Una creatura misteriosa semina il terrore nelle strade di Oldmill Village, ma stavolta non si tratta di un nuovo mostro bensì dell’insospettabile Puffy, il tenero coniglietto di Elena trasformato da Magnacat in un coniglio mannaro con una missione da compiere: attaccare Zick e suo padre Zob. Zick ed Elena, impegnati in una ricerca scolastica con il resto della loro classe per le vie del quartiere, finiranno per confrontarsi con Puffy, affrontando Omnised e Omniquod, i due servitori di Magnacat.
La zia Emely propone a Zob e Zick di allearsi con lei: i loro poteri faranno fiorire gli affari di Emely e per i Domatori ci sarà una sostanziosa percentuale che li renderà ricchi. La proposta incassa un deciso rifiuto, ma Emely non si dà per vinta e scatena un assedio delle sue streghe più perfide e feroci a casa Barrymore. Ma le streghe sbaglieranno indirizzo, assediando la casa dei vicini, i signori Patata, in cui Elena e le sue amiche sono impegnate in un pigiama-party.
Dalla pianta digerente arriva un segnale d’allarme: nel sottosuolo della città sta avvenendo qualcosa di pericoloso e la traccia porta al Pyramid Building dove Magnacat, dopo aver trascorso molto tempo nella sua capsula di contenimento, torna in libertà, ancora debole ma tutto intero ed è ancora più cattivo e determinato. Terrence Thaur si lancia all’attacco per saldare il suo conto con il gorka, ma finisce per scomparire nel nulla e la stessa sorte tocca a Zob. Toccherà a Zick, Elena e Teddy partire alla loro ricerca, affrontando le insidie del covo segreto di Magnacat per soccorrere i genitori scomparsi.
Zick collauda i nuovissimi telepattini per fare visita al suo vecchio amico Timothy, ma la sua visita alla città sospesa si trasforma in un disastro totale. I Tutori Massimi annunciano così un’ispezione generale all’oasi di casa Barrymore, facendo precipitare nel panico tutti gli ospiti. A complicare la vita di Jeremy arriva un nuovo ospite nell’abitazione, un mostro particolarmente invadente e catastrofico che metterà a dura prova la vita di tutti.
Uno dopo l’altro, i più grandi grattacieli di Bigburg vengono acquistati dal redivivo Magnacat, tornato sulla scena pubblica più agguerrito che mai. Ma non è il mercato immobiliare ad interessarlo, bensì quello che ci poggia sopra: i grattacieli rappresentano le fondamenta che sorreggono la città sospesa e una volta conquistati questi, prendere l'intera città sospesa sarà un gioco da ragazzi. Zick ed Elena scoprono così che, per convincere i proprietari a vendere gli edifici, Magnacat scatena i suoi mostri, trasformando i palazzi in grattacieli infestati di strane presenze. Il trucchetto ha finora sempre funzionato e un solo grattacielo manca all’appello e i due bambini dovranno fare di tutto per impedire che anche quello cada nelle mani di Magnacat.
La caccia alle scarpe di Zick da parte di Bombo è finalmente coronata dal successo, ma il mostro famelico finisce per rubare le scarpe sbagliate, ingoiando i Telepattini di Zick. Le calzature per il teletrasporto si attivano, smaterializzando Bombo, conducendolo altrove e così Zick ed Elena dovranno mettersi alla sua ricerca, rintracciandolo poco distante, in una grande casa, vecchia, disabitata e totalmente infestata da un’orda di spettri famelici. Aiutato dai suoi Nonni Fantasma, Zick affronterà la sfida con gli spettri per salvare il suo amico.
A casa Barrymore si festeggia per l’assunzione di Zob al Museo di Storia Naturale di Bigburg. Ma la sua assunzione coincide con l’inizio di una serie di sparizioni di reperti antichi: scompaiono intere parti degli scheletri dei grandi dinosauri. Le tracce lasciate sul luogo dei furti conducono a Zob e allora Zick ed Elena entreranno in azione per fare luce sul mistero e provare la sua innocenza. L’indagine porterà i bambini a scoprire il piano segreto di Magnacat.
La minaccia di un’alleanza tra Magnacat e gli spettri oscuri per conquistare Upper City allarma Zick. Di fronte all’atteggiamento indifferente dei Tutori Massimi, il ragazzino e i suoi amici decidono di agire da soli. L’occasione gli viene offerta dal Manuale dei Domatori: dalla fodera del volume di Elena, un tempo appartenuto a Timothy, fuoriesce una pianta che rivela come dietro una porta segreta si celi la vera Armeria dei Domatori. I nostri personaggi, insieme a Timothy, partiranno così per un’avventura all’interno della montagna, alla scoperta della vera Antica Armeria, un luogo leggendario protetto da un guardiano inesorabile.
Viene stretta l’alleanza tra spettri oscuri e Magnacat: unendo l’energia degli spettri oscuri al suo genio, Magnacat mette a punto il DivoraDom, un’apparecchiatura in grado di fermare i Domatori assorbendone la loro energia. Il gorka passa dunque all’attacco e, mentre attira in trappola le due famiglie di domatori, una squadra di gorka e spettri attacca Upper City per disattivare l’allarme antispettro che la protegge, aprendo la strada all’assalto finale.
Dopo il fallito assalto alla città sospesa, Zob e Terrence decidono che è giunto il momento di riunire tutti i Domatori esiliati, formando una piccola squadra in grado di fronteggiare le forze di Magnacat. Vecchi amici della famiglia Zick e della famiglia Thaur entrano in scena, accanto a giovani domatori. L’arrivo di Lay Mamery, una domatrice adolescente, porta scompiglio tra Zick e Teddy (e anche per Elena, gelosa della nuova arrivata). Il ritorno dei Domatori allarma Magnacat, che organizzerà in tutta fretta un nuovo diabolico piano per distruggere i suoi rivali riuniti nell’Antica Armeria, che ha appena riaperto le sue porte.
L’ Avvoltoio, il dirigibile d’assalto di Magnacat, è pronto ad attaccare dall’alto la Città Sospesa e così tutti i Domatori riuniti si preparano ad una battaglia aerea a bordo dei Flyvan, i mostri volanti dell’Antica Armeria. Zick, ancora senza poteri, è escluso dalla missione insieme al resto dei ragazzini (Elena, Teddy e Lay). Ma contravvenendo agli ordini dei Domatori adulti, Zick si lancerà nell’avventura insieme ai suoi compagni, con l’aiuto eccezionale di Bombo e degli altri mostri di casa Barrymore.
È la sfida finale tra Magnacat e i Domatori di mostri. Upper City non è più la posta in palio: stavolta in gioco c’è l’intera Bigburg perché, dalle profondità del suo palazzo, Magnacat ha evocato un colossale Mostrosauro in grado di radere al suolo l’intera metropoli. Il gigante attacca la città sospesa recidendo, uno dopo l’altro, i cardini maestri che la tengono sollevata nel vuoto… ma l’ultimo cardine sarà difeso da Zick che scoprirà i suoi poteri nascosti, rivelando l’energia blu del Dom.
Zob deluso dall’andamento scolastico di Zick, lo punisce impedendogli di frequentare per un po' la scuola dell’Antica Armeria e lo obbliga a restituire tutti i gadget da Domatore. Ma Zick non vuole separarsi dal suo DomBox, così decide di nasconderlo da Elena, dimenticando però un Chamalion intrappolato in esso.
Karmilla porta via per sempre Bombolo nella città di Kamaladu-sì, raccontando che il cucciolo di mostro è il re della città da dove era stato rapito da piccolo. Zick, dispiaciuto di vedere Elena triste per la separazione dal piccolo, propone di andarlo a trovare, ma una volta arrivati si accorgono che la situazione è totalmente diversa da come l’aveva descritta Karmilla.
Zick ed Elena si stanno rilassando sulla spiaggia, finché non incontrano la nave pirata Unicorno ora gestita da un nuovo capitano di nome Baht Belasco, che stava saccheggiando altre barche in mare. Zick ed Elena, insieme a Bombo, sono andati al fiume per trovare Barbaruffa per chiedere aiuto per fermare e reclamare l'Unicorno.
Zick è a capo della casa poiché i suoi genitori e Timothy non possono tornare a causa della neve. Un Domatore Oscuro di nome Hector Sinistro ha sabotato i Telepattini di Zick per trasformare il suo intero corpo in ghiaccio, lo ha rimpicciolito usando un raggio restringente che ha rubato a Uzka e lo ha messo in un globo di neve in modo che potesse ottenere la sua tanto attesa vendetta contro il padre di Zick.
Zick, Teddy e Bobby cercano di prendere una pozione per rimuovere i loro brufoli prima di un festa di compleanno. Elena dà accidentalmente latte e biscotti a Bombolo dopo il tramonto e ciò causa la produzione di brufoli da cui nascono cloni malvagi. Zick, Elena e Bombo, insieme a Teddy e Bobby, cercano di fermarli prima che riproducano altri cloni, usando la stessa pozione per rimuovere i brufoli.
I Domatori organizzano un torneo per determinare chi vince la prestigiosa Armory Cup. Teddy è sorpreso a imbrogliare, ma mentre esegue la sua punizione, viene attaccato. Tutte le uscite dell'armeria sono state sigillate e qualcuno ha attaccato Jeremy. Zick, Elena, Lay, Bobby e Teddy decidono di prendere l'uscita segreta per lasciare l'Armeria, ma vengono attaccati anche loro da Viziosed.
Dopo che Magnacat ha preso il controllo dell'Antica Armeria, Zick fugge a Bibbur-Si per chiedere aiuto a Trengingigan. Tornano all'Armeria per incontrarsi con Elena, Lay, Bobby e Teddy, sopravvissuti all'incontro con Viziosed. Si alleano per fare un piano per fermare i Gorka e Magnacat una volta per tutte.
Bigburg celebra i trecento anni della sua fondazione con fuochi d'artificio a mezzanotte. Jeremy ordina a Zick, Elena e Bombo insieme ai giovani domatori di impedire a un gruppo chiamato guardiani dell'oscurità di rovinare i festeggiamenti oscurando la città per creare confusione, rubando i fuochi d'artificio e usandoli per attaccare la città sospesa.
Bombo torna tristemente a Bibbur-Si dopo aver causato qualche guaio nell'antica Armeria e altre cose. Dopo non aver avuto sue notizie per due settimane, Zick ed Elena vanno a Bigburg per cercarlo e scoprono che stava lottando come il Re Onnipotente nell'arena degli scheletri. Scoprono che Hector Sinistro lo stava controllando e decidono di chiedere a Brim-Bombak di aiutarli a riportare indietro Bombo.
Al museo, Charles Carpentry ha scoperto un vaso gigante che afferma essere il vaso di Pandora e ha proclamato che lo aprirà. Dopo un'attenta osservazione, Zob e Timothy scoprono che il vaso è in realtà un Dombox contenente un Rooge. Zick, Elena e Bombo decidono di rubare il vaso per impedire il rilascio del mostro.
La zia Emily ha creato una formula per la paura che vuole diffondere ad Halloween: chiunque la inalerà avrà paura di tutto ciò che vedrà. Zick ed Elena sono stati influenzati dalla formula, mentre Bombo, grazie al suo raffreddore, non è stato influenzato. Così Bombo aiuta Zick ad Elena a trovare l'antidoto per fermare le Anguane prima che si diffondano la formula per provocare il panico in tutto il villaggio di Oldmill.
Dopo aver notato che le ombre non sono al posto giusto, Zick ed Elena indagano e scoprono che Hector Sinistro sta creando un esercito di ombre per attaccare l'Armeria per ottenere il suo tesoro. Essendo stato scoperto, Hector ruba l'ombra di Zick per rimuovere i suoi ricordi e poter sapere dove è nascosto il suo tesoro. Elena insieme a Theo, Tessa e Bombo decide di trovare Sinistro per riavere l'ombra di Zick.
Bombo mangia troppe caramelle e distrugge accidentalmente il contratto di alleanza con i Bobak, così viene bandito dai Tutori Massimi di Bibbur-Si fino a quando non ha perso peso. Zick ed Elena decidono di aiutarlo ad andare in campeggio per fare esercizio e una dieta. Lì incontrano alcuni sciamani pacifici che vogliono calmare gli spiriti della foresta.
Quando sentono che un vampiro vaga per Oldmill Village, Zick ed Elena indagano. Quando lo rintracciano nella loro scuola, scoprono che il loro preside ha un fratello di nome Bowleg, che in realtà è un vampiro che voleva trovare un Anguana per curarlo. Decidono di aiutarlo andando a casa di Emily per creare un antidoto per renderlo di nuovo umano.
Zick, Teddy e Bobby discutono su quale di loro sia il miglior domatore per catturare il Polypolipo. Così Jeremy propone una prova di coraggio: recarsi in una vecchia casa piena di Fantasmi Oscuri per vedere chi cattura prima un Polypolipo. A loro insaputa, Jeremy ha intenzione di dare loro una lezione portando Elena, Lay e Bombo per ingannarli, facendogli credere di essere i Fantasmi Oscuri nella vecchia casa.
Le Anguane cercano di compiacere il Moog Magister organizzando una festa per celebrare il suo 301esimo compleanno, ma lui distrugge tutto. Emily aiuta Hector Sinistro a raggiungere l'Antica Armeria attraverso la Centunesima Porta. Zick sta festeggiando la fine dell'anno scolastico nell'Antica Armeria, quando dalla Centunesima Porta entra la lava di un vulcano. Zick cerca di impedire a Moog Magister di catturare Bombolo, che ha mangiato la sua borsa magica contenente tutti i Dombox, e di fermare Hector Sinistro che riesce a ottenere lo SpettroDom per controllare tutti i mostri.