山奥の全寮制男子高校"鐘ノ音学園"で禁欲生活を送る祐介とバッチグー・一番星・天神の３バカトリオ。異性と無縁の彼らの学校に、夏休みまでの１ヶ月間だけ女子が編入してくる事になった。３バカに歓迎委員長を押しつけられてしまった祐介は、到着した女子のバスに近づいていった。その時、開いた扉から現れた女子がいきなり抱き付いてきた。「祐介くん、見―つけた！」初対面！？のはずの"千歳みどり"に押し倒された祐介は気を失ってしまう。
始まったばかりの共学生活だったが、バッチグーたちのセクハラ同然の歓迎に女子たちの我慢は限界に達しようとしていた。更にエスカレートした３バカは、祐介を誘って露天風呂の覗き見を決行するのだが…思いっ切り失敗。女子のリーダー的存在"朽木双葉"によって露天風呂に吊るし上げられてしまった。怒りが収まらない女子は風呂に立てこもり事態は膠着してしまう。そこに学園最強の総代である総長が現れ、男子と女子の一対一の決闘を提案する。
３バカの下品な行動にしびれを切らした双葉は学園を出て行くことを決意する。足早に山を下る双葉はバス停への近道を探して森の中へ入っていく。双葉が飛び出したことを聞いた３バカは、理由は不順ながら後を追って山道へ。みどりと祐介も一緒に後を追っていたが、３バカとは別の道へ進んでいく。その頃、強気で飛び出したはずの双葉は道に迷ってしまい森から出られずにいた。しかも足までくじいてしまい、暗闇の中で身動きが取れなくなってしまう。
女子とお近づきになれない３バカは、無謀にも女子寮への侵入を決行することに。祐介も加わり、夜陰に紛れて作戦を開始する４人の男。順調に寮の入り口までは辿り着いたのだが、そこにはバットを握りしめた双葉が待ちかまえていた。理性の効かなくなった一番星は箱から飛び出し、速攻で双葉のバットの餌食に。窮地に立たされたバッチグーたちは、祐介を囮に差し出して先へと進んでいってしまう。取り残された祐介は双葉にどう弁解するのか！？
女子寮潜入事件で早苗の部屋に入り込んだ天神は、早苗に嫌われてしまった。汚名返上のために話しかけようと近づくが、早苗は怯えるばかり。その様子を見て祐介は早苗をかばうが、天神はそれが気に入らない。その夜、暗がりで何かを探している早苗と遭遇する祐介。大切にしていたピルケースを無くしてしまったというのだ。事情を察した祐介は一緒に学校中を探し回り、無事にピルケースを発見する。ところがその様子を天神が見てしまい!？
千種の提案で祐介とみどりがレクリエーション委員に任命され、男女の仲を深めるイベントを企画することに。休みの日に森へと下見に出かける事になった２人。いつもならみどりの邪魔をするはずの麗華も、今回は祐介から３バカを引き離す役を買って出る。またとない機会を生かそうと、みどりはデート気分で下見を進めるのだが、祐介は一方的なみどりに冷たく接してしまう。そんな祐介の態度にみどりもいらいらがつのって、２人のムードは険悪に!？
双葉を口説こうとする一番星。愛用のマニュアル本を参考にして熱烈なアタックを繰り返すのだが、全てが裏目に出てしまい双葉の逆鱗に触れてしまう。それでもマニュアルにすがろうとする一番星に、何を思ったのかみどりが発奮。女の子と仲良くなる方法を３バカに教えてあげると言い出した。祐介の静止も聞かず、みどりは３バカに怪しげなレクチャーを開始する。みどりの教えを真に受け、お目当ての女子にアタックを試みる３バカの辿る末路とは!？
みどりの行動を監視している麗華。抜け目なさそうな彼女も無防備になる場所があった。誰も居ない露天風呂で麗華は妄想にふけながら独り言をつぶやいていた。完全に気を抜いていた彼女の前に、いきなり千種がドボーンと乱"乳"してきた。不意を突かれた麗華は、大股開きの格好を思い切り見られてしまう。続いて早苗と若葉がやってきて朝から際どいボケの応酬。双葉とみどりもやってきて、みんなで男子への愚痴で大盛り上がり。伝説の全裸祭り！
男女の親睦目的の肝試し大会が行なわれることになった。天神×若葉、一番星×早苗、みどり×バッチグー、そして祐介×双葉 。意中の相手とペアを組めずに不満噴出の参加者一同。それでも３バカは女子と２人きりになれるせっかくの機会に下心丸出しで夜の森へ繰り出していく。祐介も強がる双葉をかばいながら目標の神社へと向かうが、その前には２人を待ち受ける怪しい人影があった。一方、みどりは双葉と一緒の祐介のことが気掛かりになって…。
期末テストでいい点を取れば好きな人と何でもやり放題！ 妙な噂に鐘ノ音の男子たちは沸いていた。話の出所は千種が祐介に提案したみどりとの約束で、みどりが平均点以上取れたら祐介がご褒美をあげるという内容だ。みどりに渋々勉強を教える祐介。みどりもご褒美のために張り切るのだが、成果はなかなか上がらない。一方、３バカは噂を信じて妄想が大爆発。山にこもって壮絶なテスト勉強を開始した。みどりと３バカの願いは叶うのか！？
遂にみどりとの過去が蘇った祐介。麗華は祐介に２人が決して結ばれない運命にあることを説明する。しかし、傍らのみどりは運命を変えてみせると相変わらずの一点張り。固い決意のみどりとは裏腹に、事情を知った祐介は漠然とした不安を抱くのだった。一方、みどりと過ごす時間が増えた祐介と、３バカとの間には溝ができ始めていた…。
試験編入終了が間近に迫った鐘ノ音学園・・・。 運命に翻弄される祐介とみどり・・・。 そんな２人の行く末を見守る双葉、３バカトリオ、そして麗華・・・。 みどりの意志は運命にはかなわないのか・・・。
あの夏から半年――― 新学期からの共学化に向けた準備の為、一足先に鐘ノ音を訪れた千種先生と、双葉・若葉・早苗の三人。実は双葉はこの半年間、祐介との手紙を通じてその想いを募らせていた。それを優しく見守る若葉と早苗。一方の祐介は、双葉の想いを感じつつも、みどりとの思い出を未だに引きずっていた。そして、再会。互いの想いを感じつつもなかなか勇気の出せない二人。そこに現れたのは、恋のキューピッドならぬみどりだった！？
GROOVER原作のPC用学園アドベンチャーゲーム「グリーングリーン」がOVA化！ 都会の女子校に編入した鐘の音学園の男子生徒たちの姿を描く。
