明修学苑の庭木の剪定作業を行っていた植木職人のアルバイト・鬼塚英吉（ＡＫＩＲＡ）は昼休み、校内の売店で、売店のおばさん・桜井良子（黒木瞳）と会話をしていると、同校を不当な理由で退学させられたと主張する３人の元生徒が乱入してくる。3人を口汚く罵る教頭の内山田ひろし（田山涼成）を見た英吉は、手助けをするかと思いきや内山田を投げ飛ばしてしまう。その様子を2年4組の男子生徒・吉川昇（中川大志）、同校高校教師・冬月あずさ（瀧本美織）、そして実はこの学苑の理事長である桜井が見つめていた…。
明修学苑の2年4組の担任教師となった鬼塚英吉（AKIRA）は、クラス委員の相沢雅（川口春奈）の謀略とは知らず、不登校の生徒・葛城美姫（西内まりや）を救うため葛城家へ。雅から連絡を受けていた美姫は、警察署長の父親から渡されていた緊急通報ボタンを使って、英吉を留置所送りにする。 一方、英吉が逮捕された事を知った、教頭の内山田ひろし（田山涼成）は「学苑始まって以来の不祥事だ」と騒ぐが、理事長兼校長の桜井良子（黒木瞳）は、冷静に2年4組の副担任・冬月あずさ（瀧本美織）に英吉の引き取りを依頼する。 警察署を出た英吉は、親友の弾間龍二（城田優）が働くカフェで、2年4組の吉川昇（中川大志）と親友で警察官の冴島俊行（山本裕典）から、一連の出来事は美姫の仕業だと知らされるが、「とにかく、美姫を登校させる」と気に留めない。 美姫の不登校が、仕事優先の父親にかまってもらえず、寂しさを抱えていることが原因だと知った英吉は、美姫に「俺がお前のダチになってやる」と宣言し、「素直な気持ちを伝えることが大事」だと説く。英吉の言葉に揺さぶられた美姫は、父親の葛城（尾美としのり）に、素直な気持ちを伝えようとするが、葛城は冷たくあしらう。そんな葛城の態度に憤慨した英吉は、葛城を殴ってしまい、再び留置場へ。
2年4組の桑江遥（高月彩良）は、隠れてデートクラブでアルバイトをしていた。ある日、遥に思いを寄せるクラスメイト・村井國男（森本慎太郎）は、中年男性とデートをしている遥の姿を目撃。翌日、遥に忠告するも、「あんたに関係ないでしょ」と拒絶されてしまう。 その夜、村井が帰宅すると、自宅に鬼塚英吉（AKIRA）が家庭訪問に来ていた。母親のつばさ（吉田羊）に対して鼻の下を伸ばす英吉に憤慨した村井は、英吉がSMプレイに興じる合成写真を作成、翌朝、学校の掲示板に貼り出す。
2年4組の野村朋子（宮﨑香蓮）は、トロくて失敗ばかり。周りからも「トロい」と言われ、自分に自信が持てずにいた。藤吉晃二（山田裕貴）も、家庭の事情から料理が好きな気持ちを押し殺し、高校を卒業したら就職しようと考えていた。 冬月あずさ（瀧本美織）と共に生徒たちの進路指導を行った鬼塚英吉（AKIRA）は、生徒たちの現実主義で夢を持たず、周りの環境に流されるような将来の展望に納得がいかない。 そんな中、朋子に歌の才能があることを知った英吉は、賞金100万円を目指し、朋子にアイドルオーディションに参加することを提案する。
鬼塚英吉（AKIRA）は水泳の時間、堂島誠也（白濱亜嵐）が泳げないと勘違いし、泳ぎを教えようと、堂島の服を脱がす。その結果、堂島の背中に入れられた入れ墨をクラスメイトの前にさらしてしまうことに。堂島は、半年前、暴力をふるって母親・宏美（笠木泉）を家出に追い込んだ一之瀬慎治（高杉亘）に、無理やり入れ墨を入れられていた。 そんな中、冬月あずさ（瀧本美織）の授業中に一之瀬が乱入してくる。一之瀬は、半年前からアパートに帰ってこない堂島を捜しており、やっとつきとめた2年4組で、堂島を出せと暴れだす。
夏休みに入り、鬼塚英吉（AKIRA）が費用を工面できなかった2年4組は、林間学校を学校で行うことに。 そんな中、相沢雅（川口春奈）らは、クラスメイトの鯨川冬美（高良光莉）の悩みを軽くあしらったことをきっかけに、冬月あずさ（瀧本美織）を「担任はずし」の標的にすることに決め、嫌がらせを始める。 なぜ自分が標的にされたのか分からず落ち込む冬月に対し、勅使川原優（矢野聖人）は「教師と生徒は友達じゃない。一定の距離を保つべき」と持論を展開し、優しい言葉をかける。しかし、冬月に背を向けた勅使川原の顔には不敵な笑みが浮かんでいて…。
IQ200の天才児の神崎麗美（本田翼）は、ある日、駅のホームから線路の上に飛び降り、電車を止めてしまう。理事長室に連れられ、内山田教頭（田山涼成）から糾弾されるも、「（計算上）私が轢かれる可能性はあり得ない」と涼しい顔で、全く反省の色を見せない。 帰宅した麗美は、母親から「電車を止めるようなことに頭を使わず、私のために使いなさい。そのために選んだ脳なんだから」と言われて、自分の頭脳しか必要とされていないことに傷つく。 そんな中、鬼塚英吉（AKIRA）が元暴走族だったことがPTAに発覚。残留するには一週間後に行われる全国模試で全国1位を獲らなければならないことに。 困り果てる英吉に、麗美が「私が家庭教師やってあげる」と申し出る。願ってもない申し出に大喜びする英吉。麗美は、本気で頼ってくる英吉に触れ、必要とされていることがうれしくて…。
レギュラー放送時よりさらに鬼アツい鬼塚英吉の人生授業が再び開幕します！ ★ 鬼塚、再び教壇にカムバック！ 最終章で大門による徹底的な管理教育により、存続の危機に瀕した明修学苑。 命の危機にさらされた鬼塚英吉は、子供たちのため、決死の救出劇で明修学苑を守った。 病気療養のために学苑を去ってから数ヶ月、奇跡を呼ぶ男・鬼塚英吉が、完全復活で2年4組に戻ってくる！ ★ VS国会議員！鬼塚が怒りの鉄拳！ レギュラー放送では収まりきらなかったエピソードが、2時間半SPだからこそ実現！ 圧倒的な迫力で、鬼塚英吉の魅力を存分に引き出します！ 原因不明の放火事件で閉鎖の危機に瀕した養護施設「スマイルダック」。 そこで一番の被害にあっているのは、預けられた子供たち… 都市開発絡みの利権が動いていると察知した鬼塚は身勝手な大人の思惑から虐げられる子供たちを守るため、立ち上がる！ ダチの大切さを知った2年4組の生徒達も一致団結。 鬼塚英吉は身勝手な大人から子供たちを守るため、さらには養護施設再建のため日本中を驚かせる破天荒なアクションを起こす！
