L'ispettore Carlo Guerrieri del commissariato Rione Monti, tra la Suburra e l'Esquilino, indaga sul caso di un uomo trovato morto in un furgone frigorifero. Ad aiutarlo, sua figlia Alba, medico legale, che da poco ha lasciato la casa del padre per andare a convivere col fidanzato. Nel corso delle indagini arriva in commissariato un giovane poliziotto di colore fresco di accademia: il vice ispettore Malik Soprani. E con Carlo sono subito scintille.
Pur tollerandosi a stento, Carlo e Malik continuano le indagini sulla misteriosa uccisione dell'uomo ritrovato nel furgone frigorifero. Per questo, entrano in contatto con una comunità di immigrati clandestini dove Malik mette a rischio la sua vita. Nel frattempo, l'attrazione del giovane ispettore verso Alba non passa inosservata agli occhi di Carlo, suo padre.
Carlo e Malik si ritrovano a investigano sul caso di una ragazza ucraina trovata morta in una valigia all’aeroporto di Roma. Nel corso dell’indagine i due mostrano di avere due approcci molto diversi: Carlo si lascia guidare dal suo intuito e dalla grande esperienza, mentre Malik è più attento ai dettagli e alle nuove tecnologie. Alba, alle prese con la sua nuova vita da convivente, prova a resistere alle avances di Malik: il poliziotto non nasconde l’attrazione che prova nei suoi confronti. Carlo intuisce che il collega appena arrivato nutre una simpatia per sua figlia e non vede la cosa di buon occhio. In Commissariato, invece, per il Dirigente Santagata (Roberto Citran) è arrivato il momento di andare in pensione e dire addio alla sua squadra.
Carlo e Malik indagano sull'omicidio di una suora ritrovata morta in un sexy shop. L’indagine porta i poliziotti a indagare su un gruppo di giovani ragazze ospiti della casa famiglia nella quale la vittima abitava. Il caso metterà in serio pericolo la vita di Alba, costringendo Malik a intervenire per metterla in salvo. Nel frattempo in commissariato arriva la nuova Diregente, Micaela Carta (Antonia Liskova), che mostra subito la sua autorità e sua freddezza. Carlo, infine, prendere atto che Cristina (Alessia Barela), la sua compagna, è stanca di vivere la loro storia in clandestinità.
Carlo e Malik indagano sulla morte di una giovane donna, ritrovata nuda sulla riva del Tevere. Alba e Malik stanno vivendo la loro relazione cercando però di tenerla il più possibile segreta, mentre Cristina decide di vendere la casa di sua madre, quella che lei e Carlo usano per incontrarsi. Cinzia Repola si sente male e questo fa preoccupare Cantabella, mentre Carlo viene a conoscenza di nuovi dettagli sul caso Bosca.
Alba scopre il cadavere di un uomo dentro una macchina che è stata incendiata; Carlo indaga a modo suo, scontrandosi con Malik. Cristina è sempre più decisa a lasciare suo marito mentre Cantabella ha troppe attenzioni per Cinzia, cosa che scatena la gelosia della fidanzata. La Carta continua a chiedere a Malik di indagare su Carlo, ma lui non si decide.
Carlo e Malik indagano sulla morte di una rapper, non convinti sull’ipotesi di suicidio. Alba è in crisi e non sa cosa fare della propria vita sentimentale, divisa tra la passione per Malik e l’amore per Riccardo; anche Carlo è in crisi, ora che la sua amante ha lasciato il marito per lui, e problemi sentimentali attanagliano anche Muzo e sua moglie Olga.
I due poliziotti indagano poi su un omicidio avvenuto a Chinatown, ed il tema dei migranti torna a metterli in contrapposizione. Alba lascia il fidanzato torna a vivere dal padre, che è ben felice di accoglierla, ma non ha il coraggio di confessargli nulla riguardo Malik.
Il filmato di un uomo brutalmente assassinato viene inviato in contemporanea a due donne. Cosa ci sarà dietro? Nel frattempo, Alba scopre un segreto legato alla scomparsa di sua madre, mentre Carlo non riesce a digerire che Malik stia con sua figlia. La relazione con Alba rende sempre più difficile a Malik indagare sul caso Bosca. Tra Repola e Cantabella, infine, c’è sempre più affinità…
Carlo e Malik indagano sulla morte del giovane rampollo di una ricca famiglia romana ritrovato sulla riva del Tevere. Nel frattempo, Carlo prova a ricucire il rapporto con Cristina, mentre, finalmente, riesce a trovare un nuovo tassello da aggiungere al caso Bosca. Malik, infine, deve prendere una decisione lavorativa molto difficile.
Alba insieme alla squadra scoprono la verità dietro all’arresto di Carlo: dietro alla faccenda infatti c’è proprio Malik. La sua fidanzata Alba resta profondamente delusa, ma non si dà per vinta e chiede Riccardo per difendere suo padre. La squadra non si ferma e partono le indagini sull’improvvisa morte di un ragazzo. Questo caso inoltre causa la sospensione di Cantabella..
Malik, coinvolto suo malgrado nel caso dell’arresto di Carlo, affronta la Carta di petto convinto di continuare a indagare per provare l’innocenza di Carlo. Nel frattempo Cantabella torna a lavoro e squadra lavora senza sosta per rivelare tutta la verità sul caso Bosca. Intanto Riccardo ottiene gli arresti domiciliari per Carlo, ma tutto precipita quando la vita di Alba è in pericolo..
Durante la cerimonia di promozione di Malik e di Olga, un suv sperona un'auto del trasporto organi allo scopo di sottrarre il cuore destinato a una paziente di 16 anni. La Carta invia subito sul posto Malik. Nel frattempo, poco distante, avviene un incidente. Ancora un suv uccide l'agente Paolo Moselli.
Carlo prosegue le indagi ni sulla morte di Paolo, visto che è stato dimostrato che questa non ha nulla a che fare con l'estorsione legata al cuore. Si fa consegnare da Marta il cellulare e il computer del figlio e li affida ad Olga per avere un resoconto. Carlo chiede aiuto alla sua informatrice di fiducia, Ottavia.
Il ritrovamento del cadavere di Olga turba profondamente tutta la squadra. Molti indizi di colpevolezza conducono ben presto a Muzo, che non nasconde di aver asfissiato la moglie con ripetute scenate di gelosia ma si proclama innocente. Malik, a conoscenza di questi litigi.
Viene ritrovato un cadavere senza documenti sulle rive del Tevere. Si tratta di una donna senza fissa dimora , madre di una bambina di cui conserva ogni ricordo e che probabilmente ha disconosciuto subito dopo il parto. Chi poteva volerla morta? La Carta viene rimossa dal suo
I vestiti ritrovati in un cortile di una scuola, accompagnati da una scritta che non prelude a nulla di buono, appartengono a un ragazzo scomparso. Ascoltando gli studenti si scopre che era vittima di bullismo, ma in classe nessuno vuole dire nulla di più, fino alla scoperta della sua morte.
Un accumulatore seriale viene ucciso nel suo appartamento. Per risolvere il caso risulta fondamentale il contributo della psicologa che seguiva da tempo il disturbo dell'uomo. Tra lei, Monica Porta, e Malik scatta un feeling immediato, non solo lavorativo. Il proseguimento delle indagini, s cagiona definitivamente Muzo dimostrando che Olga e Paolo sono stati uccisi dalla stessa persona.
Un'assistente sociale viene uccisa nel suo garage e il primo sospettato è l'ex partner che u n tempo la picchiava e che la sera dell'omicidio era a casa sua. Non è lui il colpevole, ma un uomo pericoloso allontanato per questo dalla moglie. Indagando sul caso, Muzo inizia a fare i conti con il senso di colpa per la morte di Olga.
Uno sportivo è morto per avvelenamento nel letto in cui ha passato la notte con una sua cliente. I sospetti si concentrano su di lei, ma le indagini conducono presto a qualcuno della sua cerchia familiare.Marta è andata a Napoli per seguire un a pista sull'omicidio di suo figlio senza però dire nulla a Carlo. Lui lo viene a sapere e le mette alle costole Cantabella.
Le indagini si concentrano su Nusco e su chi ha tentato di ucciderlo. Malik deve seguire anche il caso di una studentessa trovata senza vita nella sua abitazione. Durante le indagini il poliziotto si affeziona ad un bambino, a cui fa una promessa. Carlo non riesce più a convivere con il conflitto di sentimenti che prova e confessa a Cristina di essersi innamorato di Marta.
Un giovane di origini rumene viene trovato morto in una discarica. In un primo momento si pensa che a compiere il delitto sia stato il padre della fidanzata del ragazzo. Andando avanti si scopre invece che il decesso è avvenuto nell'ambito di un incontro di boxe clandestino, al quale il ragazzo aveva deciso di partecipare per poter mantenere il figlio in arrivo..
Un ragazzo chiede informazioni a medicina legale sulla causa della morte di un amico e pochi giorni dopo viene trovato morto anche lui. Nel covo che credevano di Imardi i nostri trovano il suo cadavere: qualcuno lo ha murato vivo. Carlo e i suoi riprendono da capo l'indagine e arrivano a Leonardo Sfera che Marta, Muzo e Nusco molti anni prima hanno arresta to per l'omicidio della fidanzata, Xenia, una delle ragazze che si prostituiva per Imardi.
Carlo intuisce da diversi fattori che è stato Nusco anni prima a uccidere Xenia ed è per questo che Sfera lo vuole morto: ha pagato per u n delitto che non ha commesso. E Muzo e Marta sono stati puniti privandoli degli affetti più cari per non avergli creduto.
Clara, la prima moglie di Carlo, scompare il giorno in cui esce dal carcere per passare agli arresti domiciliari a casa della figlia Alba. Ben presto si scopre che si è allontanata su un'auto. Alba pensa a un rapimento, Carlo è invece convinto che sia fuggita volontariamente. Nel frattempo, Bruno e Alice, la seconda famiglia di Clara, arrivano a Roma da Ginevra e Alice riconosce l'uomo che ha portato via Clara: lo ha visto parlare con la madre due anni prima.
Il caso della scomparsa di Clara si rivela sempre più intricato e misterioso e Carlo non riesce a trovare risposte. Anche quando Bragadin trova sul computer di Clara le foto di una donna con una valigia, scattate di nascosto da lei alla stazione Termini, tutto si risolve in un buco nell'acqua.
Un prete, don Fabio, viene ucciso in strada da un colpo di pistola. Il sacerdote non era amato nel quartiere a causa del centro per ex detenuti di cui era responsabile, ma il movente non appare sufficiente e la dinamica della morte non è chiara. Parallelamente, le indagini sulla scomparsa di Clara continuano e dal cadavere senza nome di una ballerina che sembra avesse contatti con lei Carlo e Malik risalgono al Nite Owl, un locale che sembra essere l'epicentro dello spaccio di coca rosa.
In una strada di campagna viene trovato il cadavere di una ragazza che si scoprirà essere ossessionata dalle diete. Mentre si cerca la reale causa del decesso, la Polizia sospetta dell'ex fidanzato per poi dover rivolgere attenzione al business di prodotti per perdere peso. La Scientifica scopre che il sangue nel casale appartiene a Nika e trova impronte di Clara e Pugliani dappertutto. Per portare avanti le indagini Carlo decide di permettere a Cantabella di continuare l'operazione al Nite Owl, anche se teme per la sua vita.
I ragazzi di un liceo denunciano la scomparsa della loro professoressa. Le immagini di una telecamera di sorveglianza sembrano raccontare una storia di amore e gelosia ma grazie all'approfondimento di Bragadin si arriva a un'altra verità. Durante l'autopsia si scopre che il ladro che ha rubato la borsa di Clara ha tatuata sul petto una misteriosa sequenza di numeri, mentre sotto le sue scarpe ci sono tracce di alluminio e di droga.
In una strada di periferia viene trovato il cadavere di un notaio. L'uomo sembra essere stato vittima di un pirata, mentre l'autopsia rivela che la causa del decesso è una pugnalata al petto. Nel frattempo, l'agente Mattei, infiltrato della Narcotici, rivela a Carlo che il ladro ucciso si chiamava Suleyman ed era un suo informatore. Carlo chiede a Ottavia di pedinare il poliziotto, perché sospetta che possa portare avanti da solo l'indagine e non tenerlo aggiornato.
Un'avvocatessa muore aprendo un pacco bomba a lei indirizzato e subito dopo un uomo avvisa la Polizia che altre due persone pagheranno per quello che hanno fatto in passato. Il video del deposito bagagli mostra Clara che ritira la valigia e che dimentica gli occhiali da sole sul bancone: Carlo e Malik pensano che lo abbia fatto volontariamente per indicare una pista a chi si fosse messo sulle sue tracce, ma l'indizio sembra non portare a nulla
Cantabella e Pugliani, accompagnato dall'uomo ancora senza nome che ha aspettato Clara all'uscita dal carcere, arrivano in un deposito abbandonato per recuperare il carico di droga. Carlo, Malik e la Trevi credono di stare sulle loro tracce, ma scoprono ben presto di essere caduti in un tranello
Alba, sua sorella Alice e Federico arrivano sul luogo del ritrovamento del corpo senza vita di Clara; Malik, che inizia a sospettare del ragazzo, decide di indagare su di lui. Nel frattempo un giovane con evidenti segni di pestaggio si presenta in commissariato ma muore tra le braccia di Bragadin prima di poter sporgere denuncia. Le indagini sul cadavere del complice di Pugliani, Calzola, portano a una misteriosa cassetta di sicurezza.
Intanto Carlo, che ora sa che Suleyman aveva una figlia, ha messo Ottavia sulle sue tracce: dopo una serie di buchi nell'acqua, un ragazzino le lascia uno strano oggetto appoggiato sullo scooter. Spartaco e Ottavia scoprono che Pugliani usa i bambini come "muli" per trasportare droga.
Un giovane giornalista viene trovato morto sotto casa sua, proprio mentre stava indagando su un giro di risse organizzate clandestinamente e che aveva ridotto un coma un ragazzo. Mentre Spartaco individua il capannone in cui gli uomini di Pugliani smistano la coca rosa e preparano le dosi per lo spaccio, Carlo riesce finalmente a mettersi in contatto con Maryam, la figlia di Suleyman, e la porta in salvo in una casa famiglia. Ma resta da scoprire dove tengono nascosti tutti gli altri bambini.
Federico è scomparso dopo che i sospetti di complicità tra lui e Pugliani si sono intensificati, ma Carlo teme che Alba sia in pericolo, le chiede quindi di rimanere in casa, piantonata da Lisi. Non basterà e quando le cose precipitano, Malik fatica a rimanere lucido sul destino di Alba. Mentre Carlo è impegnato a cercare di rintracciare la madre di Maryam, la bambina fugge dalla casa famiglia una volta saputo che il padre è morto. Carlo si impegna a ritrovare lei e gli altri ragazzini prima che i criminali della droga li nascondino o sposino altrove.
