲撃されるが、散水機で撃退。部屋の後始末も終わらぬまま、統合作戦本部のシトレ本部長に呼び出される。そして、創設される第十三艦隊の司令官任命と、イゼルローン要塞攻略という最初の任務を知らされる。
アスターテ会戦で壊滅した第四、第六艦隊の生存者と新兵を中心に編制され、規模も通常の約2分の1しかない第十三艦隊の司令官となったヤン。最初の任務は、自由惑星同盟軍が過去6回、攻略に失敗している銀河帝国軍の重要拠点イゼルローン要塞の攻略であった。しかし、ヤンには成算があり、作戦のために必要な物資や人員の調達をキャゼルヌに頼んでいた。
銀河帝国軍に偽装したシェーンコップと2名の“薔薇の騎士（ローゼンリッター）”隊員は、イゼルローン要塞への入港に成功。諜報活動で得た重要な機密情報を伝えるためと、要塞司令官への面会を要求する。司令官のシュトックハウゼン大将は許可を出すが、司令室警備主任のレムラー少佐は警戒を緩めず……。
15年間にわたり帝国皇帝の財務尚書を勤め、公金の横領などで私腹を肥やしていたカストロプ公が事故死した。帝国の財務、司法省は、カストロプ公が不当に蓄えた財産を没収しようと調査官を派遣するが、息子のマクシミリアンは反発。「カストロプ動乱」が始まった。ラインハルトの推挙により勅命を受けたキルヒアイスは、動乱討伐へと向かう。
イゼルローン要塞占拠から約3か月後、自由惑星同盟最高評議会では、レベロ財政委員長が銀河帝国との講和による停戦を訴えていた。アスターテ会戦における戦死者の遺族年金や、イゼルローン要塞陥落時に捕らえた50万人の捕虜が国家財政をさらに圧迫していたのだ。その頃、ヤンは辞表を提出するため、シトレ統合作戦本部長を訪ねていた。
自由惑星同盟軍統合作戦本部では、銀河帝国領への大規模遠征に向けての会議が行われていた。作戦参謀フォーク准将が立案した作戦に対して、ビュコック中将やヤン中将らは、帝国領深く進攻することから生じる兵力分散の危険性や補給計画の不備を指摘するが……。一方、迎撃軍の指揮を任ぜられたラインハルトは、同盟軍を帝国領深くへと誘い込み、一挙に殲滅する計画を立案していた。
フェザーン自治領に駐在中の帝国高等弁務官レムシャイド伯は、自治領主ルビンスキーから、自由惑星同盟軍が帝国領内への大規模攻勢を企図しているとの情報を入手。帝都オーディンへと報告した。銀河帝国宰相代理のリヒテンラーデ侯は、軍功を重ね続けるラインハルトを警戒しながらも、その力を同盟軍迎撃に利用しようと目論む。
補給不足にあえぐ同盟軍遠征艦隊。この危機を救うはずだった輸送船団は、キルヒアイスの猛攻の前に壊滅した。頼みの綱の補給も届かず、意気消沈した同盟軍艦隊に、帝国軍の猛反攻が加えられる。ラインハルト麾下の精鋭たちが次々と同盟軍艦隊を撃破していくなか、ヤン率いる第十三艦隊もケンプ艦隊の攻撃にさらされていた。
3000万人を動員し、帝国領への大規模進攻を実行した自由惑星同盟軍だったが、ラインハルト率いる銀河帝国軍の反転攻勢により三個宇宙艦隊が壊滅。ヤン率いる第十三艦隊は、九割の戦力を維持していたものの、各艦隊は深刻な損害を被っていた。しかし、総司令官ロボスは、残る戦力のすべてをアムリッツァ星系へ集結させての決戦を命じ、ラインハルトもアムリッツァ星系に全艦隊を集結。再び、両軍の戦いの火ぶたが切られようとしていた。
銀河帝国皇帝フリードリヒ四世が後継者を指名しないまま、心臓発作で急死した。亡き皇太子ので、唯息子一の直系の嫡子であるエルウィン・ヨーゼフは、まだ5歳。皇帝の娘を娶ったブラウンシュバイク、リッテンハイム両家は、それぞれが自らの娘を女帝の地位に就かせようと画策。皇帝の三人の孫の後見人による帝位継承権争いが静かに始まった。どの派閥にも属していないラインハルトにも、その武力を求めて、ある勢力が近づいてくる。
自由惑星同盟軍がイゼルローン要塞を攻略した際、捕虜にした銀河帝国軍兵。銀河帝国軍がアムリッツァ星域会戦で捕虜にした自由惑星同盟軍兵。双方200万人ずつの捕虜がイゼルローン要塞で交換されることとなった。同盟側の代表は、イゼルローン要塞司令官のヤン。帝国側の代表は、捕虜交換の提案者ラインハルトの名代であるキルヒアイス。戦場で知略を競ったこともある二人の用兵家は、捕虜交換の式典で初めて相見みえることとなった。
幼帝エルウィンの後見人となったラインハルトとリヒテンラーデに対する、ブラウンシュバイク、リッテンハイムを中心とした門閥貴族たちの反感は、募るばかり。そんな中、マリーンドルフ伯爵の一人娘ヒルダは、オーディンの元帥府を訪ねて、ラインハルトとの面会を実現。突然の訪問の意図を訪ねられると、明日にも起きるであろう内戦に際して、マリーンドルフ家はラインハルトの味方になる、と告げるのだった。
自由惑星同盟領の4つの辺境惑星で次々と武力叛乱が発生。統合作戦本部長代行に就任したばかりのドーソン大将は、イゼルローン駐留艦隊を率いるヤンに、すべての叛乱の鎮定を命じた。しかし、ヤン艦隊が出撃するよりも早く、首都ハイネセンでクーデター勃発との報が届く。ヤンは、一連の事態はラインハルトの企てが招いたものだと見抜き、クーデターも予測していたが、その首謀者は思いもよらない人物だった。
帝都オーディンを脱出したリップシュタット貴族連合は、ガイエスブルク要塞を拠点と定め、帝国軍最高司令官ラインハルトの艦隊も、対立する「賊軍」を討つべくオーディンを発った。貴族連合の艦隊総司令官メルカッツは要塞で迎え撃つべきと主張したが、先んじて武勲を立てたいシュターデンとヒルデスハイムの艦隊が出撃。ラインハルトもミッターマイヤーに出撃を命じ、後に「リップシュタット戦役」と称される内乱が幕を開ける。
救国軍事会議に制圧されたハイネセンを解放するべくイゼルローン要塞を出発したヤン艦隊は、兵站の拠点確保のため、まずは武力叛乱の起きた辺境惑星シャンプールへ向かった。駐留艦隊を持たないシャンプール叛乱軍との戦いは、シェーンコップが率いる陸戦隊の独壇場となり、わずか3日で叛乱軍を鎮圧。市民からも熱烈な歓迎を受けた。そんな中、ハイネセンから脱出してきたという情報部のバグダッシュ中佐がヤンとの面会を求めてくる。
レンテンブルク要塞を陥落させたラインハルトは、リップシュタット貴族連合の拠点、ガイエスブルク要塞に向けて進軍。別働隊を率いるキルヒアイスには、貴族連合の副盟主リッテンハイムの討伐を命じた。リッテンハイムは、盟主ブラウンシュバイクとの立場を逆転するため、キルヒアイスを倒して武勲を立てようと考えたのだ。戦闘が始まると、猛攻を続けるリッテンハイム艦隊に対し、キルヒアイス艦隊は防御に徹していたが……。
ルグランジュをドーリア星域で破ったヤン艦隊は救国軍事会議に支配された首都星ハイネセンへと迫る。救国軍事会議議長グリーンヒルは厳しい状況を理解しながらも、ヤン艦隊はハイネセンの重力圏内へ突入することはできないと考えていた。ハイネセン軌道上には12個の首都星防衛システム［アルテミスの首飾り］が存在するからだ。しかし、ヤンには、［アルテミスの首飾り］を無効化する作戦があった…。
辺境星域の平定を終えたキルヒアイスは、ラインハルトと久々に再会する。彼はラインハルトにヴェスターラントへの核攻撃の計画を事前に知りながら、住民を見殺しにしたという噂の真偽を問いただす。貴族連合との最終決戦を前に、二人の関係にこれまでにない変化が生じようとしていた。一方ガイエスブルク要塞に立て籠るリップシュタット貴族連合軍は、ラインハルト艦隊との最後の決戦に挑むべく全艦をあげて出撃するのであった。
リップシュタット貴族連合との戦いは決着をむかえ、ガイエスブルク要塞、盟主の間では戦勝式と捕虜の引見が行われていた。これまではラインハルトへの謁見にも銃の携帯を許可されていたキルヒアイスであったが、この日初めて衛兵にそれを止められる。引見を進めていくなか、ラインハルトの前にブラウンシュバイクの腹心アンスバッハが、主君の遺体を納めた棺とともに現れ…。
クーデターが終結し解放されたハイネセンで平和式典が開催。クーデター中、地球教の信者に匿われていたトリューニヒト最高評議会議長は、巧みな演説で会場に集まった民衆を熱狂させる。民衆の前で、トリューニヒトとの握手を強いられて不機嫌なヤンは、自らの脳裏に宿ったある考えに戦慄する。そんな中、銀河帝国軍の名将メルカッツがヤンを頼って亡命してきたという驚きの報告が届く。
