Season 2

Two years after the events of Chaotic Century, Van is shown to have joined the Helic army. On a trip home he meets up with Fiona, now a researcher for the military, and the two decide to try to find the Zoid Eve again. Van and Fiona are assigned to a joint task force, the Guardian Force, formed by the Empire and Republic. They work with Thomas Schubaltz of the Empire to fight against those who threaten the peace between the nations.

デスザウラーとの戦いから2年後。ヘリック共和国軍とガイロス帝国軍の戦争は終結し、正式に和平を結んだヘリック共和国とガイロス帝国は、共同で戦時中に使用されたスリーパーゾイドなどの撤去を行っていた。 再びゾイドイヴ探しの旅を続けるバンとフィーネだったが、手掛かりを得られず一度共和国に戻る。そこでバンはヘリック共和国軍のクルーガー大佐の下で軍人としての訓練を受け、フィーネはドクター・ディと共にゾイドイヴの調査を行うことになる。 やがて再び戦乱を招こうとする未知の敵が現れ、バンとフィーネは共和国と帝国の両国の軍が共同で平和維持を目的として設立した特殊部隊「ガーディアンフォース」の一員として行動を開始する。