時は元弘三年（1333年）鎌倉。 世を治める鎌倉幕府執権の跡継ぎ・北条時行は、武士の子ながらも争いを好まぬ、心優しき少年であった。戦いと死こそが武士の名誉といわれる時代にありながら、武芸の稽古を嫌い、臆病者と囁かれ、逃げることと隠れることばかりが得意な時行。ある日、いつものように稽古から逃げ出した時行の前に現れたのは、怪しき神官・諏訪頼重。未来を見通す力を持つという頼重は、時行が「天を揺るがす英雄になる」と告げるのだった。嵐のような運命に翻弄される少年の、天下をかけた鬼ごっこが始まる――！
鎌倉幕府の守護神とも称された足利高氏。 その高氏の謀反により、鎌倉幕府は驚異の速さで滅亡に追い込まれる。 伯父の五大院宗繁に保護され、高氏に与する武士たちの目を潜り抜けた時行の兄・邦時。 一方、時行は頼重の領地・信濃諏訪に向かうため、鎌倉の外れにある廃屋に身を隠していた。 しかしそこにも監視の目が向いてゆく。 見知った旗印ばかりが翻る。誰が敵で、誰が味方か。 裏切りの連鎖に打ちひしがれる時行たちに、さらなる苦難が迫るのだった――。
伯父・宗繁との命をかけた鬼ごっこに勝利し、見事兄の仇を討った時行。 諏訪の地に着くも、傷ついた心を癒す間もなく、時行は頼重に鎌倉奪還へ向けた鍛錬を促される。 未だ頼重への疑念は拭えず、学ぶことの意味も見出すことができない。 自身が英雄となることを縁遠く考えている時行に、頼重はあるものを見せる。 そして、共に鎌倉奪還を目指す「郎党」を作るよう告げるのだった。 全てを失った少年は、「神」の加護を受け、諏訪の地で静かに力を蓄えてゆくーー。
時行は鎌倉奪還のため、日々剣術の稽古に励む。しかしその太刀筋は、誰もが驚くひ弱さであった――！そんな時行が唯一得意とする武器「弓」。「逃げ」と「弓」の二つを活かした戦術に頭を悩ませる頼重のもとに、突如来客の知らせが入る。諏訪大社を訪れたのは、新たに信濃守護に任じられた武将・小笠原貞宗。挨拶がわりと天下無双の弓技を見せつけた貞宗の姿に、頼重は妙案を思いつく。鎌倉幕府滅亡を機に動き出した各地の勢力図。諏訪の運命は、時行に託される――。
武芸に秀で、驚異の「目」の良さを持つ貞宗との犬追物対決。 時行は大きく点差をつけられ、馬を走らせ、容赦のない攻撃にさらされながら、時行は……瞳を輝かせていた！ 「逃げ」のなかに自らの戦い方を見いだした時行は、じわじわと貞宗に迫ってゆく。 果たして、犬追物の結末はーー。 貞宗との勝負の相手に時行を指名した、頼重の思惑とはーー。 そして、諏訪大社から離れた地からは、とある盗人の噂が届くのだった……。
自在に姿を変化させ、あらゆる技で敵を翻弄する盗人・風間玄蕃。 時行は玄蕃と共に小笠原の館に忍び込み、帝の綸旨が保管されている蔵への侵入に成功する。 しかし、そんな二人の様子を、貞宗の配下・市河助房の「耳」が捉えていた……。 助房の「地獄耳」に、さすがの玄蕃も苦戦を強いられる。 息の音一つさえも命取りとなる状況で、二人は着実に追いつめられてゆく。 命の危機に瀕する時に垣間見える人の心こそ本質。闇夜の隠れ鬼に、時行たちは勝利できるのかーー。
諏訪での初めての新年を迎える時行。 全国の混乱は一応の小康状態となっているものの、小競り合いは続き、諏訪の地にもまた新たな危機が迫っていた。 諏訪領・北の国境付近にて、小笠原の不穏な動きを察知した頼重たち。 腕利きの偵察が出払っているなか、時行は「逃若党」による偵察を提案する。 心強い申し出に喜ぶ郎党たちだったが、なぜか頼重だけは猛烈に反対し……。 大人たちからの期待と心配を背に、逃若党が諏訪を駆ける――！
諏訪領の北端・中山庄へと向かった逃若党。そこで時行たちが出会ったのは、吹雪という名の一人の少年だった。小笠原勢により大人たちを殺され、その後も襲われ続けている村を、遺された子供たちとともに守り続けていた吹雪。逃若党は、兵法にも通じる吹雪と協力し敵を迎え討つ作戦に出る。そして時行は、吹雪からある剣技を授かることとなり……。 対して村を狙うのは、「悪党」として恐れられた男・瘴奸が率いる、血に飢えた悪鬼ども。新たな若き頭脳を味方に、時行はこの窮地を切り抜けられるかーー！
激しさを増してゆく瘴奸率いる「征蟻党」と逃若党の戦い。 狭い室内、鎧武者相手という厳しい状況のなか、時行は吹雪から授かった「逃げ」を活かした技で大将・瘴奸に立ち向かう。 一方、征蟻党幹部・死蝋を相手に苦戦を強いられる弧次郎と亜也子。 そして一人、同じく征蟻党の幹部・腐乱を誘い出した吹雪の思惑とは……。 圧倒的な戦力差ある大人たちに、天下奪還を目指す少年少女たちが挑む。 慈悲深き仏の一太刀は、地獄の闇を彷徨う鬼への救いとなり得るかーー。
逃げて、隠れて、生き抜いて。天下を目指す鬼ごっこ。 鎌倉幕府滅亡から今日まで、本当にさまざまなことがありました。 此度は一度立ち止まり、我らが主君・北条時行さまの歩みを、わたくし諏訪頼重とともに振り返って参りましょうぞ！
一時的に未来が見えない時期があるのだと、頼重から打ち明けられた時行。 神の力を拠りどころとする者もいるため、みなに事情を明かせない頼重は、時行の手を借りて、神力を取り戻すための方法をひとつひとつ試してゆく。 諏訪大社中を駆け回り、頼重が望むとおりのものを揃えてゆく時行。 しかしどれを試してみても、一向に神力が回復する兆しは見えないどころか、時行に思わぬ影響が及んできて……。 神と人とが共存する最後の時代。 時行は、つかの間の不可思議に触れる……。
朝廷より新たに任じられた信濃国司・清原信濃守。その男は権勢を振るい、領民たちを苦しめる悪徳国司であった。いよいよ圧政に耐えかねた諏訪神党の一人・保科弥三郎は国司を討つため兵を挙げる。 しかし諏訪は朝廷との対立を避けるため、救援を出すことができない。頼重の頼みを受け、保科党の反乱をとめるため、北信濃・川中島へ説得に向かうこととなった時行と逃若党。「誇りのために死ぬ」覚悟に燃える武士たちに、時行は「逃げて生きる」覚悟を示せるかーー。
時行と諏訪神党・四宮左衛門太郎の説得を受け、川中島からの撤退を決めた保科軍。 しかし、悪辣な国司がそれを黙って見逃すはずもなく……。 領民たちょ守りながらの平地での戦い。 国司軍に数で劣る保科軍と逃若党。 得意の「逃げ」を活かし、時行は将となり得るか。 「逃げるが勝ち」の撤退戦の行方はーー！
