オルティギア魔法学院に通うアルトは、使い魔と契約できず留年の危機に陥っていた。偶然見つけた召喚魔術の本で初めて召喚に成功したものの、現れたのは封印されし“悪魔”ヴェルメイだった。使い魔となったヴェルメイと学院に通うことになったアルトだが、幼馴染のリリアが激怒。使い魔同士の決闘騒ぎに発展してしまう。
無事2回生に進級し、平和な学院生活を望んでいたアルトだったが、ヴェルメイが上級生の使い魔を吹っ飛ばしたことで、その兄貴分である竜騎兵団のレクスに絡まれてしまう。レクスの使い魔である恐竜がアルト達を襲う！そんな折アルトとリリアは、成績優秀者から2回生の代表を選ぶ“特別試験”に参加することになる。
過激なスキンシップをとるヴェルメイに困惑するアルト。そんな二人をみて嫉妬心を募らせるリリア。いつもの学院生活の中で、アルトは天才が揃う生徒会のメンバーに憧れを募らせていた。だが生徒会の一員にして竜騎兵団団長のクリスがアルトに負けたレクスを制裁。その事実を知ったアルトはクリスとの決闘を決意する。
クリスの炎弾をヴェルメイと協力して迎え撃つアルト。ついに死闘が決着する！決闘後、アルトはことある毎にキスをせがんでくるヴェルメイの真意を測りかねていた。魔法史教師のオブシディアンにそれとなく悪魔と人間の恋愛について相談するアルトだったが…。その頃学院内では不穏な事件が起こり始めていた。
ヴェルメイとの買い出し中、アルトはレクスの舎弟に助けを求められる。向かった先では、圧倒的な力を得たレクスが何かに取り憑かれたかのようにクリスを襲撃していた。制止しようとするアルトだが、そこへ生徒会長のエレナが現れ……。不穏な事件が頻発し、犠牲者が増え続ける中、ヴェルメイにも魔の手が及ぼうとしていた。
ヴェルメイが悪魔としての本性を解放する――！ オブシディアンの真の目的も明かされ激昂するアルト。一方、「史上最大の厄災」を手中に収めたオブシディアンだが、悪魔化して理性を失ったヴェルメイを制御しきれずその鋭い爪が自らに振り下ろされる！だが、そこにはオブシディアンを庇うアルトの姿があった………
アルトへの想いが変化し、感情を持てあますヴェルメイ。そんな彼女にリリアはまっすぐな言葉をぶつける。胸を突かれたヴェルメイがアルトに本音をさらけ出すと、アルトもまた自分の決意を語り出す。そんな中、オブシディアンの事件に絡んでいた者たちが不穏な動きを見せ、さらにアルトが生徒会に拘束されてしまう。
アルトはオブシディアンが起こした事件の教訓から、ヴェルメイを守れるくらい強くなろうと覚悟を決め、生徒会メンバーの招集に応じることにした。ところが、生徒会室でいきなりハプニングに遭遇してしまい……!? そして、エレナから一連の事件に関連する“敵”が魔導を極めし者プラチナスクエアの可能性を知らされる。
ブロンズ試験の実技試験が始まった。多くの受験生が苦戦する中、リリアは鋭い観察眼と巧みな魔力操作で周囲を驚嘆させる。一方、試験方法そのものに注意を向けるアルト。ヴェルメイからのアドバイスもあり、自分なりの方法でテストに挑むアルトだったが、それがとんでもない事態を引き起こしてしまう。
試験中、隣に座った不思議な少年に話しかけられるアルト。だが次の瞬間、巨大なゴーレムが現れ、受験生たちを巻き込み教室を破壊し始める。ゴーレムを操る少年は魔導を極めし者、『神命』のアイオライトであり、自らアルトの"敵"であると宣言。王立魔法軍すら蹂躙する異次元の強さに、アルトとヴェルメイは為す術がなく……!?
ファーテマの力で幼少期のヴェルメイに出会うアルト。修道院で家族と暮らしていたヴェルメイは、とても幸せそうに見えた。なぜ彼女が「災厄」の悪魔として封印されるような事態に陥ったのか。「心して見るといい」と告げるファーテマ。アルトはそこで絶望的な光景を目にすることになる。
「もうあなたを、絶対に一人になんかしない」。アルトはヴェルメイへの誓いを胸に、復活した彼女と共にアイオライトと対峙する。悪魔の力を忌むべき力であると蔑みながらも利用しようとするアイオライト。だが、アルトが見つめるのは悪魔でも、厄災でもない。その想いは力となって、激しい魔力の奔流を生み出し……!?
