18世紀、革命前夜のフランス。国王ルイ15世の御世。ヴェルサイユは栄光に輝き、セーヌ河の偉大な流れとともに、パリは美しくもおぞましい混沌に満ちていた。ある夜明け、一人の女性が亡骸となって、セーヌ河を流れ着く。彼女の名はリア・ド・ボーモン。棺桶の蓋には謎のアルファベット――“PSALMS”（＝詩篇）が刻まれていた。
異形の怪物《ガーゴイル》を前に、デオンは窮地に立たされる。その時、彼の身に舞い降りる姉＝リアの魂。魂を受け入れ、リアの姿に変身したデオンは、圧倒的な剣術でガーゴイルを斬り倒す。だが、元の状態に戻ったデオンは、リアの姿でいた時間の記憶を失っていた。
仲間になったばかりのデオン、ロビン、デュラン、テラゴリーの前に《ガーゴイル》が襲い掛かる。それぞれの力を発揮し、四銃士はその大群を退け、ついに事件を陰で操る《詩人》カロンを捕らえた。詩人にはガーゴイルを創造し使役する力があるようだった。しかし、デオンは生来の心の優しさからカロンの尋問に徹しきれない。彼を嘲るかのように残虐な拷問を行うデュランに不信が募っていく。その夜、デュランは仲間たちの目を盗み、カロンを逃がすのだった…。
四銃士の動きに対して、オルレアン公が動き出す。サン・ジェルマン、カロン、さらには謎のロシア人・ボロンゾフといった《革命教団》のメンバーと共に―。同じ頃、デオン一行も事件の背後にフランスの革命を狙う革新派の存在があることを突き止める。そして、ルイ15世からは、リアが国王直属の秘密組織《機密局》の一員としてロシアに渡ったことが明かされる。デオン一行は事件の鍵を握るボロンゾフの追跡を開始するが、彼らの前には再び《詩人》が立ちはだかる！
年に一度の復活祭が訪れた。デオンは許婚でありリアの良き理解者でもあったアンナと共に、思い出の地ロンシャン村を訪れる。束の間の休息を楽しむ2人は、教会でそれぞれの逡巡と葛藤を告解する。だが、帰り道でデオンは偶然ボロンゾフの姿を発見する。アンナを残し後を追うデオン。人ごみの中でボロンゾフと対峙したデオンは、彼の言葉に衝撃を受ける。一方、国王ルイ15世は革新派で叔父にあたるオルレアン公の元を訪れていた。
国王ルイ15世より、デオンたちには新たな任務が与えられる。ただし、それはさらなる王命に従う覚悟のある者に限るとのこと。約束の期限まで、それぞれに思い思いの時間を過ごす。デオンは王妃マリーの元を訪れた。リアの魂が彷徨っている理由を知り、犯人を見つける手がかりを掴むためだ。マリーに命じられるまま、リアの形見のドレスに身を包んだデオン。その肉体に宿ったリアは一つの真実を語る。
デオンたち四銃士は国王ルイ15世の命を受けロシアへと向かう。目的はボロンゾフに奪われた《王家の詩》を取り戻すこと。そこにはフランスの未来に関わる秘事が記されているらしい。かつて姉の辿った道を踏みしめながら、デオンはリアの死の謎を解く決意を新たにする。ドイツの西部、ケルンにたどり着いた4人は宝石商を装い宿に泊まる。そこに近づいてき旅の行商人の正体は、サン・ジェルマン伯爵からの刺客、《錬金術師》カリオストロ伯と、彼に仕える凄腕の美少女《詩人》ロレンツィアだった。
ボロンゾフを追うデオンたちは、長い道程を経てついにロシアのサンクトペテルブルクにたどり着いた。デオンはロシアの女帝エリザヴェータに謁見し、国内での活動許可を得るために、男性が女装を、女性が男装を行う仮装舞踏会に潜入する。その陰で、デオンたちを追うカリオストロとロレンツィアもまた静かに動き始めた。2人はボロンゾフに近づき、ロシアの大宰相ベストゥージェフに取り入ろうとする。そこに謎の男マクシミリアンも現れるのだった。
仮装舞踏会への侵入を果たしたデオンとロビン。2人は女帝エリザヴェータからの信頼を勝ち取ることに成功する。エリザヴェータとリアは共にロシアの改革を志した旧知の仲だった。デオンの想いを理解した女帝は、かつて自分に仕えていたボロンゾフを捕らえることを許可する。一方、女帝暗殺を企てるベストゥージェフとボロンゾフは計画を実行に移しつつあった。それぞれの思惑は交錯しながら、ある場所へと集結する。
デオンたち4人の活躍により、ロシアは束の間の平穏を取り戻す。デオン一行はボロンゾフの捜査を再開することに。そのボロンゾフは《詩篇の力》を獲得し、自分の信じる貴族としての道を歩み始める。エリザヴェータの帝位が安泰するかに見えた頃、彼女の甥にあたるピョートル3世はいまだ王の座を諦め切れずにいた。そんな彼の元へ《王家の詩》の獲得を目指すマクシミリアンが近づく。やがて思いも寄らない悲劇がロシアを包みこむ。
ボロンゾフからの決闘の申し込みを受けて、デオンは戦いに挑む。その最中ボロンゾフより語られる《革命教団》の理想、《リア殺害》の秘密、そして《王家の詩》の謎。だがリアの降臨を経た激しい戦いの末に、決着は持ち越される。哀しみに暮れるロシア国内では自らの野望へと邁進するピョートル3世に対抗すべく、その妻・エカテリーナがデオンたちに国の未来を賭けた秘策への協力を求める。風雲急を告げるロシア編クライマックス。
再び剣を交えるデオンとボロンゾフ。詩篇の力に蝕まれ正気を失いつつあるボロンゾフは、リアを殺した犯人が自分ではない事を告白する。一方で、暗躍を続けてきたマクシミリアンがついに《王家の詩》を手に入れる。彼は《革命教団》の本拠地であるイギリスへと渡った。ロシアの政変が終局を迎える傍らで、デオンたち4人もまた全ての鍵を握るマクシミリアンを追って、その地を目指すのだった。
ロンドンへ辿り着いたデオンたちはまず、元機密局員で、現在の全権大使であるゲルシイ伯爵に接する。彼の提案により、4人はロバート・ウッド英国外交補佐官の持つ機密文書を奪うための作戦を練る。機密文書を手に入れれば、イギリスに蔓延る《詩人》の動きを掴めるからだ。ロバートに会うために女装し、宮廷に赴いたデオンを待ち受けていたのは英国王妃メアリー＝シャロットだった。
繰り返しデオンの脳裏をフラッシュバックするリアの記憶。その多くが機密局員であった頃のマクシミリアンとの思い出だった。リアの本当の望みは、願いは何なのか。苦悩するデオンをよそに、フランス大使館では夜会が行われる。王妃メアリーとロバート外交補佐官を招いた機密書類を奪うためだけの秘策だった。夜会は滞りなく進み、デュランとロビンは機密書類を手に入れる。だが、その書類には驚愕の秘密が記されていた。
久々にデオンの元に届いたアンナからの手紙には、フランス国内での革新派の動きや、不安な宮廷の様子が書かれていた。デュランの元には国王ルイ15世からの書簡が届く。そこに記された密命がデュランを苦悩と葛藤の底へと叩き落していく。さらにはロバートの機密書類を覗き見た代償として、4人は《革命教団》の《詩人》ホワイトヘッドと、英国兵士たちから追われる身となっていく。
追われる立場からの脱却を図るデオンは、単身王妃メアリーに謁見する。全てを見透かしていたメアリーはデオンたちへの嫌疑を取り下げる交換条件として、英国議会に根を張った革命教団暗躍の確固たる証拠を得る事を提示する。そしてメアリーはデオンの目の前で、自らの驚くべき秘密を明らかにする。一方、マクシミリアンはイギリスとフランスの開戦をしかけるため、国王ジョージ3世やゲルシイ伯爵と接していた。
フランスの《革新派》が計画する陰謀の重大な証拠を手に入れたデオンたち。しかし、追われる立場のままではそれをフランス本国のルイ15世に伝えることはできない。意を決した4人は《王家の詩》を奪い返し現状を打破するために、マクシミリアンの待つ革命教団の本拠地・メドメナムを目指す。そのテムズ湖畔の聖地では《王家の詩》を手に帰還したマクシミリアンを教団の首魁であるダッシュウッド卿が出迎えていた。
メドメナムに向かうデオンたち一行を、チャールズ牧師と修道士の一団が襲う。その最中、デオンにリアが降臨。詩篇を詠唱する事で大群を一気に退ける。暴走して周囲にあるもの全てを破壊するデオン＝リアを必死で止めるロビンとテラゴリー。正気を取り戻したデオンはマクシミリアンがリアを呼んでいると呟く。その言葉を裏付けるかのように、聖地メドメナムの信徒たちはデオン＝リアだけを無条件で最奥部へと招くのだった。
ついに書類と「王家の詩」を手に入れたデオンたち四銃士は、フランスへの帰還準備を始める。書類には王の権威を守るためにイギリスが計画した戦争の詳細がつぶさに書かれていた。4人が書類窃盗の罪を免れる良い材料だった。デュランはロビンに壊れた懐中時計を託し、書類と「王家の詩」を持って一人夜の闇へと消える。残された3人は彼の真意を測りかねるのだった。
イギリスではゲルシイとサンドイッチ、ジョージ3世が失脚し、フランスではポンパドール夫人を中心とする革新派が窮地に立たされていた。まるで仕組まれていたかのように世界の勢力図が塗り換わっていく。幾人もの犠牲を払いながらも任務を果たさなければならない「騎士」という生き方に、ロビンは反発し…。そして、デオンは「王家の詩」を手に、一路フランスへと向かう。
デオンたちの活躍でフランスはイギリスとの戦争を回避した。アンナの元にはデオンからの手紙が届く。デオンがフランスに帰ってくると。そして、これからは自分の傍に居てくれると…。喜びに満ち溢れるアンナ。だが、フランスへとたどり着いたデオンはオルレアン公の手で拘束されてしまう。オルレアン公の治めるパレ・ロワイヤルでは演説家たちが民衆を扇動し、国王軍との戦闘を始めようとしていた。
ポンパドールがフランスのために始めた革新は潰えようとしていた。追い詰められたサン・ジェルマンは次期国王であるオーギュストを狙う。一方、デオンとロビンは、ついに王妃マリーの元に《王家の詩》を届けることに成功する。そこに描かれた、リア殺害に端を為す壮大なドラマの背景は残酷な悲劇に彩られていた。フランス宮廷を舞台に守旧派と革新派、最後の戦いが始まる。
デオンのプロポーズを受け入れたアンナは返事を書く。今はただ、穏やかな気持ちでデオンの存在全てを受け入れると。ロビンは現在のフランスと「騎士」への疑問を抱き始め、マクシミリアンの思想に傾倒していく。変革の波が押し寄せる中、ルイ15世は玉座の前で孤独を噛み締める。そして、ついにデオンは自らの意思で《王家の詩》を開く。フラッシュバックするリアの記憶共に、全ての真実が明らかとなるのだった。
フランス、ロシア、イギリスと続いた長き旅を終え、リアとデオンの魂は完全なる融合へと導かれてゆく。《王家の詩》が歴史に秘められた真実を明かす中、デオン＝リアとマクシミリアンは、全ての始まりだったヴェルサイユの庭園で再会を果たす。リアの魂に冥福は訪れるのか？デオンとロビンの運命は？様々な人々の思惑と歴史の運命に翻弄され、フランスの一つの時代が終わる。
