新海元（木村拓哉）は国際線旅客機の副操縦士。小さい頃からパイロットになることを夢みていた元は、キャプテン（機長）になることを目指して頑張っている。 ある日、元は、先輩パイロット・水島公作（岩城滉一）とともに副操縦士としてホノルルを飛び発つ。しかし、まもなく成田に到着と思ったその時、大トラブルに見舞われる。着陸の態勢に入った瞬間、機長の水島が突然体調を崩したのだ。元は、瞬時の判断で着陸の操縦を水島に替わって行い、荒い着陸ながらも最悪の事態は免れる。若干の自負とともに機を降りた元だったが、彼の耳に入ってきたのは、「ヘタクソ！」という整備士の声。声の主は、緒川歩実（柴咲コウ）。これが二人の出会いだった。この一件で、元は、監査官《自らもパイロットを務めながら、他のパイロットの監察も行う職》の香田一樹（堤真一）の事情聴取を受ける。「無事に着陸できてよかった」と報告する元を、香田は、「副操縦士に判断する資格はない」と叱責する。 元には、職場での良き相談相手がいた。ベテランのキャビンアテンダント（略してCA）の富樫のり子（黒木瞳）である。彼女の後輩には、パイロットとの結婚を狙う新人CA・深浦うらら（内山理名）や、ベテランの原田美和子（加藤貴子）らがいる。彼女たちＣＡを管理しているのは、真面目一筋のパーサー・太田健三郎（段田安則）だ。そしてある日のフライトでのこと。元はまた大きなトラブルに巻き込まれる…。
新海元（木村拓哉）は監査官の香田（堤真一）から謹慎処分を命じられた。 時間をもてあました元は、フラリと公園に足を運ぶ。 偶然元を見かけた深浦うらら（内山理名）は、ここぞとばかりに元を食事に誘う。元が困っていると、そこに歩実（柴咲コウ）が偶然通りかかる。歩実を恋のライバルだと感じたうららは、歩実に対して挑戦的な態度をとるが、歩実はパイロットになど興味はないとその場を去る。 一週間後、元は久しぶりのフライトに心を弾ませ向かう。が、香田の指示により自分がシフトから外されていることを知る。元は運航監査室にのりこみ、たかぶる感情をなんとか抑え、香田にシフトから外された理由を問う。しかし香田は「君には飛ぶ資格がない」と言うだけ。その上、役員会に元の退職勧告を申請するという。 元が辞めるという話は、またたく間に社内に広まった。機長の内藤ジェーン（竹中直人）やCA達にまで…。噂をきいたうららたちは早速、元のために送別会を開く。 無理やり送別会につれられた元は、席についたとたんなぜやめるのかと質問攻めに合い、うんざり。そこへ偶然、歩実たち整備士のグループも現れ…。
この日元（木村拓哉）は、全日空機911便香港行きのフライトにシフトされていた。機長は内藤ジェーン（竹中直人）のはずであったが、当日の朝、機長が風邪でダウン。急遽、スタンバイの香田（堤真一）が機長を務めることになった。 その日のクルーは、パーサーには太田（段田安則）、CAにはのり子（黒木瞳）、うらら（内山理名）、美和子（加藤貴子）といった顔ぶれ。完璧な仕事を要求する香田機長のフライトとあって、クルーにも緊張感が走る。 離陸5分前、太田からコックピットに、まだ3名の乗客が搭乗していないという連絡が入る。そのお客とは、代議士の小倉（黒部進）とその秘書たちだった。グランドホステスの誘導によって、なんとか離陸予定時刻直前に小倉代議士らは搭乗。香田と元が操縦する全日空機911便は香港にむけて飛び立った。 しかし離陸直後、小倉代議士の様子がおかしいことに、のり子が気づく。ハンカチを握りしめ、しきりに額の汗を拭い、体調に異常があるように見受けられる。気づかいながら声をかけたのり子に、小倉代議士は突然飛行機から降ろせと言い出す。
上海でホテル火災が発生。宿泊客の中には日本人客も含まれており、負傷者もいるようだ。新海元（木村拓哉）、内藤ジェーン（竹中直人）、安住龍二郎（安住紳一郎）ら全日空のパイロットたちはオフィスでそのニュースを見ていた。すると、政府の要請により全日空が日本人負傷者帰国のための特別チャーター便を上海に出すことになったという情報が流れる。誰が飛ぶのだろうと３人が談笑していると、乗員室長から元に呼び出しが…。元は特別チャーター機の副操縦士を任命される。まさか自分が、と驚く元。彼を指名したのは香田（堤真一）であった。同様に、阿部（要潤）や歩実（柴咲コウ）ら整備士たちが召集され、整備作業が急ピッチで開始。負傷者の１人である日本人女性・相馬るり子（西田尚美）の容態などの情報も報告されていく。しかし、スタッフの中でただ１人、のり子（黒木瞳）だけは、上司に告げられたあることによって動揺を隠せずにいた。
海外研修からの帰り、新海元（木村拓哉）、香田（堤真一）、内藤ジェーン（竹中直人）らパイロットは自社の飛行機に乗客として乗っていた。その便のクルーは、パーサー・太田（段田安則）、CA・うらら（内山理名）、美和子（加藤貴子）らが務めていた。忙しく働く彼らの仕事ぶりに改めて感心する元だったが、香田は、うららの接客態度を厳しい目で観察していた。ある乗客が、うららを呼び止めたのだ。その乗客とは、有名バレエダンサーの熊川哲也（熊川哲也）だ。熊川哲也がいると知ったうららは舞い上がり、彼の接客だけに気を取られてしまう。そんなうららの接客態度をみかねた香田はついに席を立ち、うららの腕をつかんでカーテンの奥へ連れて行き、叱りつける。香田による強い叱責に、うららは大声で泣き出してしまう。 後日、太田に付き添われ、うららは客室乗務一課長の久木田（藤田宗久）に謝罪。一件落着かと思われたが…。香田にも謝ってきなさいと促されたうららは、絶対に謝らないと断言。自分のミスは認めるが、皆の前で自分を怒鳴りつけて恥をかかせた香田こそ、反省すべきだと主張する。もし謝罪しなければ名誉毀損で香田を訴えると、うららは息をまく。事態は思いのほか大騒動に発展。普段から冷徹な性格がゆえに味方も少ない香田は、立場的においつめられてしまう。そんな中、彼にシンパシーを感じる歩実（柴咲コウ）は香田の立場を支持。一方元はうららの本音を聞こうと、うららをさそう。そして、うららと元、香田と歩実の二組は、バーで鉢合わせすることに！
副操縦士の新海元（木村拓哉）は北京行きのフライトにシフトされていた。機長は香田（堤真一）。行きのフライトは順調に運航した。 翌朝、帰国便の出発をひかえた元が宿泊ホテルのロビーにおりてくると、なにやら日本人女性がホテルのコンシェルジュともめている様子。その女性は医師の牛島ミサ（石田えり）。彼女は、自分が主治医をつとめる患者の容態が急変したため、その日いちばんの成田行き便のチケットを取って一刻も早く帰国したいと希望していた。元は、全日空の予約カウンターに電話し、自分のフライトでもある北京発成田行きANA906便のチケットを彼女にとってやる。 牛島を乗せたANA906便は日本へむけて離陸。しかし、成田に近づくにつれ天候が悪化し、906便は着陸できずに、成田上空で旋回しながら天候の回復を待つ状況となる。1時間、2時間と時間が経つにつれ、牛島を含めた乗客の苛立ちは増していく。と同時に、元自身も苛立ちを感じていた。 実はこの晩、元は歩実（柴咲コウ）との約束があったのだ。元は、少しでも成田で粘って着陸のタイミングをはかることを提案するが、機長の香田は北海道の新千歳空港に向かうと決定。いつも通り冷静な判断を下す香田であったが、実は香田もこの晩のり子（黒木瞳）と約束をしていたのであった。 思わぬ事件ですっぽかしにあってしまう歩実とのり子は…。 そして、患者を待たせている牛島は…！？
定期的に行われるパイロットの身体検査と監査フライトの時期がやってきた。一定の基準をクリアしなければ乗務停止となる検査とあって、元（木村拓哉）、内藤ジェーン（竹中直人）、安住（安住紳一郎）らパイロットにとっては緊張を強いられる季節である。 元は、グレートキャプテンと呼ばれるベテランパイロット・山上達生（柴俊夫）とともに監査フライトを受けることとなる。監査官は香田（堤真一）。実は山上は、若き日の香田を知っている人物であった。香田が外資系の航空会社から全日空に移ってきた当時、研修の教官をつとめていたのが山上だったという。 離陸も順調に済み、コックピットで山上からそんな話を聞いていたその時、ANA915便は突然積乱雲に入り、機体は激しく揺れはじめる。山上の素早い対応により危機は脱するが、元は自分の読みの甘さを反省することしきり。落とされても仕方がないかと落ち込む。 しかし元の予想とは反し、香田の厳しい監査の目は元ではなく山上にむけられていた。香田は厳しくも非情な監査結果を、自分の師匠ともいえる山上に突きつけ、山上に対する香田の冷徹な判断に元も困惑する。 さらにその後、元は山上から香田の意外な過去を聞くことに…。
元（木村拓哉）から香田（堤真一）の過去を聞いた歩実（柴咲コウ）は、ひと筋の涙を流し、無言でその場を立ち去った。その後、歩実は元を避けるようになる。 ある日、元と内藤ジェーン（竹中直人）は、修学旅行のチャーター機のフライトでソウルへ。ソウルから帰った元は、同じくフライトを終えたばかりののり子（黒木瞳）と出会う。のり子は元に、自分と香田の間に起こった出来事、その後の香田への想いなど全てを元に話す。 夜、ふとハンガー（格納庫）へ足を向けた元は、整備士の阿部（要潤）から、歩実が勤務中に怪我をしたという知らせを聞き、急いで歩実のもとへと走る。 そんな中、パイロット、ＣＡ、整備士たちの参加のもと、緊急脱出訓練が行われる。指導担当として訓練を取り仕切るのは香田。訓練は、飛行機が山中へ胴体着陸したケースを想定し、参加者それぞれに乗務員や乗客の役が割り振られ、脱出をシミュレーションしていくもの。 しかし訓練の途中、アクシデントが起こり…。
緊急脱出訓練中、足を踏み外しそうになった香田（堤真一）をかばい、訓練施設から転落した新海元（木村拓哉）は、救急車で病院へ運ばれ処置室へ。 元の父・良治（いかりや長介）と弟の誠（中尾明慶）は病院へ駆けつける。香田は、元が転落したのはすべて自分の責任だと良治に謝罪する。と、処置室の扉が開き、元を乗せたストレッチャーが運び出されてくる。 担当医の成見医師（石黒賢）は良治に、元の容態について説明をしたいと告げる。香田は「訓練中に起こった事故だから」と、良治と一緒に成見の説明を聞くことを希望する。二人に対し成見が話した元の容態は…。 香田は、自分の不注意のために元を事故に遭わせてしまったことについて、激しく自分を責める。その後、香田とのり子（黒木瞳）に一足遅れ、歩実（柴咲コウ）が病院にやってきたが…。
