Genova: il Prefetto mette Masantonio a capo della nuova Sezione Scomparsi. I primi casi riguardano una giovane volontaria ed un commerciante appena uscito di prigione.
Le indagini su un bambino e su una neomamma portano Masantonio a ripensare al proprio passato e a riflettere: cosa succede a chi resta quando una persona scompare?
Elio Masantonio indaga sulla scomparsa di Thiago, un bambino di origini peruviana che abita a Begato e che è scappato dopo l'allenamento di calcio. Elio è costretto a riflettere su alcuni aspetti della sua infanzia e sui perché delle scelte che ha fatto rivedendosi in Thiago. Tramite un compagno di classe del bambino si arriva al rifugio dove si è nascosto con la sua tenda poiché preso di mira per via delle sue origini.
Per Sandro Riva, è il rompicapo più complesso. Un nuovo caso sembra offrire la possibilità di scavare nel passato di Masantonio e squarciare il velo di mistero che lo avvolge. Alberta Comini è scomparsa abbandonando la figlia di diciotto mesi e la madre malata ma ogni pista plausibile sembra finire nel nulla fino a quando Elio Masantonio e Sandro Riva risalgono alla madre biologica di Alberta, Paola Simone, che la aveva data in adozione da neonata e con la quale si è ricongiunta in gran segreto perché in crisi esistenziale.
Le indagini portano Elio Masantonio e Sandro Riva in una vecchia casa di campagna, sulle tracce di un brillante fisico, Biagio Marcenaro, con molti segreti da nascondere.
Alla ricerca di Don Giulio, un prete scomparso nel nulla, Elio Masantonio non può evitare di scontrarsi con un fantasma del suo passato, un'ombra che si è portato dietro per molto tempo e che questa indagine riporterà a galla.
L'ex gloria della Sampdoria, Garnera, torna a Genova dall'Argentina dopo molti anni venendo omaggiato dai suoi vecchi tifosi ma scompare prima dell'incontro con il sindaco. Masantonio però è anche sulle tracce della signora Margherita, vedova di un noto armatore genovese e presumibilmente malata di alzheimer, e collega i casi scoprendo che i due scomparsi avevano avuto una relazione negli anni sessanta.
Elio Masantonio, grazie al rapporto con la nipote, prende a cuore la scomparsa di Luca Pirone, un ragazzo problematico che viveva in una casa famiglia e che sembrava essere cambiato grazie a Fatima, la sua fidanzata.
Elio Masantonio è sulle tracce di Amedeo, un pendolare fisso che è sparito sulla linea Genova-Casella. Il caso porta Elio a rivivere la propria adolescenza. Per anni, ha preso il treno Genova-Casella, affollato di pendolari, ascoltando ed aiutando ognuno di loro.
Masantonio deve affrontare il caso più difficile di sempre: sua nipote, Tina, è scomparsa. Roberta colpevolizza il fratello: se lui non fosse mai tornato, tutto questo non sarebbe successo. Elio Masantonio comincia a indagare nella vita della nipote: interroga la migliore amica, le compagne di squadra, il padre di Tina.
