宇宙世紀0079年10月。地球連邦軍所属の一隻の輸送艇が、地球に向かって移動していた。その船には地上部隊への配属となった連邦軍兵士が乗船しており、若手士官のシロー・アマダ少尉もその一人だった。窓の外に、地球の美しい姿が広がり始めたとき、輸送船の兵士達はモビルスーツ同士の戦闘を目撃する。被弾し、弾薬も尽きた友軍のジムに迫る、改良型のザク。顔も知らぬ仲間の危機的状況を見たシローは、輸送船に積まれていたボールで応援に向かう。そして、捨て身の戦法でジムを救い、ザクと同士討ちとなったボールから脱出したシローは、同じく機体を失ったジオンの女性パイロットと出会うのだった。彼女の名は、アイナ・サハリン。残骸となった艦船に取り付いた二人は、敵と味方という関係を越え、協力して共に生きて帰ることを誓う。この出会いが、彼らの運命を大きく変えるとも知らず、シローとアイナは、生き残るための「二人だけの戦争」を始めるのだった……。
生還したシローは、ジムのパイロットであったテリー・サンダースJr.軍曹、輸送船で一緒だったミケル・ニノリッチ伍長と共に地球に降り立った。彼らが配属されたのは、東南アジア地区の最前線に展開するコジマ大隊所属の第08MS小隊だった。先任のカレン・ジョシュア曹長、エレドア伍長と合流したシローたちに、いきなり夜間戦闘への出撃命令が下る。「全員、生きて帰れ！」 出撃前に、隊員たちに訓辞を述べるシローに対し、様子見を決め込むカレン、シローの運に軍人としての再起をかけようとするサンダース。結束には至らない状況の中で、第08小隊の陸戦型ガンダムは戦場となる密林へと向かった。初戦闘での敵機撃破にこだわるシローは、カレンの制止を聞かずにザクを追撃し、隊からはぐれてしまう。隊長不在のまま撤退を余儀なくされる第08小隊。一方、地球の過酷な環境を肌で感じながら、敵機を追うシローは戦場で朝を迎える。そして、偶然辿り着いた清流で一人の少女と出会うのだった……。
地上の環境にも慣れ、08小隊の面々との関係も良好になりつつあるシロー。そんな彼らの今回の任務は、ジオンのトーチカ基地への攻撃であった。斜面を利用した敵基地の防御は厚く、攻撃の決定打が欠けた状態に08小隊は撤退を余儀なくされる。改めて攻撃の策を練ったシローは、先の出撃で少女に出会った河川を経由するルートに目を止めた。シローが単独で河川を移動して敵基地後方に向かう間に、残った08小隊のメンバーが攻撃を引きつけ、挟撃を加えるのがその作戦を提示する。作戦開始は15時。メンバーの信頼を受け、一人川沿いを移動するシローは、少女と出会った清流に到達する。その時、シローの機体にその少女が飛び乗ってきた。彼女の名前はキキ。ゲリラを率いる父を持つ少女は、手下を使ってシローをガンダムから引きずり降ろす。作戦開始の時間が刻々と迫る中、シローはゲリラのアジトに連行され、キキの父親と面会する。作戦行動ちゅうであることを主張するシローの言葉は、聞き入れてもらえず時間だけが無為に過ぎていく。 「初めて持った部下なんだ。まだ多くを知らない仲間たちをオレは死なせたくない！」 絶叫するシローの言葉に、キキは思わぬ助け船を出す。作戦開始時間となり、攻撃を始める08小隊。シローは仲間たちとの約束を守れるのだろうか……？
08小隊の一員であるサンダースは、あるジンクスのために仲間からも揶揄されていた。そのジンクスとは彼が所属する部隊は、３度目の出撃でサンダースを残して全滅するというものだった。そのため、彼は“死神サンダース”と呼ばれていた。そして、悩むサンダースの思いをよそに、08小隊に３度目の出撃命令が下った。一方アイナは、兄であるギニアスが開発した連邦軍への反撃の要となる巨大モビルアーマー、アプサラスのテスト操縦を行っていた。しかし、テスト飛行中のアプサラスは飛行トラブルに見舞われ、進路変更を行えない状態にあった。最大の機密であるアプサラスを守るべく予想進路とは別の方向に気を向ける撹乱攻撃を行うジオンのドップ部隊。そんな不穏な動きを察知して出撃していた08小隊は、ジオン軍と遭遇してしまう。思わぬ敵との遭遇に08小隊のメンバーが“３度目のジンクス”に不安を覚える中、その不安を裏付けるかのように巨大モビルアーマーが姿を現す。驚異的な攻撃力を発揮するアプサラスを前に、窮地に陥る08小隊。“３度目のジンクス”の現実化が目前に迫る中、サンダースは自分のジンクスを変えるため、大切な仲間を守るために、捨て身の反撃を試みるのだった……。
アプサラスとの戦闘で大きな損害を受けた08小隊は、前線の補給基地へ移動していた。シローたちよりもひと足早く基地へと到着していたエレドアとミケルは、ニッカードから隊員宛の手紙を受け取る。その手紙は、ミュージシャンを目指していたエレドアへの、メジャーデビューを伝えるものだった。喜ぶエレドアは、シローたちが到着するまで待機するように言われた命令を破り、ミケルを連れて付近の村へと前祝いに出かけてしまう。しかし、その村の酒場には、ダメージを受けたアプサラスの応急修理のためにジオン軍が逗留していたのだった。そして、当然のごとくジオン兵に捉えられてしまったエレドアとミケル。ホテルの地下に監禁され、悲嘆に暮れる二人のもとに、女主人であるマリアが現れ食事を差し入れる。そして、彼女はジオン軍の隙を見て、自分に付き従う子供を村から逃がすのだった。その子供は、身分を隠したキキであり、彼女はエレドアとミケルが捕まっていることをシローたちに伝え、08小隊は二人を救出すべく活動を開始する。一方監禁されて嘆くエレドアとミケルは、内輪もめのはずみで、脱出のチャンスを見出した。時を同じくして、村に逗留するジオン軍に攻撃を開始するシローたち。そして、脱出すべくザクタンクを奪い、奮闘するエレドアとミケル。しかし、彼らの前には武装したジオン兵たちが立ち塞がるのだった……。
08小隊の面々は、砂漠にある巨大なクレパスを目指して移動を行っていた。そこは、キキの協力によって発見されたジオン軍の射爆場であり、クレパスに穿たれた高熱によるビームの痕が残されており、その場所がアプサラスの運用試験のポイントであることを物語っていた。そして08小隊は、射爆場付近に陣を組み、アプサラスを撃墜するための待ち伏せ作戦に入るのだった。そんな中、ミケルは集中力を欠き、ミスを連発していた。その原因は、ミケルの恋人からの手紙にあった。彼女からの手紙には、別れを示唆する内容が書かれており、キキはその中身を読んだことで、ミケルの思いを聞かされる。そして、５日が過ぎても攻撃目標が現れない中、ミケルは手紙を出せない鬱憤をシローにぶつけるのだった。キキやミケルと衝突したシローは、思わぬ所で聞かされた人を恋する思いへの言葉から、アイナのことを思い出す。翌日、ついに08小隊の前にアプサラスが姿を現した。射撃担当を受け持ったミケルは、生きて帰りたいという強い思いで、敵機にビームを打ち込む。しかし、その攻撃に耐えたアプサラスはミケル機に機種を向ける。それを阻止しようとするシローのガンダム。巨体に取り付いたシローの機体は、そのまま彼方へと姿を消すのだった……。
アプサラスIIに取り付いたシローの乗るガンダム。一瞬漏れ聞こえた敵機のパイロットの声がアイナのものだと確信したシローは、彼女に接触を試みる。山岳地帯の上空に停止したアプサラスIIの装甲の上をはい上がるシローの予想通り、コックピットハッチを開いて姿を現したのはアイナだった。宇宙で出会い、互いに惹かれ合った時と同じように、再び生還するべく力を合わせる二人。だが、再び安定を失ったアプサラスIIは、山岳部へと降下していく。斜面に落下するアプサラスIIを止めようとするガンダムだが、巨体を抑えきることができない。アイナは、シローだけでも脱出するように訴えるが、彼は一緒に生き残ることを訴える。ガンダムのリミッターを解除し、フルパワーを発揮させながら、シローはアイナへの想いを叫ぶのだった。 「アイナー！ 好きだー！」 そして機体は、奈落に落ちる直前に停止する。しかし次の瞬間、ガンダムの足もとの崖が崩れてしまう。落下の最中、なんとか脱出したシローだったが、猛吹雪に巻き込まれ意識を失ってしまった。サイド２での悲劇の悪夢から目覚めたシローの目の前には、アイナの姿があった。アイナに命を救われたシローは、自分の複雑な心境を語る。そしてたとえ、ジオンと連邦に別れていても、互いの思いが同じであることを二人は知るのだった。 戦いの最中に訪れた、二人だけの時。しかし、互いの距離をより縮めた二人の前には、再び戦争という現実が立ちはだかるのだった……。
雪山での遭難から救助されたシローを待っていたのは、スパイ容疑による軍上層部の査問会議だった。一方、アイナもギニアスからシローとの親密な様子を問いただされる。別の場所にいながら、シローとアイナは同じ思いを口にする。 「敵見方に分かれて戦っていても、いい人間はいる。それがこの愚劣な戦争での唯一の希望だ」 一方、ヨーロッパで行われたオデッサ作戦は、連邦軍が勝利。ジオンの敗残兵たちの一部は東南アジア方面へと向かっていた。そんな最中、キキのいるゲリラの村にも小破したザク３機が現れた。このザクの小隊を率いるトップは、攻撃の意志のないことと食料提供をキキたちに伝えるのだった。そして、この状況を知ったシローは、村を救出すべく謹慎命令を破って出撃する。村では、小隊のひとりであるアスが、食事を与えようとしたキキに乱暴を働いたことがきっかけとなり、ゲリラとザクによる戦闘が始まってしまう。村を襲うザクの銃弾。犠牲者が出たことで怒り、パイロットを殺そうと猛るゲリラたち。 被害を最小限に抑え、ジオン兵をも救おうと生身で立ち向かうシロー。しかし、暴徒と化したゲリラたちを制止することはできず、ザクのパイロットたちの命は奪われてしまう。結局、何もできなかったシローの前には、戦場における残酷な現実だけが残るのだった……。
回収したアプサラスIIの残骸から、その恐るべき攻撃力を知った連邦軍は、コジマ基地の総力を挙げたジオン軍秘密基地の殲滅戦を開始する。そして、シローの謹慎も解け、負傷していたエレドアも復帰することでフルメンバーが揃った08小隊も、空挺降下による敵基地の所在を特定するという任務を受けて出撃していた。 初めてのパラシュート降下に緊張するカレンは、ミデアから射出された直後、運悪くジオンのオデッサから撤退中のボーン・アブストが指揮するガウ攻撃空母と空中接触してしまう。そこにシローの乗るガンダムEz8が追って降下。ガウへの発砲停止を勧告し、無為な戦闘は回避された。一方、無事に地上へ降り立ったカレンだったが、湖に潜んでいたアッガイの奇襲に合い搭乗していた機体の頭部を破壊されてしまう。エレドアの機転によって、危機をなんとか退けたものの、任務からは離脱することに。 その頃、集結地点であるギニアスの基地に到着したアブストは、部隊の撤退の時間を稼ぐためにマゼラ・アタック隊を指揮することを志願し、08小隊を足止めする作戦を展開。サンダースと共に任務を続行するシローたちへ待ち伏せ攻撃を行う。敵との交戦に逡巡するシローに心理戦を仕掛けるアブスト。しかし、攻撃によって倒れたサンダース機を見て、シローは迷いを振り切る。 「連邦のためじゃない！ それでも仲間のためなら戦える！」 猛然と攻撃を仕掛けたるEz8。しかし、そんなシローの高度をよそに、時間稼ぎを終えたアブストはシローに敬礼をしながら撤退を開始。裏をかかれたシローは、思わず大声をあげて笑うのだった
ギニアスの秘密基地に対して、総攻撃を開始した連邦軍だったが、その攻略は難航していた。攻撃隊を指揮するイーサン・ライヤーは、アプサラスを取り逃がす失態を避けたいがために、兵の命をいとわない方法さえもとろうとするのだった。一方、ジオン基地の内部では宇宙への唯一の撤退手段であるザンジバル級の戦艦ケルゲレンの発射準備が進められていた。一人でも多くの兵を宇宙に帰すべく、奮闘するアイナの姿に心を打たれたノリスは、ケルゲレンを無事に送り出すために１人出撃する。アイナは、その後ろ姿を止めることができずに見送るのだった 一方、08小隊はケルゲレンの脱出ルート上に配置されたガンタンク部隊の護衛任務についていた。ケルゲレンの脱出の障害となるガンタンクを排除すべく、08小隊の前に現れるノリスのグフ・カスタム。カレンとサンダースを手玉にとり、圧倒的な強さで２機のガンタンクを撃破していく。そして、残る１機のガンタンクを倒すべく、それを護衛するシローのガンダムEz8に迫る。百戦錬磨のノリスに圧倒されるシローのEz８は、ヒートロッドによる攻撃で行動不能に陥ってしまう。シローを盾にされ、手出しできないカレンとサンダース。動きの止まった機体の中で、自分の弱さ、そして仲間とアイナのために生きたいと思う気持ちに至ったシローは、機体を回復させ反撃に移る。 「オレは生きる！ 生きてアイナと添い遂げる！」 その言葉から、アイナの思い人がシローであることを知ったノリスは、その運命に感謝する。そして、ケルゲレンを脱出させるというアイナの思いを実現させるべく、残り１機
「みんな聞け、俺は軍を抜ける」 頭上に姿を現したアプサラスIIIの姿を確認したシローは、08小隊のメンバーに自分の思いを告げ、アイナを止めるべく仲間に背を向けた。その姿に銃口を向けるカレン機。シローの離脱を予想したライヤーは、カレンに行動に出たときは命を奪うよう命令していたのだった。しかし、カレンはシローを撃つことがでず、その背中を見送るのだった。 一方、アイナはケルゲレンの脱出のために連邦軍に休戦を提案するが、それを疑問視するライヤー。アイナは、その疑問に対する答えとして、コックピットハッチを開けて自分の身を敵にさらすのだった。 攻撃が絶える中、宇宙に向けて発進するケルゲレン。しかし、ライヤーはアイナの行動の答えとして、ジムスナイパーによる射撃部隊に命令し、ケルゲレンを撃墜させる。 「目を覚ませ！ そして見ろ！ これがお前の理想の生け贄なのか？」 ギニアスの言葉に煽られ、ライヤーの卑劣さに怒り攻撃を行おうとするアイナ。その時、目の前にシローの機体が目に入った。我に返ったアイナは、攻撃を続けようとするギニアスと対峙する。アイナの言葉を聞かず、妄執にとりつかれたギニアスは、妹に向かって銃を向けた。弾丸はアイナの胸を直撃し、彼女は宙に舞った。それを救うシローのEz-8。互いに傷つきながらも、二人は戦場で再会を果たすのだった。 連邦軍を殲滅しようと行動を開始するギニアス。シローとアイナは、ギニアスを止めという目的のもと、三度共に生き残るために、全てを終わらせるための戦いに挑むのだった……。
一年戦争終戦後、連邦軍を除隊したミケルは、キキと共に東南アジアの河川を遡っていた。彼らは、消息を絶ったシローの行方を08小隊のメンバーに代わって探し続けていたのだ。 その日二人は、河に不時着したコムサイを発見する。内部には人が住んでいた形跡が残っている機内をその日の寝床に決めて夜を明かす。しかし、翌朝目を覚ますと彼らは両手両足を縛られた軟禁状態となっていた。３人の子供に導かれて移動するキキとミケルは、丘の上に立つ小屋へと連行された。そこには、ジオンの軍服を着た少年をリーダーに、数人の子供たちの姿があった。リーダーの少年に詰問され、名乗った二人に対して同様する子供たち。キキは彼らの情況を見て連邦軍に投降することを勧めるが、受け入れられずその日も離れに監禁されるのだった。 翌日、縄から逃れた二人は、包帯だらけの少女の遺体を埋葬しようとする子供たちの姿を発見する。埋葬を無感情に淡々と行う子供たちに、キキは遺体を花で満たす方法を教える。葬儀の最中、遺体となった少女の名前をミケルが尋ねると、リーダーの少年はアイナであると答え、さらにシローも死んでここに眠っていると告げられる。 キキの歩み寄りに次第に心を開いていく子供たち。そして、夜になりキキとミケルはシローが眠るという墓を暴いていると、子供たちから事実が伝えられる。そこには、誰もいない……と。 コムサイで地球に降下した子供たちは、この地でシローとアイナの二人に出会ったこと、そして二人が子供たちに何を教えていったのかを語り始めるのだった……。
