鑑定士のアインはパーティの仲間であるゾイドとジョリーンとダンジョンを探索していた。ふたりはアインに重い荷物を背負わせた上、『ゴミ拾い』呼ばわりしている。不遇職の『鑑定士』である自分はそんな扱いを受けても仕方ないと諦めているのだった。そんな中、ヘル･ハウンドの群れに襲われるアイン達。ゾイドとジョリーンはアインを犠牲にして逃げてしまう。絶体絶命になるアイン！
パーティ仲間であるゾイドとジョリーンに裏切られた上、ヘル･ハウンドに襲われ、奈落へと落ちたアイン。そんなアインを助けてくれたのは、世界樹の精霊であるユーリとその守り手であるウルスラだった。ユーリの力で九死に一生を得るアイン。ある行動からアインに好意を持つユーリは、ウルスラに「アインに力を貸して欲しい」と頼むのだったが…。
ユーリからもらった『精霊の義眼』とウルスラの特訓のおかげで、Ｓ級モンスターを倒せるほどに成長したアイン。いよいよ地上を目指す彼に、ユーリは同行を願い出る。そこでウルスラはアインの義眼を『精霊神の義眼』に強化し、もう片方の目に『賢者の石』を入れる。これによりユーリはアインと共に行動することができ、ウルスラも彼と意識をリンクできるようになる。そしていざ出発となる時、アインはユーリにあることを問いかけるのだった。
地上に生還し、ユーリの姉妹を探す旅に出るアイン達は、銀鳳商会リーダーのジャスパーから教えてもらった隠しダンジョンへ向かう。そこには数々のトラップを用意して待ち構える、とある人物がいるのだった。その頃、偶然にも同じダンジョンの別エリアにはゾイドの姿があった。アインが生還したことで彼を見捨てて逃げたことが露見し、世間の風当たりが強くなったゾイドは、単身で難関ダンジョンに挑むのだが…！？
ユーリの姉妹であるピナと、その守り手である黒姫も仲間に加わった。そんな中、アインはジャスパーと共に王都の冒険者ギルドを訪ね、魔物を倒して得たレア素材の買い取りを依頼する。しかし鑑定士に魔物を倒せるはずがないと信じてもらえない。周囲の人々に疑われ、不遇職を見下す空気に辟易するアインだったが、そこへ現れたギルドマスターのミーガンはアインをジョブだけで判断せず、後日SSランク・ベヒーモスの討伐を彼に依頼するのだった
ベヒーモスを倒して世間の評価が高まるアインだが、本人はユーリに出会えた幸運と共に、不遇職の『鑑定士』である自身の本質について悩み始める。その頃、落ちぶれたゾイドの前に現れた謎の女は、自らを『精霊』と名乗り、彼のアインに対する憎悪を巧みに利用する――。街で買い物を楽しむユーリとピナの前に突如現れるモンスター。その正体はなんと、超常の力を手にしたゾイドで！？
ゾイドをモンスター化させた謎の女・エキドナは、次に魔族国を訪ね、ファルコ男爵にアインの殺害を依頼する 。一方アインは、ユーリの姉妹がいると思われる新たな『隠しダンジョン』の情報を求めて、王城の禁書庫に向かう。王族しか使うことのない王城の大図書館の中でも、特に国王と司書の両名から認められなければ中に入ることが出来ないと言われる禁書庫。扉をくぐり、一人そこへ足を踏み入れたアインは、ひとりの少女と出会うのだが……。
ユーリの姉妹捜しを続けるアイン達の元へ、冒険者ギルドのマスター・ミーガンが訪ねて来た。最近、ニグンという貴族が治めるレーシック領で『魔族』の目撃情報が頻繁にあるらしく、彼女はその退治をアインに依頼するのだった。困っている人々を想い、早速現地へ向かうアイン達。そこで彼らが目にしたのは、痩せた大地と疲れ切った領民の姿だった。しかも領民は、幼い少女を生贄として魔物に差し出そうとしていて…！？
SSランクの古代種ヒュドラを倒したのも束の間、レーシック領に夥しい数の新たな魔物が迫り来る。その光景に絶望する領民達だったが、満身創痍になりながらも孤軍奮闘するアインの姿に触発され、彼らは立ち上がる勇気を取り戻すのだった。一方、歪んだ形で領地や領民を守ろうとする当代の若き領主・ニグンは、幼い頃に出会った鏡の中の『友達』の言葉を信じてやまない。人並外れた超常の力を持つアインこそが魔族だと、領民達に言い放つのだった！
