春風どれみは魔女にあこがれる美空小学校の３年生。ある日、魔女になりたいと本気で悩んでいると、呼ばれるようにして一軒の不気味な魔法グッズ店「マキハタヤマリカの魔法堂」の前にやって来てしまいます。 そこで店番をしていたお婆さん「マジョリカ」を見たどれみは、マジョリカこそ本物の魔女だと言い当ててしまいました。そのせいでマジョリカは突然マジョガエルの姿に変身。なんと魔女は、正体を見破られるとマジョガエルにされてしまうのでした！ マジョリカを元の姿に戻すために魔女見習いにされてしまうどれみですが、夢がかなったことで逆に大喜び。魔法のタップを与えられると、魔女見習い姿に変身してさっそく町へと飛び出してしまいます。 学校のグラウンドにやって来たどれみは、サッカー部の試合に出くわしました。その中に憧れの五十嵐先輩を見つけると、魔法で時間を止めて試合を有利にしようとします。でもまだ慣れない魔法に、思わず正体がバレそうになるなど大騒ぎ。マジョリカはそんなどれみに「おまえは邪魔なだけの魔女、おジャ魔女だ」と言うのでした。
どれみの幼なじみで親友の藤原はづきは、「いや」と言えない気の優しい女の子。洋服の見立てから身の回りのことまで世話を焼きすぎるお母さんにうんざりしているものの、良かれとしていることだけに「いや」と言えずいつも言葉を飲み込んでいました。 そんなはづきの悩みを聞いたどれみは、魔法で解決してあげようと思いつきます。そしてどれみの性格を羨ましがるはづきを魔法で自分に変身させ、どれみ自身ははづきに変身。お互いの家に帰って交換生活をしようと考えます。 でもはづきは、まるでケンカでもしているかのようなパワフルなどれみの両親にちょっぴりボーゼン。一方のどれみも、慣れないお嬢様キャラクターを演じなければならず四苦八苦です。 まったく違う家庭環境に振り回されたどれみとはづきでしたが、入れ替わってみて両親が本当に自分を心配してるんだと気づきます。そして魔法が切れた二人は元の家へと戻ったのでした。
転校してきたナニワっこのあいこは、思ったことをそのまま口にするので、最初はとまどってしまうどれみ達でしたが、あいこの人柄の良さを知りすぐに仲良くなりました。
魔法を見られてしまったたどれみは、マジョリカの勧めもあり、はづきとあいこと3人で魔女見習いになることになりました。
