"One truth prevails!"
大人顔負けの推理力と洞察力を併せ持つ高校生探偵・工藤新一。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地へ遊びに行った帰りに、謎の組織の取引現場を目撃する。取引の模様を見るのに夢中になっていた新一は、組織のもう1人の仲間に気付かず殴り倒され、口封じのためにその男に毒薬を飲まされるが、組織が知らなかった薬の副作用によって神経を除いたすべての組織が退行し、小学1年生の体となってしまう。そのため小さくなっても推理能力は大人顔負けという状況を生みだした。 自分がまだ生きていることを組織に知られれば再び命が狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ。何とか生き延びた新一は、正体を隠しながら謎の組織を追うために、周囲には阿笠博士の遠い親戚[9]である江戸川コナンと名乗る。蘭の父親で探偵の毛利小五郎の家に居候し、周囲で次々に起こる事件を持ち前の推理力で解決しながら、元の身体を取り戻すために謎に包まれた黒の組織の陰謀を追っていくことになる。子供の姿のままで推理を披露しても信じてもらえないため、発明家の阿笠博士の作った腕時計型麻酔銃で高校生以上の人物を眠らせて、変声機でその人物の声になりすまして推理ショーを展開する。ほとんどの場合、眠らされるのが毛利小五郎のため、小五郎は名探偵と評されるようになる。
19世紀末に海賊船とともにシンガポールの海底に沈んだとされるブルーサファイア「紺青の拳」を、現地の富豪が回収しようとした矢先、マリーナベイ・サンズで殺人事件が発生。その現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた。同じころ、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦するため、毛利蘭と鈴木園子が現地を訪れていた。パスポートをもっていないコナンは日本で留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの手により強制的にシンガポールに連れてこられてしまう。
4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
北海道・函館にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀だという。 ビッグジュエルを追い求めるキッドが、なぜ刀を狙うのか…？ 一方、西の名探偵・服部平次とコナン達も、函館で開催される剣道大会の為に現地を訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見事見破り追い詰めるが…!? 時を同じくして、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。 捜査線上に浮かび上がったのは、“死の商人”と呼ばれ、アジア一帯で武器商人として活動する日系アメリカ人の男。 彼は戦時中の軍需産業に深く関わっていた斧江家初代当主が函館のどこかに隠したとされるお宝を探していた。 それは、当時、日本の敗色濃厚だった戦況を一変させるほどの強力な兵器だという噂も… そして、そのお宝とキッドが狙う刀はどうやら関係があるようで、刀を狙うキッドに対し、謎の“剣士”の影が迫り…