3年Z組はものすごく成績が悪かった。そんなZ組を目の敵にするハタ校長は、Z組の担任である坂田銀八にひとつの課題を出す。それは一科目でいいからテストでクラス全員が80点以上をとること。もし達成できなければZ組全員の補習と銀八の給料カットのペナルティを科すという。銀八と3Zの生徒たちは対策会議を開き、カンニングするしかないという結論に至るがーー。
[見た目が変わっても中身は変わらないのが人間] いつものように銀八が教室に向かうと、なぜか3Zの生徒たちが小学生になっていてーー！？ [テストはいくつになっても嫌なもの] 定期テストの季節がやってきた。 銀八の作った現代国語のテストを受けた新八は、その滅茶苦茶な問題にツッコミが止まらない。 [人に相談する時って、たいがい相談する前に自分の中でもう答えが出てる] 生徒相談室を開くことになった銀八。 すると悩みを抱えた生徒が続々と詰めかけてーー。
「ステッカー騒動」という事件が起きていた。 「極悪」と書かれたステッカーを強引に売りつけるという恐喝まがいのもので、 拒んだ者は暴力を振るわれることもあるという。 銀魂高校の生徒の中にも被害者が出る中、銀魂高校一の不良・高杉の停学が明けた。 ステッカー騒動と高杉の復学が重なり、生徒たちの不安感は高まるばかり。 事態を重くみたハタ校長は担任の銀八に高杉に対して「個人指導」をするよう指示を出す。
深夜の学校に忘れ物を取りにきた新八は、神楽、銀八とばったり行き合う。 二人も忘れ物を取りにきたのだ。暗く不気味な夜の校舎を歩く三人。 そこで新八は生徒の間でささやかれる怪談話「銀魂高校七不思議」を思い出す。 その一つは「むせび泣く職員室」。深夜、誰もいないはずの職員室に自殺した教師の霊が出るという。 そんなものあるはずないと銀八は鼻で笑うが、無人のはずの職員室から何者かの声が響いてくる。
銀行強盗犯が逃亡中であるという。 事件発生から二週間が経った今も行方不明のままで、容疑者の八留虎三兄弟の首には100万円の懸賞金がかけられていた。 その容疑者たちが潜伏していたのは、なんと銀魂高校のボイラー室。 その姿を目撃した校長は、学校の名声を高めるため自分たちの手で捕えるよう教師たちに指示を出す。 銀魂高校教師総出の大捕物が始まった！
大掃除をすることになった。 銀八が指示を出し、教室のワックスがけ、トイレ掃除、グラウンドの草むしりなどの分担を決める。 生徒たちが掃除に精を出す中、定春が土の中から何かを掘り出した。 徳川家の埋蔵金ではないかとにわかに盛り上がるが、弾丸のようなかたちをしたそれはまさかの不発弾！？ 銀八は即座に警察に通報。すると爆発物処理班を名乗るやけにハードボイルドな男がやってきた。 脚本：金杉弘子 絵コンテ：辻橋綾佳 演出：安部保仁 総作画監督：竹内進二 作画監督：尾崎正幸、平岡雅樹、米山浩平、中村ユミ
