魔都・上海。そこで行われている祭りを、ビルの屋上から見下ろす少女の姿があった。名はカナン。一方、寂れた漁港に降り立つ、犯罪組織「蛇」のボス・アルファルド。そして駆け出しのカメラマン大沢マリアも又、フリー記者の御法川と共に同地に降り立っていた。三人の女性が揃った今、運命が動き出す！
断崖の道を走る一台の護送車。突如そこに飛来したヘリコプターからマシンガンの轟音が響き渡り、激しい銃撃戦が始まった！ その際に護送車から飛び出し、断崖に向かって走り出すアルファルド。男達が必死に追うも、嘲笑の笑みを浮かべ断崖からダイブする！ その頃マリアと御法川のいる飲食店に、一台の車が突っ込んだ！
繁華街の一角。ネコミミとシッポ、そして際どい衣装を身に着けた女性が、怪しげなカラオケバーに入って行くのを見届けた御法川。“特ダネの匂いがする”という理由でマリアと共に店内に入り、お目当ての女性と出会う事に成功するが、彼女の脇の下には刺青の様な“印”がある事に気付く。
大沢マリアにホテルの部屋から追い出された御法川。呆れた様に溜息をつき去って行く。一方、部屋の中では上海で行われる対テロ国際会議と、各国の首脳陣が続々と上海入りするニュースがＴＶから流れていた。しかし、ベッドの上にいるマリアは見向きもせず、昨日の出来事を思い出す度に震えだす肩を、自ら抱きしめていた。
照りつける様な強烈な朝の光の中、死んだように公園の中をふらふらと歩くカナン。そこにアルファルドの言葉がフラッシュバックされ、その場で倒れ込んでしまう。その頃、近代的なビルの一室ではアルファルドが部下達を前にして、ある計画が最終段階に入った事を告げる。
怪しげなゴシップを取材中の御法川には、一つの仮説が浮かんでいた。それは以前渋谷を騒がせた“ウーア・ウィルス”と中国の消えた村、そして体に浮かび上がる異様な模様が全て関連しているというものだった。そしてマリアからある封筒を渡される。差出人は『上海報道事業集団』。中には対テロ国際会議のプレスパスが…。
対テロ国際会議の取材を任されたマリアだが、アルファルドの策略により捕らわれてしまう。更に会場では、米大統領や各国首脳達が閉じ込められ、ウーア・ウィルスに感染させられていた！ 唯一の解決策は、秘密裏に開発した抗ウィルス剤を輸送する事。だがそれも妨害されてしまう。その頃カナンはマリアの元へ向かっていた。
病院のベッドで目覚めたカナン。傍らには心配そうに見つめるマリアの姿があった。今まで感じられていた“色”を見る事が出来なくなり戸惑うカナンの様子にマリアは、彼女を元気付けようと共に街へ繰り出す事に。一方、御法川は自らの推測を確かめるべくサンタナ、ハッコーの店へ向かっていた。
御法川は全ての謎を解き明かす為、サンタナとハッコー、そしてマリアとカナンの五人で消えた村へと向かっていた。途中、偶然にもユンユンと遭遇。彼女を加えた六人の一行は、休憩の為砂漠にある小さな遺跡へと立ち寄る。そこへ突如ぬいぐるみを被った男が現れ、ライフルを発砲！ カナンはマリアを守る為、銃を手にする。
村に着いた御法川達の前に、アルファルドと部下のリャン・チーが現れる。その攻撃になす術もなく逃げ惑う六人に対し、アルファルドは「フラワーガーデンに向かう」と言い立ち去る。その後を追う様に同地へ進む一行。そこはかつて消えた村の被害者を収容した病院及び研究施設で、実験台となった村人達が一行に襲い掛かる！
恐怖、絶望、悲しみ…、様々な想いが交差するフラワーガーデン。夏目も又、ウーア・ウィルスの実験データを奪取する為、同地を訪れていた。データを入手した夏目は、施設を破壊するべく米特殊部隊と中国軍に出動を要請。武装ヘリが攻撃する中、未だ戻らぬサンタナとハッコーを探しに、カナンは施設へと戻って行った。
フラワーガーデンから無事戻ってきたマリア達。だがそこにはサンタナとハッコーの姿はなかった。翌朝ホテルを出発するマリア、カナン、ユンユン、御法川の四人だったが、車が故障した為、御法川は皆を列車で先に帰す事にする。そこに、公安を装った「蛇」メンバーが乗り込んでくる。更にアルファルドも同乗していた。
マリアが襲われ、彼女が傷ついている事を知ったカナン。だがその表情は平静で、瞳は真っ直ぐ射る様にアルファルドを見つめていた。一方、貨物車両に閉じ込められたマリアとユンユン。そこには、時限爆弾が取り付けられていた！ カナンとアルファルド、マリアとユンユン。夫々の終末に向かって列車は走り続ける…。
