貴族の生活に嫌気がさし、自由を求める旅に出たレイナ。彼女の前に沼地の魔女の手下、刺客メローナが現れた。メローナの変幻自在の攻撃に成す術もなく気を失いかけるレイナ。だがその時二人の前にリスティが現れる。
大陸の極東にある島国ヒノモト。マサカド神社では巫女達が神社の警備をしていた。武者巫女トモエがクイーンズブレイドに参加するための禊ぎを済ませた頃、甲魔忍軍が神社を襲う。トモエは御神刀を手に立ち上がる!
リスティの助けをえて城を抜け出したレイナは、無事町に辿り着いた。リスティを慕うレイナは町の闘技場で勝ち抜き賞金を稼ぐことを計画。その背後では、体に蛇を巻いた女エルフのエキドナが二人の会話に耳を傾けていた。
一人街を出たレイナは、ナナエルにクイーンズブレイドへの参加を勧められる。レイナはナナエルをあしらい出発しようとしたその時、姉のクローデットに見つかってしまう。対峙する二人がお互い剣を抜いたその時…！
砂漠にそびえ立つピラミッド…。“古代の王女・メナス”は儀式により奴隷と化したレイナに奉仕をさせていた。そこにトモエとシズカが侵入し、気づいたメナスは二人にレイナをけしかける！
レイナとナナエルがアイリを追って森に入ると、そこではノアとアイリが対峙していた。ここぞとばかりにクイーンズブレイドを宣言するナナエル。アイリの一方的な攻撃に対し防戦一方のノア。みかねたレイナは…。
天使長に呼び出されたナナエル。数々の不正行為のため、このままでは冥界落ちと言い渡されるが、あることを条件に冥界落ちは大目にみることを約束される。お供の天使ハチエルを引き連れ沼地の魔女の領土に潜入するが…。
トモエとシズカは名も無い温泉に辿りつき、疲れを癒そうと温泉で療養する。するとレイナを捜索するため、小隊を引き連れたエリナと遭遇してしまう。あわや一触即発のところトモエが身を引きことなきを得るが…。
カトレアは息子のラナを残し配達に出かけると、道中、レイナたちに出会う。その頃、ユーミルが武器屋にやってくる。安価な武器がでまわり鋼鉄山の武器が売れ残っており、その元凶を探ろうと偵察にきたのであった。
トモエたち一行に、レイナとナナエルが追いついた。レイナは成長した自分を見て貰おうと、リスティへクイーンズブレイドを申し込む。だが圧倒的な実力差のため、レイナは一撃で倒されてしまう。するとその時…。
クイーンズブレイドが宣言されたクローデットとリスティ。実力が拮抗する二人だが、先の一戦で負傷したリスティは敗れてしまう。そこにリスティを追っていたレイナが駆けつけ、遂に因縁の姉妹対決が繰り広げられる！
クローデットとの戦いに勝利を収めたレイナ。しかしクイーンズブレイド開催を阻止せんと、沼地の魔女の手下・メローナ、メナス、アイリが、死霊の大群を引き連れ、レイナたちに襲い掛かる！ 闘士たちの乱戦の行方は?!
ナナエルは天使長に呼ばれ、女王・アルドラの不穏な動きを調査するため、クイーンズブレイドへの参加を命じられた。その頃、女王・アルドラの待つガイノスには、レイナをはじめ数々の闘士たちが集っていた…。
炎の使い手・ニクスは幼い頃、仕えていたヴァンス家の3女、近衛隊長・エリナに遭遇。当時の苛められていた記憶が蘇り怯えるニクスに、まるで覚えていないエリナ。そこに女王の使いがクイーンズブレイドを宣言する！
ニクスは、積年の恨みを果たすかの様にエリナに得意の炎で襲い掛かる…。まるで幼い頃とは立場が逆転したかのように劣勢を強いられるエリナだが、ニクスとフニクラとの奇妙なやりとりを見て、あることに気がつき…。
女王の使いはエキドナとイルマ、アレインとノワの師弟の共闘でクイーンズブレイド開始の宣言をした。かつて牙の暗殺団に所属しつつも破れた師弟と、現在も堅い信頼の師弟。皮肉にも対照的なその対決のゆくえは…。
レイナとユーミルの対決。それは武器同士の対決という側面も持ち合わせていた。一方、カトレアとアイリの試合は水晶球による中継がされていなかった。それもそのはず、この試合は女王アルドラの御前試合だったのだ。
クローデットの対戦相手はメナスだった。砂漠の砂を使った攻撃に苦戦を強いられるクローデット。果たして勝ち目はあるのか…。同じ頃、魔にのまれたリスティに捉えられたイルマは意識を失い、絶体絶命の危機に！
エキドナに助けられ辛くもリスティの手から逃れていたイルマ。エキドナはガイノスから逃げろと諭すが、女王を討つ意志は固く次の闘いへと向かうイルマ。そんな彼女を待っていた次の対戦相手はなんとリスティだった！
カトレアの息子ラナに見送られて闘いに挑むアイリ。その対戦相手はナナエル。舞台はまたしても女王の面前で行われる中継無しの御前試合。御前試合敗北者の末路を知っているアイリはナナエルを説得しようとするが…。
ヴァンス伯爵は国の未来のため、そして妻マリアを失った悲しみと憎しみのため、女王討伐の準備を進めていた。だが女王アルドラは、その意図を見透かしたのか次なるクイーンズブレイドをヴァンス城で行うのだった。
次なる闘いに向け修練していたレイナに、トモエを闇討ちしろとそそのかすナナエル。しかしレイナは卑怯な手を使わずに勝ってみせると決意する。そしてヒノモトで待っていたのは、非情さを身に纏ったトモエだった！
命をかけ、教えてくれたシズカ。そして何より祖国ヒノモトのため。その想いがトモエを闘いの鬼へと化す。一方、様々な経験を経て驚異的な成長を遂げたレイナ。各々の想いを胸に秘めクイーンズブレイドは熾烈を極める！
死闘をくぐり抜けたレイナ。残るは女王アルドラとのクイーンズブレイドのみ。しかしその圧倒的な実力差のために後ずさりすることしか出来ない…。果たしてレイナは女王アルドラを打ち破ることができるのであろうか…。
