Eizan, Jimmy et Okuni voient un mystérieux ninja annoncer à Vlad qu'il a échoué à l'examen final de Techniques d'évasion pour ninjas expérimentés du cours par correspondance qu'il suit. Encore étudiant, Vlad n'a pas eu le temps de terminer ses examens, et en réalité, il n'a pas le diplôme d'enseignant requis. À son grand désespoir, il ne lui reste plus qu'à démissionner ! Eizan et ses amis ne laisseront pas leur professeur préféré démissionner ! La matière de Kubo en ce moment est « techniques d'évasion »… Vlad peut suivre le cours, réussir l'examen, et il sera qualifié pour enseigner ! Mais comment aider Vlad à suivre le cours de Kubo sans que tout le monde ne découvre son secret ?
Bakufu, le célèbre maître ninja, tombe du ciel et propose d'enseigner à l'école Shuriken. Le directeur n'ose pas refuser, mais les honoraires de Bakufu sont exorbitants. Il tente alors de réunir l'argent nécessaire.
Le directeur est ravi. Un homme riche envisage d'inscrire son fils, Kazumi, à l'école Shuriken, avec un gros chèque à la clé, ce qui mettrait fin aux difficultés financières de l'école. Mais d'abord, le garçon passera une journée à l'école, histoire de voir s'il s'y sent bien. Kazumi semble apprécier Eizan, alors le directeur le charge de s'occuper du garçon. Mais Kazumi est tellement gâté que bientôt tout le monde les évite. Les professeurs eux-mêmes menacent de démissionner. Eizan est au plus mal. Lorsque les Katana interviennent et kidnappent le garçon, Eizan est confronté à un choix : et s'ils le gardent ?
Les cours de Kubo sont devenus tellement soporifiques depuis un moment, que plus personne n'arrive à suivre ses cours et les élèves risquent de rater leur année. Nos trois héros décident de réagir: il faut trouver pourquoi Kubo est si ennuyeux. Ils découvrent que Kubo a une vie terriblement monotone, mais aussi qu'il ne cesse de marmonner dans son sommeil, un nom ''Torofi''. Ils cherchent à découvrir qui est ce mystérieux Torofi et remontent dans le passé de Kubo, mettant à jour une ancienne brouille entre Kubo et sa soeur.
Akita Sensei, professeur de ninjutsu, parie que Shuriken School gagnera la compétition du magasin de sport Nono, sinon Shuriken School sera la risée de la ville. Seul problème Eizan, déjà épuisé, va devoir se soumettre à un entrainement intensif !
Un mystérieux démon sème le chaos dans l'école, répandant des détritus dans les couloirs et les salles de classe. Non seulement les élèves sont terrifiés par ce fantôme mystérieux, mais ils sont aussi punis par les professeurs, qui les accusent d'être responsables du désordre. Nos trois héros tentent de comprendre ce qui se passe et de découvrir qui est vraiment le démon.
Dans le cadre d'un échange avec une école américaine, Shuriken accueille trois élèves d'une… Académie de Pom-Pom Girls ! La seule école prête à prendre en charge tous les frais de l'échange. Au début, nos élèves ninjas ne sont pas très emballées par les nouvelles. Le cheerleading n'a rien à voir avec le ninjitsu ! Pire encore, leur programme est réajusté pour les nouvelles filles : elles étudient les arts du Yugei, c'est-à-dire la cérémonie du thé, la calligraphie, la musique traditionnelle et les compositions florales ! Quelques garçons sont subjugués par les trois jolies visiteuses… ce qui oblige Ami à faire face à la concurrence ! La vie à l'école Shuriken est bouleversée et Eizan, le seul à garder la tête froide, a beaucoup à gérer.
Les élèves s'affairent à nettoyer, ranger et astiquer l'école en prévision de la visite des anciens élèves de Shuriken. Tandis qu'élèves et enseignants attendent solennellement à l'entrée principale, un vieil homme apparaît, appuyé sur sa canne. Il s'agit d'Aiko, le seul et unique ancien élève à avoir répondu à leur invitation. Il est ravi de revoir la femme de ménage, son ancienne amoureuse. Les élèves sont stupéfaits de voir un Ninja aussi débraillé. La femme de ménage leur raconte comment Aiko, autrefois grand champion, a perdu son esprit ninja. Eizan et ses amis décident de tout faire pour aider le vieil homme à retrouver son feu...
Un soir, le proviseur croise un mystérieux ninja dans les couloirs de l'école. Le ninja s'enfuit, mais laisse tomber son sac à dos. Le proviseur y découvre toutes sortes de trophées de l'école Katana. Il se remet à peine de sa découverte lorsque le mystérieux ninja réapparaît, lui arrache le sac et disparaît à nouveau. Le lendemain, le proviseur convoque une assemblée et demande à l'élève coupable d'avouer. Mais personne ne répond. Le proviseur menace alors d'expulser le coupable dès qu'il le découvrira. Puis, Eizan, Jimmy et Okuni aperçoivent une silhouette sombre dans le dortoir, en train de voler leurs affaires !
La directrice annonce aux élèves qu'une élection pour la tête de classe aura bientôt lieu… un événement hors du commun : une Ninjalection. Dans ce cas précis, la candidate la plus ingénieuse obtient le plus de voix… Commence alors une bataille pour les voix entre deux candidates : d'un côté, Ami, de l'autre, Okuni. La directrice suit leurs aventures tandis que les deux filles rivalisent pour les votes.
Lors d'une promenade avec Jimmy et Okuni, Eizan sauve un adorable petit poussin des griffes de chats rôdeurs. Bien que les animaux de compagnie soient interdits par les règles du Shuriken, Eizan décide de garder celui-ci jusqu'à sa guérison complète. Bientôt, toute la classe découvre le secret, mais ils promettent tous de ne rien révéler… c'est un adorable petit oiseau !
Zumichito raconte à nos trois héros l'une de ses aventures épiques. Alors qu'il était un jeune ninja, un élève de Katana lui a volé le Dragon de Jade, un trésor inestimable qu'il gardait. Alors qu'il venait de récupérer le trésor des mains du voleur, réfugié sur un bateau sur le lac Akayama, un énorme poisson les a attaqués. Zumi n'a eu d'autre choix que d'abandonner le Dragon pour sauver son adversaire de la noyade. Depuis ce jour, le trésor gît au fond du lac. Les trois amis en ont assez entendu pour que leur enthousiasme monte en flèche ! Avec Jacques comme plongeur, ils ne devraient avoir aucun mal à récupérer le précieux Dragon…
Jimmy et Pig sont tellement occupés à jouer à un jeu vidéo qu'ils en oublient leurs devoirs. Ils inventent une histoire d'agression pour expliquer le devoir manquant… Un mystérieux gang masqué les a attaqués et a volé la sacoche de Jimmy contenant les papiers… Marcos en conclut que le tristement célèbre Gang des Trois Saints est à ses trousses et panique. Ses craintes sont aggravées par les affirmations de Daisuke selon lesquelles il a lui aussi été attaqué. Le mensonge de Jimmy et Pig les entraîne dans une impasse, et ils ne savent pas comment garder la tête froide… Eizan et Okuni enquêtent sur la piste de mystérieux Mexicains.
La Shuriken School reçoit un inspecteur de l'éducation, chargé d'évaluer le matériel et le professeur Kubo Sense. Celui-ci décide donc d'organiser une course d'orientation dans un labyrinthe pour prouver ses qualités de pédagogue...
Le directeur de Katana, école rivale de Shuriken, demande à Naginata de voler les tongs de Tokiro, afin que la Shuriken School soit ridiculisée lors de la cérémonie en l'honneur de la cité...
Kubo est aux anges : le Kabuki approche à grands pas, et il en est le metteur en scène depuis plusieurs années. Cette année, il a décidé de tirer les rôles au sort, et le rôle principal revient finalement à Eizan… à son grand désespoir ! Au moment de monter sur scène, Eizan s'effondre, surtout en sachant que la moitié de la ville viendra assister au spectacle !
Cette fois, l'école est vraiment en ruine. Vieux matériel usé, plancher cassé… tout le monde se plaint au directeur, qui doit chercher sur Internet la solution la plus économique pour remettre les choses en ordre : une sorte d'ordinateur domestique automatisé appelé Alice…
Grand moment à Shuriken School, les élèves doivent se préparer pour la photo de classe… Un exercice ninja de disparition éclair s'éclipser entre l'annonce "souriez" du photographe et le déclic de l'appareil... Mais Katana vient semer le trouble...
Le Grand Maître Otomo visite l'école Shuriken et donne une conférence sur l'art ancestral de manger des boulettes de riz. La classe s'ennuie à mourir et le directeur observe Otomo engloutir boulettes de riz l'une après l'autre avec suspicion. Voyant que ni la classe ni les professeurs ne s'intéressent à la question, Otomo annonce qu'un Grand Philosophe vivant dans la montagne surplombant la ville lui a transmis ce précieux savoir, qui a permis à l'ermite philosophe de vivre plus de 300 ans ! Les élèves, impressionnés, réclament à cor et à cri de le rencontrer. Le directeur propose une randonnée d'une journée en montagne pour les premières années.
Zumichito a inventé une machine à fumée révolutionnaire : l'Holosmoke. Le directeur y voit une nouvelle source de revenus pour l'école. Le lendemain matin, le test de l'Holosmoke tourne au fiasco. L'image holographique d'un monstre terrifiant apparaît à la place de Zumichito, semant la panique parmi les élèves. Qui a bien pu saboter l'Holosmoke ? Et qui a bien pu déposer un poème d'amour sur la chaise d'Okuni ?
Pour augmenter les revenus de l'école, le proviseur a accepté d'héberger trois jeunes stars de la musique en quête de calme et de tranquillité. Les stars snobent leurs hôtes, leur manager est insupportable et le gymnase est interdit aux ninjas en herbe. Dehors, fans, photographes et camionnettes de production télé ont afflué, comme par miracle. Shuriken ressemble à un fort assiégé. Le proviseur annonce à Eizan, Okuni et Jimmy qu'ils s'apprêtent à accomplir leur première véritable mission ninja…
L'hiver a recouvert Shuriken de son manteau de neige et de brouillard. La visibilité est réduite au strict minimum et le brouillard donne un aspect effrayant au moindre buisson. Comment les élèves pourront-ils passer leurs importants examens pratiques de fin de trimestre par un temps pareil ? Kita, feuilletant un livre d'Eizan, a une idée… Le lendemain, sans savoir comment ils sont arrivés là, les élèves se réveillent à bord du « Dragon Noir », un vaisseau en route vers… le domaine du Maître des Ténèbres Terribles !
Lorsque tous les enfants commencent à faire des bêtises dans leur sommeil, ils risquent d'être tous expulsés de l'école Shuriken. C'est comme si tous les démons intérieurs de chaque élève se libéraient dans leur sommeil. Eizan, Okuni et Jimmy doivent percer ce mystère… il ne leur reste plus qu'à ne pas s'endormir…
Alors qu'Eizan, Jimmy et Okuni déambulent dans le centre commercial, une femme se fait voler son sac. Nos héros se lancent à la poursuite du voleur et, avec l'aide d'Ami, en pleine course, ils l'arrêtent net de façon spectaculaire. Lorsqu'ils rapportent le sac à son propriétaire, Ami reconnaît le célèbre présentateur de « Whiz Kids ». La présentatrice est tellement impressionnée par leurs talents qu'elle veut les filmer au Shuriken pour élire son « jeune génie » des arts martiaux pour son prochain spectacle ! Le directeur accepte, à une condition : personne ne doit découvrir les techniques secrètes du Shuriken. Il n'en faut pas plus pour éveiller l'insatiable curiosité de la journaliste.
Quelque chose a terriblement mal tourné avec le commerce de boulettes de riz du père d'Eizan. Tous les clients se plaignent des boulettes de riz. Elles ont un goût amer. Les affaires chutent à vue d'œil. Et Eizan découvre bientôt que pire que toutes ces boulettes de riz, c'est l'absence de boulettes de riz ! Le commerce de boulettes de riz faisant faillite, la famille d'Eizan va devoir déménager et retourner à la ferme familiale sur une île lointaine… ce qui signifie qu'Eizan devra déménager avec eux !
Laura et Sam, deux détectives privés tout droit sortis d'un roman policier, souhaitent suivre une formation chez Shuriken afin de se perfectionner. Ils doivent être capables d'arrêter une bande de voleurs audacieux. Le proviseur se laisse convaincre grâce à une épaisse liasse de billets que Laura lui offre. Mais hors de question qu'on leur enseigne des techniques ninja secrètes, qui, comme leur nom l'indique, doivent rester secrètes ! Vlad tombe immédiatement sous le charme du jeune détective. Les élèves, quant à eux, sont captivés par les histoires de Sam ! La détective-mania s'empare de Shuriken...
