高校生・柴木耕太は、小学生時代はスカートめくりの名手として、中学時代は充実のエロ本ライブラリを持つことで名を馳せ、そして今、本人にとっては実に不本意であるが、女生徒たちから「エロ大王」の称号までをつけられてしまっていた。 FHK（不思議発見クラブ）に属する彼は、ある日図書館で偶然見つけた『魔女召還教本』に従って魔女を呼び出す。 願い事は「女の子のパンツ」。 しかし、彼は知らなかった。 願いを叶えてもらうということは、魔女と契約し引き換えに自分の命を差し出すことを意味していたとは……。 翌日、パンツを手に入れた耕太の前に、魔女・るるもが現れる。 るるもは彼に「お前は２日後死ぬ」と宣言され、衝撃を受けるが、受け取ったパンツが彼女の履いていたものだと知った耕太は……。
再び現れたるるもから、彼女の魔法が自由に使える「魔法のチケット」をもらった耕太。 チケットを人間に使い切らせることが、格下げされた彼女にとっての修行だった。 だが、チケットを使い果たしたとき持ち主が死んでしまうことを、るるもは知らない。 そのことをるるものチロから聞かされた耕太は、二度とチケットを使うまいと誓う。 ある日、「MJ（未確認人物）の正体を暴く」ために公園に向かった耕太とFHKのメンバーは、テント生活をしていたるるもを発見。 彼女の着替え姿を撮影しようとする部員たちを止めるため、耕太は魔法を使ってしまう。 修行が終わるまでるるもが魔界に帰れないことを知った耕太は、彼女を自宅に連れ帰ることにしたのだがーーー。
記憶改ざん魔法の力により、るるもは耕太の妹として柴木家で暮らすことになった。 ひとつ屋根の下で暮らしながらも、「妹」であるため何もできないと悶々とする耕太。 一方のるるもは、「浮かれている自分を戒めるため」に耕太たちの高校の学食で働き始めるものの、慣れない仕事に失敗ばかりを繰り返していた。 自分の命を失うことに繋がるため、チケットを使うことでるるもの修行に協力するわけにはいかない耕太は、せめてそんな彼女の力になろうとする。 その頃、FHKに初の女子入部希望者・鯨井棚子が現れる。 棚子は１年生の中でもとくにカワイイと耕太たちが目をつけていた女子だったが、自らを魔法少女だと宣言するのだったが……
校内を厳しく取り締まり、違反者には鉄拳制裁をも辞さない西高生徒会直属、風紀委員。 その一員である井上澄子は耕太の小学生のときからの幼なじみで、彼のことを「ヘンタイシバキ」と目の敵にしていた。 そんな彼女に、全校男子の家に置けないお宝を一括管理し、共有財産として貸し出しするスーパーコレクション「シバライブラリー」が目をつけられる。 次々と没収されていくコレクション、迫り来る持ちもの検査。 お宝を守るために、耕太は立ち上がる。 同じ頃、元気のないるるもの様子を心配したチロが、人間の姿になって学校に潜り込み、騒動を巻き起こす。 果たして耕太は、澄子からお宝を守ることができるのだろうか。
とある夏の日曜日。家の掃除をしようとするもののまたしても失敗ばかりのるるもだったが、祖母の家で農作業を手伝う耕太の忘れ物を届けることになった。 耕太の高校の友人・知人に目撃されたり、出くわしたりしながら、電車に乗るための「切手」を買いに郵便局に向かうるるも。 道に迷ったり、魔女服のおかげで不審者扱いされたり、切手で改札を抜けようとして駅員とひと悶着があったり、また道に迷ったりと、なかなか耕太の元に辿りつけない。 チロともはぐれ、危機に陥ってしまったるるもを助けるため、耕太は……。
落ちていたグラビア雑誌を拾おうとしているところを下級生に目撃された耕太。それをごまかそうとしたことがきっかけで、三匹の捨て猫を家に連れて帰ることに。しかし動物嫌いの母親に見つかってしまい、里親が見つかるまでの間、学校で飼うことにする。動物を飼うことに憧れていたという耕太が仔猫たちを可愛がる様子を見て、耕太の優しさに感心するるるも。 チロも憎まれ口をたたきながらも、母猫のように甲斐甲斐しく三匹の面倒を見る。チロもまた、捨てられていたところをるるもに拾われた過去があったのだ。 夜になり、雨が激しくなり、子猫たちを心配した耕太は、学校から三匹を連れて家に帰るのだが……。
先輩の発案で、海にやってきた耕太たち。そこには風紀委員の３人や巨乳の同級生・真綾、婦警の飯田などの姿もあった。耕太がいくら勧めても、魔女服から水着に着替えようとしないるるもだったが、実は水着を買ってきていないことが判明。耕太はあわてて水着を調達しようとするものの、なかなか見つからない。 そんな耕太に、先輩が「水着ならある」と告げる先輩。今回の海水浴の目的は、着ると性格が豹変するという「伝説の水着」を探すためのものだったのだ。そんな水着をるるもが着るハメにならないよう、先回りをして見つけ出そうとする耕太だったが、そこに水着を身に着けたるるもが現れてーーー。
登校中の耕太の頭上から、傘を差したツインテールの可愛い女の子が舞い降りてきた。第一級魔女のワルラ・ハルリリと名乗る彼女は、耕太に「あなたと契約を結ぶために降りてきた」と告げる。 命を取られてはたまらないと逃げる耕太に「特別に、代償は要求しない」と言うハルリリ。彼女は、るるもの魔法学校時代の同級生で、耕太がるるもの契約者だと知って接触してきたのだった。 魔女と二重に契約した場合、新規契約が優先される。ハルリリがるるもに嫌がらせをするためにやってきたと思ったチロは、彼女にくってかかるものの、当のるるもは「それは耕太が決めること」と表情を崩さない。 ハルリリのこの世界に来た本当の目的は？
風紀委員長でマジメ女子と呼ばれる下村雅子には、アニメ好きで、コスプレ衣装を自作しているという秘密があった。学校にコスプレアイテムを持ってきた雅子は、それを落としてしまう。 それを目撃したのはるるもだった。元々るるもの魔女服をコスプレと勘違いして親近感を持っていた雅子は、自分の趣味をバカにしないるるもに感動し、るるもをコスプレイベントに誘う。るるもは彼女のおススメのアニメを観たり、一緒にコスプレ衣裳を作ったりするようになる。そして、るるもは、その相手が雅子だということを耕太に話してしまう。雅子がそのことを秘密にしていたことも知らずに……。
古くから日本オオカミにまつわる数多くの伝説が残る、山深い尾々神村。FHKのメンバーや耕太とるるも、同級生西野、菅原、桜井、真綾、風紀委員の３人は、電車で尾々神村に向かっていた。さらに人間の姿に変身したチロも、るるもの妹として参加していた。 今回の旅行はFHK主宰で、その目的は、狼伝説を暴くことだったが、耕太にとってはそんなことよりもはるかに重要なことがあった。宿泊先の旅館には、混浴露天風呂があるのだ。女子たちとの混浴に浮かれる耕太。しかし、先輩から渡された水を何の気なしに飲んだ彼の体に、思わぬ変化が現れる。一方、旅館内では幻の狼が現れたとの騒ぎが起きていて……。
文化祭の展示にほとんどお客がこなかったFHK。このままでは部へ昇格することができない。FHKの知名度を上げるため、棚子の発案で「高校生バンド天国」に参加しようということになる。しかし、いざ練習を始めてみるものの、柴木たち、男性部員たちのレベルではお話にならない……。 そこで棚子がメンバーを集めることに。自らはキーボードを担当するという棚子が連れてきたのは、ギターの真綾、ベースの澄子、ドラムの強子。 そしてなんとボーカルはるるもだった。バンドが何かも分からないるるもだったが、とまどいながらも自分の知っている歌をくちずさむと……。
季節は冬。もう年末である。男同士の侘しいクリスマスパーティを終えた耕太は、友人の西野、菅原らと一緒に初詣の計画を立てていた。西野のリクエストで、初詣にるるもも誘うことに。 そんな中、耕太とるるもは買い物に出掛け、呉服屋のショーウィンドーで振り袖を見かける。釘付けになっていたるるもに、初詣で着物を着せてやりたいと思った耕太は、必死でアルバイトに励む。足りない分は母親から借りて、なんとか着物を調達することに成功した耕太。 るるもを驚かそうと大晦日の朝まで秘密にしていたのだが、いざその大晦日の朝。目覚めた耕太は、何か大切なことを思い出すことができなかった――。
平和な日々を送っていたコウタと修業魔・るるもだが、「魔法のチケット」は残りわずかになり、るるもが人間界を去る期限がせまっていた。期限までにチケットを使いきればるるもは晴れて魔女に戻れるが、使い切らなければ一生魔女には戻れない。るるものためにチケットを使うべきか、コウタは悩んでいた。るるもは知らないが、チケットを使いきればコウタの命は失われてしまうのだ。何もできずに時間だけが経ち、とうとうるるもが魔界に戻る日がやってきて……。
るるもの魔女への復帰と引き替えに、彼女の目の前で命を使い果たしてしまった耕太。そんな耕太に言えなかった「ありがとう」の言葉を伝えるために、ハルリリから聞いた耕太の魂の結晶たる「魂晶」が納められた魂晶室へとるるもは侵入する。しかし、それは魔界最大の禁忌だったのである……!!
