戦闘摂理解析システム「#コンパス」の世界では、ヒーローが人間のパートナーと力を合わせて日々バトルすることでエナジーを生み出している。しかしワケありヒーローの13（サーティーン）はパートナーを見つけるどころかバトルを拒否してばかりで……ついには#コンパスの世界から追放の危機⁉︎そんな中、新規ユーザーの塵（じん）がログインし、Voidollの案内のもとパートナー探しが始まる。
塵のパートナーとなった13（サーティ－ン）だったが、一度パートナーになったら解除できないというシステムに不満たっぷり。そこで、パートナーを解除するための方法をヒーローたちに聞いて回ることにした彼は、テスラやヴィオレッタたちを尋ねる。一方で13のことをもっと知るために彼を探すことにした塵。13の足跡を追い、訪れる場所でさまざまなヒーローと出会い話を聞くが、ますます彼のことがわからなくなっていく……。
ノイズに飲まれ13（サーティーン）たちを襲ったジャスティスは、完全に正気を失う寸前に自身を自らの世界へと転送した。彼を連れ戻すためには13のヒーロースキルでジャスティスの世界へ行く必要がある。しかし13だけではヒーロースキルが発動せず、肝心のパートナーである塵とはギクシャクした関係が続いている状況。それでも塵はジャスティスを助けるため、13、ジャンヌ、アオジルとともに彼の世界へ行くことを決意する。
近頃バトルばかりでまともな休息をとろうとしないジャンヌに、パートナーのアオジルは心配を隠せない。マリアとの会話で、レオン＝ブルク聖王国のオアシスでのバカンスに想いを馳せる彼女。そんな中塵たちはノイズに侵されたジャスティスの色が、Bugdollと似ていることに気づいた。13（サーティーン）と塵、ジャンヌとアオジルの4人は、Bugdollの次の行き先であるマリアとアダムの世界へ向かうことになるが……？
Bugdollを捕獲することに成功した13（サーティーン）は、天才発明家であるテスラのもとへ連行し一連の事件について問い詰める。しかし、ノイズに飲まれて自我を失ったヒーロー「イレギュラー」の発生はBugdollの仕業ではないという。そこになぜか#コンパスの世界で起きている異変を独自に調べていた零夜も現れる。ノイズの発生地点を予測して来たという零夜の発言通り、突如13たちの背後にノイズが出現し……？
