| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S16E01 | 世界一華麗なポケモン！？チラチーノVSツタージャ！ |
October 11, 2012
TV Tokyo
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| S16E02 | 大空と大地のタッグバトル! |
October 18, 2012
TV Tokyo
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| S16E03 | アイリス, 竜の里へ帰る! |
October 25, 2012
TV Tokyo
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| S16E04 | ソウリュウジム! アイリスVSシャガ!! |
November 8, 2012
TV Tokyo
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| S16E05 | チーム・イーブイ出動せよ! ポケモンレスキュー隊!! |
November 15, 2012
TV Tokyo
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| S16E06 | 開幕 イッシュリーグ・ヒガキ大会! サトシ対シューティー!! |
November 22, 2012
TV Tokyo
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| S16E07 | 熱闘! ライバルバトルを勝ちぬけ!! |
November 29, 2012
TV Tokyo
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| S16E08 | キバゴ迷子になる! |
December 6, 2012
TV Tokyo
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| S16E09 | ダゲキ登場! サトシ対ケニヤン!! |
December 13, 2012
TV Tokyo
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| S16E10 | サトシ対コテツ! 秘密兵器サザンドラ!! |
December 20, 2012
TV Tokyo
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| S16E11 | 決着イッシュリーグ! ピカチュウ対ルカリオ!! |
January 10, 2013
TV Tokyo
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| S16E12 | アララギ研究所! 新たなる旅立ち!! |
January 17, 2013
TV Tokyo
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| S16E13 | トモダチ... その名はN! |
January 24, 2013
TV Tokyo
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| S16E14 | 新ジムリーダー! チェレン! |
January 31, 2013
TV Tokyo
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| S16E15 | アクロマVSハンサム! プラズマ団の陰謀!! |
February 7, 2013
TV Tokyo
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| S16E16 | 霧のサンギ牧場! デンリュウのあかり!! |
February 13, 2013
TV Tokyo
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| S16E17 | N再び! ウォーグル救出作戦!! |
February 21, 2013
TV Tokyo
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| S16E18 | 急げ! ポケモン湾岸救助隊!! |
February 28, 2013
TV Tokyo
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| S16E19 | 燃えよリザードン! VSカイリュー!! |
March 7, 2013
TV Tokyo
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| S16E20 | プラズマ団の野望! 操られたポケモンたち!! |
March 14, 2013
TV Tokyo
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| S16E21 | Nの秘密... 霧の彼方に! |
March 21, 2013
TV Tokyo
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| S16E22 | ロケット団VSプラズマ団! ニャースとアクロマ!! |
March 28, 2013
TV Tokyo
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| S16E23 | 白の遺跡! サトシ対N!! |
April 4, 2013
TV Tokyo
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| S16E24 | プラスマ団襲撃! 復活の儀式!! |
April 11, 2013
TV Tokyo
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| S16E25 | レシラム対N! 理想と真実の彼方へ!! |
April 18, 2013
TV Tokyo
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| S16E26 | さらばイッシュ! 新たなる船出!! |
April 25, 2013
TV Tokyo
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| S16E27 | 甘いハニーミツには危険がいっぱい! |
May 2, 2013
TV Tokyo
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| S16E28 | ソムリエ探偵デント! 大海原の密室!! |
May 9, 2013
TV Tokyo
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| S16E29 | さらばミジュマル!? ホタチキングへの道 |
May 16, 2013
TV Tokyo
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| S16E30 | 幻影の島! 霧の中のゾロアーク!! |
May 23, 2013
TV Tokyo
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| S16E31 | ロトムVSオーキド博士! |
May 30, 2013
TV Tokyo
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| S16E32 | デコロラ諸島の海賊王! |
June 6, 2013
TV Tokyo
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| S16E33 | サトシとバタフリー! また会う日まで!! |
June 13, 2013
TV Tokyo
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| S16E34 | サトシとアイリスが絶交!? 別れの1本道!! |
June 20, 2013
TV Tokyo
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| S16E35 | ジラーチに願いを! 七日間の奇跡!! |
June 27, 2013
TV Tokyo
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| S16E36 | Unknown |
July 4, 2013
TV Tokyo
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| S16E37 | パンジー登場! エリキテルとゴーゴート!! |
July 18, 2013
TV Tokyo
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| S16E38 | お宝の謎! 無人島アドベンチャー!! |
July 25, 2013
TV Tokyo
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| S16E39 | イブキとアイリス！色ちがいクリムガン！！ |
August 1, 2013
TV Tokyo
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| S16E40 | オンバーン登場！彗星と勇者の伝説！！ |
August 15, 2013
TV Tokyo
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| S16E41 | ゴーゴーゴーゴート！ |
August 22, 2013
TV Tokyo
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| S16E42 | エモンガ、ロケット団に入る！ |
September 5, 2013
TV Tokyo
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| S16E43 | デントVS氷の挑戦者！サンヨウジムの危機！！ |
September 12, 2013
TV Tokyo
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| S16E44 | ベストウイッシュ！また会う日まで！！ |
September 19, 2013
TV Tokyo
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| S16E45 |
オレの夢, ポケモンマスター!!
season finale
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September 26, 2013
TV Tokyo
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