周囲をバリアに囲まれた人工島『マーメイド』。そこへ向かう移送機内部に少女、処女(とこのめ)まもりは拘束されていた。島の浜辺で目覚めたまもりは体を武器へと変身させる二人組の少女から突如襲撃を受ける。するとそこへ向かってくる新たな移送機と謎の少女、敷島魅零。颯爽とあらわれた少女とのキスによりまもりの体も一振りの剣へと変身していく。武器化したまもりを使い危機を脱した二人は計らずも巨大な城へとたどり着く。だがそこには新たな能力者が待ち構えていた…。
A級能力者、冴嶋を退けたまもりと魅零だったが、シャルロット・シャルゼンとアンジェを前に拘束されてしまう。軟禁されたまもりはヴェルターのコマンデュール、時雨霞からこの島の概要と自身の能力の説明を受ける。困惑するまもりをよそにまもりのパートナーとなるリブレイターを選定する儀式・ブライダルの開催が決定する。ブライダルが敢行される一方、地下懲罰室で拷問を受ける魅零。両者のピンチに魅零のもとに現れた人物とは…！
フェステ(城)から脱出してきたまもりと魅零だったが行くあてもなく途方に暮れていた。そこへ偶然現れた美鳳に同行し三人はとある場所へと向かう。そこはフェステの体制に嫌気がさした少女たちが集まり生活を共にする、とりのタウンと呼ばれる村だった。期せずして似た境遇となったまもりと魅零もそこの管理人・風巳とりののお世話になることとなる。しかしそこへ現れたのはシャルロット率いるヴェルターのリッターたち。たったふたりで立ち向かうまもりと魅零だったが武器も持たない〈ゼロ・アーム〉の霞の力に圧倒されてしまう！
霞の圧倒的な力の前にピンチに陥るまもりと魅零。だが二人を庇うように蓮見レインとレディ・Jが戦闘に介入し、再び戦闘が激化する。双方退けぬ状態の中、そこに割って入ったのはマーメイド唯一の男性、ヴェルターのトップを意味するグヴェルネアの柊晶。彼によってその場は一旦収められることに。その日以来、晶のことで頭がいっぱいで心惹かれていくまもり。そんなまもりにシャルロット直属部隊『アーデル』の一人、ミランダが強襲を仕掛ける！
まもりと魅零は食糧調達の為にキノコ狩りへと出かけていた。そこで出会った謎の巨体少女、未弐見にみ。彼女はフェステに住むエクスターの少女で目が覚めると体が大きくなっていたという。まもりたちは途方に暮れるにみをとりのタウンへと連れていくことに。翌日になるとさらに体が大きくなるにみ。もう二度とパートナーの乃絵に会えないとショックを受けるにみにまもりは檄を飛ばす。立ち直ったにみはもう一度乃絵に会うためフェステへ戻る決心をするが巨躯を揺らし城へと向かうにみの背中にもうひと騒動の予感が…
島中みんなで分け隔たりなく盛り上がるヴェルター主催のお祭り、マーメイド祭。敏感にお金儲けの匂いを嗅ぎつけた美鳳の策略によって、魅零はその目玉の催しである美人コンテストに参加することとなる。優勝目指し特訓を重ねる魅零とそれをサポートするまもり。そしてついにマーメイド祭当日。大注目の美人コンテスト会場では優勝候補のシャルロット、レディ・Jたちをよそに見違えるような魅零が舞台に現われる…。だが一方、その裏では美鳳のお金をめぐる激しい戦いが始まっていた！
城の近くにある森の廃屋。そこで胸のサラシをほどきグヴェルネアの恰好から女性の恰好へと着替えた晶は砂浜へと向かう。小型の探知機を片手に何かを探す晶のもとへ現れたのはとりのハウスの管理人風巳とりの。共に互いの素性を知るふたりは、海の見える温泉で息抜きをすることに。話の流れでとりのタウンを訪れることとなった晶は庭でバーベキューをしたり、とりのハウスに一泊したりと、普通の少女へと戻れる束の間の夜を楽しく過ごしていた。だがその翌日、晶のグヴェルネアの衣服を隠している廃屋で立てこもり事件が発生してしまう。
独自の情報源より情報を得た晶はレディ・レディ、美鳳、魅零、まもりにとある施設の探索を依頼する。探索へ向かう5人が到着したのは一見何の変哲もない岩場地帯。だがそこは巧妙にカモフラージュされたマーメイド島の建設に使った建設プラントだった。しばしプラント内を探索していると謎の人工アームの襲撃を受ける魅零とまもり。単身応戦する魅零だったが驚異的な人工アームの力の前に敗れてしまう。尚も迫りくる人工アームを前に、突如まもりの体から光が溢れだし、まもりのアームが変化していく！
先の建設プラントでの戦闘から意識が戻らない魅零。その間に新たな移送者がマーメイド島へ移送されてくる。少女の名は相良百華、リブレイターを選ばずマッチングできる特異な性質を持つ彼女は、移送まもなくその実力をシャルロットに認められ、シャルロット直属部隊アーデルへの入隊が決定する。シャルロットへと近づいた百華は言葉巧みにシャルロットと晶の対立を煽り、ついには二人の一騎打ちの場を整える。三者の思惑が複雑に交わる中、シャルロットは百華のリブレイターとして晶と対峙することに…！
シャルロットとの決闘で女性であることを明るみに出された晶はグヴェルネアの座を追われ地下の営倉に監禁されてしまう。新たにグヴェルネアとなったシャルロットは能力の再検査を理由に島中の少女たちをフェステへと集めていた。一方、まもりと魅零が食糧調達から戻るととりのタウンは荒らされ誰もおらず、みんながフェステへと連れ去られた後だった。みんなを助け出すためフェステへと向かうまもりと魅零だったが、そこで待ち構えていたのはパートナーのひびきを人質に取られた霞だった…
AAA機関と百華の探し求めていたターゲットこそヴァルキリー・エフェクトを発動させたまもりだった。力を結集させて応戦する魅零たちだったがソルジャーである百華の圧倒的な戦闘力の前にまもりは捕らえられてしまう。戦いに敗れ、廃屋で目を覚ます満身創痍の魅零。絶望的戦力差を感じながらもなお魅零はまもりを助けるため立ち上がり、再びフェステへと向かう。だがそこで魅零たちの前に立ちはだかったのはソルジャーであるE9とドライヴしたシャルロットだった…！
強制的にまもりをドライヴした百華の力の前に圧倒される魅零、霞、ひびき、レディ・レディ、美鳳。さらに百華はヴァルキリー・エフェクトを発動し、アームの中に魅零たちのA-ウィルスと肉体を取り込んでしまう。まもりのアームの中で意識を取り戻した魅零は、アームの空間からまもりを見つけだし、意識を取り戻したまもりと仲間たちの解放に成功する。そしてみんなを救うため、まもりと魅零は究極のドライヴを成し遂げる！！
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