英国を異教徒から守る王立国教騎士団、通称HELLSING機関。そこには人間の主に飼われた吸血鬼がいた。巨大な2丁拳銃を操る正真正銘の化け物の名はアーカード。そして究極の化け物に挑む究極のウォーモンガー、ナチスの亡霊、少佐。戦場と化した英国を舞台に究極至極の戦いが幕を開ける!
英国国教を脅かすフリークスどもを倒すために設立された特務機関、通称ヘルシング部隊。その最強の化け物ハンターはアーカードと呼ばれる本物の吸血鬼だった。
大英帝国と国教を犯そうとする反キリストのフリークスどもを闇に葬り英国を守つづける特務機関、それが王立国教騎士団、通称HELLSING機関。その切り札は吸血鬼でありながら人間の手足として巨大銃を操り、化け物を粉砕する最凶のアンデッド、アーカード。下される命令はただひとつ、見敵必殺!
遂に姿を現した前世紀の亡霊、ナチの軍団。しかし1人の人間と1000人の吸血鬼による軍隊はおよそ、現代の兵器の敵ではない。自由に軌道を変える魔弾をあやつる猟師、リップバーン中尉は大西洋上の英国戦艦イーグルを占拠。要塞と化した船上にヘルシングはアーカードを送りこむ。
遂にナチスの吸血鬼軍団、最後の大隊が魔都ロンドンに向け飛び立った。受けてたつ英国国防総省はV1ロケットの襲撃を受け、火の海! 更に「永遠に命」につられた裏切りものたちにより、アーカード不在のインテグラたちはピンチに陥る。
ヘルシング邸へ急襲するゾーリン部隊。そこに待ち受けるは当主、インテグラの留守を預かるワイルドギースとセラス・ヴィクトリア。女同士、化け物同士の熱き戦いが幕をあける!
悪いナチスをやっつけるかっこいい傭兵とHELLSING邸の留守をあずかるセラス・ヴィクトリア一行。だが容赦のない敵襲で傭兵部隊は壊滅されようとしていく、そしてセラス・ヴィクトリアに襲い掛かる幻術。光を奪われたセラスの首にゾーリン・ブリッツの鎌がかかる!
1944年のワルシャワを舞台に、若かりし頃のウォルターが活躍する話。ウォルターの他にもアーカードや少佐などが登場している。
少佐率いる甦ったナチス軍の攻撃にさらされる倫敦。さらにヴァチカン13課、イスカリオテの暴走により、無差別虐殺がおこなわれる。そんな死がうごめく地獄の戦場にあの男が帰ってきた。大西洋洋上に閉じ込められていたハズの吸血鬼、アーカードが呪われた船に乗り、倫敦に上陸する。
人ならざるものとなったアンデルセン神父との決着、そして突如参戦する死神こと元HELLSING執事、ウォルター。かつての主、インテグラを己の殺意で切り刻むことを選び盟友、アーカードに戦いを挑む。倫敦の夜明けは近い…。
死ぬために戦場を歩き続ける半世紀前の亡霊、最後の大隊。かつての盟友、ウォルターと対峙する吸血鬼、アーカード。戦局は収束へと向かい、残された者たちが残された者たちと最後の死闘を繰り広げる。ただひとり戦場を静観する少佐は自らの勝利を確信する。そして自らを殺しに現れた宿敵、インテグラを歓迎するのだった。