魔女の娘となった化歩は仲間と共に戦いの日々を過ごしていた。 そんなある日、同じ「魔女の娘」である夜河世界が、未来視の能力によって神椿市に危機が迫っていることを察知する。 その直後、実際に参番街にテセラクターの大群が発生。復興課長の指示で、森先化歩、谷置狸眼、朝主派流、夜河世界、輪廻此処の５人の魔女の娘は、それぞれのファミリアである、らぷらす、はすたー、あぐに、あねもす、くーげるを連れ、全員で迎え撃つことに。 しかし、これまでにないテセラクターの連携を前に、魔女の娘たちは分断されてしまう。 敵の狙いを解明するため、単独で参番街の旧大農園に向かった化歩。そこで見たものは、神椿市の隠された秘密だった。
神椿市を護る結界、VALISがテセラクターによって突破される。このままでは神椿市民が全滅してしまうことを危惧した復興課長は、VALISの復旧を急ぐ。此処は新しい結界装置を受け取るために離脱。夜河世界は、かつて自分が保護されていた「ヰ世界救済教団」にテセラクターが迫っていることを未来視で察知し、単独で救出に向かう。 教会では、「魔女」の地位にある望儀贈贈を中心に教団員が立てこもっていた。間一髪で教団員たちを救った世界は、折よく現れた復興課員の助けにより、教会を脱出する。しかし、復興課員が向かった先は安全地帯ではなく、テセラクターに襲撃された第三結界中継点だった。
VALISの動力源が「魔女の素養者」と呼ばれる生きた人間であることを知った魔女の娘たち。復興課のやり方に納得できない彼女たちは、自らの存在意義を見つめなおすことになる。 その中で、谷置狸眼は、神椿市の復興に尽力した父、谷置室長の最期を思い出していた。 狸眼の母や神椿市民を守れなかったことに対して自責の念に駆られた谷置室長は、テセラクターへと変異し、らぷらすに倒された。彼の想いを受けた狸眼は、自分の力で神椿市を護ることを決意するのだった。 一方、復興課のやり方が納得できない化歩たちの様子を見た復興課長は、自らを化歩の姿に模し、化歩たちとともに生活する。その中で「人らしさ」が芽生えた復興課長だったが…。
復興課長が失われたことで監視機能が弱まった魔女の娘たち。それでも市民を護ろうと奔走するが、Qの発生件数は増加の一途をたどる。市内では、行方不明事件に関するうわさが広まり、人々は疑心暗鬼に駆られていた。 指令室から魔女の娘たちのサポートに徹していた此処は、自分が記憶喪失の状態で見つかったときのこと、くーげるとの記憶を思い出していた。 そんな中、行方不明になった妹を捜す守屋然理は、「Dimcode」の書き込みで「魔女が人をさらっている」という書き込みを見る。
セントラル駅前で発生したＱから人々を救助した此処たち。だが、市民たちは逆に彼女たちがこの連続行方不明事件の犯人だと思い込んでしまう。街全体が敵になったことにより、身を隠さざるを得なくなってしまった。 一方、助かった市民の一人・里仲摩琥をきっかけに、人々が連鎖的にテセラクター化し、市内では次々と不可解空間が発生。市内全体が大混乱に陥った。恐怖と怒りに駆られた市民たちは、執拗に魔女の娘を追い詰める。危機が迫ったその時、此処は失われていた記憶と共に、魔法に覚醒する。
取り戻した記憶から、自分がひとつ前の神椿市からやってきたことを仲間たちに告げる此処。「フェノメノン」と呼ばれる神椿市の再生現象。くーげるが残した記憶の卵から、かつて何が起きていたのかを魔女の娘たちは知ることになる。
全世界規模で発生した災厄「ブラックアウト」により両親を失った森先化歩は、同じ団地に住む観統エリカによって育てられた。ブラックアウトから7年後、市内で発生している不可解な事件「Ｑ」に巻き込まれた化歩は、そこで謎の少年「らぷらす」に出会う。 らぷらすに連れられた化歩が向かったのは神椿市復興課。ブラックアウトの被害から神椿市を復興させるために作られたセクションだった。 復興課長によって知らされたのは、化歩が「魔女の娘」であり、その歌声には「テセラクター」と呼ばれる怪物たちを浄化する能力があるということだった。 らぷらすと盟約の糸で結ばれた化歩は、神椿市の人々を護るため、魔女の娘としての戦いを始めることになる。
