Der Schatz von Käpt’n Dümpelmut wurde gestohlen. Flinn, Wilma, Tom und Ruby wollen helfen, keine Frage. Auf der Klapperknocheninsel spüren sie die Räuber auf. Es sind die Dino-Piraten. Die raffgierigen Riesenechsen haben nicht nur den Schatz einkassiert, sie entführen auch Dümpelmut. Als Flinn und seine Freunde sich heldenmütig zum Kampf stellen, tritt ein Gegner auf den Plan, der wahrlich gigantisch ist.
Unter einem Vorwand kommen die Dino-Piraten an Bord der Walnuss. In Wahrheit haben sie es auf eine Schatzkarte abgesehen. Mit dem Schatz aber hat es eine besondere Bewandnis. Wird er von seinem Ort entfernt, kann großes Unheil über das Shanty-Dorf hereinbrechen. Flinn und seine Crew verfolgen die Dino-Piraten, um das zu verhindern.
Gigantosaurus hat riesiges Bauchweh, denn in seinem Bauch tummeln sich die Dino-Piraten. Er hat sie verschlungen und tut dasselbe mit Flinn. Gemeinsam probieren sie herauszukommen. Derweil schmieden auch Tom, Ruby und Wilma einen Rettungsplan. Sie flößen Gigantosaurus eine Medizin ein, die es in sich hat.
Bei einem Zusammenprall ihrer Schiffe werden Flinn und T-Rex auf das jeweils andere Schiff geschleudert. Mit ungewohnter Crew muss nun die gefährliche Donnerrinne gemeistert werden. In der Meerenge herrscht dichter Nebel, Kokosnüsse hageln auf die Schiffe, und aus den Felsen dringen stinkende Gase. Da durch zu steuern, fordert den Besatzungen einiges ab.
Ein Riesentintenfisch schwimmt der Walnuss zu – Winifred ist sehr anhänglich und liebt Stoppelkinns Soßen. Bald jedoch wird Winifreds Tapsigkeit gefährlich für Schiff und Crew. Sie muss gehen und Stoppelkinn ist untröstlich. Zum Glück ist Winifred noch in der Nähe, als die Dino-Piraten angreifen. Da bekommen es die Riesenechsen mit einem weit riesigeren Gegner zu tun.
Tom, der Navigator, blickt nicht mehr durch. Die Walnuss ist auf Zick-zack-Kurs. Und Scharen von Vögeln sind völlig orientierungslos. Das kann nur mit dem magnetischen Norden zu tun haben. Tatsächlich: Die Dino-Piraten haben ihn in ihren Besitz gebracht und sind mit dem Riesenmagneten auf Beutezug. Flinn und seine Crew müssen die Sache wieder ins Lot bringen.
An seinem Geburtstag bekommt T-Rex so viele Luftballons geschenkt, dass das Schiff der Dino-Piraten abhebt. Flugs werden sie zu Luftpiraten und überfallen Schiffe von oben. Es gibt für Flinn nur eine Chance, dafür zu sorgen, dass den Bösewichten die Luft ausgeht: Auch die Walnuss muss nach oben steigen. Und Tom hat natürlich eine Erfindung parat.
Die Crew der Walnuss steigt in die Tiefen des Schiffsbauchs ab, wo alle in einem Sumpf aus Soßenresten feststecken. Tom gelingt es, aus der Ekelsoße Rettungssoße zu machen. Und zwar mithilfe einer chemischen Soßenreaktion. Die katapultiert alle nach oben und vertreibt auch noch die Dino-Piraten. Keiner ist über die rettende Wirkung der Soße so stolz wie Stoppelkinn, der Vater aller Soßen.
Ein gräuliches Monster macht die siebeneinhalb Meere unsicher. Es hat auch Dümpelmuts Schiff gestohlen. Flinn und seine Freunde wollen helfen und hissen die Segel zur Monsterjagd. Dabei bekommen sie es mit mehr als einem Meeresmonster zu tun. Und sie machen die Erfahrung, dass ein Monster nicht immer das ist, als was es auf den ersten Blick erscheint.
Ein Tornado wirbelt Tom auf das Schiff der Dino-Piraten. Dabei verliert er sein Gedächtnis. T-Rex redet ihm ein, er sei Tomosaurus, ein Dino-Pirat, und Käpt’n Flinn sei sein größter Feind. Prompt erfindet Tom ein Katapult, um damit Ketchup auf die Walnuss zu schießen. Flinn antwortet mit Kanonenladungen von Stoppelkinns Soße. Als Tom die zu schmecken bekommt, dämmert ihm, wer er wirklich ist.
Flinn muss für T-Rex einen Zaubersäbel aus einem Wrack bergen. Als Flinn herausfindet, wie der Säbel funktioniert, zaubern er und seine Crew lustig drauflos. Doch dann wendet sich das Blatt. T-Rex bekommt den Säbel in die Hand, und es wird eng für die Besatzung der Walnuss. In letzter Minute hat Tom eine Idee, wie sie den großspurigen T-Rex austricksen können.
Ruby übernimmt einen ungewöhnlichen Auftrag. Die Dino-Piraten bitten sie, ihnen gute Manieren beizubringen. Dann taucht Gigantosaurus auf und stellt alles Gelernte in Frage. Denn er verlangt, dass ihm Ruby aufgetischt wird. Dank Rubys gutem Einfluss kommen T-Rex Bedenken. Flinn, Tom und Wilma nutzen das aus und schlagen den Dino-Piraten einen Plan vor.
Die Walnuss läuft auf Grund, denn das Meer ist verschwunden. Flinn und seine Freunde finden heraus, dass der Stöpsel des Poseidon-Abflusses gezogen wurde, damit das Meerwasser abfließt. Die Dino-Piraten haben das ausgeheckt, um an die Goldschätze in den Schiffswracks zu gelangen. Tom verpasst der Walnuss Räder, und los geht die holprige Fahrt über den Meeresgrund auf der Suche nach dem Stöpsel.
Die Dino-Piraten schlottern vor Angst. Ein Gespenst hat sich in ihrer Schatzhöhle eingenistet. Flinn, Tom und Wilma kommen gern zu Hilfe. Denn so können sie Rubys Frühjahrsputz entfliehen. In der Höhle entdecken die vier das Geheimnis des gruseligen Gespensterheulens und beschließen, den raffgierigen Riesenechsen eine Lektion zu erteilen.
Ein königliches Schiff ist von den Dino-Piraten geplündert worden. Flinn soll dem König das geraubte Gut zurückbringen. Mit Prinz Justus an Bord der Walnuss ist das keine leichte Mission. Der quirlige Sohn des Königs stellt alles auf den Kopf. Dann aber wird er zur Geheimwaffe. Denn seinem Temperament ist niemand gewachsen, schon gar nicht die Dino-Piraten.
Wilma ist von Flinn zum Hilfs-Käpt’n ernannt worden. Ihre erste Hilfsaktion: Sie spielt auf Bitten der Dino-Piraten die weibliche Rolle in Terrys Theaterstück. Nur ändert sie die ein wenig. Aus der Prinzessin macht sie einen weiblichen Kung-Fu-Käpt’n. In der Rolle tritt sie nicht nur auf der Bühne, sondern auch im Zuschauerraum auf. Denn da hat T-Rex eine Plünder-Aktion gestartet.
Stoppelkinns Algensoße löst seltsame Körperreaktionen aus. Gegen diese Kuddelmuddelitis hilft nur der Saft der sauersten Limetten. Doch den Weg zu den Früchten versperren die Dino-Piraten. Und weil Flinn und seine Leute unter der Kuddelmuddelitits leiden, sind sie eine leichte Beute für die Riesenechsen. Da ist Grips gefragt. Und dann gibt es ja auch noch die Algensoße.
Dümpelmut hat vor allem und jedem Angst. Deshalb bekommt er Nachhilfeunterricht in Piratenmut. Getarnt geht es sogar zu den Dino-Piraten, damit er sich von denen was abgucken kann. Als die Tarnung auffliegt, greifen die Dino-Piraten an. Ohne zu zögern verteidigt Dümpelmut Ruby und beeindruckt alle mit seinem Kampfesmut. Doch wird der auch von Dauer sein?
Ein gefräßiger Wal macht die Siebeneinhalb Meere unsicher. Er verleibt sich alles ein, was nicht niet- und nagelfest ist. Dann hat der Wal ein Problem, und Tom startet eine Rettungsaktion. Beim Wal handelt es sich nämlich um ein U-Boot der Dino-Piraten, das manövrierunfähig auf den Meeresboden sinkt. In einem mutigen Taucheinsatz kann Tom es reparieren. Doch die Dino-Piraten erweisen sich alles andere als dankbar.
Flinn und seine Freunde geben den Dino-Piraten Schwimmunterricht. Als alle in der Strandhöhle einen Schatz finden, sperren die Dinos ihre Helfer ein und machen sich mit dem Schatz davon. Dank Wilma und ihrem Enterhaken können sich die Freunde befreien. Sie erobern ihr Schiff zurück, das die Dino-Piraten gekapert haben. Und T-Rex bedauert sehr, beim Schwimmunterricht geschwänzt zu haben.
In einer Schatzkiste finden Flinn und seine Freunde ein riesiges Ei. Daraus schlüpft ein Baby-Dino. Schnell wächst ihnen der kleine Racker über den Kopf. Sie fragen die Dino-Piraten um Rat. Als Terry den Nachwuchs sieht, schlägt er Alarm. Es handelt sich um einen Monsterus Saurus, eine der gefährlichsten Piratensaurierarten. Flinn und seine Freunde übernehmen die heikle Mission, den Kleinen zu seiner ausgewachsenen Mutter zu bringen.
Als Albatros verkleidet erscheint Terry auf der Walnuss und heischt um Mitleid. Mit dem Schauspiel verfolgt T-Rex einen hinterhältigen Plan. Er will die Walnuss in seinen Besitz bringen. Deshalb behauptet er, dass Ei des Albatrosses entführt zu haben, und fordert im Tausch die Walnuss. Flinn lässt sich darauf ein, weil er dem armen Vogel helfen will. Spät, aber nicht zu spät, merkt er, dass er reingelegt wurde.
Ein riesiges weißes Muschelmonster hat Dümpelmuts Gücksbringerperle gestohlen. Als Flinn und seine Crew Moby Schnapp jagen wollen, verschlingt er sie mitsamt ihrem Schiff. Auch die Dino-Piraten sind an Bord. Um Moby Schnapp zu besänftigen, bleibt ihnen nichts anderes übrig, als zusammen fröhliche Seemannslieder zu singen und zu tanzen.
Plötzlich bricht jeder in Lachen, Weinen und Tanzen aus. Die Erklärung: Die Dino-Piraten haben den berüchtigten Dreifach-Fluch ausgelöst, indem sie drei Statuen aus einem Tempel stahlen. Flinn und seine Freunde fordern T-Rex auf, die Statuen an ihren Platz zurückzubringen. Der ist sogar einverstanden, denn die Dino-Piraten sind selbst vom Fluch betroffen. Doch wie immer hat T-Rex noch etwas in der Hinterhand.
Es ist Waschtag für Piraten. Weil der Anzug von T-Rex in der Wäsche einläuft, zwingt er Dümpelmut, einen neuen zu nähen. Flinn und seine Crew wollen ihm helfen. Doch es herrscht Flaute. Um die Walnuss in Fahrt zu bringen, muss Flinns riesige Seepferdchenunterhose gehisst werden. Mit voller Seepferdestärke geht es zur Klapperknocheninsel, wo die Dino-Piraten Dümpelmut festhalten.
Die Dino-Piraten haben es auf die Kombüse der Walnuss abgesehen. Ruby hat einen cleveren Plan, die Räuber auszutricksen. Die Crew gibt sich als Diebesbande aus, die denselben Coup plant. Sie schaffen es, den Dino-Piraten das Entern der Kombüse gründlich zu vermiesen. Doch Flinn und seine Leute freuen sich zu früh. Die Dinos kehren rachsüchtig zurück. Und wieder hat Ruby einen cleveren Plan.
Damit Stoppelkinn Eiscreme herstellen kann, kapern Flinn und seine Crew am Nordpol einen Eisberg. Als die Dino-Piraten den Weg zurück versperren, kommt Toms neueste Erfindung zum Zug. Die Walnuss wird zum U-Boot und taucht ab und davon. Dank einer Erfindung von T-Rex schaffen es die Dinos, ihnen und dem Eisberg trotzdem zu folgen.
Ein Besuch in einem Vergnügungspark soll Stoppelkinns Tukan Rocco aufheitern. Doch das Vergnügen ist mit Vorsicht zu genießen, da die Dino-Piraten den Park betreiben. Und sie hätten sich nicht die ganze Mühe gegeben, wenn sie nicht etwas im Schilde führten.
Vor einem heftigen Regen suchen Flinn und seine Freunde Schutz in einer Höhle. Dort haben auch die Dino-Piraten Zuflucht gefunden. Flinn schlägt einen Piratenwaffenstillstand vor. Sich an Vereinbarungen zu halten, ist jedoch nicht die Sache der Bösewichte. Als eine Steinlawine niedergeht und alle in der Höhle eingeschlossen sind, müssen die Dino-Piraten umdenken.
Die Dino-Piraten entführen Stoppelkinn. Sie wollen ihn über ihre piekfeine neue Planke ins Meer schicken. Flinn erklärt den Bösewichten, dass an dieser Planke nun wirklich alles verkehrt ist. Also beauftragt T-Rex Stöcki und Dippy, die Planke zu richten. Dabei gehen die beiden nicht gerade zimperlich zu Werk.
Aus dem verzagten Dümpelmut ist ein rabiater Rohling geworden. Das liegt an seiner neuen Augenklappe. Sie verwandelt jeden, der sie trägt, ins Gegenteil. Auch T-Rex. Nachdem Ruby ihm die Klappe aufgesetzt hat, fängt er an zu singen und zu tanzen. Ganz andere Saiten zieht Flinn auf, als er die verwunschene Augenklappe trägt.
Seit im Shanty-Dorf Steckbriefe mit seinem Konterfei aushängen, wird Flinn von Kopfgeldjägern verfolgt. Er schmiedet einen Plan, um selbst das auf ihn ausgesetzte Geld zu kassieren. Als Kopfgeldjäger verkleidet, sollen Wilma, Ruby und Tom den gefesselten Flinn ausliefern, das Geld einstreichen und ihn dann wieder befreien. Doch die Sache läuft ganz und gar nicht nach Plan.
Wieder einmal ist Stoppelkinns Soße ungenießbar. Flinn und seine Freunde machen sich auf den beschwerlichen Weg zum Bissige-Beeren-Busch. Dessen Blüten könnten den Soßengeschmack verbessern. Auch die Dino-Piraten sind auf die bissige Pflanze aus. Um Hindernisse zu überwinden, tut Flinn sich mit seinen Erzfeinden zusammen. Ein gefräßiger Riese blockiert ihren Weg.
Ein Zauberer schrumpft die Dino-Piraten und macht ihr Schiff zum Flaschenschiff. Von den Dinos um Hilfe gebeten, eilen Flinn und seine Freunde herbei. Und werden ebenfalls geschrumpft. Der Zauberer setzt beide Schiffe in seine Badewanne und fordert sie zu einem Gefecht unter Piraten auf. Flinn hat einen Plan, wie sie ihm alle zusammen einen Strich durch die Rechnung machen können.
In einem ausgedehnten Höhlensystem stoßen Flinn und seine Freunde auf eine Würstchenfabrik der Dino-Piraten. Die Bösewichte schnappen sich Wilma und fahren mit ihr durch die Stollen davon. Flinn, Tom und Ruby nehmen die Verfolgung auf. Es geht ums Ganze, sind die Saurier doch mit Wilma auf dem Weg zur Würstchenmaschine.
Auf der Walnuss sind die Mäuse los. Stoppelkinns Zwillingsbruder Grummelkinn soll die Plage bekämpfen. Der verjagt zwar die Mäuse, stellt sich bald aber als die größere Plage heraus. Der mürrische Kerl lässt jede Rücksicht und Sauberkeit vermissen. Um ihn wieder loszuwerden, holt Flinn sich ausgerechnet die Dino-Piraten ins Boot.
Der König lässt im Meer Schilder für den Schiffsverkehr aufstellen. Damit stiftet er viel Verwirrung und bringt T-Rex auf die Idee, mit eigenen Schildern Schiffe in die Irre zu leiten. Auch das Schiff des Königs geht den Dino-Piraten in die Falle. Was die Bösewichte nicht wissen: An Bord befinden sich Flinn und Wilma. Der König hatte sie wegen Schilderbeleidigung verhaften lassen.
Die Lieblingssachen von Flinn, Wilma, Tom und Ruby sind weg. Gestohlen. Diesmal sind die Dino-Piraten unschuldig. Eine Rattenfamilie steckt dahinter. Ruby spricht mit den blinden Passagieren. Denn sie kann rättisch. So erfährt sie, warum die Rattenfamilie auf der Walnuss untergeschlüpft ist. Nachdem die Besatzung ihre Lieblingssachen wiederhat, ist klar: Den Ratten muss geholfen werden.
Um Limonade zu kühlen, erfindet Tom den Erfrischungslimonat. Als der Apparat über Bord geht, lässt er das ganze Meer gefrieren. Es wird klirrend kalt und die Walnuss steckt im Eis fest. Das Schiff der Dino-Piraten hingegen gleitet auf Kufen über die Eisfläche. Flinn und seine Crew müssen unbedingt das Eis zum Schmelzen bringen, denn die Saurier verfolgen üble Pläne.
Schiffe in Not werden ausgeplündert von Piraten, die unter Flinns Flagge und Namen segeln. Der König lässt Flinn und seine Freunde einsperren. Ihr Ruf als gute Helden steht nun auf dem Spiel. Um ihn wiederherzustellen, müssen sie erstmal freikommen. Warum nicht die Doppelgänger an der Nase herumführen und um Hilfe bitten?
Stoppelkinns bester Soßenkochlöffel ist weg. Die Suche führt zum Bermuda-Geisterschiff. Dort gibt es einen Raum der verschwundenen Sachen. Doch der Weg dahin ist mit Fallen und Tücken gespickt. Die Crew schafft es, das gefährliche Labyrinth zu durchqueren und den Kochlöffel zu finden. Der Rückweg aber wird eine Herausforderung, denn sie haben die völlig kopflosen Dino-Piraten im Schlepptau
Rocco ist verschwunden. Es scheint, als sei er seiner Vorliebe für Bananen gefolgt. Also sucht die Crew auf der Bananenschaleninsel nach dem Tukan. Und stößt auf die Dino-Piraten. Die Riesenechsen haben einen dampfenden Kessel auf dem Feuer. Wollen Sie darin etwa Rocco zubereiten? Flinn und seine Freunde bekämpfen die Bösewichte mit dem am nächsten Liegenden: Bananen.
Ruby rettet Dippy davor, von Seefrettchen gepiesackt zu werden. Nun will Dippy umgekehrt Ruby Gutes tun und quartiert sich auf der Walnuss ein. Die Crew ist darüber gar nicht begeistert. Denn Dippy richtet mehr Schaden als Nutzen an. Das ändert sich, als auch die Dino-Piraten die Wucht von Dippys Wohltätigkeit zu spüren bekommen.
Bei einem Schiffsrennen setzt Flinns Crew einen Trickser-Detektor ein. Toms Erfindung soll die Tricksereien der mitsegelnden Dino-Piraten unterbinden. Doch die Maschine hat ihre Tücken. Sie ist nicht wirklich zuverlässig beim Erkennen von Betrügern. Und so nimmt das Rennen um den Shanty-Dorf-Pokal eine überraschende Wendung.
Der König ruft einen Wettbewerb aus, bei dem gute Taten vollbracht werden müssen. Wie gemacht also für Flinn und seine Freunde. Nie hätten sie gedacht, dass auch die Dino-Piraten teilnehmen. Die dreisten Bösewichte tun einfach so, als seien sie gut. Bald liegen sie gleichauf mit Flinns Team. Sieg oder Niederlage muss sich bei der Überraschungsaufgabe entscheiden.
Mit Quetschkommodenmusik und Tänzen lotsen Flinn und seine Freunde die Wale auf ihrer Wanderung. Das bringt die Dino-Piraten auf. Die verhasste Musik müssen sie zum Verstummen bringen. Sie erbeuten alle Quetschkommoden der Siebeneinhalb Meere und die Walnuss obendrein. Doch deren ausgesetzte Crew findet Helfer: eine Walfamilie. Ob die Riesenechsen den Riesenmeeressäugern gewachsen sind?
Am Seekartenprüftag entdeckt Flinn, dass der wichtigsten Karte eine Ecke fehlt. Als sie zu der Stelle segeln, wo das Kartenstück abgerissen ist, stürzt die Walnuss ins schwarze Nichts. Und das Schiff der Dino-Piraten kracht hinterher. Ohne vollständige Karte gibt es kein Entkommen. Die Dino-Piraten könnten helfen, denn sie haben den fehlenden Schnipsel. Doch sie rücken ihn nicht raus.
Als Neptun verkleidet, nimmt T-Rex Piraten aus. Um ihn zu entlarven, kostümieren Flinn und seine Freunde auch Stoppelkinn als Neptun. Doch die neue Rolle steigt dem Schiffskoch zu Kopf. Nachdem er die Dino-Piraten vertrieben hat, fühlt er sich zum Herrscher berufen. Er überspannt den Bogen dermaßen, dass T-Rex den Schummel bemerkt. Nun dreht sich der Wind.
Es herrscht Flaute, kein Lüftchen regt sich. Tom erfindet für die Walnuss ein Schaufelrad mit Dampfantrieb, und schon flitzen sie übers Meer. Das weckt den Neid der Dino-Piraten. Die Bösewichte kapern das Dampfschiff und behalten nur Stoppelkinn an Bord. Er soll die Spezialsoße kochen, mit der die Maschine befeuert wird. Was aber, wenn Stoppelkinn das Rezept ändert?
Die Dino-Piraten haben Macht über den Wind gewonnen, denn der alte Windmann steht in ihren Diensten. Er bläst ihnen Schiffe zum Plündern zu. Flinn und seine Crew wundern sich, warum er das tut. Sie finden heraus, dass der Windmann Angst um seinen Lieblings-Flugdrachen hat. T-Rex hat ihn an sich gebracht und droht, ihn zu zerreißen. Flinn und seine Freunde müssen dem alten Windmann seinen Drachen wiederbringen.
Stoppelkinn erzählt die Geschichte, wie die Crew einst zusammenfand. Vier Kinder wollten ihm helfen, sein gestohlenes Schiff zurückzuerobern. Dafür mussten sie erst richtige Piraten werden. Er gibt den Kindern Flinn, Wilma, Ruby und Tom Piratenkleidung und kocht ihnen zur Stärkung Piratensoße. Doch sind die vier mutig und piratenstark genug für ihre erste riesige Herausforderung?
Flinn, Wilma und Ruby sind von Terry hypnotisiert worden und befolgen nun willenlos seine Befehle. Sie sollen für die Dino-Piraten Schätze stehlen. Doch der Raubzug läuft völlig aus dem Ruder. Die Riesenechsen haben das Nachsehen und wollen die Hypnose schleunigst rückgängig machen. Tom soll ihnen helfen. Der weiß nicht nur, wie man die Freunde wieder aufweckt, sondern auch, wie man den Spieß rumdreht.
