キタカガミ市の中学生アマツガ・ヒカルは、ある日、助けを求める謎の声に導かれ、記憶を失くしたウデ型機械生命体のアルマと出会う。ひょんな事からヒカルの着ていたパーカーに”結合（デライズ）”してしまったアルマ。そんなアルマを見捨てておくことができなかったヒカルはアルマと行動を共にすることに。そこにヒカルとアルマを狙う謎のメカウデ使いが現れる…!!
アルマを保護するという名目でヒカルのクラスに転入してきたメカウデ使いのムラサメ・アキ。 "ARMS（アームズ）"という組織に所属する彼女は、四六時中ヒカルとアルマにつきまとう。そんな一日に、ヒカルは疲労困憊な様子。一方で、メカウデたちの自我を奪い兵器として扱う大企業"カガミグループ"もアルマを付け狙っていて…!?
ARMSの本部に連れて行かれたヒカルとアルマ。 そこでヒカルはメカウデ使いとして全くの不適合者であることが判明、アルマは護衛対象としてARMSの監視下に置かれることになる。 そんな中、メカウデ使いの身体からメカウデが無理矢理に引き剥がされるという事件が連続で発生。その調査に向かうアキに同行することとなったヒカルとアルマであったが…。
ヒカルは、アルマとの共同生活やARMSのメンバーとしての活動、そしてアキに付きまとわれる学校生活に振り回されていた。 そんな中、今度はアルマを自分のものにしようとするカガミグループの御曹司、カガミ・ジュンがヒカルの学校に転入してくる。カガミはアルマの過去を知っている様子。ヒカルはアルマの記憶に関する手がかりを掴むため、なんとかカガミと話をしようとするが…。
家族の仇であるワーム型のメカウデ使いを追い詰めたアキ。 しかしその正体は、事故に巻き込まれて死んだはずの双子の妹・フブキであった。 思いがけない再会とフブキから明かされる事故の真相に戸惑うアキに、さらなる残酷な事実が明かされる。
キタカガミ市全域で突如自我を失ったメカウデ使いたちが暴走するという事件が頻発。 騒ぎの元凶とされるワーム型のメカウデ・アマリリスと、アマリリスと行動を共にし事件への加担を疑われるアキの捜索に向かったヒカル。 一方、フブキの命を救うためヒカルを連れてくるようアマリリスに迫られたアキがとった行動とは…。
アマリリスとの激闘の末、過去の記憶を取り戻したアルマ。しかしその表情は険しく、理由を尋ねたヒカルのもとを去って家出してしまう。 アルマの行方を追う手がかりを求め、ヒカルはアルマの兄フィストがいるARMS本部へ足を運ぶ。そして、フィストの口からアルマをはじめとしたメカウデたちの過去が明かされる。
100年前、メカウデの始祖・オルデラの封印を解いてしまったことによって、命を落としたカガミグループの創始者ヤクモ。 そして現代、再び眠りについていたオルデラの力を利用し、メカウデ世界へと続くゲートを開くことをカガミグループは企んでいた。そこでアルマはゲートを開く"トリガー"として捕らえられてしまい…。
覚醒したオルデラを再び封印するため、ヒカルとアルマ、さらにパワーアップした人造メカウデを手に入れたカガミも加わり、力を合わせて攻撃を開始！ カガミとその兄ナオヒトの過去、そして全ての事件の黒幕の正体がついに明らかに…!?
ヒカルとアルマの前に現れた黒幕の正体は、ARMSのリーダーであるエルジスとそのメカウデ・フィストだった。 しかもエルジスの仮面の下には、100年前に死んだはずのヤクモの顔が隠されていて…!? 彼らの目的とは一体？メカウデとメカウデ使いを巡るヒカルたちの最終決戦が今、幕を明ける！
フィストはオルデラの力を取り込み、この世界をメカウデたちの新天地として支配しようと企んでいた。 しかし戦闘の最中、フィストの攻撃からアルマを守ろうとしたヒカルは、瀕死の状態になってしまう。そんなヒカルを救うためにカガミはあることを思い付く。
皆の力を集めヒカルを復活させることに成功したカガミだったが、オルデラの力を手に入れたフィストによって一瞬の隙をつかれ、身体を乗っ取られてしまう。 カガミの体を取り戻すため、再び立ち上がるヒカル。アルマ vs フィスト、兄弟の決闘の行方は…!?
