指名手配中のエスパーによる籠城事件が発生。犯人逮捕をするのは困難と判断され、特務エスパーチームの出動命令が下った。籠城現場にテレポートで移動し、犯人を懲らしめる3人の少女。レベル7の念動能力者（サイコキノ）・明石薫、レベル7の瞬間移動能力者（テレポーター）・野上葵、レベル7の接触感応能力者（サイコメトラー）・三宮紫穂だ。だが、薫がやりすぎて街まで破壊してしまった。さらに、その混乱に乗して、犯人も逃走。彼女たち3人は、所属する特務エスパーチームの局長の下へ事件の報告に訪れるのだが…。彼女たちを溺愛する局長は今回の件をお咎めなしにするのだった。
皆本光一は、特務機関超能力支援研究局(通称・バベル）の特務エスパーチーム『ザ・チルドレン』の現場運用主任として配属された。バベル局長・桐壺の案内で、バベル本部（通称・バベルの塔）を見て回る皆本。そこには、美人受付エスパーチーム『ザ・ダブルフェイス』こと常盤奈津子＆野分ほたるの二人、女子高生特務エスパー『キティ・キャット』こと梅枝ナオミ、新兵器開発を担当する『人形使い』こと九具津隆など、個性豊かなメンバーの姿が。そして、予知能力者を集めた予知課を訪ねたその時、突如警報が鳴り響き、火災事故の予知が・・・！？
石油コンビナートで起こった火災事故を見事に解決する『ザ・チルドレン』。任務後の検査も異常は無く、すやすやとかわいい寝息を立てる３人。自宅へ戻った皆本がソファで居眠りをしていると、自宅へ侵入してくる謎の男達の姿が！身の危険を感じた皆本は、素早く身を隠し、桐壺局長にＳＯＳを求める。局長は、皆本宅にチルドレンの３人を派遣。ありえない早さで到着した３人に驚く皆本を尻目に、薫は無用心に男達に近付くと、親しげに話し始めた。そう、男達の正体はバベルの職員。皆本の家に住むつもりのチルドレンの指示で、家を改築していたのだ！この共同生活どうなる・・・！？
暗い夜道。部活帰りで帰宅が遅くなった女子高生（テニス部）が家路を急いでいると・・・変態エスパーが登場！「必殺・金縛り」で女子高生を動けなくし、「必殺・透視」で透視しようとする卑劣なエスパー。あわや女子高生の・・・というその時、特務エスパー『キティ・キャット』こと梅枝ナオミ登場！現場運用主任の谷崎がすみやかにリミッターを解除、必殺「念動失神制圧（サイキック スタン・サブジェクション）」の電撃が変態エスパーを見事に貫く・・・・・・と思いきや、電撃がなぜか谷崎に直撃！！一体どうなっているのか・・・！？
とある小学校の教室。美人教師がエスパーについて授業を行っている。そこにはなぜか小学校に通っていないはずの薫、葵、紫穂の姿が。エスパーとの友好を説く教師。その時、ある男子生徒が「エスパーって、やばくね？」とエスパー批判をし始める。当然のごとく逆上した薫は、超強力な念動能力で男子生徒を攻撃！！あわれ男子生徒は死・・・んではいなかった。男子生徒はロボットだったのだ。・・・実はこれ、チルドレンの３人を小学校に通わせるという『チルドレン就学プロジェクト』の一環として行われた、シミュレーション。散々な結果に怒る皆本。皆本が３人を小学校に通わせたい理由とは・・・！？
『チルドレン就学プロジェクト』も第二段階に突入。ついにチルドレンの３人が小学校に通う日がやって来た！ウキウキの３人だが、学校ではチルドレンの正体は絶対秘密、絶対に超能力は使わないという、皆本との固～い約束だ。レベル２のテレパス・花井ちさとをはじめとするクラスメイトと親交を深める中、エスパー嫌いの少年、東野が３人にちょっかいをかけてくる。最初は相手にしない３人だったが、薫の堪忍袋の緒が切れて・・・！？どうなる『チルドレン就学プロジェクト』！！
「サイキックV字斬り！！」快調に敵の戦車をなぎ倒す薫。特務エスパー『ザ・チルドレン』の３人には今日も敵なし！！・・・と思いきや突如異変が！なんと３人の超能力が使えなくなってしまったのだ！！大ピンチのチルドレン、一体どうなる！？・・・という、その時、桐壺局長の「終了！！」の声が響き渡る。そう、これは新型のECM（超能力妨害装置）テストだったのだ。エスパーに対抗するための兵器。なぜバベルがそんなものをつくるのかと疑問を抱く３人。そんな時、エスパーの酔っ払い同士のケンカ事件が起こる。事件解決に乗り出したチルドレンだったが、この事件は反エスパー団体『普通の人々』の罠だった！！
小学校から下校中のチルドレン３人の前に、突然学生服の美少年が現れた。紫穂がサイコメトリーを仕掛けてもなぜか通用しないこの少年、３人に思わせぶりな言葉を残し、風のように消えた・・・。一方バベル本部。受付の『ダブルフェイス』の目をすり抜け、射撃訓練室にいる皆本の前に現れたのは、先程の少年だ。圧倒的な射撃の腕前を披露、皆本を挑発し、テレポートで去っていく。少年の名は兵部京介。『エスパー史上最悪の犯罪者』と言われた男。エスパー専用刑務所に収監されているはずの彼がなぜ！？
バベル本部では、桐壺局長がエスパー専用刑務所を脱獄した兵部の行方を捜していた。しかし、一向に行方がつかめない。一方、チルドレンの３人と皆本は映画やショッピングに出かけ、つかの間の休息を楽しむのだった。そして翌日、突然皆本の前に現れた兵部は、恐るべき催眠攻撃を仕掛けてきた！！それは、皆本の目にチルドレン３人が大人になって見える、というもの。いつもは子供のやることでも、大人になったチルドレンがするのでは話が別。悶々と悩む皆本。そんな時、緊急出動指令が！！どうなる・・・皆本！？
ここはバベル本部。特務エスパーチーム『ザ・チルドレン』の今回の任務は、沈没した漁船から被災者を救助すること。完成したばかりの特殊潜航艇『バベル２』を使い颯爽と現場へ向かう。３人の活躍で、無事任務完了かと思いきや、トラブルが発生。薫と皆本が漁船に取り残されてしまった！しかも、解けたはずの兵部の催眠攻撃が再び効果を取り戻し、皆本の目には薫が大人に見えるようになってしまう。大人(・・・じゃないけど)の男女が密室で二人きり！？一体どうなっちゃうの？？
チルドレンへのごほうびとして桐壺局長が企画した「バベル・特務エスパー慰安旅行in山の奥温泉」が開催されることになった。チルドレンの３人を始め、賢木、ナオミ、ダブルフェイスなどなど、おなじみの特務エスパーたちが大集合、楽しい楽しい慰安旅行が始まった！！女湯ではオヤジモード全開ではしゃぐ薫。一方男湯では、桐壺＆谷崎のオヤジコンビの浴衣が盗難にあうという謎の事件が発生！！そんなマニアックな趣味を持つ犯人は一体誰なのか！？そして事件の背後に見え隠れする謎の外国人コンビ、サングラス男＆巨乳女の正体とは！？お約束満載の温泉編！乞うご期待！！
バベルに首相直々の依頼が入った。それは『日本の運命を左右するほどの何か』が入ったアタッシュケースを、目立たず、時間内に外国にいる首相の下へ届けるという、超難関ミッション。このミッションを遂行できるのは、日本広しといえどレベル７のテレポーター、葵だけだ。一方学校にいる葵は、偶然、「手のかかる子ほどカワイイ」という、やまべ先生の言葉を聞いてしまい、薫と紫穂に嫉妬していた。家に帰った後も、宿題をめぐる些細なことでケンカになってしまった３人。すねて出て行こうとする葵だったが、皆本からミッションの話を聞き大奮起！葵と皆本、二人だけのミッションが始まった！！
チルドレン３人のクラスで作文の宿題が出された。作文のテーマは『家族』。順調に書き上げる葵、紫穂とは違い、なかなか筆の進まない薫。嘘も方便と、妄想全開で『禁断の兄（＝皆本）妹（＝薫）愛』を書き上げるが、皆本に怒られ、家族に会うため、久しぶりに実家へ帰ることに。薫は母と姉との三人家族。母は人気女優の明石秋江、姉の好美は人気急上昇中のグラビアアイドル、とどちらも芸能人だ。一見華やかなこの家族、実はなかなか複雑なようで・・・。
人々に迷惑をかけている悪人を自分の正義の下に退治、呼吸困難に陥れるという自称ヒーロー、ジャスティス仮面が世間を賑わせていた。サイコメトリー能力を生かし、数々の重大事件で警察に協力をしてきた紫穂に、警察庁長官直々に捜査協力の依頼が入る。チルドレンの保護者として凶悪事件への捜査協力に反対する皆本だが、この長官、実は紫穂の父親だった！！皆本は渋々引き下がり、結局捜査協力することになったチルドレン３人。無事ジャスティス仮面を逮捕できるのか！？
桐壺局長の命により、チルドレンをはじめとする特務エスパー達に緊急招集がかけられた。首相直々に依頼された超重大任務にあたるためである。その任務とは、コメリカ国の在日エスパーチームを脱走した男を捕らえるというもの。男の名はＪ・Ｄ・グリシャム。在日エスパーチームの指揮官だった男で、恐るべき能力を持ったエスパーらしい。彼を追う、在日エスパーチーム『ザ・リバティベルズ』（ケン＆メアリー）の二人と共に、合同捜査が始まった。無事グリシャムを捕えることができるのか！？
グリシャムを取り逃がしてしまった一同だったが、彼の残していった携帯電話から、行方を知る手がかりを得ることに成功する。しかし、強力なグリシャムの能力に対応することができなければ、前回同様、再び彼を逃がすことになってしまう。そこで、ある“作戦”を立てて、グリシャムに対抗することに。作戦の要は、サイコキノである薫とメアリー。二人のコンビネーションがキモとなるのだが、妙なライバル心から、おたがいに意地を張って対立してしまう・・・。はたして作戦は成功し、グリシャムを捕らえられるのだろうか！？そして明かされるグリシャム脱走の真実とは？？
バベルの研究所で模擬戦闘訓練が行われようとしていた。皆本が指揮するのは、もちろんチルドレンの３人・・・・・・ではなく、見慣れない少年と少女の二人組。少年の名は宿木明。そして少女の名は犬神初音。二人とも、特殊な超能力を持つバベルの特務エスパー候補生である。この戦闘訓練は、二人を正式採用するための試験なのだ。二人が試験に合格するための条件、それは、『ザ・チルドレン』に勝利すること！！最強最悪のレベル７相手に、皆本たちはどう戦うのか！？
チルドレンの３人が登校すると、薫の下駄箱に女子からのファンレターが届いていた。一方、葵と紫穂には男子生徒から大量のラブレターが。なんで自分だけ・・・とスネる薫だったが、そんな薫に追い討ちのように、二人にラブレターを贈った少年、黒木大と火下省吾が現われ、葵は大とプラネタリウムに、紫穂は省吾のサッカーを応援しに、それぞれ出かけることになってしまった！突如あらわれたボーイフレンドの存在に焦る薫。特務エスパー『ザ・チルドレン』解散の危機か！？
『ワイルド・キャット』の現場運用主任・谷崎に、「重大な話がある」と呼び出された皆本たち。谷崎いわく、最近ナオミの様子がおかしいらしい。それだけではなく『ナオミの成長記録コレクション』（別名：人工衛星を使った隠し撮り写真）の中に、なんとナオミが万引きをしている決定的な写真が見つかったというのだ！特務エスパーが万引きをしたとなれば、世間を騒がす大スキャンダルになってしまう・・・。事の真相を探るため、ナオミを監視することになった一同。本当にナオミは万引きをしてしまったのか！？
『ザ・ハウンド』の強化訓練に同行することになった皆本は、訓練中、謎の廃墟を発見する。廃墟を調べてみると、そこが動物を改造する超能力実験施設だとわかった。ポッドに入れられた改造モモンガたち。と、そこに１つだけ空っぽのポッドを発見する。『超能力を持った・・・、モモンガ・・・』皆本が何かに気付いたその頃、チルドレンたちは下校の真っ最中。ふと前を見ると、目の前に買い物袋が落ちている。中にはヒマワリの種が。あたりを見回してみると衰弱した一匹の小動物がいた。そう、いつも兵部といっしょにいるモモンガの桃太郎だ。自宅に連れ帰り介抱をする３人。目覚めた桃太郎は、なんと！記憶を失っていた！？
バベル本部では『人形遣い』こと九具津隆が怪しい動きを見せていた。ある時は、観葉植物の影から『ザ・ダブルフェイス』の２人を隠し撮り、またある時は屋上で出入りする人物を双眼鏡でチェック、さらには格納庫に忍び込み、書類を盗み見る。こうして得た情報を、九具津は一冊のレポートにまとめていた。レポートの名は『第１７次バベル調査中間報告書』。レポートを提出する相手は・・・なんとあの兵部！九具津はスパイとしてバベルの情報を流していたのだ！！影の薄さでは誰にも負けない男、九具津に何が起こったのか！？
『何かの間違いに決まっています！！』バベル局長室に皆本の怒号が響く。なんと賢木にスパイの疑いがあるというのだ。２人はコメリカの大学時代からの付き合い。賢木を信じる皆本は、身の潔白を証明すべく監視を始める。普段は行かない『おねーちゃんのいる店』にも同行し、賢木を監視する皆本。そんな事とは知らないチルドレンは、夜遅くに帰ってきた皆本のお酒と香水の匂いを怪しむ。そして翌日、皆本とチルドレン、それぞれの思惑が交錯する中、『ザ・ダブルフェイス』との飲み会がセッティングされることに・・・。。はたして賢木は本当にスパイなのか！？
閉園後の遊園地に集まる謎の集団。彼らは『P.A.N.D.O.R.A（パンドラ）』。兵部京介をリーダーとし、エスパーの真の解放を目指す革命組織である。水面下で活動を続けていた彼らが、いよいよ本格的に動き始めたのだ・・・。一方、皆本や局長も、エスパーが関与する一連の事件の裏に、パンドラの影を感じ、日夜情報収集を続けていた。そんなある日、エスパー犯罪者を収監する刑務所『イーストエデン』からマッスル大鎌たちが脱獄するという事件が発生する。チルドレンは脱獄囚を捕らえる事が出来るのか？そして兵部は、パンドラは何をしようとしているのか？？
皆本がさらわれた！！犯人はパンドラの少女・澪と、元傭兵のヤマダ・コレミツ。澪は兵部を慕うあまり薫に嫉妬し、彼女を誘き出すために皆本を連れ去ったのだ。澪が残した置手紙を頼りに、皆本の行方を追うチルドレンと賢木。その頃、皆本は２人の根城らしき山奥の廃校に捕らわれていた。敵と味方の間柄だが、３食カップラーメン、お風呂にも入っていない澪の有様を見かね、世話を焼く皆本。そんな皆本にわずかだが心を開き始める澪・・・。その時、サイコメトリーで皆本の居場所を特定した賢木が到着し・・・！？
世界各地で強力なエスパーが行方不明になったり、エスパー犯罪者が刑務所から脱獄する事件が頻発していた。兵部たちパンドラの仕業だと考えた局長は、バベルの全力を挙げて捜索に当たるが、一向に行方はつかめない・・・。一方チルドレンたちは、トンネル崩落現場で人命救助を行っていた。超能力で順調に救助を行う３人だったが、タクシーに乗っている妊婦を救助していると、突然異常事態が発生。３人の超能力が不安定になってしまう。なんと、お腹の中の胎児がエスパーであり、強力な念波で３人の能力に干渉してきているというのだ。このピンチどう乗り切る！？
バベル予知課の予知を受け、遊園地での事故を防ぎに向かったチルドレンだが、（イチャイチャしているカップルに気を取られ・・・）被害を完全に防ぐことは出来なかった。マスコミに叩かれ、「南の島でバカンスしたい」とふてくされる３人。そんな時、局長の命により、バベル所有・沖縄の無人島へ向かうことに！！水着持参でバッチリ遊びモードの３人だが、この島にやって来た理由、それはチルドレンの大先輩、百発百中の予知能力を持つエスパーに会うためだった。チルドレンと同じレベル7の力を持つ予知能力者(プレコグ)、その正体とは・・・！？
パンドラによるテレビ放送の電波ジャックが続いていた。日本全国のエスパーに向け、パンドラへの参加を呼びかけるCMを放送しているのだ。バベルは電波の発信源特定に全力を傾けるが、依然不明のままであった・・・。一方、その実行犯である『電磁波義兄弟』ことエレキ・照＆マグ熱斗は、次の一手を画策していた。それは・・・最強の特務エスパー『ザ・チルドレン』の正体をテレビで放送することだった！！チルドレンは電波ジャックを阻止できるのか！？・・・時を同じくして、ここはバベルのとある施設。深い眠りについていた一人のエスパーが、今目覚めようとしていた・・・
とある山小屋で『ザ・チルドレン』と『ワイルドキャット』の合同訓練が行われていたが、そこに皆本の姿は無い・・・。皆本は局長に連れられ、バベルのとある施設を訪れていたのだ。局長の話では、この施設で、バベル創設に関わる重鎮が十年もの間眠り続けているのだという。兵部、そしてパンドラが動き出した今、その重鎮の力を借りるべく、ここにやって来たのだ。重鎮の名は蕾見不二子管理官。すったもんだの挙句、ようやく目覚めた蕾見。兵部の元同僚で、とっくに80才を超えているはずなのだが、見た目はうら若き美人。戸惑う皆本に、蕾見はいきなり熱～いキスを浴びせ・・・！？
蕾見の作戦に乗り、皆本を深く傷つけてしまったチルドレンたち。皆本は大激怒、チルドレンの担当主任を辞めると言いだした。そんな大事になるとは思いもしなかった3人は泣いて謝るが、皆本は許さない。やがて泣き叫ぶ3人の超能力が大暴走、大混乱のバベル本部だったが、蕾見が3人をなだめて事無きを得る。続いて蕾見は皆本と2人きりで話すことを要求、エスパードルフィン・伊号中尉が見せたあの悲惨な未来の予知について語り始める。自分しか知らないはずの予知を、蕾見が知っていたことに驚く皆本。蕾見曰く、予知を回避する方法は、皆本とチルドレンがデキちゃうことなのだという。その真意は！？
エスパー犯罪者による銀行襲撃が予知され、出動直前の皆本。蕾見に呼び止められ、見せられたモニターに映し出されたのは、『懸案事項666号』と呼ばれる予知。その内容は「特務エスパー『ザ・チルドレン』は天使か？悪魔か？」という衝撃的なものだった。現在はまだ曖昧な予知だが、もしも完全に悪魔100%になってしまった時は・・・と、皆本に警告する蕾見。複雑な心境で出動する皆本だったが、能力をパワーアップさせることに重点を置いて開発した『新型リミッター』をチルドレンに与え、あらためて3人を守り抜くことを心に誓うのだった・・・。
皆本の京都出張にあわせて実家に帰ることにした葵。二人きりの旅行だとはしゃぐ葵だったが、そこへコメリカのエスパー『ザ・リバティベル』のケン・マクガイアが現れる。実は皆本の出張、世界遺産を破壊して回る国際的なエスパー犯罪者を追っているケンの案内役をすることだったのだ。そんなことはお構い無しにはしゃぐ葵に、皆本はキツイ一言を言ってしまい、機嫌を損ねた葵はどこかへ行ってしまう。と、その時、ケンの遠隔透視能力が世界遺産を破壊する犯罪者を発見するが・・・。皆本とケンは、京都の景観を守れるのか！？
皆本と葵が京都にいるその頃・・・。賢木は、薫と紫穂の面倒を見ている朧を狙って、皆本のマンションを訪れていた。しかし当ては外れ、2人を賢木に預けて職務に戻ってしまう朧。ふてくされる賢木の横で、ゲーム対決を始める薫と紫穂。サイコメトラーの紫穂は、ゲームのコツもバッチリわかっており、わざと手を抜いて薫を勝たせていたが、薫もそれに気付いてしまう。同じサイコメトラーの先輩である賢木は、心得をアドバイスをするのだが、聞く耳を持たない紫穂。そんな火花散る中、互いのプライドを賭けてゲーム対決をすることに。勝つのはレベル7の紫穂か、人生経験に勝る賢木か！？
今日はチルドレンの通う小学校の遠足の日。これが初めての遠足ということで、ワクワクの３人。特に薫は、この遠足で楽しみにしていることがもう一つあった。それは『お弁当』。有名女優である薫の母は家事とは無縁、薫は手作り弁当を食べたことがなかったからだ。そんな薫に、皆本が作ってくれた初めての手作り弁当。クラスメイトに自慢する薫だったが、そんな時、薫をからかおうとした東野がお弁当を奪取、取り返そうとした薫と揉み合いになった拍子に、なんとお弁当は谷底へ真っ逆さま・・・！クラスメイトの前では絶対に超能力は使えない。薫はお弁当を取り戻すことが出来るのか！？
大規模なバイオ・ハザードが予知された。現場へと向ったチルドレンの３人が目にしたのは、廊下で倒れている職員達。よ～く見てみると、職員達の頭には大きなタンコブが。紫穂のサイコメトリーによると、どうやら自分にたかっている『ハエ』を叩くのに失敗して、気絶したらしい。とその時、一匹のハエが紫穂の額に。すると、突然「人間の時代は終わった！これからはハエの時代だ！！」と珍発言を！人格がハエに支配されてしまったのか？・・・というのは作戦で、現状を把握するためにわざとハエと繋がったのだ。予知の正体がわかったのもつかの間、今度は皆本がガチで支配されてしまった！ハエ人間と化した皆本を救えるのか！？
バベルを裏切り、パンドラへと寝返った九具津が大量の『限定版モガちゃん』を盗んで逃走。これを追うのは、バベルの特務エスパー『ザ・ハウンド』こと明＆初音、そしてその指揮官である見慣れない若い女性。彼女の名は小鹿圭子。訓練学校を主席で卒業した有望な担当主任・・・のはずだったのだが、彼女、天然のドジッ娘。リミッターを解禁するのも一苦労。さらに、初音は“なぜか”小鹿のことが気に入らないらしく、チームワークが全くかみ合わない。そして、ついに初音が家出、「ハウンドをやめて、チルドレンに入れてもらう」と、皆本の家にやって来て・・・！？
放課後の二条女子高等学校・美術室。そこには特務エスパー『ワイルドキャット』こと梅枝ナオミともう一人、しなやかな手で百合の花を生ける美貌の教師・瑠璃子の姿があった。夕日が差し込む静かな教室。「本当に・・・いいの・・・？」とやさしく問いかける瑠璃子に、恥ずかしそうに頬を染めてうなずくナオミ。ふわりと風に揺れるカーテン。じっと見つめ合う二人。そして瑠璃子の手が、ナオミの制服のリボンをゆっくりとほどいて・・・・・・谷崎悶絶の展開は、放送でじっくりとご覧ください！！
在日コメリカエスパーチームのケンとメアリー、そしてグリシャムが本国で犯罪エスパーと交戦。まだ年端もいかない少年に見えるエスパーだが、その能力はなんとグリシャムを上回っていた・・・。そして数日後。ケンたちの調べによると、彼は『ブラック・ファントム』という謎のエスパー犯罪組織の一員であるらしい。しかも、彼の次なる標的は、なんと日本！？訪日中のサルモネラ大統領の暗殺に動き出す可能性があるのだという。大統領警護のため、歓迎パーティの会場を訪れたチルドレンと皆本。はたして『ブラック・ファントム』は現われるのか！？
“トリプル・ブースト”の力で『ブラック・ファントム』を退けることに成功したチルドレンたち。兵部は、未来の薫の姿である『破壊の女王～クイーン・オブ・カタストロフィー～』誕生に手を貸しているのは、まぎれもない皆本なのだと言う。兵部の言葉に悩む皆本だったが、伊号がかつて予知した、自らの手で薫を撃たねばならないという悪夢の未来を覆すべく、決意を新たにするのだった。一方兵部は、皆本たちの元へパンドラの女性エスパーを差し向けようとしていた。『ドリーム・メーカー』と呼ばれる能力を持つ彼女の名は黒巻節子。彼女は、かつての特務エスパー訓練生だった！！
『ドリーム・メーカー』こと黒巻の能力によって眠り続ける皆本。薫は兵部の元を訪ね、皆本を目覚めさせたいと願うが、兵部は交換条件として薫を自らの手元に置こうとする。そんな時、薫を助けるために葵と紫穂が駆けつけるが、兵部の力は強大で、葵は倒されてしまう。仲間を傷つけられた薫は兵部に反発。怒らせてしまったお詫びにと、兵部は薫に一枚の写真を手渡す。それは、皆本が見たのと同じ、黒巻による念写写真だった。写真を見た薫は皆本の夢に入ることに成功、そこでの薫は大人の姿をしていて・・・。はたして薫は、皆本を夢から連れ戻すことができるのか！？
吹雪の雪山を進むチルドレンと皆本。目指すは蕾見管理官の別荘「旧蕾見男爵家別邸」だ。その頃バベルのほかのメンバーもゾクゾクと別荘に集まってきていた。目的はミッション・・・ではなく、今日は蕾見の計らいで、別荘でのんびりと羽を伸ばすことになったのだ。無礼講で盛り上がる一同だったが、屋敷の中で紫穂がトンデモないものを目撃して・・・！？ゲスト声優にオープニングテーマを歌う可憐Girl'sの3人も登場！コチラも必見です！！
チルドレンたちの力を危険視する政府高官から尋問を受ける桐壺や皆本たち。数々の器物損壊の事例、そして『ザ・チルドレン』は天使か？悪魔か？を予知した『懸案事項666号』を取り上げ、チルドレンの危険性を訴える高官たち。その時、蕾見が「チルドレンが国の利益に繋がることを証明する」と宣言した。一方、その頃チルドレンたちは下校直前。その時、校門の奥からドシン、ドシンという大きな音が響いてきた。その音の正体は、なんと巨大なゾウ。そしてゾウに乗った王子様、インパラヘン王国の皇太子、バトゥラ17世だった！！
エスパー犯罪組織『ブラック・ファントム』のアジトでは、チルドレンに興味を抱いた首領が、配下のエスパーを日本へ差し向けようとしていた。その頃日本では、薫が皆本とともに、バベルの研究施設へ出かけようとしていた。“トリプル・ブースト”の力が薫にもたらす影響を調べるためだ。その結果解ったのは・・・！？そして残された葵、紫穂にも海底トンネルで起こった火災事故の解決というミッションが。現場に急行した二人を待ち受けていたのは、『ブラック・ファントム』の少年エスパー、ティム・トイだった！！二人の運命は！？
チルドレンは宇宙空間での任務を想定した訓練を行っていた。国際月ステーションの建設という日米合同プロジェクトに備えてのものである。訓練後の検査室、テレビのニュースでもその話題が大きく取り扱われていた。プロジェクトの第一段階として、5日後にシャトルの打ち上げが行われるらしい。と、テレビに映し出されたシャトルの女性クルーを見た皆本がふと呟いた。「キャロライン・・・。」女性との関係を疑うチルドレンだったが、その時、バベル本部に侵入者が！その侵入者とは、先程の女性クルー、キャロラインだった！！皆本とキャロラインの関係は！？
コメリカによる高レベルエスパー開発実験により、キャロラインの中に生まれた人格、キャリー。大学時代の皆本は、幼い人格だったキャリーを育てた親代わりであり、キャリーにとってかけがえのない存在となった。だが、母体であるキャロラインのため、キャリーは自らの存在を封印し、二人には悲しい別れが訪れた・・・。そして現在、なぜか再び目覚めたキャリーは、皆本をバベル本部から誘拐、コメリカ政府による追跡チームから逃走していた。逃走の中で、かつての感情をよみがえらせる二人。一方、チルドレンは皆本を取り戻すべくキャリーを追おうとするが、蕾見に制止され、監禁されてしまい・・・！？
小学生たちの潜在超能力を測定する『全国一斉ESP検査』が行われる時期がやってきた。チルドレンたちの通う六條院小学校でも実施されるのだが、チルドレン３人の秘密を守るため、皆本や賢木らが検査スタッフとして駆り出されていた。そんな中、皆本が気になる数値を持つ児童を発見する。少年の名は河村タケシ。超能力が発現する直前のエスパーである可能性が非常に高く、予測される能力は最高でレベル６だという・・・。しかも、彼の父親は反エスパー団体『普通の人々』の支援者だと言われていて・・・・・・。
皆本が訓練でしばらくの間家を空けており、チルドレンの３人は元気がない様子・・・。そんな下校途中、３人の上空から一冊のノートが落ちてきた・・・。ノートは『そのとおりになるのです帳』。そのノートに書かれたことは高確率で現実になるという・・・。賢木を交え、ノートの真贋について話し合う中、試しに書いた『皆本が今すぐに帰ってくる』という記述が、なんと現実に起こってしまう。『本物だ！！』とてつもない力を秘めたノートを巡り、チルドレンたちの想像を絶する頭脳戦が繰り広げられることに・・・。はたして、新世界の神になるのは誰だ！？（嘘）
深夜、蕾見管理官に呼び出された皆本。用件は『懸案事項666号』について。『ザ・チルドレン』がこの世に破壊をもたらす悪魔となる確率がさらに上昇したのだという・・・。チルドレンの未来を守り抜くため、と蕾見は再び皆本にブラスターを手渡すのだった。一方、兵部の肉体にも異常が起こり始めていた。残された時間が少ないと考えた兵部は、ある行動に出た。チルドレンは、そして未来は一体どうなってしまうのか・・・？時計は一旦その針を進め、未来の想い出を語り始める。そこには、大人になった薫、葵、紫穂の姿があった・・・・・・。
高級ホテルで犯罪者を捕らえる任務についたチルドレンの３人。思わぬ反撃であわや皆本が・・・というピンチを薫が救うが、その後突然、力の制御が出来なくなってしまう。検査の結果、薫の脳に微細なダメージが見つかる。そんな中、チルドレンに出動命令が下るが、薫は出動不可、ダメージが回復するまで超能力の使用禁止を告げられ、お留守番をすることに。一人取り残され寂しい薫は、かつて同じような経験をしたことを思い出していた・・・。と、そこに澪と桃太郎が現われた。ともに『ブラック・ファントム』と戦おうと誘う、澪。薫とパンドラメンバーの共同戦線が始まる！？
事件解決のために出動していた谷崎主任が何者かに襲撃され、記憶喪失の状態で発見された。発見時、谷崎の手には『アザミの花』が握り締められていたらしい。そんな中『ザ・チルドレン』に出動要請が入る。いつも通りの活躍で、見事国際ギャング団の検挙に成功するが、最後に検挙したエスパーは記憶を失っており、その場には件の『アザミの花』が残されていた。アザミの花言葉は、報復・・・。そして記憶の操作・・・。残されたヒントから、皆本が事件の背後にいる存在に気付いた時、その魔の手が皆本に迫り、記憶を奪われてしまう！さらに兵部の暗躍も相まって、事態は皆本が子供になってしまうという史上最大のトラブルへ！！どうするチルドレン！？
謎の敵に記憶を奪われ、精神が10年前に戻ってしまった皆本。さらに兵部の催眠能力によって、10年前の姿に見えるように視覚情報を操作されてしまう。そこに存在するのは紛れもない、10歳の皆本少年。さらに兵部は、パンドラのメンバーを使ってチルドレンが通う小学校を占拠、皆本とチルドレンがクラスメイトとして過ごせるよう、お膳立てをする。その天才ゆえに小学校に通うことが出来なくなってしまった皆本少年は喜ぶが・・・。兵部の行動の目的とは！？そして、皆本の記憶を奪った謎の敵も動き出し、ザ・ハウンドが倒されてしまう。一体どうなってしまうのか！？
真のエスパー解放のために勢力を拡大するパンドラ。一方、チルドレン達も皆本の元で確実に成長していた。そして月日は流れて・・・・・・。チルドレンたちの新しい“アレ”も登場！アニメ『絶対可憐チルドレン』最終話、お見逃しなく！！
