全世界規模で発生した災厄「ブラックアウト」により両親を失った森先化歩は、同じ団地に住む観統エリカによって育てられた。ブラックアウトから7年後、市内で発生している不可解な事件「Ｑ」に巻き込まれた化歩は、そこで謎の少年「らぷらす」に出会う。 らぷらすに連れられた化歩が向かったのは神椿市復興課。ブラックアウトの被害から神椿市を復興させるために作られたセクションだった。 復興課長によって知らされたのは、化歩が「魔女の娘」であり、その歌声には「テセラクター」と呼ばれる怪物たちを浄化する能力があるということだった。 らぷらすと盟約の糸で結ばれた化歩は、神椿市の人々を護るため、魔女の娘としての戦いを始めることになる。
魔女の娘となった化歩は仲間と共に戦いの日々を過ごしていた。 そんなある日、同じ「魔女の娘」である夜河世界が、未来視の能力によって神椿市に危機が迫っていることを察知する。 その直後、実際に参番街にテセラクターの大群が発生。復興課長の指示で、森先化歩、谷置狸眼、朝主派流、夜河世界、輪廻此処の５人の魔女の娘は、それぞれのファミリアである、らぷらす、はすたー、あぐに、あねもす、くーげるを連れ、全員で迎え撃つことに。 しかし、これまでにないテセラクターの連携を前に、魔女の娘たちは分断されてしまう。 敵の狙いを解明するため、単独で参番街の旧大農園に向かった化歩。そこで見たものは、神椿市の隠された秘密だった。
神椿市を護る結界装置、VALISがテセラクターによって突破される。このままでは神椿市民が全滅してしまうことを危惧した復興課長は、VALISの復旧を急ぐ。此処は新しい結界装置を受け取るために離脱。夜河世界は、かつて自分が保護されていた「ヰ世界救済教団」にテセラクターが迫っていることを未来視で察知し、単独で救出に向かう。
VALISの動力源が「魔女の素養者」と呼ばれる生きた人間であることを知った魔女の娘たち。復興課のやり方に納得できない彼女たちは、自らの存在意義を見つめなおすことになる。 一方、化歩たちの様子を見て、そのもやもやを知るために意外な行動をとる復興課長だったのだが……。
