「俺は今、異世界を……ひとりぼっちで攻略している」 クラスメイトたちが仲の良いグループで思い思いに過ごす高校の教室に、突如魔法陣の光が輝き、クラス丸ごと異世界召喚されてしまう。敢えて”ぼっち”な時間を満喫していた遥も例外ではなく……逃げのびようと悪あがきをしてしまったために、神様からのスキル選択に出遅れ――!? チートスキルは早い者勝ちで、すでにクラスメイトたちに取りつくされており、残りは役に立ちそうにないバッドスキルばかり。神様に異議を申し立てると、残りのバッドスキルを全て押し付けられてしまう。スキル『ぼっち』のせいでパーティーが組めず、ひとりぼっちで冒険を強いられることになった遥だが、快適なぼっちライフを送るべく準備に取り掛かるのだった。
ぼっちな異世界生活を送る遥。遥は洞窟の前でクラスメイトのオタたちと再会し、クラスが崩壊したことを知る。オタたちの代わりにクラスメイトの様子を見に行った遥の前に、委員長が現れる！
オタたちに謝るため、その後を追ってきたギャルたちを使役してしまった遥。ぼっち生活が遠ざかる中、委員長率いるクラスの女子たちとも遭遇してしまう！ さらには成り行きで遥の家で女子高生と共同生活を送ることになり――。
遥はある晩、再会した脳筋莫迦たちからある恐ろしいチートスキルの持ち主がいることを忠告される。そして翌朝、その話を陰で聞いていた委員長に呼び出され、そのスキルを持っているのが自分だと告白を受け――。
オムイの街に到着し、冒険者ギルドへ。女子たちが続々と冒険者として登録していく中、遥はレベルが足りず冒険者として認められなかった。さらにはスキル『ぼっち』のせいでパーティーも組めず『にーと』が確定した遥だった……。
身分証を手に入れた遥は委員長たちの目を盗み、再び街の外へと向かう。その道中、不審な血痕があり辿っていくと、瀕死の脳筋莫迦たちが。ついに委員長の「強奪」を狙っている生徒の正体が判明し――。
遂に委員長を狙う犯人・田中との戦いが始まる。田中の持つチートスキルに苦戦を強いられる遥だったが、田中の弱点に気がつき起死回生の一撃を放つ！ しかし追い込まれた田中はあるチートスキルを発動し、遥は再び絶体絶命のピンチに陥り――。
田中との激闘を終え、いつもの日々を取り戻した遥。しかし危険を冒した事で委員長たちから怒られてしまう。怒られずに安全なぼっちライフを送るために好感度UPのアイテム『フェロモンの指輪』を探しに迷宮へと向かうが……。
迷宮の最下層で遥が出会ったのは裏ボス『迷宮皇』だった。その強さの前に限界を迎える遥だったが、なぜか迷宮皇は殺そうとしない。そして遥はある一つの異変に気がつく。一方、遥を探し下層へと急ぐクラスメイトたちに強大な敵が立ちはだかる――。
遥とアンジェリカが迷宮を最下層から上へ攻略する中、上から下層へ攻略を進めていた委員長たちの前にメリエールが現れる。そして、オムイの街にスタンピードの脅威が迫っている事実と、それを止める術を知り――。
スタンピードを止めるため最下層から攻略をしていく遥だったが、連戦の疲労で体が限界を迎えてしまう。さらには委員長たちの前に不死身の強敵が現れ、最大のピンチが訪れようとしていた――。
スタンピードを止めた遥たちはオムイの街へと戻ってきていた。クラスの女子たちはアンジェリカと仲良くなろうと一緒にお風呂へ行くが、鎧を脱がすとそこには何故か生足があって――。
