錬金術師養成学校に通うサラサは卒業試験の日を迎えていた。亡くした両親の様にお店を持ちたいと願い猛勉強した5年間。その努力がついに実を結ぶ――はずが、試験中にトラブル発生。不合格ならば錬金術師になれない！どうするサラサ！？
サラサは住み慣れた王都を離れ、店舗があるヨック村にやってきた。雑貨店の娘ロレアやお隣さんのエルズに住人を紹介してもらうが、慣れないコミュニケーションに四苦八苦し落ち込んでしまう。サラサは本当に店舗経営できるのか！？
ついにお店を開店させたサラサ。しかしお客様第一号は魔物に襲われて大怪我を負った採集者アイリスと相棒のケイトだった。経緯を聞いたサラサは、魔物が暴走状態にありヨック村も襲われると推測。初日から店舗経営どころではなくなった！
村を救ったサラサに、お店の手伝いを申し出るアイリスとケイト。治療費の返済も残る２人にサラサは共同生活を提案する。店番のロレアを入れた４人で賑やかになるサラサのお店。一方、素材の換金や分配のためにサラサは隣町へ向かうが……
ロレアのため、台所に冷蔵庫を置く話がもちあがる。冷却素材を持つ『氷牙コウモリ』を狩りに、アイリスとケイト、アンドレたちと共に洞窟へ向かうサラサ。しかし同行者たちは知らなかった。洞窟には大ダメージを与える罠があることを……
特産品になった『冷却帽子』のおかげで村全体も少しずつ潤って来た。そんなある日、レア素材を持つ魔物の情報を仕入れてくるアイリスとケイト。料理してもおいしいらしくロレアも同行したいと言う。こうして湖に出掛ける４人だったが……
サラサのペンダントは、魔力制御のためにオフィーリアからもらったものだった。修理に必要な素材を手に入れようにもなぜか転送陣が故障。サラサは魔力の制御が難しい状態での店舗経営を余儀なくされる。案の定その日から失敗続きで……
一人の商人が村にやってくる。サラサの店より高価買取を始めたその男に採集者たちが流れていく中、サラサはある噂を耳にする。その商人は盗賊と組んで何かを企んでいるらしい。盗賊に両親を殺された過去を持つサラサは勝負を挑むことに！
冷却帽子の売り上げも落ちて来た。借金返済だけでなく、お店のためにもなる素材を採りたいというアイリスとケイトに、サラサは腐果蜂の蜂蜜を薦める。アイリスたちが巣を見つけると、そこには金色の蜜。それが、悲劇のはじまりだった――
突然訪問してきたアイリスの父とケイトの母。その目的は、とある商人との結婚のためにアイリスを連れ戻すことだった。しかし縁談に裏があるのではとサラサは疑いを持つ。一方、村長の娘エリンからは、以前村を襲った魔物の調査の依頼が！
火山を訪れたサラサたちは巨大なサラマンダーを目撃。一度は逃げ帰るものの、このサラマンダーこそ村に起こる地震や転送陣故障の原因であり、アイリスの家の借金問題を解決する鍵だと考えるサラサ。装備を整えて仲間たちと討伐に赴く！
2022/10/07(金) 14:30～15:00 ＡＴ－Ｘ 新米錬金術師の店舗経営 放送直前スペシャル！ 10月スタート、TVアニメ「新米錬金術師の店舗経営」の見どころをお届けする特別番組。 詳細情報 ＜番組内容＞ 第1話放送直前に、メインキャストが集まって作品について語り合うはずが…！スタジオには、“錬金”というよりも、”錬筋”？な助っ人として、肉体派の横川尚隆が登場！！ 「新米錬金術師の店舗経営」とは一体どんな作品なのか？はたまたメインキャスト4名と横川の関係性とは？その答えはこの番組を見れば解決すること間違いなし！？第1話の放送と併せてお楽しみください。 ＜出演者＞ 高尾奏音（サラサ・フィード役） 木野日菜（ロレア役） 大西沙織（アイリス・ロッツェ役） 諏訪ななか（ケイト・スターヴェン役） 横川尚隆（ボディビルダー）
