室町時代末期の美濃。若き明智光秀（長谷川博己）は度重なる戦いの日常に疲弊し、主君斎藤道三（本木雅弘）になぜこのような戦乱が続くのか、当時の日本の中心である京に行って見てきたいと申し出る。が、けちな道三はなかなか首をたてにふらない。考えあぐねた光秀は、当時まだ出回ったばかりの鉄砲を手に入れて帰ってくること、そして病にふせる道三の妻小見の方のために京都の名医を連れてくることを条件に旅の許可を得る。
美濃に戻った光秀（長谷川博己）と駒（門脇麦）たちを待ち受けていたのは、美濃の隣国尾張からの侵略であった。光秀の主君斎藤道三（本木雅弘）は、尾張の織田信秀（高橋克典）を市街地井ノ口で待ち受ける。攻め込む織田軍は井ノ口に突入するが、それは道三の罠（わな）であった…。
加納口の戦いから半年後、帰蝶（川口春奈）は光秀（長谷川博己）の故郷・明智の荘のもとに戻った光秀に会いに、馬を走らせる。その胸には戦のあと、織田方に通じたことを父道三に見破られ、毒殺された夫頼純（矢野聖人）への深い悲しみがあったのだ…
医師望月東庵（堺正章）が京へ帰る日がきた。が、道三（本木雅弘）は望月が織田信秀（高橋克典）と内通しているとの情報を得ていて、東庵に、織田方の情報を美濃に流すよう指図する。しぶる東庵に道三は駒の命を人質にすることでようやく納得させ、情報を流す相手として光秀（長谷川博己）を指名する。
鉄砲の組み分けをするため、光秀（長谷川博己）は近江へ。そこで、組み分けができる伊平次という若者が京にいることを知った光秀は道三（本木雅弘）に依頼し再び京へ向かう。そこで光秀は、細川藤孝（眞島秀和）という若者と出会う。
京にいる光秀（長谷川博己）はひょんなことから松永久秀（吉田鋼太郎）と三好長慶（山路和弘）が主君細川晴元に襲撃されるという噂を聞く。知己を得ている三淵を通じて将軍足利義輝（向井理）に謁見し、動乱をとめるよう進言する。三淵らにたしなめられた光秀はこの程度の乱をしずめられないのならなんのための武家の棟梁（りょう）、なんのための将軍かと思いを義輝の前で吐露する。
京から帰った光秀（長谷川博己）を待っていたのは帰蝶（川口春奈）の尾張への嫁入り話だった。かつての夫を父道三（本木雅弘）に殺害されている帰蝶は、光秀に嫁入りの是非を相談する。一方、帰蝶を通じて尾張と同盟を結ぶことは駿河の今川を敵にまわすことであるとして高政（伊藤英明）らはこの婚姻に真っ向から反抗する。
帰蝶の命で尾張に入った光秀（長谷川博己）は、信長（染谷将太）と会い、その印象を美濃に戻って帰蝶（川口春奈）に伝える。帰蝶は光秀の説得により嫁入りを決意する。だが、そのことを知った高政は激怒。尾張と同盟を結ぶことは、今川義元を敵にすることだと光秀を強く非難する。
尾張に嫁いだ帰蝶（川口春奈）はついに夫となる織田信長（染谷将太）とはじめて対面。その風変わりだが、愛嬌のある不思議な人柄に魅かれ始める。いっぽう、帰蝶も駒（門脇麦）も去り、孤独となった光秀（長谷川博己）の前にも、幼馴染のひろこ（木村文乃）との再会が待っていた。
光秀（長谷川博己）と別れ、傷心の駒（門脇麦）は京で、久しぶりに自分の過去を知る伊呂波太夫（尾野真千子）と再会し、自分を助けた武士の秘密を知る。一方美濃の光秀は、道三の命令で再び同盟を結ぶ尾張に入り、帰蝶をたずねるが、そこで織田信長（染谷将太）と運命の出会いを果たす。
竹千代を手に入れた今川義元（片岡愛之助）は尾張への侵攻を開始する。窮地に陥った尾張は美濃の斎藤道三（本木雅弘）に援軍を依頼するが、美濃の国衆は道三に従わず、兵は出せない。光秀（長谷川博己）は道三の使者として再び尾張へとぶ。
光秀（長谷川博己）は、妻木の里である再会をする。一方織田信秀（高橋克典）の病状はいよいよ悪く、信長（染谷将太）は家督が誰につがれるのか気が気でない。落ち込む信長を前に、帰蝶は病床の信秀のところに考えを聞きにいく。
道三（本木雅弘）は頼芸（尾美としのり）と一戦まじえると言い出し、光秀（長谷川博己）はそうならないように道三を説得する。だが、道三は実際に戦うつもりはないという。そのころ、駿河に向かう駒は、奇妙な男（佐々木蔵之介）と出会う。
聖徳寺に現れた信長（染谷将太）は鉄砲隊を連れてくる。道三（本木雅弘）ははじめて娘婿信長に会い、その奇妙な言動に興味をそそられる。一方、酒におぼれた道三の側室・深芳野（南果歩）は長良川のほとりで水死する。
道三（本木雅弘）は出家し、家督を高政（伊藤英明）にゆずる。だが、道三の次男・孫四郎はそのことを快く思っていなかった。光秀たちは孫四郎にその相談を受ける。実は孫四郎の背後には、尾張の帰蝶（川口春奈）がいた。一方、駿府の駒（門脇麦）は、あいからず藤吉郎（佐々木蔵之介）につきまとわれていた。
道三（本木雅弘）は、稲葉山を出て大桑城へ向かう。光秀（長谷川博己）は仲裁を頼もうと帰蝶のもとへ向かうが、孫四郎の死をとめられなかったため、けんもほろろに追い返される。光秀は大桑城の道三のもとへ向かって戦をしないよう説得するが、すでに道三の決意は固かった。
ついに道三（本木雅弘）と高政（伊藤英明）の長良川での戦いが始まった！形勢は断然道三の不利だが、道三は高政に一騎打ちを挑む。光秀（長谷川博己）はかけつけるが、道三の死に間に合わなかった。一方明智城では光安（西村まさ彦）が籠城の準備をしていた。
明智城は高政（伊藤英明）の攻めの前に落城する。尾張へ逃げようとする光秀（長谷川博己）一家の前に、駿河から来た駒（門脇麦）が現れ、尾張は追っ手が来ているので北へ逃げるよう諭す。北へ向かった光秀一行の前に、帰蝶が放った伊呂波太夫（尾野真千子）が現れ、越前へ案内すると語る。
斎藤道三の死から二年後、光秀（長谷川博己）は越前にいた。ある日、朝倉義景に呼び出された光秀は京へ鷹を届けるよう命じられる。将軍足利義輝に向けたものだという。久しぶりに京を訪れた光秀は、細川藤孝らと会い、意外な事実を知る。
１５６０年。駿河の今川義元（片岡愛之助）は大群を率いて尾張へ侵攻する。圧倒的な兵力の違いを前に織田信長（染谷将太）はなすすべもない。越前の光秀（長谷川博己）は、帰蝶にこの戦の鍵をにぎるのは三河の松平元信（風間俊介）であることを進言する。
今川義元（片岡愛之助）は尾張へ侵攻。危機を察知した信長（染谷将太）は籠城といいつつ、別の作戦を展開する。死を覚悟した信長は帰蝶（川口春奈）にある人物を紹介する。そのころ、光秀（長谷川博己）は尾張へと馬を走らせていた。
桶狭間の戦いから４年がたった。ある日、越前の光秀（長谷川博己）のもとに京から細川藤孝が訪ねてくる。藤孝は将軍足利義輝（向井理）が、光秀に会いたがっていると告げる。義輝は京で、三好長慶の完全な傀儡（かいらい）となっていた。
織田信長を義輝のために上洛させるため、美濃へ向かった光秀（長谷川博己）。だが、信長（染谷将太）は戦に忙しく、光秀の御内書を読むひまがない。代わりに出てきた藤吉郎（佐々木蔵之介）から将軍暗殺のうわさを聞き、光秀は逆上する。
三好・松永の子らによるクーデターが勃発、将軍・義輝（向井 理）が殺害される。ぽっかり空いた将軍の座を巡り、京は弟・覚慶（滝藤賢一）擁立派と義栄擁立派に二分する。松永（吉田鋼太郎）と藤孝（眞島秀和）は、三好から命を狙われる覚慶を大和から脱出させ身を隠す手助けをする。一方、義輝の死を知った光秀（長谷川博己）は、松永のもとへ向かい、義輝暗殺を激しく糾弾。松永は、朝倉義景（ユースケ・サンタマリア）から届いた文を光秀に見せる。そこには、朝倉家は覚慶が将軍の器であればかくまう覚悟がある、それを光秀に確かめてくるように、と書いてあった。気が乗らない光秀に松永は、このまま表から身を遠ざけ、越前でくすぶっていていいのかと発破をかける。
覚慶（滝藤賢一）は還俗（げんぞく）し、足利義昭を名乗る。しかし受け入れを希望する越前・朝倉義景（ユースケ・サンタマリア）の態度が決まらず、近場で立ち往生を余儀なくされていた。一方、信長（染谷将太）は長きにわたる斎藤龍興との戦に勝ち、ついに美濃を平定する。かつての家臣・伝吾（徳重 聡）から文が届き、光秀（長谷川博己）は母・牧（石川さゆり）を連れて、なつかしい美濃へと旅をする。訪ねた岐阜城で「何のために戦っているのかわからなくなった」と言う信長に、光秀は「上洛して新しい将軍と幕府を再興すれば、武士が誇りを持てる平らかな世になりみんなが喜ぶ」と言う。しかし肝心の将軍候補・義昭の評を信長から聞かれると、光秀は口ごもってしまうのだった。越前に戻った光秀を、なんと義昭が待ち構えていた。
義昭（滝藤賢一）を奉じ、信長（染谷将太）と共に上洛を決めた義景（ユースケ・サンタマリア）だったが、その気まぐれな言動から、光秀（長谷川博己）や三淵（谷原章介）らはその真意に次第に不安を感じるようになる。家臣や一族も決して一枚岩ではない様子を見るにつけ、このままでは上洛をしても三好勢と十分に戦えないと判断した光秀は、信長を訪ね、単独で上洛をするように訴える。
美濃で盛大な歓迎を受ける義昭（滝藤賢一）。しかし信長（染谷将太）は、戦にまるで興味のない様子の義昭を不安に思う。一方、光秀（長谷川博己）は上洛にあたり、三好勢の兵力と朝廷側の意向を探るため、京へと向かった。駒（門脇 麦）を頼り、事情をよく知る伊呂波太夫（尾野真千子）のもとへ。三好は今井宗久（陣内孝則）をはじめとする堺の豪商と強固なつながりがあり、その財力が強さになっているという。宗久の名前を聞いた駒は、かつて丸薬を商売にしないかと持ち掛けてきた商人のことを思い出し、光秀を連れ宗久のもとへ向かう。
ついに足利義昭（滝藤賢一）が上洛を果たした。勢いに乗った織田軍は周囲の三好勢を一掃する。光秀も活躍が認められ、将軍奉公衆に取り立てられる。先の将軍・義輝暗殺に関与していた疑いのある松永（吉田鋼太郎）の処分を巡り、織田側と三淵ら奉公衆の意見が割れるが、義昭は信長（染谷将太）の意見に従うという。その代わりに幕府の政務を、代々将軍に仕えてきた摂津晴門（片岡鶴太郎）に任せることを認めてほしいという。光秀（長谷川博己）と藤孝（眞島秀和）は、幕府を腐らせてきた張本人ともいえる摂津の再起用に胸騒ぎを覚える。
将軍の御座所襲撃に怒った信長（染谷将太）は、京に将軍を守る城が必要だとして、独断で二条城の建設を始めてしまう。各地から資材を召し上げながら急ピッチで進む強引な工事に、幕府の摂津（片岡鶴太郎）のもとには信長に対する多くの反発の声が届く。ある日、伊呂波太夫（尾野真千子）から呼び出された光秀（長谷川博己）は、幕府より身を追われ身を隠した近衛前久（本郷奏多）と対面する。前久は今の幕府には、己の私利私欲を満たすことしか頭にない連中ばかりであることを忠告。そして、本来帝（みかど）を守るべき幕府の本分を見失っていることをほのめかすのだった。将軍よりも上の存在という帝の存在が気にかかった光秀は、ボロボロになった御所へと足を向ける。
孤独な立場の義昭（滝藤賢一）は、駒（門脇 麦）を話し相手として頼りにしていた。ふたりは弱きものを救う悲田院づくりの夢を通して仲を深める。一方、信長（染谷将太）に呼び出され美濃に向かった光秀（長谷川博己）は、ついに信長が越前の朝倉攻めを決めたことを知る。しかし信長は、朝倉相手に織田軍だけでは勝てないと冷静に考えていた。光秀は、帝（みかど）に戦の是非を認めてもらえれば大義名分が立ち、ほかの大名もおのずと集まると助言する。しかし、それは大きな賭けであった。信長はすぐさま上洛し、帝・正親町天皇（坂東玉三郎）に拝謁するのだが…。
ついに越前へ向けて出兵を開始した信長（染谷将太）。破竹の勢いで敦賀まで制圧をする。しかし、朝倉義景（ユースケ・サンタマリア）のいる一乗谷まであと一歩に迫った金ヶ崎で、浅井長政（金井浩人）が信長を突然裏切り、背後から迫ってくる。朝倉・浅井に挟まれ絶体絶命の信長軍。このまま前進するという信長を光秀（長谷川博己）は、織田信長はいま死んではならない、逃げるべしと強く説得。それは数万の兵を率いたしれつな退却戦の始まりだった…。
命からがら京に戻った光秀（長谷川博己）。美濃からやってきた熙子（木村文乃）や娘たちとつかの間のひとときを過ごす。戦で失った鉄砲を調達すべく、木下藤吉郎（佐々木蔵之介）と訪れた堺で、光秀は丸薬の商いで成功した駒（門脇 麦）と出会う。さらに松永久秀（吉田鋼太郎）と大和で争う筒井順慶（駿河太郎）と知り合い、駒の助けを得て大量の鉄砲の調達に成功する。手に入れた鉄砲で再び戦に出る信長（染谷将太）だったが、摂津での戦いで一向宗徒や三好の残党勢力に苦戦。さらに背後から朝倉・浅井の軍勢が迫り、再び四面楚歌に陥る。
四方を敵に囲まれ窮地に立たされる信長（染谷将太）。光秀（長谷川博己）は朝倉に和議を申し込むべく、比叡山に陣を構える義景（ユースケ・サンタマリア）のもとへ潜入する。義景が頼る延暦寺の天台座主・覚恕（春風亭小朝）と面会するが、覚恕は自分から領地や金を奪った信長を許さないという。そんな折、尾張で信長の弟・信興が一向宗に討たれ、事態は切迫。信長は京を捨て尾張に戻ろうとするが、光秀は今までの苦労が水の泡になると再び説得する。すると信長は将軍（滝藤賢一）ではなく、帝（坂東玉三郎）を通じて周囲と和議を結ぶことを思いつく。
残虐極まりない比叡山の焼き討ちを目の当たりにした摂津晴門（片岡鶴太郎）は、将軍・義昭（滝藤賢一）にもう信長（染谷将太）と手を切るべきだと進言。大和の松永（吉田鋼太郎）と筒井順慶（駿河太郎）の内戦に加わり、筒井側につくことで、信長の後ろ盾のある松永と対立しその立場を表明すべしと迫るのだった。光秀（長谷川博己）は、娘の治療で訪れた東庵（堺 正章）の診療所で、駒（門脇 麦）から、義昭は筒井に味方し信長から離れることを決めたと聞かされる。恐ろしい代理戦争の計画を回避すべく、じかに松永と筒井を引き合わせる和平工作を画策するが…。
藤吉郎（佐々木蔵之介）から、信長（染谷将太）は将軍や幕府はもはやどうでもよく、帝や朝廷との関係ばかりを強化しようとしていることを聞き、不安に駆られる光秀（長谷川博己）。その一方で、摂津（片岡鶴太郎）率いる幕府内では、信長の力を削ぐべくその重臣である光秀を暗殺する計画が持ち上がる。数日後に開かれた将軍主催の茶会に招かれた光秀に、刺客たちの刃が襲いかかる。光秀は将軍・義昭（滝藤賢一）のもとへ急ぐのだが…。
三条西実澄（石橋蓮司）の助力で、光秀（長谷川博己）は帝（坂東玉三郎）と言葉を交わす。一方、義昭（滝藤賢一）ら幕府は信長（染谷将太）を前面に押し出し、大和の松永（吉田鋼太郎）を鎮圧しようとしていた。藤吉郎（佐々木蔵之介）は、いま本当に戦うべきは松永ではなく、朝倉と浅井であると信長の曖昧な立場を批判。大和に気を取られて美濃が手薄になったところで、義昭は朝倉たちに美濃を攻めさせるつもりだ、と声を荒げる。
上洛間近の武田信玄（石橋 凌）の進軍が、突然止まった。義昭（滝藤賢一）は信玄や朝倉の援軍を得られず孤立、藤吉郎（佐々木蔵之介）率いる織田軍に捕らえられる。二条城にいた幕臣・三淵（谷原章介）も捕らえられ、早々に信長（染谷将太）方についた弟・藤孝（眞島秀和）と苦しい再会を果たす。菊丸（岡村隆史）より武田信玄が秘密裏に死んだことを知らされる光秀（長谷川博己）。その報告を受け信長は、後ろ盾を失った朝倉・浅井に対して兵を挙げ、一気に攻め滅ぼす。ついに権力の頂点に立った信長は、ある突拍子もない願いを朝廷に突きつける。
坂本城にいる三淵（谷原章介）に、ついに信長（染谷将太）より切腹の沙汰が言い渡される。戦は依然として続き、光秀（長谷川博己）は三好の一党や一向一揆の連合軍との戦で戦果をあげる。そんな折、美濃から斎藤利三（須賀貴匡）が主君・稲葉一鉄（村田雄浩）のもとを逃れ、家臣にしてほしいと光秀のもとへやってくる。利三の扱いをめぐり信長に呼び出された光秀は、家臣一人の命も大事にしない主君では国は治まらないと説く。すると利三の命の代わりに、依然として敵対勢力が多い丹波を平定するように言い渡されるのだった。
戦に次々と勝利し、朝廷より武士としては最も高い冠位を授けられる信長（染谷将太）。しかし三条西実澄（石橋蓮司）は、もはや帝（坂東玉三郎）さえもないがしろにするその態度を危険視していた。大坂本願寺との戦いに疲弊する光秀（長谷川博己）のもとにやってきた信長は、一方的でむちゃな要求を繰り返す。そんな中、高熱で倒れる光秀。運び込まれた京の館で、必死に回復を祈る妻・熙子（木村文乃）だったが…。
大坂本願寺攻めの最前線から、突如、松永久秀（吉田鋼太郎）が逃亡をはかり、織田方に衝撃を与える。伊呂波太夫（尾野真千子）の導きで松永と会い、なぜいま離反するのか問いただす光秀（長谷川博己）。筒井順慶（駿河太郎）に大和の守護の座を与える信長（染谷将太）の、家筋を重んじる態度が許せないという松永は、自分に大和を任せる本願寺側につくと明言する。
大坂本願寺、丹波と、終わりの見えない戦に追われる光秀（長谷川博己）。追放された将軍・義昭（滝藤賢一）は、諸国の大名に向けて「信長（染谷将太）を倒し幕府を再興せよ」と御内書を送り続けており、事態は混迷を極めていた。光秀は、訪ねてきた秀吉（佐々木蔵之介）に、自分に密偵をはべらせ、行方不明の名茶器「平蜘蛛（ひらぐも）」を隠し持っていることを信長に報告し、さも裏切ったかのように仕向けた調略について問いただす。
毛利攻めの副将である荒木村重までもが信長（染谷将太）に反旗をひるがえす。必死に説得をする中で、この終わりの見えない全ての戦が、武士の棟りょうたる将軍の復権につながっていると悟った光秀（長谷川博己）は、義昭（滝藤賢一）が追放された鞆の浦（とものうら）へ足を運ぶ。そこで見たのは、釣りざおを垂らす暮らしをしているかつての将軍・義昭の姿だった。一緒に京に帰ろうと促す光秀に、義昭は「そなた一人の京ならば考える」と告げる。
もはや己の言いなりにならない正親町天皇（坂東玉三郎）の譲位を強引に進めようとする信長（染谷将太）。その責任者を命じられた光秀（長谷川博己）は、月にまで届く巨大な大木を切る不思議な夢に毎夜うなされるようになる。病の療治のため京にやってきた帰蝶（川口春奈）に、光秀は「こんなとき斎藤道三ならどうしただろうか」と尋ねる。すると、帰蝶の口から意外な答えが返ってくる。
宿敵・武田家を打ち滅ぼした戦勝祝いの席で、光秀（長谷川博己）は信長（染谷将太）から理不尽な叱責を受け、饗応役（きょうおうやく）の任を解かれる。追い打ちをかけるように信長は、光秀と縁深い四国の長宗我部征伐に相談もなしに乗り出すと告げる。「殿は戦の度に変わってしまった」と、その行き過ぎた態度をいさめる光秀に、「己を変えたのは戦ではなく光秀自身だ」と信長は冷たく言い放つ。そしてついに、ある究極の命令を光秀に突き付けたのだった──。
大河ドラマ「麒麟（きりん）がくる」総集編第１回。語りは帰蝶役の川口春奈。初回は光秀が美濃で過ごした青年期のエピソード１回から１７回までの物語を収録。帰蝶の嫁入りや光秀の将軍との出会い、織田信長との宿命の邂逅（かいごう）など、見どころ満載の５５分。「加納口の戦い」「長良川の戦い」など合戦シーンももりだくさんな総集編。
「麒麟（きりん）がくる」総集編、第２回は第１８回から２７回を収録。光秀は越前に逃亡、朝倉義景と会う。信長と足利義昭をようして上洛に至るまでの物語。光秀は、将軍義輝の暗殺に激怒し、松永のもとを訪ねるが、松永は義輝の弟、義昭に会うよう光秀にすすめる。はじめて会った足利義昭は心優しい男でとても武士とはいえない雰囲気をもっていた。光秀は義昭を将軍にするべく奔走する。
総集編第３回。上洛した光秀と信長を待ち受けるのは京の魑魅魍魎（ちみもうりょう）たち。信長を面白く思わない朝倉義景もたちはだかる。２８回から３７回を収録。晴れて幕臣となった光秀の前にまきおこるさまざまな難問。やがて信長と義昭の溝は深まっていき、ついに義昭は京を追放される。歯止めを失った信長の権力はますます大きくなり、ついに蘭奢待（らんじゃたい）を求めるまでに。変わりゆく盟友の姿に光秀は…
総集編最終回。３８回から４４回まで。将軍を退け、権力をほしいままにする信長は、ついに帝までをも排除しようとする。暴走する信長に松永久秀や佐久間信盛などの家臣たちは次々に離反。ついには帰蝶までも岐阜に帰ると言い出す。右腕である光秀は煩悶（はんもん）し、最後までつきしたがおうとするが、ある命令をつきつけられ、ついに信長を倒す決意をする。物語は最後の舞台、本能寺へ。
