藤堂家への復しゅうを果たし雲霧仁左衛門（中井貴一）が姿を消して１年。江戸では雲霧を名乗る残虐な盗賊一党が世情を騒がせていた。これを偽者の仕業とにらんだ安部式部（國村隼）が偽雲霧捕縛を命ぜられるが、この騒動は仁左衛門をおびき出そうとする藤堂家江戸家老・磯部主膳（春風亭小朝）の策略だった。再び集まった雲霧一党は偽雲霧の正体を暴こうとするが、お千代（内山理名）が捉えられてしまう。その窮地に現れたのは…。
仁左衛門（中井貴一）への復しゅうを誓う磯部（春風亭小朝）は、関口（板尾創路）に雲霧一党の隠れ家を襲わせ、藤堂家を探ってきた定七（モロ師岡）が命を落とした。敵を討つべく盗（つと）めを再開した雲霧は、磯部の資金源となっている大店を狙う。動きに気付いた式部（國村隼）は雲霧を追うが、仁左衛門は新たに仲間に加わった大工小僧七松（大東駿介）の腕を生かして偽の奉行所を作らせ…。
仁左衛門（中井貴一）の次の標的は味噌醤油を扱う大店・豊田屋。だが金は特注の錠前がつけられた味噌醤油蔵にあり、容易に手が出せない。雲霧の狙いが藤堂家懇意の大店にあると察知した式部（國村隼）は、配下の高瀬（松田悟志）を職人として豊田屋に潜入させる一方、七松（大東駿介）に幼なじみのおさき（松井玲奈）を近づけて動きを探る。おさきが密偵であることを見抜いた雲霧はおさきに偽りの押し込みの日取りを握らせ――。
仁左衛門（中井貴一）の次の狙いは丸子屋。様子を探る雲霧一党の伝次郎（近藤芳正）は、店で働くおなみ（櫻井淳子）を見かけ、動揺する。おなみは伝次郎の昔の盗人仲間で、別れた恋人だった。夫に先立たれ、ひとり娘・お志乃（春本由香）の祝言のために、再び盗賊の引き込み役をしていた。金の所在がなかなかつかめないことに苛立つおなみの頭・平助（森下能幸）は、おなみ母娘を人質に伝次郎から金のありかを聞きだそうとする。
安部式部（國村隼）は以前捕えた雲霧一党の富の市（渡辺哲）とおかね（黒沢あすか）をあえて死罪でなく遠島に処し、奪還に来るところを一網打尽にする作戦に出る。仁左衛門（中井貴一）はこの挑戦を敢えて受けるが、江戸市中での計画はハプニングが起きて中止のやむなきに至る。最後のチャンスとなる浦賀での出航待ちの夜、偽の人別帳を紛れ込ませて番所を混乱させた一党はふたりの救出に成功するが、式部は逃走経路を読んでいた。
雲霧一党を救ったのは大盗賊・暁星右衛門（柄本明）だった。星右衛門は仁左衛門（中井貴一）に最後の大仕事への協力を頼む。狙いは日本橋・松井屋。かつて仁左衛門がことを急いで満月の夜に押し込み、兄貴分の星右衛門に傷を負わせてしまった因縁の大店だ。他の組織とは組まない仁左衛門だが押し込み先の名を聞いておとり役を引き受ける。だが安部式部（國村隼）は過去の記録から、真の狙いがかつて盗みに失敗した松井屋だと気付く
雲霧一党はかろうじて火盗の手を逃れる。暁星右衛門（柄本明）が仁左衛門（中井貴一）を裏切ったのは、藤堂家の藩医となっていた息子の立場が危うくなると磯部（春風亭小朝）に脅されていたためだった。星右衛門は一万両の受領と息子の身分を担保する証文を受け取るが、磯部の命を受けた関口（板尾創路）に殺されてしまう。一方、火盗の一員・高瀬（松田悟志）の道場に潜り込んだおよう（朝倉あき）は関口の正体に気付き――。
藤堂家当主・和泉守（田口浩正）が江戸に入り、盛大な茶会が開かれることになった。実は茶会とは表向き。手土産に忍ばせて、老中たちに賄賂を渡すのが磯部（春風亭小朝）の狙いだった。仁左衛門（中井貴一）がこの日を狙ってくると考えた安部式部（國村隼）は、部下をあやめた関口（板尾創路）の引き渡しと雲霧からの警護を申し出るが、磯部にはねつけられる。磯部もこの日に雲霧が来ると読み、兄の復しゅうを果たそうとしていた。
盗賊一党と火付盗賊改方の攻防を描くシリーズ第4弾。盗賊・雲霧一党の首領・仁左衛門（中井貴一）が盗みの狙いを定める中、火付盗賊改方長官・式部（國村隼）は雲霧の動きを読み、主な米問屋に見張りを付ける。一方、世間では将軍・徳川吉宗の落胤を名乗る謎の男・天一坊（永山絢斗）が現れ、騒ぎになる。
伊勢屋に入った仁左衛門（中井貴一）らは待ち伏せしていた式部（國村隼）らの捕縛を何とか逃れる。一方、天一坊（永山絢斗）は幕府から、御落胤であることを認められる。しかし、後見人の大膳（佐野史郎）と柏屋の清兵衛（イッセー尾形）が浪人から多額の金を集めていると知り、天一坊は不信感を抱き始める。
雲霧一党の熊五郎（手塚とおる）は、かつての奉公先の娘・静（星野真里）を助けるため、正体を明かさず自分の金を渡す。一方、天一坊（永山絢斗）が偽の御落胤であることを突き止めた式部（國村隼）は、天一坊と彼の後見人・大膳（佐野史郎）を追っていた。仁左衛門（中井貴一）は、天一坊に逃げるよう伝える。
仁左衛門（中井貴一）は柏屋清兵衛（イッセー尾形）が米相場をつり上げていることを確信し、盗みの狙いを柏屋に定める。火付盗賊改方の厳重な警備の中、雲霧一党は柏屋から金を盗み取ることに成功。しかし、式部（國村隼）は舟で逃げる仁左衛門らに向かって、捕らえた静（星野真里）を見せる。
雲霧一党の熊五郎（手塚とおる）は無実の罪を着せられた静（星野真里）を救うため、火付盗賊改方の役宅に乗り込み捕らわれてしまう。式部（國村隼）は仁左衛門（中井貴一）をおびき寄せるために熊五郎を市中引き回しにすることを決定。引き回し当日、熊五郎を乗せたかごが進む中、見物客のいさかいが起きる。
柏屋清兵衛（イッセー尾形）が営む両替商から金を盗むことに成功したように見えた雲霧一党だが、お千代（内山理名）が同心に見破られてしまい逃走。金は火付盗賊改方の役宅に保管されてしまう。盗みの失敗に責任を感じたお千代は、金を盗み返そうと火盗改への侵入を仁左衛門（中井貴一）に直訴する。
式部（國村隼）は、仁左衛門（中井貴一）の標的は不正の黒幕である安藤（小野武彦）だとにらみ、安藤の屋敷を警備する。安藤家の蔵に侵入した雲霧一党はわなにかかるが、どうにか金を盗むことに成功。安藤は自らのわなの暴発で絶命する。そんな中、式部は、お千代（内山理名）を手当てする仁左衛門を発見する。
大盗賊・雲霧仁左衛門（中井貴一）とその一党が、突如現れたのは京の都であった。京は、およそ１００年振りの将軍上洛の報せに賑わっていた。将軍上洛の為に、江戸から京へ運ばれたのは御用金１００万両。この機会に公家たちに近づき大儲けを企むのは、京の大店・今津屋を取り仕切る女将のおつる（原田美枝子）だ。そして、仁左衛門と時を同じくして京へ乗り込んだのは、火付盗賊改長官の安部式部（國村隼）であった。
京の商人たちから金を騙し取っていた公家の竜胆（矢柴俊博）の蔵から、その不正な金を盗み出した仁左衛門（中井貴一）と一党が、次に狙いを定めたのは、武家伝奏の中末吉（野添義弘）の蔵だ。中末吉は、御所修繕のために莫大な御用金の中から３０万両を京都所司代・蒼井主膳正（八嶋智人）に要求していた。その中末吉とも裏で繋がっていたのは、今津屋おつる（原田美枝子）とその義弟・次右衛門（池田成志）であった。
雲霧仁左衛門（中井貴一）に蔵を襲われ、共に煮え湯を飲まされた公家の中末吉（野添義弘）と竜胆（矢柴俊博）は、その損失を取り戻すために、幕府禁制の賭博である闘茶会を画策する。その二人の悪事に誘われたのは、今津屋の跡取りである次右衛門（池田成志）であった。大金が動く闘茶会に、目を付けた雲霧一党。さらに、その雲霧の動きを見抜いた安部式部（國村隼）は、一気に賭場へと乗り込むのであった。
闘茶会に関わった公家たちや、今津屋次右衛門（池田成志）の身柄を渡さない京都所司代の蒼井（八嶋智人）に、式部（國村隼）は、何かしらの不審を抱き始めていた。そんな中、仁左衛門（中井貴一）は、次の狙いを次右衛門の店である材木屋に定めていた。今津屋には代々、身内の者以外を店に入れてはならないという「鉄の掟」があった。仁左衛門はその鉄の掟を破るために策を考える。
材木屋今津屋の蔵を襲った仁左衛門（中井貴一）の次なる狙いは、今津屋佐一（小日向星一）の呉服屋であると、安部式部（國村隼）は睨んでいた。しかし、これまで鉄の掟によって、店を守って来たおつる（原田美枝子）は、式部や高坂（寺島進）の忠告に耳を貸さない。そんな今津屋に、十阿弥哲斎（小松和重）という武家茶人が現れた。裏で繋がる所司代の蒼井（八嶋智人）からの入れ知恵であった。
いよいよ今津屋おつる（原田美枝子）と所司代・蒼井（八嶋智人）の、黒い繋がりに確信を持ち始めた安部式部（國村隼）は、一計を案じ、蒼井の元に探りを入れる。当然、素知らぬ顔を決め込む蒼井は、江戸から届いた御用金の追加金で、さらに私腹を肥やそうと企んでいた。そして誰よりも早く、その報せを手に入れていた仁左衛門（中井貴一）の狙いも、追加金に向けられていた。果たして蒼井が、その追加金を預けた先とは。
太平の世が続く享保の頃、高利貸しで暴利をむさぼり、武士よりも力を持ち始めていたのは、札差連中であった。その札差たちの間で流行していたのは、武士の魂ともいうべき刀の収集であった。汚れた金を狙う大盗賊・雲霧仁左衛門（中井貴一）と一党が狙いを定めたのは、江戸一番の札差と言われる大熊屋の蔵であった。一党のおもん（遠藤久美子）を大熊屋に潜らせた仁左衛門であったが、そこで待っていた大熊屋の正体はなんと…
大熊屋三太夫（伊武雅刀）によって、仲間を斬り殺されてしまった雲霧仁左衛門（中井貴一）は、その無念を晴らすために、大熊屋の持つ名刀・数珠丸恒次を盗み取ることを決意する。仁左衛門の狙いを見抜いた火付盗賊改の安部式部（國村隼）は、大熊屋の警護を固めようとするが、老中・平野大和守（中村梅雀）は、何故かそれを許さない。平野に近づき、暗躍していたのは三国屋の女主人・おりょう（観月ありさ）であった。
雲霧仁左衛門（中井貴一）が狙うは、大熊屋（伊武雅刀）の持つ数珠丸恒次。だが、そんな中、別の札差である和泉屋徳兵衛（温水洋一）が、数珠丸恒次を手に入れたという噂が江戸に聞こえ始める。天下に二つとないはずの名刀を、和泉屋に持ち込んだのは、甲府勤番を名乗る柏倉大膳（梶原善）という男であった。和泉屋に狙いを定めた雲霧仁左衛門。そして、その仁左衛門の動きに、安部式部（國村隼）も目を光らせる。
仁左衛門（中井貴一）が、和泉屋から盗み出した数珠丸恒次は贋作だった。それを売った柏倉大膳（梶原善）の裏に、大熊屋（伊武雅刀）の気配を感じ取った仁左衛門は、おもん（遠藤久美子）が遺した言葉を手がかりに甲府へと仲間を送り込む。一方、式部（國村隼）も、甲府勤番を名乗る柏倉大膳に目を付け、甲府へ配下を送り込む。そんな中、式部の元に、良い知恵があると近づいてきたのは、三国屋おりょう（観月ありさ）であった。
数珠丸恒次の贋作作りに関わっていた大熊屋（伊武雅刀）は、老中・平野（中村梅雀）の後ろ盾によって、お咎めなしとなった。なんとしても大熊屋を陥れたい三国屋おりょう（観月ありさ）は、一計を案じ、平野に近づく。平野の命令で二万両が必要となったおりょうは、無慈悲な取り立てを始める。仁左衛門（中井貴一）は、その二万両に狙いを定める。が、仁左衛門を待ち構えていたのは、式部（國村隼）のとんでもない奇策だった。
仁左衛門（中井貴一）を追い詰めた安部式部（國村隼）は、あと一歩という所で病に倒れてしまう。そんな式部に、雲霧打倒のため協力を申し出たのは、大熊屋（伊武雅刀）であった。一方、大熊屋打倒に失敗を重ねた三国屋おりょう（観月ありさ）は、いよいよ破滅への道を歩み始める。そんなおりょうを放っておけないのは、雲霧一党の勘助（片桐仁）であった。仁左衛門は、大熊屋の隠し蔵を探るために再び仲間を送り込むが・・・
大熊屋（伊武雅刀）と手を組んだ式部（國村隼）の策によって、仲間を捕らえられてしまった仁左衛門（中井貴一）。式部と大熊屋は、仁左衛門が仲間を助け出しに来ることを見越し、千載一遇の好機と確信する。だが、仁左衛門は捕らわれた仲間の救出には動かず、大熊屋の隠し蔵を狙うことを決断する。やがて、そんな仁左衛門の思惑に気づいた式部は、病を押して出撃するが、仁左衛門には、その裏をかく更なる策が用意されていた。
見事、大熊屋（伊武雅刀）の隠し蔵を暴いた仁左衛門（中井貴一）だったが、肝心の数珠丸恒次は、すでに江戸城の将軍へと献上された後だった。さらに式部（國村隼）に捕らわれた仲間を奪還する際、伝次郎（近藤芳正）が犠牲となってしまう。だが、仁左衛門はそんな仲間たちのためにも、決して盗みの手は緩めない。老中・平野（中村梅雀）の横領金、さらには江戸城にまで狙いを定める。そして、遂に式部との、最後の決着の時が迫る。
