気がつくと、オンラインRPG「エクスゲートオンライン」で最強まで育てたキャラ「黒翼の覇王」ルファス・マファールに憑依していた「俺」。それはルファス封印から二百年後の世界だった。忠実な参謀・ディーナと再開したルファスは、各地に散った「覇道十二星天」と「七英雄」を探す旅を開始する。
ミズガルズ暦2800年、“黒翼の覇王”と人々から恐れられた「ルファス・マファール」は、「七英雄」と呼ばれる勇者たちとの最終決戦による激闘の末、その覇道に終焉を迎える。覇王の封印によって安寧の時代が訪れるかに思われたが･･･、力の均衡が崩れた事で、世界は魔神族の脅威にさらされるのであった。それから200年後──、魔神族に対抗すべく人類は新たな勇者の召喚を試みる。しかしそこに現れたのは、長き封印から目覚めた覇王ルファスの姿だった！
「七英雄」によるルファス封印の恨みから、メグレズの命を狙う覇道十二星天「雄羊」のアリエス。民を守るために迎え撃つメグレズと守護神・レヴィア。ルファスはアリエスに“お灸を据える”ことを決断する。
裏で糸を引いていた「七曜」火のマルスは、ついにスヴェルへの進軍を開始。ルファスとアリエスを前に、マルスは最大の秘技を繰り出す。ルファスはメグレズが「エクスゲートオンライン」のプレイヤーか確かめる。
次なる目的地を「天秤」のリーブラがいるという黒翼の王墓に定めたルファスは、道中で見つけた温泉で疲れを癒やすべく、休息を取ることに。そしてついに王墓へたどりついた一行は、そそくさと内部へ足を踏み入れる。
リーブラを取り戻すため王墓を攻略するルファスたち。内部で出会った冒険者パーティー・鷹の瞳にかき乱されながらも、一行は最上階へ。だが、仲間たちはリーブラの貫通絶対命中のスキル・ブラキウムに耐えられず...。
リーブラを仲間にしたルファスたちは「七英雄」天空王・メラクが治めるギャラルホルンに到着。その頃、マルスを失った「七曜」はユピテルたちにルファスの監視を任ずる。一方、王国では内戦勃発の危機が訪れていた。
内戦を扇動する首謀者「七曜」木のマルスと交戦したリーブラは、彼を取り逃がしてしまう。一方でアリエスは、ユピテルに協力する覇道十二星天「山羊」のアイゴケロスを目撃し、必死に説得を試みる。
内戦の原因となった、人々にかけられた「狂化」の術を解くため、アリエスはアイゴケロスと対峙する。一方、長年の憎しみを抱え、怒りと恐怖に暴走する天翼族の人々に、紛争の停止を必死に訴えかけるメラク。
ルファスはこれまでの旅の中で、ディーナに対してたびたび不可解な違和感を覚えていた。一連の内戦騒動を通じて、その違和感の正体に気づいたルファスは、彼女を連れてギャラルホルンの外に出る。
ある日突然、異世界に召喚された普通の高校生・南十字瀬衣は、人類を脅かす「魔神王オルム」と「黒翼の覇王」ルファス・マファールを討伐すべく、勇者として旅立った。その矢先、ルファスとオルムが同時に現れる。
